Inligting

Volgorde van twee stringe DNA

Volgorde van twee stringe DNA


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

My agtergrond is nie genetika nie. 2.Ek stel nie belang om te weet hoe dna-volgordebepaling of genotipering gedoen word nie. 3. Ek stel net belang in die aard van die resultate soos hier beskryf.

Kom nou by die vraag: Mense het twee stelle chromosoom in elke sel. So as ek sê volgordebepaling chromosoom1, wat beteken dit eintlik? Watter van die twee chromosome word in volgorde geplaas? Van genotipering-doen vergelyking plaasvind tussen twee+twee=vier chromosome1's? Of is my hele begrip gebrekkig?


Ek stel net belang in die aard van die resultate soos hier beskryf.

Deur hierdie volgorde in lyn te bring met alle nukleotiede van alle organismes, sou ons besef dat die gegewe (kort) volgorde in verskeie organismes behalwe mense voorkom. Daarom kan dit van 'n spesie met net een chromosoom kom, sien NCBI Blast!

Ter wille van die voorbeeld, kom ons neem aan dat die spesie veelvuldige gevalle van elke chromosoom gehad het (bv. een deur menslike moeder en een deur menslike vader), en kyk na "die resultate soos hier beskryf". Aangesien geen detail oor die protokol gegee word nie, kom ons neem verder die mees algemene scenario aan – naamlik dat daar geen eksperimentele onderskeid of skeiding van die individuele gevalle van chromosome was nie.

As ons na die resultate kyk, sal ons besef dat dit nie "volgende generasie volgordebepaling" is nie, maar Sanger-volgorde.

Nou kyk ons ​​weer na die verskafde skema (let wel: dit is nie werklike eksperimentele data nie): duidelik kom die bande aan die linkerkant net vir een letter/basis voor, en by 'n gegewe posisie van die ry is daar net een baie duidelike piek aan die regterkant (in teenstelling met die moontlikheid om veelvuldige pieke te hê wat ooreenstem met verskillende basisse).

Ons sal dit moet aflei elke geval van die chromosoom het 'n absoluut identiese volgorde. Ons sou dus tot die gevolgtrekking kom dat dit nie belangrik sou wees om individuele gevalle te onderskei nie.

Maar wag - is moederlike en vaderlike chromosome nie anders nie? Absoluut, die gegewe voorbeeld kyk egter net na 25 basisse eerder as die volle chromosoom - en dit is heel moontlik dat hulle absoluut identies is. (let wel: daar is verskeie eksperimentele tegnieke om slegs spesifieke streke van DNA of RNA vir ontleding te selekteer).


Ek sou sê jou begrip hier is nie noodwendig gebrekkig nie - daar word eerder 'n klein truuk op jou gespeel.

Die figuur beeld tipiese resultate van Sanger-volgorde uit. Hierdie tipe volgordebepaling vereis altyd 'n sogenaamde primer, 'n kort reeks van ongeveer 20 basisse wat bekend is. Die kode wat op daardie 20 basisse volg, sal in volgorde geplaas word. Deur hierdie tegniek alleen te gebruik, kan jy nie prakties 'n hele chromosoom volgorde nie - dit is gewoonlik net goed vir ongeveer 700-1200 basisse na die primer.

Die bande in die grafika aan die linkerkant en die pieke aan die regterkant stem ooreen met die basis by posisie "primer + n" (n is die aantal bande/pieke wat aan die onderkant van die grafika begin tel).

Dink nou daaraan dat hierdie tegniek in die praktyk uitgevoer word op 'n vloeibare monster wat natuurlik 'n groot aantal DNA-molekules bevat. In 'n ideale scenario is elke enkele molekule identies. In daardie geval is die volgorde agter die 20 primerbasisse identies en jy sal duidelike bande of pieke kry soos in die grafika getoon.

Wanneer jy 'n monster van 'n organisme soos 'n mens neem, sal daar 'n verskeidenheid DNS-molekules in die mengsel wees.

Wat word gerangskik? Eenvoudig, alles wat agter die onderlaag sit wat jy gebruik om te volgorde. As verskillende molekules verskillende volgordes daar het, sal die resultaat bande in verskillende kolomme op dieselfde posisie op die gel (linkerkant van die grafika) of twee verskillende kleure pieke op dieselfde plek in die chromatografie (regterkant van die grafika) wees. .

Voorbeeld: genotipering

Ons beskou die XYZ-geen. Daar is twee variante van hierdie geen by mense, en die enigste verskil is by posisie 167 van die geen, waar een variant 'n A en die ander 'n G het. Danksy die menslike genoomprojek ken ek die volle volgorde van die XYZ-geen , so ek ontwerp my onderlaag om posisies 50-70 van XYZ te span. Daarom moet my volgordebepalingsresultaat die XYZ-geen oplewer, begin iewers rondom posisie 100 (selfs die hoogste kwaliteit volgordebepalingsreaksies mis 'n paar basisse na die primer). As ek 'n monster neem van 'n mens wat dieselfde XYZ-variant op beide susterchromosome het, sal ek net 'n enkele volgordebepalingsresultaat kry - hetsy met A of G op posisie ~67 van my volgordebepaling. As my monster afkomstig is van 'n mens wat een variant op een chromosoom en die ander variant op die ander het, sal my volgordebepaling dubbelsinnig wees by posisie ~67, en by nadere ondersoek het ek twee variante van hierdie monster opvolg: een met 'n A en een met 'n G by hierdie dubbelsinnige posisie. Op hierdie manier kan ek 'n mens se genotipe vir hierdie geen bepaal: homosigotiese XYZA/A, XYZB/B of heterosigotiese XYZA/B.

NS: Moenie dat die dubbelstrengige aard van DNA jou denke hier verwar nie, Sanger-volgordebepaling ry altyd net een string (die een waarvoor jy die primer ontwerp het)! Dus twee susterchromosome = twee dubbelstringe = vier enkelstringe, waarvan twee in volgorde sal wees omdat die ander twee die komplementêre rye bevat.

PPS: Die manier waarop dit werk, kan groot probleme veroorsaak as die onderlaag nie behoorlik ontwerp is nie. Met 20 basisse is dit moontlik dat dieselfde 20 basisse elders in die genoom verskyn, en skielik is die volgordes wat die primer volg, nie net anders in een of twee posisies nie, maar oral.


Dit is 'n foto van Sanger-volgorde. As daardie volgordebepaling gedoen is in 'n streek waar 'n diploïede organisme heterosigoties was vir 'n eenvoudige SNP, sou die spoorlêer in plaas van om enkele skoon pieke te hê, by die punt van die SNP twee halfgrootte pieke van twee kleure vir die twee letters hê teenwoordig op daardie webwerf. As die verskil tussen die twee allele meer betrokke was as 'n enkele nukleotied polimorfisme, kan die spoorlêer heel anders lyk.

So as ek sê volgordebepaling chromosoom1, wat beteken dit eintlik?

Mense rangskik nie dikwels net 'n hele chromosoom so nie, en byna niemand sal dit meer met Sanger-tegnologie doen nie. Maar as jy 'n diploïede nie-inteelt organisme in volgorde bepaal, sou jy by punte van heterosigositeit verwag om 'n mengsel van seine te kry.

Van genotipering-doen vergelyking plaasvind tussen twee+twee=vier chromosome1's?

Diploïede organismes het 2 kopieë van 'n gegewe chromosoom, nie 4 nie. Elke chromosoom het twee stringe, maar die inligting oor komplementêre stringe is identies.


OPDATEER


Voordat jy by volgordebepaling kom, moet jy in ag neem dat jy nie 'n enkele chromosoom uit 'n enkele sel rangskik nie. Jy is besig om 'n DNS-monster te orden wat ooreenstem met 'n populasie van selle, wat al die chromosome bevat. Ek weet nie van 'n prosedure om 'n enkele chromosoom te teiken nie, geteikende prosedures vir spesifieke streke op die genoom-omringende gene bestaan.

Of is my hele begrip gebrekkig?

Ja, ek sou sê gebrekkig nie gebrekkig nie.

Dit gesê,

So as ek sê volgordebepaling chromosoom1, wat beteken dit eintlik?

Hipoteties sou dit beteken dat jy DNA van chromosoom 1 in volgorde bepaal wat ooreenstem met 'n populasie selle. Dit beteken dat jy die volgorde van chromosoom 1 herwin vir gebruik in stroomaf-analise deur sy komplementêre DNA-volgorde te polimeer deur voordeel te trek uit die prosedure van DNA-replikasie.

Watter van die twee chromosome word in volgorde geplaas?

Daar is geen manier om tussen twee chromosome in hoofstroomvolgordebepalingseksperimente te onderskei nie. Die sel het nie 'n idee oor watter chromosoom watter is nie en jy ook nie, so beide chromosome word gelyktydig gerangskik. Neem asseblief kennis, het ek gesê geen manier om tussen twee chromosome in hoofstroomvolgordebepalingseksperimente te onderskei nie

vind vergelyking plaas tussen twee+twee=vier chromosome1's?

Dit het twee dele. Wat bedoel jy met vier? As jy te kenne gee dat chromosoom 1 twee stringe het en dit is gelykstaande aan 4 dan nee, die twee stringe saam maak een chromosoom. Jou sel het 2n of twee chromosoom 1'e. As jy 'n volgorde van 'n populasie van selle (kom ons sê 1000), het jy tweeduisend chromosoom 1'e wat in volgorde geplaas word wat almal in pare oor 1000 selle teenwoordig is.

Vind vergelykings plaas?

In hoofstroom eksperimente vergelyk ons ​​nie. Dit gesê, metodes om tussen die twee chromosoom 1's te onderskei, bestaan. Die oudste wat ek kon vind is 'n artikel deur M Nagano oor alleelspesifieke volgordebepaling. In hierdie geval, aangesien jou ouers ewe veel bydra tot jou DNA, dra elkeen van hulle 'n paar mutasies spesifiek vir hul DNA. Deur hierdie kenmerk te gebruik, kan ons onderskei tussen die vaderlike en moederlike chromosoom 1.

Daar is ook enkelselvolgordebepaling, in hierdie geval sou jy die twee chromosoom 1'e van 'n enkele sel opeenvolging, teoreties kan jy dan ook alleelspesifieke volgordebepaling op 'n enkele sel doen wat jou toelaat om te onderskei tussen die twee chromosoom 1's wat in die sel teenwoordig is.

Ten slotte, daar is geen manier om die twee stringe te onderskei nie, na volgordebepaling wanneer jy jou data terugbelyn na die verwysingsgenoom, sal jy die gestrandheid van die data leer ken.

Antwoord op ou vraag


Deesdae is die woord opeenvolging sinoniem met hoë-deurset-volgorde, en die artikel waarna u in die kommentaar geskakel het, hou ook verband met hoë-deurset-volgorde-tegnieke (ek het dit uit 'n vlugtige blik gekry).

Watter van die twee stringe word georden tydens volgordebepaling van DNA?

Albei kry volgorde.

In watter volgorde word die resultate verskaf

Willekeurig

Hoe word hierdie twee stringe georden tydens volgordebepaling?

As dit enkel-eindvolgordebepaling is, weet ons nie watter string eerste gerangskik is nie. (Daar is maniere, maar laat ons ter wille van eenvoud nie soontoe gaan nie)

As dit gepaarde eindvolgorde is, kom een ​​lees van die sinstring en die ander lees van die teenoorgestelde string af.

Jy kan 'n YouTube-video hier kyk om uit te vind wat die verskil is

Is dit dat die resultaat van een string eers verskaf word, gevolg deur die ander of is dit dat slegs een van die twee stringe in volgorde geplaas word?

Beide word aangemeld.

Die vraag wat jy gevra het is baie breed, ek kan aangaan vir 'n handvol A4-bladsye en steeds nie klaarmaak nie. As ek by jou eerste vraag kom, het ek gesê dat albei in volgorde gerangskik word, want ons het geen manier om te weet tydens volgordebepaling watter string in volgorde gerangskik word nie (daar is gestrande volgordebepalingtegnieke, maar jy moet eers verteer wat hier genoem/gekoppel word en later met nog meer navorsing kom terug met 'n vraag oor gestrande volgordebepaling).

Na opeenvolging kry jy jou resultaat in ewekansige volgorde, want wat jy kry is nie regtig resultaat nie, maar meer rou datalêers wat FASTQ-lêers genoem word. Lees bietjie op FASTQ. Na opeenvolging kry jy nie regtig 'n FASTQ nie, maar jy kry 'n BCL of basisoproeplêer, wat na FASTQ omgeskakel moet word. Hierdie FASTQ moet dan óf gefiltreer word óf nie gebaseer op kwaliteit nie en dan in lyn gebring word met 'n verwysingsgenoom. Dit is hier waar jy leer watter lees uit watter string kom.

Jy moet meer lees oor enkel-eind-volgordebepaling en gepaarde eindvolgordebepaling om beter te verstaan ​​hoe DNA georden word. Kyk ook na hierdie video. Dit is die mees vereenvoudigde weergawe wat ek kon vind. Dit behoort jou nuuskierig te maak sonder om jou met te veel inligting te bombardeer.

Laastens, in 'n enkel-einde-volgordebepaling het jy geen manier om sonder belyning te weet watter string in volgorde geplaas is nie, maar in gepaarde einde (waar 'n DNS-fragment van albei kante gerangskik word, wat twee gepaarde leeswerk genereer), pas een maat oor die algemeen by die sin. string terwyl die ander in lyn is met die antisense string.