Inligting

QPCR: Verrekening van verskillende monstermassa wanneer Ct geïnterpreteer en vergelyk word

QPCR: Verrekening van verskillende monstermassa wanneer Ct geïnterpreteer en vergelyk word


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek probeer qPCR gebruik om die hoeveelheid van 'n spesifieke bakteriespesie in pasiënt sputum te kwantifiseer, maar ek het nie regtig die opsie om konsekwente hoeveelhede sputum te gebruik om DNA uit te elueer nie. Die qPCR werk goed, maar sodra ek die Ct-resultate het, wat is die beste manier om rekening te hou met die feit dat ek verskillende massas sputum gebruik?


As jy altyd 'n relatiewe hoeveelheid van jou insetopbrengs vir elke monster gebruik, dan sal jy jou Ct-waardes moet regstel vir die absolute DNS-opbrengs van elke monster. As jy nie die DNS-opbrengs van elke monster kan meet nie, sal jy net moet aanneem dat dit direk afhanklik is van die sputum-insetmassa. Hierdie aanname is egter redelik foutief, aangesien direkte DNS-metings baie meer presies is en nie beïnvloed word deur vooroordele van DNS-ekstraksiedoeltreffendheidsverskille of bondel-effekte nie.

Aangesien Ct-waardes 'n enkele qPCR-siklus verteenwoordig in die lineêre fase waarin die teiken-DNA verdubbel word, moet jy die CT-waardes met +1 aanpas vir monsters met halwe DNA-invoer en met -1 vir monsters met dubbele insette (of algemeen $Ct_{aangepaste} = Ct - log_2(invoerfaktor)$ ). Natuurlik neem hierdie metode van normalisering aan dat die relatiewe inhoud van jou teiken-DNS in die monster onafhanklik is van die totale monsteropbrengs (wat waar mag wees of nie mag wees nie; as jou spesifieke bakteriespesie besig is om te prolifereer baie meer in een pasiënt in vergelyking met die ander, kan dit beide relatiewe en absolute DNA-hoeveelhede beïnvloed).


Kyk die video: Analyzing Quantitative PCR Data (Oktober 2022).