Inligting

7: Mikrobiese Biochemie - Biologie

7: Mikrobiese Biochemie - Biologie


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

  • 7.0: Organiese molekules
    Biochemie is die dissipline wat die chemie van lewe bestudeer, en die doel daarvan is om vorm en funksie op grond van chemiese beginsels te verduidelik. Organiese chemie is die dissipline gewy aan die studie van koolstofgebaseerde chemie, wat die grondslag is vir die studie van biomolekules en die dissipline van biochemie. Beide biochemie en organiese chemie is gebaseer op die konsepte van algemene chemie.
  • 7.1: Koolhidrate
    Die volopste biomolekules op aarde is koolhidrate. Uit 'n chemiese oogpunt is koolhidrate hoofsaaklik 'n kombinasie van koolstof en water, en baie van hulle het die empiriese formule (CH2O)n, waar n die aantal herhaalde eenhede is. Hierdie siening verteenwoordig hierdie molekules bloot as "gehidreerde" koolstofatoomkettings waarin watermolekules aan elke koolstofatoom heg, wat lei tot die term "koolhidrate."
  • 7.2: Lipiede
    Alhoewel hulle hoofsaaklik uit koolstof en waterstof bestaan, kan lipiedmolekules ook suurstof, stikstof, swael en fosfor bevat. Lipiede dien talle en uiteenlopende doeleindes in die struktuur en funksies van organismes. Hulle kan 'n bron van voedingstowwe wees, 'n stoorvorm vir koolstof, energiebergingsmolekules, of strukturele komponente van membrane en hormone. Lipiede bestaan ​​uit 'n breë klas van baie chemies verskillende verbindings, waarvan die algemeenste in hierdie afdeling bespreek word.
  • 7.3: Proteïene
    Aminosure is in staat om in wese enige getal saam te bind, wat molekules van in wese enige grootte lewer wat 'n wye verskeidenheid fisiese en chemiese eienskappe besit en talle funksies verrig wat noodsaaklik is vir alle organismes. Die molekules afkomstig van aminosure kan funksioneer as strukturele komponente van selle en subsellulêre entiteite, as bronne van voedingstowwe, as atoom- en energiebergingsreservoirs, en as funksionele spesies soos hormone, ensieme, reseptore en vervoermolekules.
  • 7.4: Die gebruik van biochemie om mikro-organismes te identifiseer

Kleinkiekie: 'n Ensiembindingsplek wat normaalweg substraat sal bind, kan alternatiewelik 'n mededingende inhibeerder bind, wat substraattoegang verhoed. Prent gebruik met toestemming (CC BY 4.0; Thomas Shafee).


Grondmikrobiologie, Ekologie en Biochemie

Die vierde uitgawe van Grondmikrobiologie, Ekologie en Biochemie dateer hierdie wyd gebruikte verwysing op aangesien die studie en begrip van grondbiota, hul funksie en die dinamika van grondorganiese materiaal 'n rewolusie deur molekulêre en instrumentele tegnieke, en inligtingstegnologie. Kennis van grondmikrobiologie, -ekologie en -biochemie is sentraal tot ons begrip van organismes en hul prosesse en interaksies met hul omgewing. In 'n tyd van groot globale verandering en toenemende klem op biodiversiteit en voedselsekuriteit, het grondmikrobiologie en -ekologie 'n toenemend belangrike onderwerp geword.

Hierdie werk, hersien deur 'n groep wêreldbekende skrywers in baie instellings en dissiplines, bring die deurbrake in kennis in hierdie belangrike veld in verband met sy geskiedenis sowel as toekomstige toepassings. Die nuwe uitgawe verskaf leesbare, praktiese, impakvolle inligting vir sy vele toegepaste en fundamentele dissiplines. Professionele persone wend hulle tot hierdie teks as 'n verwysing vir fundamentele kennis in hul veld of om bestuurspraktyke in te lig.

Die vierde uitgawe van Grondmikrobiologie, Ekologie en Biochemie werk hierdie wyd gebruikte verwysing op, aangesien die studie en begrip van grondbiota, hul funksie en die dinamika van grondorganiese materiaal 'n omwenteling ondergaan het deur molekulêre en instrumentele tegnieke, en inligtingstegnologie. Kennis van grondmikrobiologie, -ekologie en -biochemie is sentraal tot ons begrip van organismes en hul prosesse en interaksies met hul omgewing. In 'n tyd van groot globale verandering en toenemende klem op biodiversiteit en voedselsekuriteit, het grondmikrobiologie en -ekologie 'n toenemend belangrike onderwerp geword.

Hierdie werk, hersien deur 'n groep wêreldbekende skrywers in baie instellings en dissiplines, bring die deurbrake in kennis in hierdie belangrike veld in verband met sy geskiedenis sowel as toekomstige toepassings. Die nuwe uitgawe verskaf leesbare, praktiese, impakvolle inligting vir sy vele toegepaste en fundamentele dissiplines. Professionele persone wend hulle tot hierdie teks as 'n verwysing vir fundamentele kennis in hul veld of om bestuurspraktyke in te lig.


7: Mikrobiese Biochemie - Biologie

Die aarde is na raming 4,6 biljoen jaar oud, maar vir die eerste 2 biljoen jaar het die atmosfeer 'n gebrek aan suurstof gehad, waarsonder die aarde nie lewe soos ons dit ken kon onderhou nie. Een hipotese oor hoe lewe op aarde ontstaan ​​het, behels die konsep van 'n “oersop.” Hierdie idee stel voor dat lewe in 'n watermassa begin het toe metale en gasse uit die atmosfeer gekombineer het met 'n bron van energie, soos weerlig of ultraviolet lig, om die koolstofverbindings te vorm wat die chemiese boustene van lewe is. In 1952 het Stanley Miller (1930–2007), 'n nagraadse student aan die Universiteit van Chicago, en sy professor Harold Urey (1893–1981), begin om hierdie hipotese te bevestig in 'n nou bekende eksperiment. Miller en Urey het wat hulle geglo het die hoofkomponente van die aarde se vroeë atmosfeer was – water (H2O), metaan (CH4), waterstof (H2), en ammoniak (NH3)—en dit in 'n steriele fles verseël. Vervolgens het hulle die fles verhit om waterdamp te produseer en elektriese vonke deur die mengsel gelaat om weerlig in die atmosfeer na te boots (Figuur 1). Toe hulle 'n week later die inhoud van die fles ontleed het, het hulle aminosure gevind, die strukturele eenhede van proteïene - molekules wat noodsaaklik is vir die funksie van alle organismes.

Figuur 1. Wetenskaplike Stanley Miller (foto) en Harold Urey het getoon dat organiese verbindings natuurlik van anorganiese materiaal ontstaan ​​het. Die Miller-Urey-eksperiment wat hier geïllustreer word, het die uitwerking van weerlig op chemiese verbindings wat in die aarde se vroeë atmosfeer gevind is, gesimuleer. Die gevolglike reaksies het aminosure, die chemiese boustene van proteïene, opgelewer. (krediet “foto”: wysiging van werk deur NASA krediet “illustrasie”: wysiging van werk deur Courtney Harrington)


7.5 Die gebruik van biochemie om mikroörganismes te identifiseer

Akkurate identifikasie van bakteriële isolate is noodsaaklik in 'n kliniese mikrobiologie laboratorium omdat die resultate dikwels besluite oor behandeling inlig wat pasiëntuitkomste direk beïnvloed. Gevalle van voedselvergiftiging vereis byvoorbeeld akkurate identifikasie van die veroorsakende middel sodat dokters toepaslike behandeling kan voorskryf. Net so is dit belangrik om die veroorsakende patogeen tydens 'n siekte-uitbreking akkuraat te identifiseer sodat toepaslike strategieë aangewend kan word om die epidemie te beperk.

Daar is baie maniere om mikroörganismes op te spoor, te karakteriseer en te identifiseer. Sommige metodes maak staat op fenotipiese biochemiese kenmerke, terwyl ander genotipiese identifikasie gebruik. Die biochemiese eienskappe van 'n bakterie verskaf baie eienskappe wat nuttig is vir klassifikasie en identifikasie. Die ontleding van die voedings- en metaboliese vermoëns van die bakteriese isolaat is 'n algemene benadering vir die bepaling van die genus en die spesie van die bakterie. Sommige van die belangrikste metaboliese weë wat bakterieë gebruik om te oorleef, sal in Mikrobiese Metabolisme bespreek word. In hierdie afdeling sal ons 'n paar metodes bespreek wat biochemiese kenmerke gebruik om mikroörganismes te identifiseer.

Sommige mikroörganismes stoor sekere verbindings as korrels binne hul sitoplasma, en die inhoud van hierdie korrels kan vir identifikasiedoeleindes gebruik word. Byvoorbeeld, poli-β-hidroksibutiraat (PHB) is 'n koolstof- en energiebergingsverbinding wat in sommige nie-fluoresserende bakterieë van die genus voorkom Pseudomonas . Verskillende spesies binne hierdie genus kan geklassifiseer word deur die teenwoordigheid of afwesigheid van PHB en fluoresserende pigmente. Die menslike patogeen P. aeruginosa en die plantpatogeen P. syringae is twee voorbeelde van fluoresserend Pseudomonas spesies wat nie PHB-korrels ophoop nie.

Ander stelsels maak staat op biochemiese eienskappe om mikroörganismes te identifiseer deur hul biochemiese reaksies, soos koolstofbenutting en ander metaboliese toetse. In klein laboratoriumomgewings of in onderriglaboratoriums word daardie toetse met 'n beperkte aantal proefbuise uitgevoer. Meer moderne stelsels, soos die een wat deur Biolog, Inc. ontwikkel is, is egter gebaseer op panele van biochemiese reaksies wat gelyktydig uitgevoer en deur sagteware ontleed word. Biolog se stelsel identifiseer selle op grond van hul vermoë om sekere biochemikalieë te metaboliseer en op hul fisiologiese eienskappe, insluitend pH en chemiese sensitiwiteit. Dit gebruik alle hoofklasse biochemikalieë in sy ontleding. Identifikasies kan met die hand of met die semi- of ten volle outomatiese instrumente uitgevoer word.

Nog 'n outomatiese stelsel identifiseer mikroörganismes deur die monster se massaspektrum te bepaal en dit dan te vergelyk met 'n databasis wat bekende massaspektra vir duisende mikroörganismes bevat. Hierdie metode is gebaseer op matriks-ondersteunde laser desorpsie/ionisasie tyd-van-vlug massaspektrometrie ( MALDI-TOF ) en gebruik weggooibare MALDI plate waarop die mikro-organisme gemeng word met 'n gespesialiseerde matriks reagens (Figuur 7.26). Die monster/reagensmengsel word bestraal met 'n hoë-intensiteit gepulseerde ultraviolet laser, wat lei tot die uitstoot van gasvormige ione wat deur die verskillende chemiese bestanddele van die mikro-organisme gegenereer word. Hierdie gasvormige ione word versamel en versnel deur die massaspektrometer, met ione wat beweeg teen 'n snelheid wat bepaal word deur hul massa-tot-lading-verhouding (m/z), en bereik dus die detektor op verskillende tye. 'n Plot van detektorsein teenoor m/z lewer 'n massaspektrum vir die organisme wat uniek verwant is aan sy biochemiese samestelling. Vergelyking van die massaspektrum met 'n biblioteek van verwysingsspektra verkry uit identiese ontledings van bekende mikroörganismes laat identifikasie van die onbekende mikrobe toe.

Mikrobes kan ook geïdentifiseer word deur hul unieke lipiedprofiele te meet. Soos ons geleer het, kan vetsure van lipiede verskil in kettinglengte, teenwoordigheid of afwesigheid van dubbelbindings, en aantal dubbelbindings, hidroksielgroepe, takke en ringe. Om 'n mikrobe deur sy lipiedsamestelling te identifiseer, word die vetsure wat in hul membrane voorkom, ontleed. 'n Algemene biochemiese analise wat vir hierdie doel gebruik word, is 'n tegniek wat in kliniese, openbare gesondheids- en voedsellaboratoriums gebruik word. Dit maak staat op die opsporing van unieke verskille in vetsure en word vetsuurmetielester (FAME)-analise genoem. In 'n FAME-analise word vetsure uit die membrane van mikroörganismes onttrek, chemies verander om vlugtige metielesters te vorm, en deur gaschromatografie (GC) ontleed. Die resulterende GC-chromatogram word vergelyk met verwysingschromatogramme in 'n databasis wat data bevat vir duisende bakteriese isolate om die onbekende mikro-organisme te identifiseer (Figuur 7.27).

'n Verwante metode vir mikro-organisme-identifikasie word fosfolipied-afgeleide vetsure (PLFA)-analise genoem. Membrane is meestal saamgestel uit fosfolipiede, wat verseep (met alkali gehidroliseer) kan word om die vetsure vry te stel. Die resulterende vetsuurmengsel word dan aan FAME-analise onderwerp, en die gemete lipiedprofiele kan vergelyk word met dié van bekende mikroörganismes om die onbekende mikro-organisme te identifiseer.

Bakteriële identifikasie kan ook gebaseer word op die proteïene wat onder spesifieke groeitoestande binne die menslike liggaam geproduseer word. Hierdie tipe identifikasieprosedures word proteomiese analise genoem. Om proteomiese analise uit te voer, word proteïene van die patogeen eers deur hoëdruk vloeistofchromatografie (HPLC) geskei, en die versamelde fraksies word dan verteer om kleiner peptiedfragmente te lewer. Hierdie peptiede word deur massaspektrometrie geïdentifiseer en met dié van bekende mikroörganismes vergelyk om die onbekende mikro-organisme in die oorspronklike monster te identifiseer.

Mikro-organismes kan ook geïdentifiseer word deur die koolhidrate wat aan proteïene (glikoproteïene) in die plasmamembraan of selwand geheg is. Teenliggaampies en ander koolhidraatbindende proteïene kan aan spesifieke koolhidrate op seloppervlaktes heg, wat veroorsaak dat die selle saamklonter. Serologiese toetse (bv. die Lancefield groepe toetse, wat gebruik word vir identifikasie van Streptokokke spesies) word uitgevoer om die unieke koolhidrate wat op die oppervlak van die sel geleë is, op te spoor.

Kliniese fokus

Resolusie

Penny het opgehou om haar nuwe sonskerm te gebruik en die kortikosteroïedroom op haar uitslag aangebring soos aangedui. Na 'n paar dae het haar uitslag egter nie verbeter nie en het eintlik gelyk of dit erger word. Sy het 'n opvolgafspraak met haar dokter gemaak, wat 'n stamperige rooi uitslag en etter-gevulde blase rondom haarfollikels waargeneem het (Figuur 7.28). Die uitslag was veral gekonsentreer in areas wat deur 'n swembroek bedek sou gewees het. Na 'n paar ondervragings het Penny vir die dokter gesê dat sy onlangs 'n swembadpartytjie bygewoon het en 'n tydjie in 'n borrelbad deurgebring het. In die lig van hierdie nuwe inligting het die dokter 'n geval van borrelbaduitslag vermoed, 'n infeksie wat gereeld deur die bakterie veroorsaak word Pseudomonas aeruginosa , 'n opportunistiese patogeen wat in borrelbaddens en swembaddens kan floreer, veral wanneer die water nie voldoende gechlorineerd is nie. P. aeruginosa is dieselfde bakterie wat geassosieer word met infeksies in die longe van pasiënte met sistiese fibrose.

Die dokter het 'n monster van Penny se uitslag geneem om na die kliniese mikrobiologie-laboratorium gestuur te word. Bevestigende toetse is uitgevoer om te onderskei P. aeruginosa van enteriese patogene wat ook in swembad- en warmbadwater teenwoordig kan wees. Die toets het die produksie van die blougroen pigment piosianien op cetrimied-agar en groei by 42 °C ingesluit. Cetrimide is 'n selektiewe middel wat die groei van ander spesies mikrobiese flora inhibeer en ook die produksie van P. aeruginosa pigmente piosianien en fluoressensie, wat onderskeidelik 'n kenmerkende blougroen en geelgroen is.

Toetse het die teenwoordigheid van bevestig P. aeruginosa in Penny se velmonster, maar die dokter het besluit om nie 'n antibiotika voor te skryf nie. Alhoewel P. aeruginosa is 'n bakterie, Pseudomonas spesies is oor die algemeen bestand teen baie antibiotika. Gelukkig is velinfeksies soos Penny's gewoonlik selfbeperkend, die uitslag duur gewoonlik ongeveer 2 weke en gaan vanself op, met of sonder mediese behandeling. Die dokter het Penny aangeraai om dit uit te wag en aan te hou om die kortikosteroïedroom te gebruik. Die room sal nie die doodmaak nie P. aeruginosa op Penny se vel, maar dit behoort haar uitslag te kalmeer en die jeuk te verminder deur haar liggaam se inflammatoriese reaksie op die bakterieë te onderdruk.


Biochemie en Molekulêre Biologie Biochemie Opsie

Biochemie en Molekulêre Biologie is die studie van die molekulêre basis van lewe. Biochemie gebruik die beginsels van chemie en fisika om biologiese molekules, strukture en reaksies te verstaan. Molekulêre biologie fokus op hoe biologiese molekules interaksie het om selle, organismes en gedrag te vorm.

Studente in hierdie hoofvak pas basiese beginsels van chemie en fisika toe op die studie van lewende selle en hul komponente om biologie op molekulêre, genetiese en sellulêre vlakke te verduidelik. Studente sal 'n sterk grondslag ontwikkel in kwantitatiewe en analitiese biologiese wetenskappe, insluitend molekulêre biologie, biochemie, ensiemologie, metabolisme, selbiologie en molekulêre genetika.

Opsie Oorsig

Die Biochemie-opsie (BIOCH) van die hoofvak Biochemie en Molekulêre Biologie fokus op die studie van lewende dinge met 'n sterk klem op die chemie en fisika van biomolekulêre struktuur en funksie. In hierdie opsie is die benadering tot die studie van lewe op molekulêre vlak hoogs kwantitatief, so 'n sterk agtergrond in wiskunde is belangrik. Nie verrassend nie, hierdie opsie vereis die mees uitgebreide grondslag in chemie en fisika van enige van die hoofvakke wat deur die departement aangebied word. Gevorderde kursusse keusevakke in die hoofvak sluit in molekulêre genetika, gevorderde selbiologie, immunologie, virologie, molekulêre medisyne, fisiologiese biochemie en laboratoriumkursusse in fisiese chemie. Studente in hierdie opsie kom ook naby daaraan om aan die vereistes vir 'n minor in chemie te voldoen. Die hoofvak bied uitstekende voorbereiding vir gegradueerde en professionele skole, en gegradueerdes is baie gesog deur die industrie.

Programdoelwitte

  • Gegradueerdes sal 'n begrip van biochemie en molekulêre biologie hê en kan kommunikeer wat voldoende is om te kwalifiseer vir nagraadse of professionele skole of vir intreevlakposisies as bedryfswetenskaplikes.
  • Gegradueerdes sal basiese laboratoriumvaardighede ontwikkel en vertroud wees met die standaard tegnieke en toerusting wat in die moderne biochemie en molekulêre biologie laboratorium gebruik word.
  • Gegradueerdes sal data genereer en interpreteer met daaropvolgende toepassing op die oplossing van nuwe probleme in biochemie en molekulêre biologie.
  • Gegradueerdes sal loopbaangeleenthede en professionele en etiese kwessies identifiseer wat wetenskaplikes in die biochemie en molekulêre biologie-veld bekommer.

Vereistes om die majoor te betree

  • Studente moet 'n kumulatiewe GPA van 2.0 of beter hê en moet Chem 110, 111, 112 en Math 140 voltooi met 'n graad van C of beter.

Vereistes om te gradueer

Om te gradueer, moet studente aan al drie die volgende vereistes voldoen:

  1. 2.0 kumulatiewe GPA.
  2. 'n graad van C of beter in twee van die volgende drie kursusse: BMB/Micrb 251, BMB/Micrb 252 & Micrb 201.
  3. 'n graad van C of beter in 9 krediete van 400-vlak BMB/Micrb lesingskursusse (vir BMB hoofvakke).

Kyk na die mees onlangse Voorgestelde Akademiese Plan vir Biochemie en Molekulêre Biologie.


Biochemie van mikrobiese afbraak van heksachloorsikloheksaan en vooruitsigte vir bioremediëring

Rup Lal is 'n professor in Molekulêre Biologie aan die Departement Dierkunde, Universiteit van Delhi. Rup Lal, gebore in 'n dorpie Kanoh in Himachal Pradesh, het sy Ph.D. aan die Universiteit van Delhi (1980).Hy is die bekroonde van 'n Alexander von Humboldt-genootskap, 'n DBT-oorsese genootskap, en 'n ASM Indo-VS-professorskap en is 'n besoekende wetenskaplike aan die Universiteit van Cambridge. Tans is hy die Hoof, Departement Dierkunde, en Dekaan, Fakulteit Natuurwetenskappe. Sy primêre navorsingsbelangstellings sluit in mikrobiese diversiteit op plaagdoderbesoedelde terreine, genetika en biochemie van afbraak van heksachloorsikloheksaan (HCH) en die ontwikkeling van HCH bioremediasie tegnologie. Rup Lal stel ook belang in die evolusie van lin gene en die genetiese manipulasie van die rifamisienprodusent Amycolatopsis mediterranei. Sy groep is volgordebepaling genome van Amycolatopsis mediterranei en Sphingobium indicum. Hy het meer as 100 artikels gepubliseer en is die hoofredakteur van die Indian Journal of Microbiology en genoot van die National Academy of Agricultural Sciences en die Association of Microbiologists of India. Gunjan Pandey het sy meestersgraad in biochemie aan die GB Pant Universiteit van Landbou en Tegnologie, Pantnagar, Indië, in 1999 voltooi en sy doktorsgraad van die Instituut vir Mikrobiese Tegnologie (IMTECH), Chandigarh, Indië, in 2004. Sy doktorale navorsing het beide basiese en toegepaste studies behels van die biologiese afbraak van nitro -aromatiese verbindings, 'n belangrike klas besoedelstowwe in die omgewing. In 2004 het Gunjan as postdoktor by CSIRO Entomology in Canberra, Australië, aangesluit en gewerk aan die ontwikkeling van kommersiële ensiemprodukte vir die ontgifting van verskeie chemikalieë vir plaagdoders. Hy is daarna aangestel as 'n onbepaalde navorsingswetenskaplike by CSIRO Entomology. Hy lei nou 'n navorsingspan wat wyd in biodegradasie, biotransformasie en biokatalise belangstel, met spesiale klem op die ontdekking en ontwikkeling van kommersieel lewensvatbare ensieme vir plaagdoderontgifting. Pooja Sharma is 'n gegradueerde student by professor Rup Lal. Sy het in September 2009 haar doktorale proefskrif aan die Universiteit van Delhi, Indië, oor die ensiematiese bioremediëring van heksachloorsikloheksaan (HCH) ingedien deur die werking van 'n mikrobiese ensiem, HCH dehidrochlorinase (LinA). Sy het haar meestersgraad in dierkunde met 'n spesialisering in selbiologie in 2004 aan die Universiteit van Delhi voltooi. Sy het 'n groot belangstelling in mikrobes wat plaagdoders afbreek en is tans betrokke by die ontplooiing van bakterieë of hul ensieme om die gesondheid van die omgewing te herstel. Kirti Kumari voltooi haar meestersgraad in dierkunde (spesialisasie in selbiologie) aan die Universiteit van Delhi, Indië, in 2005 en haar Ph.D. onder toesig van professor Rup Lal van die Universiteit van Delhi, Indië, in November 2009. Haar doktorale navorsing behels die bestudering van die kinetika en diversiteit van die ensiem haloalkane dehalogenase (LinB) in die HCH -afbreekroete. Sy is tans besig met die ensiematiese bioremediëring van HCH-besmette gronde. Haar navorsingsbelangstellings sluit in die ontsyfering van bioremediëringsopsies vir die dekontaminasie van plaagdoderreste in die omgewing. Shweta Malhotra ontvang haar meestersgraad in dierkunde (spesialisering in selbiologie) en daarna haar Ph.D. graad aan die Universiteit van Delhi, Indië. Sy het as 'n nadoktorale genoot aan die Universiteit van Louisville, Louisville, Kentucky gewerk. Tans werk sy as 'n postdoktorale genoot op die gebied van metagenomika aan die Dong-A Universiteit, Busan, Suid-Korea. Haar navorsingsbelangstellings sluit in metagenomika, mobiele genetiese elemente (plasmiede en transposons), die biodegradasie van organiese verbindings, en aktinomisetbiologie. Rinku Pandey is gebore in Nieu-Delhi, Indië, in 1977. Sy het die Universiteit van Delhi bygewoon, waar sy 'n meestersgraad in dierkunde verwerf het wat in sel- en molekulêre biologie spesialiseer in 2000. Sy het in 2001 by die groep van professor Rup Lal aan die Universiteit van Delhi aangesluit , waar sy gewerk het aan die molekulêre analise van die lin gene betrokke by heksakloorsikloheksaan (HCH)-afbraak en die filogenetiese analise en herklassifikasie van die drie groot HCH-afbrekende bakterieë en het in 2005 'n Ph.D. in molekulêre biologie. Sy het in 2006 as postdoktorale genoot by CSIRO Entomology aangesluit om te werk op die gebied van mikrobies verbeterde olieherwinning en die ensiematiese bioremediëring van sikliese organochloorreste. Vishakha Raina het haar meestersgraad in dierkunde met 'n spesialis in sel- en molekulêre biologie (1997 tot 1999) aan die Universiteit van Delhi voltooi. Later het sy haar Ph.D. in molekulêre biologie onder professor Rup Lal aan die Universiteit van Delhi (1999 tot 2004), waar sy gewerk het aan die fisiologie en genetika van 'n heksachloorsikloheksaan (HCH) -degraderende mikrobe, Sphingobium indicum B90A, en die toepassings daarvan vir die bioremediëring van HCH-besmette gronde. Gedurende hierdie tyd besoek sy EPFL, Lausanne, Switserland (Julie tot Desember 2001) as 'n genoot. Later het sy by die groep van Dr. Hans-Peter E. Kohler aangesluit as 'n nadoktorale genoot by EAWAG (Switserse Federale Instituut vir Akwatiese Wetenskap en Tegnologie), Duebendorf, Switserland (2005 tot 2007), waar sy breedvoerig aan die biochemie van HCH gewerk het. isomere. Sy het die metaboliese afbraakweë van alle HCH-isomere in Sphingobium indicum B90A. Sy werk al vir 10 jaar aan plaagdoderafbraak. Tans is sy 'n Assistent Professor by KIIT Universiteit, Orissa, Indië. Hans-Peter E. Kohler is 'n senior wetenskaplike by die Swiss Federal Institute of Aquatic Science and Technology (EAWAG). Hy het 'n M.S. in biochemie aan die Switserse Federale Instituut vir Tegnologie (ETHZ), Zürich, Switserland (1980), en 'n Ph.D. in mikrobiologie aan ETHZ (1986). Sedert 1998 staan ​​hy aan die hoof van die navorsingsgroep Environmental Biochemistry van die Departement van Omgewingsmikrobiologie by EAWAG. In 1998 was hy 'n besoekende navorsingsprofessor by die Departement Mikrobiologie en die Sentrum vir Globale en Streeksomgewingsnavorsing (CGRER) van die Universiteit van Iowa. Sy primêre navorsingsbelangstellings sluit in mikrobiese agteruitgang en die omgewingsbestemming van weerbarstige organiese besoedelstowwe, biochemie van mono- en dioxygenases, en mikrobiese transformasie van chirale verbindings. In die besonder is die toeligting van mikrobiese afbreekpaaie, isolasie en karakterisering van bekwame mikrobes, en die identifisering en karakterisering van belangrike ensieme sy sentrale navorsingstemas. Die navorsing van Dr. Christof Holliger is gebore in Zürich, Switserland. Hy studeer aan die Switserse Federale Instituut vir Tegnologie in Zürich (ETHZ) en ontvang sy diploma in biologie in 1984. Hy het sy Ph.D. van die Agricultural University, Wageningen, Nederland, in 1992, met 'n proefskrif oor reduktiewe deklorering deur anaërobiese bakterieë. Hy is in 1992 aangestel as groepleier by die Swiss Institute of Aquatic Research (EAWAG) en Assistant Professor in 1998 by die Swiss Federal Institute of Technology in Lausanne (EPFL), Switserland. In 2004 is hy bevorder tot medeprofessor by dieselfde instelling. Sy navorsingsbelangstellings is die molekulêre biologie, genetika, biochemie, fisiologie, sowel as mikrobiese ekologie van bakterieë wat gechloreerde verbindings afbreek. Daarbenewens ondersoek en ontwikkel die laboratorium wat hy aan die hoof is, prosesse wat afvalwater, vaste afval en afvalgas behandel met 'n spesiale klem op die betrokke mikrobiese konsortia. Colin Jackson is in Hamilton, Nieu-Seeland, gebore en het sy B.Sc. (Hons) in 2002 van die Universiteit van Otago. In 2006 voltooi hy sy Ph.D. onder toesig van professor David Ollis aan die Australian National University. Daarna voltooi hy 'n kort postdoktorale genootskap onder dr John G. Oakeshott by die Commonwealth Scientific and Industrial Research Organization (CSIRO, Australië) voordat hy as onbepaalde navorsingswetenskaplike by CSIRO aangestel word. Hy is tans met verlof om 'n Marie Curie Navorsingsgenootskap by die Institut de Biologie Structurale in Grenoble, Frankryk, op te neem. Hy is breed geïnteresseerd in die strukturele en chemiese determinante van ensiemkatalise en ensiemingenieurswese. John G. Oakeshott is die Hoofwetenskaplike by die Afdeling Entomologie van Australië se Statebond Wetenskaplike en Nywerheidsnavorsingsorganisasie (CSIRO). Sy kundigheid lê in ensiembiochemie, molekulêre biologie en genomika, en hy het baie van sy werk oor die afgelope 20 jaar gefokus op plaagdoder-afbrekende ensieme van beide prokariote en eukariote. Hy het 'n langtermyn fundamentele belangstelling in molekulêre evolusie en in die besonder die middele waardeur kwalitatief nuwe biochemiese funksies ontstaan. Hy het egter ook sterk toegepaste belangstellings en het projekte gelei om vrye-ensiem bioremediëringstegnologieë te ontwikkel vir die verwydering van plaagdoderreste van besmette vloeistowwe en benatbare oppervlaktes. John het meer as 170 referate gepubliseer, insluitend meer as 130 in ISI-genoteerde joernale (meer as 3 500 aanhalings), plus byna 20 patente/patentaansoeke. John het jare lank gedien in Australië se toppunt van regulerende komitees vir gene -tegnologie en is lid van die Australiese Akademie vir Tegnologiese Wetenskappe en Ingenieurswese.

Inleiding

Die aarde is na raming 4,6 biljoen jaar oud, maar vir die eerste 2 biljoen jaar het die atmosfeer 'n gebrek aan suurstof gehad, waarsonder die aarde nie lewe soos ons dit ken kon onderhou nie. Een hipotese oor hoe lewe op aarde ontstaan ​​het, behels die konsep van 'n "oersop". Hierdie idee stel voor dat lewe in 'n watermassa begin het toe metale en gasse uit die atmosfeer gekombineer word met 'n bron van energie, soos weerlig of ultraviolet lig, om die koolstofverbindings te vorm wat die chemiese boustene van lewe is. In 1952 het Stanley Miller (1930–2007), 'n nagraadse student aan die Universiteit van Chicago, en sy professor Harold Urey (1893–1981), begin om hierdie hipotese te bevestig in 'n nou bekende eksperiment. Miller en Urey het wat hulle geglo het die hoofkomponente van die aarde se vroeë atmosfeer was – water (H2O), metaan (CH4), waterstof (H2), en ammoniak (NH3)—en dit in 'n steriele fles verseël. Vervolgens het hulle die fles verhit om waterdamp te produseer en elektriese vonke deur die mengsel gevoer om weerlig in die atmosfeer na te boots (Figuur 7.1). Toe hulle 'n week later die inhoud van die fles ontleed het, het hulle aminosure gevind, die strukturele eenhede van proteïene - molekules wat noodsaaklik is vir die funksie van alle organismes.

As 'n Amazon Associate verdien ons uit kwalifiserende aankope.

Wil jy hierdie boek aanhaal, deel of wysig? Hierdie boek is Creative Commons Attribution License 4.0 en jy moet OpenStax toeskryf.

    As jy die hele of 'n gedeelte van hierdie boek in 'n gedrukte formaat herverdeel, moet jy die volgende erkenning op elke fisiese bladsy insluit:

  • Gebruik die inligting hieronder om 'n aanhaling te genereer. Ons beveel aan om 'n aanhalingsinstrument soos hierdie te gebruik.
    • Skrywers: Nina Parker, Mark Schneegurt, Anh-Hue Thi Tu, Philip Lister, Brian M. Forster
    • Uitgewer/webwerf: OpenStax
    • Boektitel: Mikrobiologie
    • Publikasiedatum: 1 November 2016
    • Plek: Houston, Texas
    • Boek URL: https://openstax.org/books/microbiology/pages/1-introduction
    • Afdeling URL: https://openstax.org/books/microbiology/pages/7-introduction

    © 20 Augustus 2020 OpenStax. Handboekinhoud wat deur OpenStax vervaardig word, is gelisensieer onder 'n Creative Commons Attribution License 4.0-lisensie. Die OpenStax-naam, OpenStax-logo, OpenStax-boekomslae, OpenStax CNX-naam en OpenStax CNX-logo is nie onderhewig aan die Creative Commons-lisensie nie en mag nie sonder die vooraf en uitdruklike skriftelike toestemming van Rice University gereproduseer word nie.


    Kursusse

    Mikrobiese Biologie

    PLANTBI 10 Plante, Landbou en Samelewing 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2019
    Veranderende patrone van landbou met betrekking tot bevolkingsgroei, die biologie en sosiale impak van plantsiekte, genetiese manipulasie van plante: 'n duisend jaar van oesverbetering en moderne biotegnologie, interaksies tussen plante en die omgewing, en die uitwerking van menslike industriële en landbou-aktiwiteite op plant-ekosisteme. Kennis van die fisiese wetenskappe word nie vereis of veronderstel nie.
    Plante, Landbou en Samelewing: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Staskawicz, David Zilberman

    PLANTBI 11 Fungi, Geskiedenis en Samelewing 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2020, Lente 2019, Lente 2018
    Swamme het deur die geskiedenis heen op beide positiewe en negatiewe maniere met mense omgegaan. Hierdie interaksies het die produksie van voedsel, medisyne, brandstof, plant- en dieresiektes, verrotting, allergieë en verstandsveranderende middels ingesluit.
    Swamme, geskiedenis en samelewing: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Bruns, Taylor

    PLANTBI 20 Inleiding tot die Plantwetenskappe by Berkeley 1 Eenheid

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2019
    Hierdie kursus sal besprekings insluit oor die akademiese pad (kursusse) wat nodig is vir die Genetika en Plantbiologie hoofvak 'n inleiding tot hulpbronne en fasiliteite vir studies van die plantwetenskappe by Berkeley, soos die Universiteit Herbarium en die Botaniese Tuin 'n verkenning van plantwetenskap verwant. loopbane, insluitend aanbiedings van gassprekers wat in organiese boerdery werk, regering, en koöperatiewe uitbreiding praatjies deur fakulteite oor hul huidige navorsing, en inligting oor hoe om navorsing te doen in 'n laboratorium.
    Inleiding tot die Plantwetenskappe by Berkeley: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Alternatief vir finale eksamen.

    Instrukteurs: Feldman, Staskawicz

    PLANTBI 22 Mikrobiese Vriende en Vyande 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2016, Herfs 2014, Herfs 2013
    Alhoewel dit dikwels onsigbaar is, is mikrobes oral! Hierdie kursus bied 'n oorsig van die voordelige en skadelike rolle wat mikrobes speel, insluitend virusse, archaea, bakterieë, protiste en swamme. Ons sal mikrobes in terrestriële, mariene en uiterste omgewings ondersoek en hul funksies in ekosisteemgesondheid en klimaatsverandering bespreek. Daarbenewens sal ons die diepgaande uitwerking van mikrobes op die verloop van die geskiedenis deur hul uitwerking op landbou en menslike gesondheid ondersoek.
    Mikrobiese vriende en vyande: Lees meer [+]

    Doelwitte en uitkomste

    Kursusdoelwitte: Verstaan ​​ooreenkomste en verskille tussen virusse, archaea, bakterieë, protiste en swamme.
    Verstaan ​​beide voordelige en skadelike funksies van mikrobes in die daaglikse lewe.
    Evalueer data en eise wat verband hou met mikrobes in werklike situasies soos siekterisiko, probiotiese doeltreffendheid en klimaatsverandering.
    Verstaan ​​hoe molekulêre eienskappe en gedrag van mikrobes bepaal hoe hulle met hul omgewing en met ander organismes in wisselwerking tree

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Somer:
    6 weke - 6 uur lesing en 3 uur bespreking per week
    8 weke - 4 uur lesing en 2 uur bespreking per week
    10 weke - 3 uur lesing en 1,5 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Glas Ryan Saad

    PLANTBI 24 Eerstejaarseminaar 1 Eenheid

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Lente 2021, Herfs 2020
    Lees en bespreking met Plant- en Mikrobiese Biologie-fakulteit oor huidige navorsing en onderwerpe in plant- en mikrobiese biologie. Onderwerpe wat bespreek kan word sluit in mikrobiese biologie, plantgenetika, plantontwikkeling, plantpatologie, landboubiotegnologie en genetiese ingenieurswese. Ideaal vir studente wat 'n hoofvak in die Departement Plant- en Mikrobiese Biologie oorweeg. Inskrywing is beperk tot 20 eerstejaars.
    Eerstejaarseminaar: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1 uur seminaar per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Finale eksamen vereis.

    PLANTBI 39E Eerstejaars/Sophomore Seminaar 2 - 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2012
    Eerstejaar- en tweedejaarseminare bied laerafdelingstudente die geleentheid om 'n intellektuele onderwerp saam met 'n fakulteitslid en 'n groep eweknieë in 'n klein-seminaar-omgewing te verken. Hierdie seminare word in alle kampusdepartemente aangebied. Onderwerpe verskil van departement tot departement en van semester tot semester. Inskrywingslimiete word deur die fakulteit vasgestel, maar die voorgestelde limiet is 25.
    Eerstejaars/Sophomore Seminaar: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Herhaal reëls: Kursus kan sonder beperking herhaal word vir krediet.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2-4 uur seminaar per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Die graderingsopsie sal deur die instrukteur besluit word wanneer die klas aangebied word. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Lindow

    PLANTBI 40 Die (Geheime) Lewe van Plante 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    Dek kontemporêre onderwerpe in plantbiologie. Ondersoek hoe plante groei, reproduseer en reageer op die omgewing (bv. op lig) op maniere wat verskil van diere. Bied basiese beginsels van genetika, sel en molekulêre biologie aan. Die basiese beginsels van genetiese ingenieurswese en biotegnologie openbaar hoe dit gebruik word om plante te verander, en hierdie sosiaal relevante kwessies word beoordeel. Sluit besoek aan moderne plantbiologie-navorsingslaboratorium en aspekte van plantsiekte en -diversiteit in. Kennis van die fisiese wetenskappe nie vereis of veronderstel nie.
    Die (geheime) lewe van plante: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Somer: 8 weke - 4 uur lesing en 2 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Zambryski

    PLANTBI 84 Sophomore Seminaar 1 of 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2011, Lente 2010, Lente 2009
    Sophomore-seminare is klein interaktiewe kursusse wat deur fakulteitslede in departemente regoor die kampus aangebied word. Tweedejaarseminare bied geleentheid vir noue, gereelde intellektuele kontak tussen fakulteitslede en studente in die deurslaggewende tweede jaar. Die onderwerpe verskil van departement tot departement en semester tot semester. Inskrywing beperk tot 15 tweedejaars.
    Tweede Seminaar: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Na goeddunke van instrukteur

    Herhaal reëls: Kursus kan herhaal word vir krediet wanneer onderwerp verander.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente:
    5 weke - 3-6 ure seminaar per week
    10 weke - 1,5-3 uur seminaar per week
    15 weke - 1-2 uur seminaar per week

    Somer:
    6 weke - 2,5-5 uur seminaar per week
    8 weke - 1,5-3,5 uur seminaar en 2-4 uur seminaar per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Die graderingsopsie sal deur die instrukteur besluit word wanneer die klas aangebied word. Finale eksamen vereis.

    PLANTBI C96 Bestudeer die Biologiese Wetenskappe 1 Eenheid

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2019
    Studente sal bekendgestel word aan die "kultuur" van die biologiese wetenskappe, tesame met 'n diepgaande oriëntering tot die akademiese lewe en die kultuur van die universiteit soos dit verband hou met die hoofvak in biologie. Studente sal konsepte, vaardighede en inligting aanleer wat hulle in hul hoofkursusse en as toekomstige wetenskaplikes kan gebruik.
    Bestudeer die Biologiese Wetenskappe: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Toestemming van instrukteur

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Matsui

    Ook gelys as: INTEGBI C96/MCELLBI C96

    PLANTBI 98 Gerigte Groepstudie 1 - 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2015, Herfs 2014, Lente 2014
    Lesings en kleingroepbesprekings wat fokus op onderwerpe van belang, wat van semester tot semester verskil.
    Gerigte groepstudie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Herhaal reëls: Kursus kan sonder beperking herhaal word vir krediet.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1-3 uur gerigte groepstudie per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Finale eksamen nie vereis nie.

    PLANTBI 99 Onafhanklike Studie en Navorsing onder toesig 1 - 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2016, Herfs 2015, Lente 2015
    Laer afdeling onafhanklike studie en navorsing bedoel vir die akademies voortreflike student. Inskrywing slegs met vooraf goedkeuring van die fakulteitsadviseur wat die navorsing rig.
    Onafhanklike studie en navorsing onder toesig: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: GPA van 3.4 of hoër laer afdeling status

    Kredietbeperkings: Inskrywing is beperk, sien die afdeling oor Akademiese Beleid-Kursusnommergids in die Berkeley-gids.

    Herhaal reëls: Kursus kan sonder beperking herhaal word vir krediet.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1-3 uur onafhanklike studie per week

    Somer:
    6 weke - 2,5-8 uur onafhanklike studie per week
    8 weke - 1,5-6 uur onafhanklike studie per week
    10 weke - 1,5-4,5 uur selfstandige studie per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Finale eksamen nie vereis nie.

    PLANTBI 101L Eksperimentele Plantbiologie Laboratorium 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    Studente sal state-of-the-art navorsing doen om 'n belangrike vraag in moderne plantbiologie aan te spreek. Die eksperimentele vordering stel studente bloot aan 'n verskeidenheid moderne molekulêre benaderings en tegnieke. Eksperimentele ontwerp, data-verkryging en ontleding van die student se werklike eksperimentele data word beklemtoon. Navorsingsresultate sal in skriftelike en mondelinge formate aangebied word soortgelyk aan dié wat in navorsingslaboratoriums gebruik word.
    Eksperimentele Plantbiologie Laboratorium: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B Plant- en Mikrobiese Biologie 135, 150 en 160 (kan gelyktydig geneem word)

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 6 uur laboratorium en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Wildermuth

    PLANTBI C103 Bakteriële Patogenese 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    Hierdie kursus vir hoërafdeling en gegradueerde studente sal die molekulêre en sellulêre basis van mikrobiese patogenese ondersoek. Die kursus sal fokus op model mikrobiese sisteme wat meganismes van patogenese illustreer. Die meeste van die klem sal op bakteriële patogene van soogdiere wees, maar daar sal 'n mate van bespreking van virale en protosoë patogene wees. Daar sal klem gelê word op eksperimentele benaderings. Die kursus sal ook sekere aspekte van bakteriële genetika en fisiologie, immuunrespons op infeksie, en die selbiologie van gasheer-parasiet-interaksies insluit.
    Bakteriële patogenese: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: MCELLBI 100, 102 of toestemming van instrukteur

    Kredietbeperkings: Studente sal geen krediet vir MCELLBI C103 ontvang nadat hulle PB HLTH 262 voltooi het nie.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Portnoy

    Ook gelys as: MCELLBI C103

    PLANTBI 104L Ontdekkingsgebaseerde Navorsing in Mikrobiologie 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Somer 2019 Eerste 6 weke Sessie, Somer 2018 Eerste 6 weke Sessie, Somer 2010 10 weke Sessie
    'n Inleiding tot mikrobiologie-navorsing waarin studente geen-uitklophoue in Caulobacter genereer en die mutante-fenotipes analiseer. Elke student sal een geen van bekende funksie en een geen met onbekende funksie ontwrig. Studente sal lesings bywoon wat fokus op die tegnieke wat gebruik moet word en eksperimente onder toesig uitvoer. Hierdie kursus kan geneem word deur studente met geen vorige laboratorium-ervaring om hulle bloot te stel aan ontdekking-georiënteerde navorsing.
    Ontdekkingsgebaseerde navorsing in mikrobiologie: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Somer:
    6 weke - 3 uur lesing en 7,5 uur laboratorium per week
    10 weke - 1,5 uur lesing en 4,5 uur laboratorium per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Ryan

    PLANTBI C107L Beginsels van plantmorfologie met laboratorium 4 eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2019, Herfs 2017, Herfs 2016
    'n Ontleding van die strukturele diversiteit van landplante met die klem op die ontwikkelingsmeganismes wat verantwoordelik is vir hierdie variasie in morfologie en die betekenis van hierdie diversiteit in verhouding tot aanpassing en evolusie.
    Beginsels van plantmorfologie met laboratorium: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1 uur lesing, 1 uur bespreking en 4 uur laboratorium per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Specht

    Ook gelys as: INTEGBI C107L

    PLANTBI C109 Evolusie en Ekologie van Ontwikkeling 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2019, Herfs 2018, Herfs 2016
    Van die seeperd se liggaam tot die venusvlieëvanger se kake tot die menslike brein, die natuur is vol wonderlike aanpassings. Hierdie interdissiplinêre kursus ondersoek hoe en waarom sulke biodiversiteit ontwikkel, asook wat diversiteit beperk. Lesings en gevallestudies sal fokus op kernkonsepte, onlangse vooruitgang en integrerende benaderings, met spesiale klem op die wisselwerking tussen geenregulerende netwerke, die omgewing en bevolkingsgenetika.
    Evolusie en ekologie van ontwikkeling: Lees meer [+]

    Doelwitte en uitkomste

    Studente Leeruitkomste: • Verduidelik hoe 'n interdissiplinêre benadering wat genetika, ontwikkeling, evolusionêr behels
    biologie, en ekologie kan gebruik word om die prosesse te verstaan ​​wat patrone van genereer
    biodiversiteit.
    • Lys en beskryf hoofvrae, bevindinge en eksperimentele benaderings op die gebied van
    ekologiese en evolusionêre ontwikkelingsbiologie.
    • Bespreek biologiese navorsing deur gespesialiseerde terminologie te gebruik en verdedig jou menings.
    • Die primêre wetenskaplike literatuur krities te evalueer en te interpreteer.
    • Kombineer feitelike materiaal met deduktiewe redenasie om hipoteses en toekoms voor te stel
    navorsingsrigtings

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: BIOLOGIE 1A en 1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Alternatief vir finale eksamen.

    Instrukteur: Swart man

    Ook gelys as: INTEGBI C109

    PLANTBI C110L Biologie van Fungi met Laboratorium 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2016
    Geselekteerde aspekte van swamme: hul struktuur, voortplanting, fisiologie, ekologie, genetika en evolusie hul rol in plantsiekte, menslike welsyn en industrie. Selfs herfssemesters aangebied.
    Biologie van fungi met laboratorium: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing en 6 uur laboratorium per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Bruns, Taylor

    Ook gelys as: INTEGBI C110L

    PLANTBI C112 Algemene Mikrobiologie 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: herfs 2021, somer 2021 10 weke sessie, herfs 2020
    Hierdie kursus sal die molekulêre basisse vir fisiologiese en biochemiese diversiteit onder lede van die twee hoofdomeine, Bacteria en Archaea, ondersoek. Die ekologiese betekenis en evolusionêre oorsprong van hierdie diversiteit sal bespreek word. Molekulêre, genetiese en struktuurfunksie-ontledings van mikrobiese selsiklusse, adaptiewe response, metaboliese vermoë en makromolekulêre sinteses sal beklemtoon word.
    Algemene Mikrobiologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A en 1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Somer: 10 weke - 5 uur lesing en 1,5 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Ryan

    Ook gelys as: MCELLBI C112

    PLANTBI C112L Algemene Mikrobiologie Laboratorium 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: herfs 2021, somer 2021 10 weke sessie, lente 2021
    Eksperimentele tegnieke van mikrobiologie ontwerp om die lesing in C112 en C148 te vergesel. Die primêre klem in die laboratorium sal wees op die kweek en fisiologiese en genetiese karakterisering van bakterieë. Laboratoriumoefeninge sal die waarneming, verryking en isolasie van bakterieë uit geselekteerde omgewings insluit.
    Algemene Mikrobiologie Laboratorium: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: C112 (kan gelyktydig geneem word)

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 4 uur laboratorium en 1 uur bespreking per week

    Somer: 10 weke - 6 uur laboratorium en 1,5 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen nie vereis nie.

    Instrukteurs: Komeili, Traxler

    Ook gelys as: MCELLBI C112L

    PLANTBI 113 California Mushrooms 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2019, Herfs 2017, Herfs 2015
    Dit is 'n praktiese klas in die identifisering van makroswamme. Klem sal val op laboratoriumwerk met vars en gedroogde swamme. Kort lesings aan die begin van laboratoriums fokus op sampioensistematiek, versamelingstegnieke en identifikasie. Drie naweekuitstappies word vereis bykomend tot die weeklikse laboratorium. Vorige kursuservaring met swamme word aanbeveel, maar nie nodig nie. Grade is gebaseer op toetse en 'n versameling.
    California Mushrooms: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Toestemming van instrukteur

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur laboratorium en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Bruns

    PLANTBI C114 Inleiding tot Vergelykende Virologie 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    Hierdie kursus sal 'n vergelykende oorsig gee van viruslewensiklusse en strategieë wat virusse gebruik om te infekteer en in gashere te repliseer. Ons sal virusstruktuur en klassifikasie en die molekulêre basis van virale voortplanting, evolusie, samestelling en virus-gasheer-interaksies bespreek. Algemene kenmerke wat gebruik word tydens virusreplikasie en gasheer sellulêre reaksies op infeksie sal gedek word. Onderwerpe wat ook ingesluit is, is algemene en opkomende virussiektes, hul beheer en faktore wat hul verspreiding beïnvloed.
    Inleiding tot Vergelykende Virologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Inleidende chemie (Chemie 1A of 3A-3B of ekwivalent) en inleidende biologie (Biologie 1A, 1AL en 1B of ekwivalent) en algemene biochemie (Molekulêre en Selbiologie C100A of ekwivalent--verkieslik voltooi maar kan gelyktydig geneem word)

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 1,5 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Glaunsinger

    Ook gelys as: ESPM C138/MCELLBI C114

    PLANTBI C116 Mikrobiese Diversiteit 3 ​​Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2019
    Hierdie kursus vir hoër-afdeling en gegradueerde studente sal breedweg talle tipes mikrobiese organismes, beide prokariote en eukariote ondersoek, deur 'n filogenetiese raamwerk te gebruik om die konsep van "biodiversiteit" te organiseer. Klem sal val op die evolusionêre ontwikkeling van die baie biochemiese temas, hoe hulle vorm ons biosfeer, en die organismes wat die globale biochemie beïnvloed. Molekulêre meganismes wat in verskillende afstammelinge voorkom, sal vergelyk en gekontrasteer word om fundamentele biologiese strategieë te illustreer. Nagraadse studente moet ook inskryf vir C216, Mikrobiese Diversiteitswerkswinkel.
    Mikrobiese diversiteit: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Bo-afdeling staan. C112 of toestemming van instrukteur en organiese chemie (kan gelyktydig geneem word)

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Coates

    Voorheen bekend as: 116

    Ook gelys as: MCELLBI C116

    PLANTBI 120 Biologie van alge 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2020, Lente 2018, Lente 2016
    Algemene biologie van varswater- en mariene alge, wat huidige navorsing beklemtoon en filogenie, ekologie, fisiologie, genetika en molekulêre biologie integreer.
    Biologie van alge: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B. Gelyktydige registrasie in 120L word aanbeveel

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Niyogi

    PLANTBI 120L Laboratorium vir Biologie van Alge 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2020, Lente 2018, Lente 2016
    Laboratoria sluit in studie van verteenwoordigende tipes, identifikasie van monsters wat tydens verskeie velduitstappies versamel is, en eksperimente oor ontwikkeling, fisiologie en molekulêre genetika.
    Laboratorium vir Biologie van Alge: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B. Moet gelyktydig met 120 geneem word

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 4 uur laboratorium per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen nie vereis nie.

    Instrukteur: Niyogi

    PLANTBI 122 Bio-energie 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2017
    Bied 'n beoordeling van globale energieaanbod en -vraag, spreek die chemie van klimaatsverandering aan, ondersoek die reaksie van plante en mikrobes op veranderinge in die omgewing, en beklemtoon die rol van biologie en fotosintese om oplossings vir verwante energie- en samelewingsprobleme te bied. Bio-energie word ondersoek vanuit die oogpunt van potensiële biobrandstof, insluitend aspekte van die biologiese generering van waterstof, koolwaterstowwe, vetsure, lipiede, en bio-olies, polimere en verwante materiale.
    Bio-energie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A en 1B Chemie 3B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Melis

    PLANTBI C124 Die Berkeley-lesings oor energie: energie uit biomassa 3 eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2015, Herfs 2014, Herfs 2013
    Na 'n inleiding tot die verskillende aspekte van ons globale energieverbruik, sal die kursus fokus op die rol van biomassa. Die kursus sal illustreer hoe die globale skaal van energie die biomassa-navorsing rig. Klem sal gelê word op die integrasie van die biologiese aspekte (gewaskeuse, oes, berging en verspreiding, en chemiese samestelling van biomassa) met die chemiese aspekte om biomassa na energie om te skakel. Die kursus het ten doel om studente te betrek by die nuutste navorsing.
    Die Berkeley-lesings oor energie: energie uit biomassa: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Chemie 1B of Chemie 4B, Wiskunde 1B, Biologie 1A

    Herhaal reëls: Kursus kan herhaal word vir krediet onder spesiale omstandighede: Herhaalbaar wanneer onderwerp verander met toestemming van instrukteur.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Bell, Blanch, Clark, Smit, C. Somerville

    Ook gelys as: BIO ENG C181/CHEM C138/CHM ENG C195A

    PLANTBI C134 Chromosoombiologie/Sitogenetika 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2019, Lente 2018
    Opname van gedrag, struktuur en funksie van chromosome met die klem op gedrag in model organismes. Onderwerpe sluit in mitose, meiose, chromosoomafwykings, genoomfunksie, dosiskompensasie, transposons, herhalende DNA en moderne sitologiese beelding.
    Chromosoombiologie/sitogenetika: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Dernburg, Karpen

    Ook gelys as: MCELLBI C134

    PLANTBI 135 Fisiologie en Biochemie van Plante 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2019
    'n Studie van fisiologiese en biochemiese prosesse in hoër plante, insluitend waterverhoudings, ioonvervoer en hormoonfisiologie fotosintese (ligbenutting en koolstofassimilasie), stikstof- en swaelmetabolisme en plantspesifieke biosintetiese weë.
    Fisiologie en Biochemie van Plante: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Melis, Terry

    PLANTBI C148 Mikrobiese Genomika en Genetika 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    Kursus beklemtoon bakteriese en argaeale genetika en vergelykende genomika. Genetika en genomiese metodes wat gebruik word om metaboliese en ontwikkelingsprosesse in bakterieë, archaea en geselekteerde mikrobiese eukariote te dissekteer. Genetiese meganismes geïntegreer met genomiese inligting om integrasie en diversiteit van mikrobiese prosesse aan te spreek. Inleiding tot die gebruik van rekenaargereedskap vir 'n vergelykende analise van mikrobiese genome en die bepaling van verwantskappe tussen bakterieë, argaea en mikrobiese eukariote.
    Mikrobiese genomika en genetika: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Molekulêre en Selbiologie C100A/Chemie C130 of Molekulêre en Selbiologie 102

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Somer:
    8 weke - 6 uur lesing en 2 uur bespreking per week
    10 weke - 5 uur lesing en 1,5 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Brenner, Taga

    Ook gelys as: MCELLBI C148

    PLANTBI 150 Plantselbiologie 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Herfs 2019
    'n Inleiding tot die struktuur, dinamika en funksie van plantselle: organelstruktuur en ontwikkeling intrasellulêre handel in klein en makromolekules sellulêre seinseldeling en -spesialisasie.
    Plantselbiologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Luan, Kwartel

    PLANTBI 160 Plant Molekulêre Genetika 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    'n Oorweging van plantgenetika en molekulêre biologie. Onderwerpe sluit in beginsels van genomika en geenfunksionele analise-regulering van geenuitdrukking in reaksie op omgewings- en ontwikkelingstimuli intersellulêre en intrasellulêre seinweë en die molekulêre en genetiese basis vir die uitsonderlike sellulêre en ontwikkelingstrategieë wat deur plante aangeneem word.
    Plant Molekulêre Genetika: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 1 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Fletcher, Daniel Zilberman

    PLANTBI 165 Plant-Mikrobe Interaksies 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2021, Lente 2020, Lente 2019
    Hierdie kursus sal onderwerpe in molekulêre plant-mikrobe-interaksies dek wat wissel van hoe mikrobes siektes veroorsaak tot hoe plante hulself verdedig. 'n Tweede doelwit van die kursus is om studente te betrek by die nuutste navorsing op die gebied van plant-mikrobe-interaksies.
    Plant-mikrobe-interaksies: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B, Statistiek 2 of 20 of 131A of Openbare Gesondheid 142. Voltooiing van 'n boonste afdeling plantbiologie en 'n boonste afdeling mikrobiologie kursus word aanbeveel

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Alternatief vir finale eksamen.

    Instrukteurs: Somerville, Baker, Lewis

    PLANTBI 170 Moderne toepassings van plantbiotegnologie 2 eenhede

    Bepalings aangebied: Lente 2013, Lente 2012, Lente 2010
    Hierdie kursus is ontwerp om studente bekend te stel aan die beginsels en toepassings van moderne plantbiotegnologie. Basiese konsepte van moderne landbou sal hersien word in die lig van opkomende biotegnologie-toepassings. Klem sal geplaas word op die begrip van die gereedskap en strategieë wat betrokke is by die optimalisering van plantproduktiwiteit.
    Moderne toepassings van plantbiotegnologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteurs: Baker, Somerville

    PLANTBI 177 Kommunikasie van Kwantitatiewe Inligting 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Voor 2007
    Hierdie kursus sal verskeie aspekte van die kommunikasie van kwantitatiewe inligting dek, met 'n primêre fokus op visualiserings vir publikasies, aanbiedings en plakkate. Ander onderwerpe sluit in die deel van data en ontledings, soos nuwe publikasiemodelle en interaktiewe notaboeke, sowel as lewensiklusdatabestuur en publikasie. Primêre bespreking sal oor konseptuele kwessies wees, en daar sal van studente verwag word om verskeie stelsels en hulpbronne as selfgerigte tuisstudie te gebruik.
    Kommunikeer kwantitatiewe inligting: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Instrukteur Goedkeuring

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1,5 uur seminaar en 1,5 uur bespreking per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Alternatief vir finale eksamen.

    Instrukteur: Brenner

    PLANTBI 180 Omgewingsplantbiologie 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2019, Herfs 2017, Herfs 2015
    'n Geïntegreerde en multidissiplinêre benadering tot die studie van interaksies tussen plante en die omgewing. Stel fisiese parameters in die globale en mikro-omgewing bekend wat plantfunksie en molekulêre, sellulêre en ontwikkelingsaspekte van plantreaksie op suboptimale/ongunstige toestande beïnvloed. Onderliggende biochemie, fisiologie en molekulêre biologie van plantaanpassing en akklimatiseringsmeganismes. Ondersoek die gevolge van industriële aktiwiteit op plantgroei en produktiwiteit.
    Omgewingsplantbiologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Biologie 1A-1B

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Terry

    PLANTBI 185 Tegnieke in Ligmikroskopie 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2021, Herfs 2020, Lente 2019

    Die kursus sal 'n gedetailleerde oorsig wees van die praktyk van ligmikroskopie soos toegepas op wetenskaplike ondersoek. Die klem van die kursus sal wees op die korrekte en toepaslike gebruik van die ligmikroskoop vir biologiese wetenskaplikes, maar studente van ander dissiplines is welkom. Die kursus sal optiese mikroskoopteorie, mikroskoopkomponente en meganika, en optiese tegnieke dek, insluitend gedetailleerde beskrywings, demonstrasies en gebruik van al die moderne ligmikroskoopkontrasmetodes. Studente sal praktiese ondervinding in alle mikroskoop- en digitale beeldvormingstegnieke ontvang deur direkte onderrig en gebruik van instrumentasie in die College of Natural Resources Biological Imaging Facility.

    Tegnieke in ligmikroskopie: Lees meer [+]

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 3 uur lesing en 3 uur laboratorium per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Ruzin

    PLANTBI 190 Spesiale Onderwerpe in Plant- en Mikrobiese Biologie 1 - 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Somer 2014 Tweede 6 weke Sessie, Lente 2012, Lente 2011
    Hierdie klas is ontwerp om vaardighede te ontwikkel in kritiese ontleding van spesifieke plant- en/of mikrobiese biologie kwessies. Onderwerpe kan van semester tot semester verskil.
    Spesiale onderwerpe in plant- en mikrobiese biologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Boonste afdeling staan ​​of toestemming van instrukteur

    Herhaal reëls: Kursus kan herhaal word vir krediet wanneer onderwerp verander.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1-4 uur lesing per week

    Somer:
    6 weke - 3-10 uur lesing per week
    8 weke - 2-8 uur lesing per week
    10 weke - 1,5-6 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    PLANTBI C192 Molekulêre Benaderings tot Omgewingsprobleemoplossing 2 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2020, Lente 2019, Herfs 2018
    Seminaar waarin studente oorweeg hoe moderne biotegnologiese benaderings, insluitend rekombinante DNS-metodes, gebruik kan word om probleme op die gebied van bewaring, habitat- en bedreigde spesiebewaring, landbou en omgewingsbesoedeling te herken en op te los. Studente sal ook gevallestudies van omgewingsprobleme wat deur moderne molekulêre metodes opgelos word, ontwikkel en aanbied.
    Molekulêre benaderings tot omgewingsprobleemoplossing: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Junior of senior status in die Genetika en Plantbiologie of Mikrobiese Biologie hoofvak, of toestemming van instrukteur

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 2 uur lesing per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen vereis.

    Instrukteur: Lindow

    Voorheen bekend as: Omgewingwetenskap, beleid en bestuur 192

    Ook gelys as: ESPM C192

    PLANTBI H196 Honneursnavorsing - Plant- en Mikrobiese Biologie 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2016, Lente 2016, Herfs 2015
    Onder toesig van onafhanklike honneursnavorsing spesifiek tot aspekte van die plant- en mikrobiese biologie hoofvak, gevolg deur 'n mondelinge aanbieding en 'n skriftelike verslag. Honneursstudente moet twee semesters se navorsing voltooi.
    Honneursnavorsing - Plant- en Mikrobiese Biologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Boonste afdeling staan ​​en minimum GPA. Sien College of Natural Resources Honneurs webwerf vir huidige minimum GPA. http://nature.berkeley.edu/site/honors_program.php

    Herhaal reëls: Kursus kan sonder beperking herhaal word vir krediet.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1-4 uur onafhanklike studie per week

    Somer: 8 weke - 1,5-7,5 uur selfstandige studie per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Lettergraad. Finale eksamen nie vereis nie.

    PLANTBI 198 Gerigte Groepstudies in Plantbiologie 1 - 3 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2015, Herfs 2014, Lente 2014
    Groepstudies van geselekteerde onderwerpe.
    Gerigte Groepstudies in Plantbiologie: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Toestemming van instrukteur

    Herhaal reëls: Kursus kan sonder beperking herhaal word vir krediet.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 1-3 uur gerigte groepstudie per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Finale eksamen nie vereis nie.

    PLANTBI 199 Onafhanklike Studie en Navorsing onder toesig 1 - 4 Eenhede

    Bepalings aangebied: Herfs 2020, Herfs 2017, Herfs 2016
    Inskrywingsbeperkings is van toepassing, sien die Inleiding tot kursusse en kurrikulums-afdeling van hierdie katalogus.
    Onafhanklike studie en navorsing onder toesig: Lees meer [+]

    Reëls en Vereistes

    Voorvereistes: Toestemming van instrukteur se algehele GPA van 3.0

    Herhaal reëls: Kursus kan sonder beperking herhaal word vir krediet.

    Ure & Formaat

    Herfs en/of lente: 15 weke - 0 uur onafhanklike studie per week

    Somer:
    6 weke - 1-3 uur onafhanklike studie per week
    8 weke - 1-3 uur onafhanklike studie per week

    Bykomende besonderhede

    Vak-/kursusvlak: Plant- en Mikrobiese Biologie/Voorgraads

    Gradering/Eindeksamenstatus: Aangebied slegs vir slaag/nie slaaggraad nie. Finale eksamen nie vereis nie.


    7: Mikrobiese Biochemie - Biologie

    Die Biologie-afdeling bied verskeie klasse van sy kernkursus, 7.01x, aan.

    Alhoewel hierdie klasse almal dieselfde kernmateriaal dek, insluitend die fundamentele beginsels van biochemie, genetika, molekulêre biologie en selbiologie, het elke klas van die vak sy eie kenmerkende materiaal, wat hieronder beskryf word.

    Die kernmateriaal fokus op funksie op molekulêre vlak:

    • die struktuur en regulering van gene, en die struktuur en sintese van proteïene
    • hoe hierdie molekules in selle geïntegreer word
    • en hoe selle in meersellige stelsels en organismes geïntegreer word
    • en berekenings- en genomiese benaderings tot biologie.

    7.012 is 'n verkenning van gebiede van huidige navorsing in selbiologie, immunologie, neurobiologie, menslike genetika, ontwikkelingsbiologie en evolusie.

    7.012 Instrukteurs: Dr. Eric Lander, Direkteur, Breë Instituut & Professor in Biologie Dr. Robert Weinberg, Lid, Whitehead Instituut en Professor in Biologie.

    7.013se fokus is op die toepassing van die fundamentele beginsels vir 'n begrip van menslike biologie. Onderwerpe sluit in genetika selbiologie molekulêre biologie siekte (aansteeklike middels, oorgeërfde siektes en kanker), ontwikkelingsbiologie neurobiologie en evolusie.

    7.013 Instrukteurs: Dr. Hazel Sive, lid, Whitehead-instituut en professor in biologie dr. Tyler Jacks, direkteur, sentrum vir kankernavorsing en professor in biologie.

    7.014Hierdie klas se fokus is die toepassing van die fundamentele beginsels vir 'n begrip van mikroörganismes as geochemiese middels wat verantwoordelik is vir die evolusie en vernuwing van die biosfeer en van hul rol in menslike gesondheid en siektes. Onderwerpe sluit in biogeochemiese siklusse bevolkingsgroei ekosisteem ekologie mikrobiese diversiteit.

    7.014 Instrukteurs: Dr. Graham Walker, Professor in Biologie en HHMI Professor Dr. Sallie (Penny) Chisholm, Lee & Geraldine Martin Professor in Omgewingstudies en Professor in Biologie.


    Vyftig jaar van SBB: Die mees aangehaalde artikels vir elke jaar

    Hierdie virtuele spesiale uitgawe versamel die 51 mees aangehaalde navorsings-/oorsigartikels vir elk van die 50 jaar van die bestaan ​​van Grondbiologie en biochemie (1969-2019), volgens die aantal aanhalings wat op 31 Desember 2020 gemaak is, soos deur Scopus aangeteken. Hierdie sensusdatum – een jaar na die 50ste herdenking – is gekies omdat dit toegelaat het dat 12 maande se aanhalings na referate gepubliseer in 2019 opgebou kon word, en dat hierdie oefening binne die eerste maande van 2021 voltooi kon word, dus binne redelike tyd van die "Golden Anniversary"-jaar van SBB. Oor die eerste halfeeu van sy bestaan ​​het SBB sowat 10 059 navorsingsartikels, 162 oorsigartikels en 160 ander stukke gepubliseer.

    Navorsing wat die (mikro)biologie en biochemie van gronde oor hierdie tydperk behels, sluit die aanvanklike jare van waarskynlik die ware ontwikkeling van die dissipline in, wat gelei het tot die navorsingsopbloei wat in die 1990's ontstaan ​​het en tot die opkoms van molekulêre tegnieke wat 'n eksponensiële toename in die aantal referate gepubliseer - en waarskynlik 'n eweredige toename in die begrip van die biologiese basis van grondfunksionering.

    • Tydlyn van sleutelonderwerpe gedek deur die meeste aangehaalde referate vir elke jaar in SBB 1969-2019, gerangskik volgens frekwensie van dekking, dan alfabeties. Geel sones ondersteun die algehele reeks jare wat gedek word.

    Onderwerpe wat die grootste dekking gekry het in die mees aangehaalde referate is dié wat aan metodologie, mikrobiese biomassa en C-dinamika gewy is, met dié wat ensieme en N-dinamika behels wat ook veral gereeld voorkom. Die metodologievraestelle het hul bloeitydperk 1969-1997 gehad, met geen sedertdien nie.Ensiemologie het die grootste langlewendheid as 'n onderwerp, met sporadiese voorkoms vanaf 1969-2017, en C-dinamika 'n wye span van 1974-2016, met gereelde voorkoms gedurende hierdie tydperk. Enkelvoudige gevalle van onderwerpe is meer gereeld sedert 2014.

    • Woordwolk van alle sleutelwoorde wat gebruik word in titels van die mees aangehaalde referaat vir elke jaar in SBB 1969-2019. Grootte van woord weerspieël die frekwensie van gebruik oor hierdie tydperk.

    Gegewe die omvang van die joernaal, is dit nie verbasend dat 'grond' en 'mikrobiese' die dominante sleutelwoorde is. 'Biomassa' weerspieël die dominante rol wat hierdie konsep in die geskiedenis van die joernaal gespeel het, terwyl 'ensiem' ook gereeld voorkom, soos weerspieël in die onderwerptydlyn. Net so vir 'metode' en 'maat', wat fundamenteel is vir effektiewe studie van grondstelsels. Daar is dan 'n baie wye reeks minder gereelde terme, wat die diversiteit van die onderwerpe wat deur die mees aangehaalde referate gedek word, weerspieël. Onder hierdie minder gereelde terme is dit merkwaardig dat relatief min aandag aan meta-analise studies gegee is, ten spyte van die feit dat talle sulke studies gepubliseer is, veral in die laaste dekade en met inagneming van hul kwasi-oorsig-aard. Dit is ook opmerklik dat min aandag geskenk is aan metodes wat genetiese hulpmiddels gebruik vir die ontleding van grondmikrobiese gemeenskappe, wie se ontwikkeling eksponensieel was in die laaste twee dekades en wat as roetine-navorsingsinstrumente in baie grondmikrobiologie-laboratoriums geïnkorporeer is. Dit kan geregverdig word omdat baie van hierdie metodes by voorkeur in joernale gepubliseer is met 'n meer toegepaste fokus op grondmikrobiologie.

    Die rangorde van die mees aangehaalde artikels in elk van die 50 jaar van SBB-geskiedenis (Lys 1) stem nie altyd saam met die lys wanneer dit volgens die aantal aanhalings gerangskik is, ongeag die jaar van publikasie (Lys 2), en alhoewel dieselfde artikel in dieselfde posisie op beide lyste af en toe (veral gedurende die vroeë jare), kom dit nie altyd voor nie. Nietemin val die agt artikels wat die meeste aangehaal is deur die geskiedenis van die tydskrif saam met die artikels wat die meeste aangehaal is in die jaar van publikasie en word van 1 tot 8 gerangskik volgens die aantal aanhalings. Die mees aangehaalde artikel in die 50-jarige geskiedenis van Grondbiologie en Biochemie is die aantoonbaar seminale "An extraction method for measuring soil microbial biomass" deur Vance, Brookes en Jenkinson (1987) wat 7179 keer op die sensusdatum aangehaal is en wat , nie verbasend nie, was ook die mees aangehaalde artikel in die ooreenstemmende jaar van publikasie (1987).

    Slegs die top vyftien van die mees aangehaalde artikels elke jaar het meer as 1000 aanhalings gehad (reeks 1001-7179).

    Die aantal aanhalings gemaak van die mees aangehaalde artikels in elke jaar van publikasie is baie wisselvallig, en wissel tussen 7179 (Vance et al., 1987) tot 44 (Kuzyakov en Razavi, 2019). Natuurlik is die aantal aanhalings wat 'n artikel in die eerste twee of drie jaar na publikasie ontvang het oor die algemeen baie laag, en hoë getalle word gewoonlik eers na minstens vyf jaar bereik. Daar is egter 'n paar uitsonderings op hierdie algemene reël, soos die artikel deur Bünemann et al., gepubliseer in 2018, wat binne slegs twee jaar 332 aanhalings (41) het, waarskynlik omdat dit 'n oorsigartikel is en hierdie vorm van publikasie geneig is. om meer gereeld as navorsingsartikels aangehaal te word, ten minste op kort termyn. Dit gesê, slegs twaalf van die 50 artikels wat in hierdie samestelling ingesluit is, is resensieartikels. Veertien van die 51 mees aangehaalde referate in die jaar van publikasie is metodologiese referate, waarvan ses onder die toptien gerangskik is volgens die aantal aanhalings (wat wissel van 1623 tot 7176). Vyf van die ses artikels handel oor metodes om mikrobiese biomassa te meet, gepubliseer tussen die 1970's en 1990's (Vance et al., 1987 Brookes et al., 1982, 1985 Anderson en Domsch, 1978 Jenkinson en Powlson, 1976 en Wu et al., 1990, 1990, 1985. ). Die ander artikel behels die meting van ensiemaktiwiteit (fosfomonoesterase) en is in die eerste jaar van die bestaan ​​van die joernaal gepubliseer (Tabatabai en Bremner, 1969). Twee van die ander 4 artikels binne die toptien is oorsigartikels, een oor hoe biokooltoediening grondbiota beïnvloed, betreklik onlangs gepubliseer (Lehmann et al., 2011) en een oor die toksisiteit van metodes om mikroörganismes en grondmikrobiese prosesse te meet (Giller et al., 1998). Die finale artikel in die toptien (Kirschbaum, 1995) is nie streng 'n oorsigartikel nie, maar stem baie ooreen met een, aangesien die skrywer data van voorheen gepubliseerde referate gebruik het om die temperatuursensitiwiteit van organiese materiaal-ontbindingsprosesse en die implikasies vir globale klimaat te ontleed.

    Onder die top 15 vraestelle is daar twee ander resensies. Die eerste hiervan, gepubliseer deur Wrage et al. (2001) en die 11de plek, hersien die kennis op daardie stadium oor nitrifiseerder-denitrifikasie, met die doel om "'n presiese definisie te gee, bewustheid van die pad en beheerfaktore daarvan te versprei en om areas van navorsing te identifiseer wat nodig is om globale N2O-begrotings te verbeter". Die tweede resensie (geplaas 12de) is in 2002 deur Kögel-Knabner gepubliseer, en verskaf 'n oorsig van die hoeveelheid rommelinsette, die proporsie van verskeie dele van plante en hul onder- en bogrondse verspreiding, asook die verskillende verhoudings van plantweefsels wat as moedermateriaal vir die vorming van grondorganiese materiaal optree. Spesifieke klem word geplaas op die chemiese samestelling van die organiese materiaal moedermateriaal, met die doel om inligting te verskaf om die veranderinge wat plaasvind tydens biodegradasie van plantvullis in gronde te help identifiseer.

    In die voorgenoemde mees aangehaalde artikel van dié wat in die 50-jarige geskiedenis van SBB gepubliseer is (Vance et al., 1987), het die skrywers getoon dat die hoeveelheid C wat vrygestel word na beroking van grond met chloroform en direkte ekstraksie verband hou met mikrobiese biomassa C gemeet deur die beroking-inkubasiemetode soos oorspronklik beskryf deur Jenkinson en Powlson (1976) en deur die gemodifiseerde beroking-inkubasiemetode vir gebruik in suur gronde gepubliseer deur Vance et al., in SBB in 1987. Jenkinson en Powlson, (1976) was ook die mees aangehaalde artikel van dié wat in die jaar van publikasie in SBB gepubliseer is (1819 aanhalings). Verder, deur die verwantskap tussen organiese C wat na beroking onttrek is en biomassa N en ATP te ondersoek, het Jenkinson en Powlson ook getoon dat ATP en die C vrygestel deur chloroform afkomstig is van dieselfde mikrobiese biomassa, wat aandui dat die beroking-onttrekking metode geskik was vir grond mikrobiese biomassa te meet. Die metode het sedertdien die mees algemene manier geword om hierdie belangrike grondkomponent in laboratoriums wêreldwyd te meet.

    Van die mees aangehaalde artikels in die jaar van publikasie, is vyf ander oor die ontwikkeling of verbetering van metodes wat met grondmikrobiese biomassa verband hou, almal gepubliseer tussen 1978 en 1990. Gedurende hierdie jare was daar 'n groter belangstelling in die rol van grondmikro-organismes in organiese materiaal ontbinding en in voedingstofsiklusse, in natuurlike woude en grasvelde sowel as landbougrond. Metodes om P en N in mikrobiese biomassa te meet (Brookes et al., 1982 1985), of waarin een of ander aspek van die mikrobiese biomassameting gewysig of verbeter is (Anderson en Domsch, 1978 Voroney en Paul, 1984 Wu et al., 1990 ), is vinnig deur laboratoriums wêreldwyd aangeneem, en daarom het die aantal aanhalings ook vinnig toegeneem. Behalwe vir die studies deur Anderson en Domsch en dié deur Voroney en Paul, wat onderskeidelik in Duitsland (Institut für Bodenbiologie, Braunschweig), Kanada (Universiteit van Saskatchewan) en die VSA (Universiteit van Kalifornië Berkeley) uitgevoer is, was al die ander studies uitgevoer by Rothamsted Experimental Station (VK). David Jenkinson het byvoorbeeld 14 C-etikettering gebruik om plantontbinding te ondersoek en die bevindinge het gelei tot verskeie groot ontwikkelings, insluitend die tegniek om die hoeveelheid koolstof wat in die selle van lewende mikroörganismes in grond gehou word, te meet. Die behandeling van grondmikro-organismes as 'n enkele entiteit (waarna Jenkinson na verwys het as die "grondmikrobiese biomassa"), eerder as om klassieke mikrobiologiese tegnieke te gebruik om die verskillende spesies te identifiseer en te tel, was 'n revolusionêre stap en het die weg gebaan vir 'n nuwe golf navorsing oor grondbiologiese prosesse. Eers met David Powlson en toe met Phil Brookes, het David Jenkinson nuwe konsepte ontwikkel rakende die funksionering en oorlewing van grondmikrobes, en die bogenoemde mees aangehaalde artikels wat in SBB gepubliseer is, rapporteer sommige van hierdie studies. Benewens hierdie artikels, het die mees aangehaalde artikel wat in 1997 in SBB gepubliseer is (Beck et al., 1997) ook betrekking op metodes om mikrobiese biomassa te bepaal. Laasgenoemde was 'n vergelykende studie van tien verskillende weergawes van drie metodes om die C geassosieer met mikrobiese biomassa te meet wat in verskillende instellings in Duitsland gebruik word (beroking-inkubasie, beroking-onttrekking en substraat-geïnduseerde respirasie). Die skrywers het gevind dat die tien prosedures wat gebruik is om die mikrobiese biomassa C-inhoud van die studiegronde te bepaal baie soortgelyke resultate opgelewer het, maar hulle het ook gevind dat vergelyking van die data verkry deur die verskillende metodes wat in die verskillende laboratoriums gebruik is deur verskeie faktore (bv. grond-tot-grond variasie tussen die metodes en deur sistematiese effekte op die biomassametings wat gelei het tot oor- of onderskatting van waardes).

    Benewens metodes om die C, N en P te bepaal wat met mikrobiese biomassa geassosieer word, handel die ander metodologiese artikels oor die bepaling van diverse ensiemaktiwiteite, 'n onderwerp wat aan die einde van die 1970's groot belangstelling gewek het. Hierdie belangstelling is gehandhaaf tot in die 1990's, toe nuwe molekulêre tegnieke die vorige metodes na die tweede plek verskuif het. Drie van hierdie vyf artikels oor ensiemmeting is geskryf deur die navorsingsgroep onder leiding van professor Tabatabai, by Iowa State University, VSA. Hierdie groep was vir etlike jare baie aktief en het baie van die tans beskikbare toetse ontwikkel om ensiemaktiwiteit te meet. Die meeste van hierdie toetse is gebaseer op kolorimetriese meting van die p-nitrofenol vrygestel deur die werking van die ooreenstemmende ensiem. Die eerste van hierdie artikels (Tabatabai en Bremner, 1969), wat die gebruik van p-nitrofenielfosfaat om fosfomonoesterase-aktiwiteit te meet, is gepubliseer in die eerste volume van SBB, en is op die nommer 3 van die mees aangehaalde artikels gepubliseer in die geskiedenis van SBB. In die ander twee artikels wat in hierdie samestelling ingesluit is (Eivazi en Tabatabai, 1977 1988), beskryf die skrywers metodes vir die bepaling van ander fosfatases as fosfomonoesterase (1977) en vir die bepaling van glukosidases en galaktosidases (1988). Nog 'n artikel wat toegewy is aan metodes om ensiemaktiwiteite te meet, is dié deur Ladd en Butler (1972), wat metodes beskryf het om proteases en dipeptidases in grond te bepaal. Laastens, onder die metodologiese referate, is rang 48 'n artikel wat 'n vinnige prosedure beskryf vir die evaluering van dehidrogenase-aktiwiteit in gronde met lae organiese materiaalstatus (Klein et al., 1971). Die metodes om fosfatases, glukosidases en galaktosidases en proteases te bepaal is in baie ensiemologie-laboratoriums wêreldwyd gebruik, ten minste tot die publikasie van metodes wat die gelyktydige kwantifisering van verskeie ensieme in mikroplate moontlik maak en die gebruik van fluorogeniese substrate wat 4-metielumbelliferon (MUF) vrystel. -amino-4-metielkumarien (7-AMC) (Freeman et al., 1995 Marx et al., 2001 – 'n SBB-vraestel wat nie in hierdie gerangskiklyste is nie). Die gebruik van hierdie latere metodes het progressief toegeneem sedert hulle die eerste keer gepubliseer is.

    Soos reeds aangedui, dek die oorblywende artikels 'n wye verskeidenheid onderwerpe wat die wye reeks kwessies weerspieël wat wetenskaplikes geïnteresseerd het wat in die veld van grondbiologie en grondbiochemie werk oor die 50-jarige geskiedenis van die tydskrif. Oor die algemeen is dit egter onderwerpe wat oor die jare nie 'n aanhoudende vlak van belangstelling gehandhaaf het nie.

    Ten slotte is dit opmerklik dat die skrywers van nege van die mees aangehaalde referate oor die jaar van hul publikasie wat in hierdie samestelling ingesluit is, genooi is om deel te vorm van die Soil Biology & Biochemistry Citation Classics-reeks, geredigeer deur Richard Burns, en in 2004 bekendgestel. vir referate wat "'n verskil gemaak het" op grond van die aantal aanhalings wat die referaat ontvang het en met die veronderstelling dat dit beteken dat die bevindinge wat in die referaat gerapporteer is, gehelp het om daaropvolgende navorsing te begin en te interpreteer. Sestien Citation Classics is van 2004-2018 gepubliseer (Citation Classics I-XVI) en elkeen was gebaseer op een of meer SBB-artikels. Hierdie is gemerk met 'n BK-afkorting in die lyste hieronder.

    Die tien artikels uit hierdie samestelling wat in die Citation Classics-reeks ingesluit is, is: Brookes et al. (1982, 1985) en Vance et al. (1987) in Citation Classics I (Measuring soil microbial biomass) Kirschbaum (1995) in Citation Classics IV (Die temperatuurafhanklikheid van organiese-materie-ontbinding - steeds 'n onderwerp van debat) en V (Verwantskappe tussen grondrespirasie en grondvog) Giller et al. (1998) in Citation Classics VI (Swaar metale en grondmikrobes) Anderson en Domsch (1989) in Citation Classics VIII (Soil microbial biomass: The eco-physiological approach) Wu et al. (1990) in aanhaling Classics IX (Meet van grondmikrobiese biomassa deur 'n geoutomatiseerde prosedure) Frostegård et al. (1993) in Citation Classics X (Gebruik en misbruik van PLFA-metings in gronde) Six et al. (2000) in Citation Classics XII (Aggregaat-geassosieerde grondorganiese materiaal as 'n ekosisteem-eienskap en 'n meetinstrument) Kögel-Knabner (2002) in Citation Classics XIV (Die makromolekulêre organiese samestelling van plant- en mikrobiese residue as insette tot organiese materiaal in die grond: Veertien jaar later) en Wrage et al. (2001) in Citation Classics XVI (Die rol van nitrifiseerder denitrifikasie in die produksie van stikstofoksied herbesoek).

    Brandwonde R.G. 2016. Grondbiologie en biochemie-aanhaling Klassieke I-XIII (2004-2015). Soil Biology & Biochemistry 100, 276-277.

    Freeman C., Liska G., Ostle N.J., Jones S.E., Lock M.A. 1995. Die gebruik van fluorogeniese substrate vir die meting van ensiemaktiwiteit in veenlande. Plant en Grond 175, 147-152.

    Marx M.-C., Woods M. Jarvis S.C. 2001. 'n Mikroplaat-fluorimetriese toets vir die studie van ensiemdiversiteit in gronde. Soil Biology & Biochemistry 33, 1633-1640.

    Lys 1: Mees aangehaalde artikels vir elke jaar

    [Sensusdatum 31 Des 2020] BK dui op 'Citation Classic'

    Tabatabai, M.A., Bremner, J.M. 1969. Gebruik van p-nitrofenielfosfaat vir die bepaling van grondfosfatase-aktiwiteit. Soil Biology & Biochemistry 1(4), pp. 301-307. https://doi.org/10.1016/0038-0717(69)90012-1 Aangehaal: 2314.

    Kaufman, D.D., Blake, J. 1970. Degradasie van atrasien deur grondswamme. Soil Biology and Biochemistry 2(2), pp. 73-80. https://doi.org/10.1016/0038-0717(70)90010-6 Aangehaal: 107.

    Klein, D.A., Loh, T.C., Goulding, R.L. 1971. 'n Vinnige prosedure om die dehidrogenase-aktiwiteit van gronde laag in organiese materiaal te evalueer. Soil Biology & Biochemistry 3(4), pp. 385-387. https://doi.org/10.1016/0038-0717(71)90049-6 Aangehaal: 156.

    Ladd, J.N., Butler, J.H.A. 1972. Korttermyn-toetse van grondproteolitiese ensiemaktiwiteite deur proteïene en dipeptiedderivate as substrate te gebruik. Soil Biology & Biochemistry 4(1), pp. 19-30. https://doi.org/10.1016/0038-0717(72)90038-7 Aangehaal: 697.

    Hardy, R.W.F., Burns, R.C., Holsten, R.D. 1973. Toepassings van die asetileen-etileen-toets vir meting van stikstofbinding. Soil Biology & Biochemistry 5(1), pp. 47-81. https://doi.org/10.1016/0038-0717(73)90093-X Aangehaal: 673.

    Sørensen, L.H. 1974. Tempo van ontbinding van organiese materiaal in grond soos beïnvloed deur herhaalde lugdroog-herbenating en herhaalde byvoegings van organiese materiaal. Soil Biology & Biochemistry 6(5), pp. 287-292. https://doi.org/10.1016/0038-0717(74)90032-7 Aangehaal: 209.

    Burford, J.R., Bremner, J.M. 1975. Verwantskappe tussen die denitrifikasievermoëns van gronde en totale, wateroplosbare en geredelik afbreekbare grondorganiese materiaal. Soil Biology & Biochemistry 7(6), pp. 389-394. https://doi.org/10.1016/0038-0717(75)90055-3 Aangehaal: 552.

    Jenkinson, D.S., Powlson, D.S. 1976. Die effekte van biocidale behandelings op metabolisme in grond-V. 'n Metode om grondbiomassa te meet. Soil Biology & Biochemistry 8(3), pp. 209-213. https://doi.org/10.1016/0038-0717(76)90005-5 Aangehaal: 1834.

    Eivazi, F., Tabatabai, M.A. 1977. Fosfatases in gronde. Soil Biology & Biochemistry 9(3), pp. 167-172. https://doi.org/10.1016/0038-0717(77)90070-0 Aangehaal: 688.

    Anderson, J.P.E., Domsch, K.H. 1978. 'n Fisiologiese metode vir die kwantitatiewe meting van mikrobiese biomassa in gronde. Soil Biology & Biochemistry 10(3), pp. 215-221. https://doi.org/10.1016/0038-0717(78)90099-8 Aangehaal: 2274.

    Smith, M.S., Tiedje, J.M. 1979. Fases van denitrifikasie na suurstofuitputting in grond. Soil Biology & Biochemistry 11(3), pp. 261-267. https://doi.org/10.1016/0038-0717(79)90071-3 Aangehaal 504.

    Lynch, J.M., Panting, L.M. 1980. Verbouing en die grondbiomassa. Soil Biology & Biochemistry 12(1), pp. 29-33. https://doi.org/10.1016/0038-0717(80)90099-1 Aangehaal: 199.

    Ladd, J.N., Oades, J.M., Amato, M. 1981. Mikrobiese biomassa gevorm uit 14 C, 15 N-gemerkte plantmateriaal wat in grond in die veld ontbind. Soil Biology & Biochemistry 13(2), pp. 119-126. https://doi.org/10.1016/0038-0717(81)90007-9 Aangehaal: 178.

    Brookes, P.C., Powlson, D.S., Jenkinson, D.S. 1982. Meting van mikrobiese biomassa-fosfor in grond. Soil Biology & Biochemistry 14(4), pp. 319-329. https://doi.org/10.1016/0038-0717(82)90001-3 Aangehaal: 887.

    Orchard, V.A., Cook, F.J. 1983. Verwantskap tussen grondrespirasie en grondvog. Soil Biology & Biochemistry 15(4), pp. 447-453. https://doi.org/10.1016/0038-0717(83)90010-X Aangehaal: 559.

    Voroney, R.P., Paul, E.A. 1984. Vasstelling van kC en kN in situ vir kalibrasie van die chloroform beroking-inkubasiemetode. Soil Biology & Biochemistry 16(1), pp. 9-14. https://doi.org/10.1016/0038-0717(84)90117-2 Aangehaal: 420.

    Brookes, P.C., Landman, A., Pruden, G., Jenkinson, D.S. 1985. Chloroformberoking en die vrystelling van grondstikstof: 'n Vinnige direkte ekstraksiemetode om mikrobiese biomassastikstof in grond te meet. Soil Biology & Biochemistry 17(6), pp. 837-842. https://doi.org/10.1016/0038-0717(85)90144-0 Aangehaal: 3296.

    Keith, H., Oades, J.M., Martin, J.K. 1986. Inset van koolstof na grond vanaf koringplante. Soil Biology & Biochemistry 18(4), pp. 445-449. https://doi.org/10.1016/0038-0717(86)90051-9 Aangehaal: 205.

    Vance, E.D., Brookes, P.C., Jenkinson, D.S. 1987. 'n Ekstraksiemetode vir die meting van grondmikrobiese biomassa C.Soil Biology & Biochemistry 19(6), pp. 703-707. https://doi.org/10.1016/0038-0717(87)90052-6 Aangehaal: 7179.

    Eivazi, F., Tabatabai, M.A. 1988. Glukosidases en galaktosidases in gronde. Soil Biology & Biochemistry 20(5), pp. 601-606. https://doi.org/10.1016/0038-0717(88)90141-1 Aangehaal: 713.

    Anderson, T.-H., Domsch, K.H. 1989. Verhoudings van mikrobiese biomassa-koolstof tot totale organiese koolstof in bewerkbare gronde. Soil Biology & Biochemistry 21(4), pp. 471-479. https://doi.org/10.1016/0038-0717(89)90117-X Aangehaal: 962.

    Wu, J., Joergensen, R.G., Pommerening, B., Chaussod, R., Brookes, P.C. 1990. Meting van grondmikrobiese biomassa C deur beroking-onttrekking-'n geoutomatiseerde prosedure. Soil Biology & Biochemistry 22(8), pp. 1167-1169. https://doi.org/10.1016/0038-0717(90)90046-3 Aangehaal: 1634.

    Palm, C.A., Sanchez, P.A. 1991. Stikstofvrystelling uit die blare van sommige tropiese peulgewasse soos beïnvloed deur hul lignien- en polifenoliese inhoud. Soil Biology & Biochemistry 23(1), pp. 83-88. https://doi.org/10.1016/0038-0717(91)90166-H Aangehaal: 496.

    Tian, ​​G., Kang, B.T., Brussaard, L. 1992. Biologiese effekte van plantreste met kontrasterende chemiese samestellings onder vogtige tropiese toestande-Ontbinding en voedingstofvrystelling. Soil Biology & Biochemistry 24(10), pp. 1051-1060. https://doi.org/10.1016/0038-0717(92)90035-V Aangehaal: 399.

    Frostegård, Å., Bååth, E., Tunlio, A. 1993. Verskuiwings in die struktuur van grondmikrobiese gemeenskappe in gekalkte woude soos aan die lig gebring deur fosfolipiedvetsuuranalise. Soil Biology & Biochemistry 25(6), pp. 723-730. https://doi.org/10.1016/0038-0717(93)90113-P Aangehaal: 1021.

    Zak, J.C., Willig, M.R., Moorhead, D.L., Wildman, H.G. 1994. Funksionele diversiteit van mikrobiese gemeenskappe: 'n kwantitatiewe benadering. Soil Biology & Biochemistry 26(9), pp. 1101-1108. https://doi.org/10.1016/0038-0717(94)90131-7 Aangehaal: 1001.

    Kirschbaum, M.U.F. 1995. Die temperatuurafhanklikheid van grondorganiese materiaal-ontbinding, en die effek van aardverwarming op grondorganiese C-berging. Soil Biology & Biochemistry 27(6), pp. 753-760. https://doi.org/10.1016/0038-0717(94)00242-S Aangehaal: 1376.

    Joergensen, R-G. 1996. Die beroking-ekstraksiemetode om grondmikrobiese biomassa te skat: Kalibrasie van die kEC waarde. 1996. Soil Biology & Biochemistry 28 (1): 25-31. https://doi.org/10.1016/0038-0717(95)00102-6 Aangehaal: 599.

    Beck, T., Joergensen, RG, Kandeler, E., Makeschin, F., Nuss, E., Oberholzer, HR, Scheu, S. 1997. ’n Inter-laboratorium vergelyking van tien verskillende maniere om grondmikrobiese biomassa te meet C. Soil Biology & Biochemistry 29(7), pp. 1023-1032. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(97)00030-8 Aangehaal: 329.

    Giller, K.E., Witter, E., Mcgrath, S.P. 1998. Toksisiteit van swaar metale vir mikroörganismes en mikrobiese prosesse in landbougrond: 'n Oorsig. Soil Biology & Biochemistry 30(10-11), pp. 1389-1414. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(97)00270-8 Aangehaal: 1403.

    Bandick, A.K., Dick, R.P. 1999. Veldbestuurseffekte op grondensiemaktiwiteite. Soil Biology & Biochemistry 31(11), pp. 1471-1479. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(99)00051-6 Aangehaal: 801.

    Six, J., Elliott, E.T., Paustian, K. 2000. Grondmakroaggregaatomset en mikroaggregaatvorming: 'n Meganisme vir C-sekwestrasie onder geenbewerkingslandbou. Grondbiologie en Biochemie32(14), pp. 2099-2103. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(00)00179-6 Aangehaal: 1540.

    Wrage, N., Velthof, G.L., Van Beusichem, M.L., Oenema, O. 2001. Rol van nitrifiseerder-denitrifikasie in die produksie van stikstofoksied. Soil Biology & Biochemistry 33(12-13), pp. 1723-1732. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(00)00179-6 Aangehaal: 1180.

    Kögel-Knabner, I. 2002. Die makromolekulêre organiese samestelling van plant- en mikrobiese residue as insette tot grondorganiese materiaal. Soil Biology & Biochemistry 34(2), pp. 139-162. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(01)00158-4 Aangehaal: 1076.

    Fierer, N., Schimel, J.P., Holden, P.A. 2003. Variasies in mikrobiese gemeenskapsamestelling deur twee gronddiepteprofiele. Soil Biology & Biochemistry 35(1), pp. 167-176. https://doi.org/10.1016/S0038-0717(02)00251-1 Aangehaal: 1007.

    Schimel, J.P., Bilbrough, C., Welker, J.M. 2004. Verhoogde sneeudiepte beïnvloed mikrobiese aktiwiteit en stikstofmineralisasie in twee Arktiese toendra-gemeenskappe. Soil Biology & Biochemistry 36(2), pp. 217-227. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2003.09.008 Aangehaal: 434.

    Belimov, A.A., Hontzeas, N., Safronova, V.I., Demchinskaya, S.V., Piluzza, G., Bullitta, S., Glick, B.R. 2005. Kadmium-verdraagsame plantgroeibevorderende bakterieë wat verband hou met die wortels van Indiese mosterd (Brassica juncea L. Czern.). Soil Biology & Biochemistry 37(2), pp. 241-250. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2004.07.033 Aangehaal: 534.

    Kuzyakov, Y. 2006. Bronne van CO2 uitvloei uit grond en hersiening van verdelingsmetodes. Soil Biology & Biochemistry 38(3), pp. 425-448. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2005.08.020 Aangehaal: 744.

    von Lützow, M., Kögel-Knabner, I., Ekschmitt, K., Flessa, H., Guggenberger, G., Matzner, E., Marschner, B. 2007. SOM-fraksioneringsmetodes: Relevansie vir funksionele poele en vir stabilisering meganismes. Soil Biology & Biochemistry 39(9), pp. 2183-2207. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2007.03.007 Aangehaal: 794.

    Lauber, C.L., Strickland, M.S., Bradford, M.A., Fierer, N. 2008. Die invloed van grondeienskappe op die struktuur van bakteriese en swamgemeenskappe oor grondgebruiktipes heen. Soil Biology & Biochemistry 40(9), pp. 2407-2415. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2008.05.021 Aangehaal: 884.

    Kuzyakov, Y., Subbotina, I., Chen, H., Bogomolova, I., Xu, X. 2009. Swartkoolstofontbinding en inkorporasie in grondmikrobiese biomassa geskat deur 14C-etikettering. Soil Biology & Biochemistry 41(2), pp. 210-219. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2008.10.016 Aangehaal: 655.

    Compant, S., Clément, C., Sessitsch, A. 2010. Plantgroeibevorderende bakterieë in die rhizo- en endosfeer van plante: Hul rol, kolonisasie, betrokke meganismes en vooruitsigte vir benutting. Soil Biology & Biochemistry 42(5): 669-678. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2009.11.024 Aangehaal: 956.

    Lehmann, J., Rillig, M.C., Thies, J., Masiello, C.A., Hockaday, W.C., Crowley, D. 2011. Biochar-effekte op grondbiota - 'n Oorsig. Soil Biology & Biochemistry 43(9), pp. 1812-1836. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2011.04.022 Aangehaal: 2101.

    Jones, D.L., Rousk, J., Edwards-Jones, G., DeLuca, T.H., Murphy, D.V. 2012. Biochar-gemedieerde veranderinge in grondkwaliteit en plantgroei in 'n drie jaar veldproef. Soil Biology & Biochemistry 45, 113-124. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2011.10.012 Aangehaal: 503.

    Burns, R.G., DeForest, J.L., Marxsen, J., Sinsabaugh, R.L., Stromberger, M.E., Wallenstein, M.D., Weintraub, M.N., Zoppini, A. 2013. Grondensieme in 'n veranderende omgewing: Huidige kennis en toekomstige rigtings. Soil Biology & Biochemistry 58, pp. 216-234. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2012.11.009 Aangehaal: 799.

    Geisseler, D., Scow, K.M. 2014. Langtermyn-effekte van minerale bemestingstowwe op grondmikro-organismes - 'n Oorsig. Soil Biology & Biochemistry 75, pp. 54-63. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2014.03.023 Aangehaal: 433

    Kuzyakov, Y., Blagodatskaya, E. 2015. Mikrobiese brandpunte en warm oomblikke in grond: Konsep en hersiening. Soil Biology & Biochemistry 83, pp. 184-199. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2015.01.025 Aangehaal: 505.

    Jian, S., Li, J., Chen, J, Wang, G., Mayes, MA, Dzantor, KE, Hui, D., Luo, Y. 2016. Grond ekstrasellulêre ensiemaktiwiteite, grondkoolstof en stikstofberging onder stikstof bevrugting: 'n Meta-analise. Soil Biology & Biochemistry 101, pp. 32-43. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.07.003 Aangehaal: 177.

    Xu, Z., Yu, G., Zhang, X., He, N., Wang, Q., Wang, S., Wang, R., Zhao, N., Jia, Y., Wang, C. 2017 Grondensiemaktiwiteit en stoïgiometrie in woudekosisteme langs die Noord-Suid Transek in Oos-China (NSTEC). Soil Biology & Biochemistry 104, pp. 152-163. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2016.10.020 Aangehaal: 93.

    Bünemann, EK, Bongiorno, G., Bai, Z., Creamer, RE, De Deyn, G., de Goede, R., Fleskens, L., Geissen, V., Kuyper, TW, Mäder, P., Pulleman , M., Sukkel, W., van Groenigen, JW, Brussaard, L. 2018. Grondkwaliteit – ’n Kritiese oorsig. Soil Biology & Biochemistry 120, pp. 105-125. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2018.01.030 Aangehaal: 332

    Kuzyakov, Y., Razavi, B.S. 2019. Risosfeer grootte en vorm: Temporele dinamika en ruimtelike stasionariteit. Grondbiologie en Biochemie 135, 343-360. https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2019.05.011 Aangehaal: 44.

    Lys 2: Mees aangehaalde artikels vir elke jaar gerangskik volgens die aantal kere wat aangehaal is


    Inhoud

    In sy mees omvattende definisie kan biochemie gesien word as 'n studie van die komponente en samestelling van lewende dinge en hoe hulle bymekaar kom om lewe te word. In hierdie sin kan die geskiedenis van biochemie dus so ver teruggaan as die antieke Grieke. [10] Biochemie as 'n spesifieke wetenskaplike dissipline het egter iewers in die 19de eeu, of 'n bietjie vroeër, begin, afhangend van op watter aspek van biochemie gefokus word. Sommige het aangevoer dat die begin van biochemie moontlik die ontdekking was van die eerste ensiem, diastase (nou amilase genoem), in 1833 deur Anselme Payen, [11] terwyl ander Eduard Buchner se eerste demonstrasie van 'n komplekse biochemiese proses alkoholiese fermentasie in sel- gratis uittreksels in 1897 om die geboorte van biochemie te wees. [12] [13] [14] Sommige kan ook as die begin daarvan verwys na die invloedryke 1842-werk deur Justus von Liebig, Dierechemie, of, Organiese chemie in sy toepassings op fisiologie en patologie, wat 'n chemiese teorie van metabolisme aangebied het, [10] of selfs vroeër aan die 18de eeuse studies oor fermentasie en asemhaling deur Antoine Lavoisier. [15] [16] Baie ander baanbrekers in die veld wat gehelp het om die lae van kompleksiteit van biochemie te ontbloot, is as grondleggers van moderne biochemie verklaar. Emil Fischer, wat die chemie van proteïene bestudeer het, [17] en F. Gowland Hopkins, wat ensieme en die dinamiese aard van biochemie bestudeer het, verteenwoordig twee voorbeelde van vroeë biochemici. [18]

    Die term "biochemie" self is afgelei van 'n kombinasie van biologie en chemie. In 1877 het Felix Hoppe-Seyler die term (biochemie in Duits) as 'n sinoniem vir fisiologiese chemie in die voorwoord van die eerste uitgawe van Zeitschrift für Physiologische Chemie (Journal of Physiological Chemistry) waar hy gepleit het vir die oprigting van institute wat aan hierdie studieveld toegewy is. [19] [20] Daar word egter dikwels aangehaal dat die Duitse chemikus Carl Neuberg die woord in 1903 geskep het, [21] [22] [23] terwyl sommige dit aan Franz Hofmeister gekrediteer het. [24]

    Daar is eens algemeen geglo dat lewe en sy materiale een of ander noodsaaklike eienskap of stof het (wat dikwels na verwys word as die "noodsaaklike beginsel") wat verskil van enige wat in nie-lewende materie voorkom, en daar is gedink dat slegs lewende wesens die molekules van lewe. [26] In 1828 het Friedrich Wöhler 'n referaat gepubliseer oor sy serendipitiese ureumsintese uit kaliumsianaat en ammoniumsulfaat, sommige het dit beskou as 'n direkte omverwerping van vitalisme en die vestiging van organiese chemie. [27] [28] Die Wöhler-sintese het egter kontroversie ontlok aangesien sommige die dood van vitalisme aan sy hande verwerp. [29] Sedertdien het biochemie gevorder, veral sedert die middel van die 20ste eeu, met die ontwikkeling van nuwe tegnieke soos chromatografie, X-straaldiffraksie, dubbele polarisasie-interferometrie, KMR-spektroskopie, radio-isotopiese etikettering, elektronmikroskopie en molekulêre dinamika-simulasies. Hierdie tegnieke het die ontdekking en gedetailleerde ontleding van baie molekules en metaboliese weë van die sel moontlik gemaak, soos glikolise en die Krebs-siklus (sitroensuursiklus), en het gelei tot 'n begrip van biochemie op 'n molekulêre vlak.

    Nog 'n belangrike historiese gebeurtenis in biochemie is die ontdekking van die geen, en sy rol in die oordrag van inligting in die sel. In die 1950's was James D. Watson, Francis Crick, Rosalind Franklin en Maurice Wilkins instrumenteel in die oplossing van DNS-struktuur en suggereer die verband daarvan met die genetiese oordrag van inligting. [30] In 1958 het George Beadle en Edward Tatum die Nobelprys ontvang vir werk in swamme wat wys dat een geen een ensiem produseer. [31] In 1988 was Colin Pitchfork die eerste persoon wat skuldig bevind is aan moord met DNS-bewyse, wat gelei het tot die groei van forensiese wetenskap. [32] Meer onlangs het Andrew Z. Fire en Craig C. Mello die 2006 Nobelprys ontvang vir die ontdekking van die rol van RNA-interferensie (RNAi), in die stilmaak van geenuitdrukking. [33]

    Ongeveer twee dosyn chemiese elemente is noodsaaklik vir verskeie soorte biologiese lewe. Die meeste skaars elemente op aarde word nie deur lewe benodig nie (uitsonderings is selenium en jodium), [34] terwyl 'n paar algemene elemente (aluminium en titanium) nie gebruik word nie. Die meeste organismes deel elementbehoeftes, maar daar is 'n paar verskille tussen plante en diere. Byvoorbeeld, seealge gebruik broom, maar landplante en -diere het blykbaar niks nodig nie. Alle diere benodig natrium, maar sommige plante nie. Plante benodig boor en silikon, maar diere mag nie (of mag dalk ultra-klein hoeveelhede benodig).

    Net ses elemente—koolstof, waterstof, stikstof, suurstof, kalsium en fosfor—maak byna 99% van die massa lewende selle uit, insluitend dié in die menslike liggaam (sien samestelling van die menslike liggaam vir ’n volledige lys). Benewens die ses hoofelemente wat die grootste deel van die menslike liggaam uitmaak, benodig mense kleiner hoeveelhede van moontlik 18 meer. [35]

    Die 4 hoofklasse molekules in biochemie (dikwels biomolekules genoem) is koolhidrate, lipiede, proteïene en nukleïensure. [36] Baie biologiese molekules is polimere: in hierdie terminologie is monomere relatief klein makromolekules wat aan mekaar gekoppel word om groot makromolekules bekend as polimere te skep. Wanneer monomere aan mekaar gekoppel word om 'n biologiese polimeer te sintetiseer, ondergaan hulle 'n proses wat dehidrasie sintese genoem word. Verskillende makromolekules kan in groter komplekse saamvoeg, wat dikwels nodig is vir biologiese aktiwiteit.

    Koolhidrate Redigeer

    Twee van die hooffunksies van koolhidrate is energieberging en die verskaffing van struktuur. Een van die algemene suikers bekend as glukose is koolhidrate, maar nie alle koolhidrate is suikers nie. Daar is meer koolhidrate op Aarde as enige ander bekende tipe biomolekule wat gebruik word om energie en genetiese inligting te stoor, asook om belangrike rolle in sel tot sel interaksies en kommunikasie te speel.

    Die eenvoudigste tipe koolhidraat is 'n monosakkaried, wat onder andere koolstof, waterstof en suurstof bevat, meestal in 'n verhouding van 1:2:1 (algemene formule C)nH.2nOn, waar n is ten minste 3). Glukose (C6H.12O6) is een van die belangrikste koolhidrate, ander sluit fruktose in (C6H.12O6), die suiker wat algemeen geassosieer word met die soet smaak van vrugte, [37] [a] en deoksiribose (C5H.10O4), 'n komponent van DNA. 'n Monosakkaried kan wissel tussen asikliese (oopketting) vorm en 'n sikliese vorm. Die oopkettingvorm kan omskep word in 'n ring van koolstofatome wat oorbrug word deur 'n suurstofatoom wat geskep word uit die karbonielgroep van een kant en die hidroksielgroep van 'n ander. Die sikliese molekule het 'n hemiacetale of hemiketale groep, afhangende van of die lineêre vorm 'n aldose of 'n ketose was. [38]

    In hierdie sikliese vorms het die ring gewoonlik 5 of 6 atome. Hierdie vorme word onderskeidelik furanoses en piranoses genoem—naar analogie met furan en piran, die eenvoudigste verbindings met dieselfde koolstof-suurstofring (hoewel hulle nie die koolstof-koolstof-dubbelbindings van hierdie twee molekules het nie). Byvoorbeeld, die aldoheksose glukose kan 'n hemiacetale binding vorm tussen die hidroksiel op koolstof 1 en die suurstof op koolstof 4, wat 'n molekule met 'n 5-ledige ring, genaamd glucofuranose, lewer. Dieselfde reaksie kan tussen koolstof 1 en 5 plaasvind om 'n molekule met 'n 6-ledige ring, genaamd glukopiranose, te vorm. Sikliese vorms met 'n 7-atoom ring genoem heptoses is skaars.

    Twee monosakkariede kan saamgevoeg word deur 'n glikosidiese of eterbinding in 'n disakkaried deur 'n dehidrasiereaksie waartydens 'n molekule water vrygestel word. Die omgekeerde reaksie waarin die glikosidiese binding van 'n disakkaried in twee monosakkariede opgebreek word, word genoem hidrolise. Die bekendste disakkaried is sukrose of gewone suiker, wat bestaan ​​uit 'n glukosemolekule en 'n fruktosemolekule wat saamgevoeg is. Nog 'n belangrike disakkaried is laktose wat in melk voorkom, wat bestaan ​​uit 'n glukosemolekule en 'n galaktosemolekule. Laktose kan deur laktase gehidroliseer word, en 'n tekort aan hierdie ensiem lei tot laktose-intoleransie.

    Wanneer 'n paar (ongeveer drie tot ses) monosakkariede saamgevoeg word, word dit 'n genoem oligosakkaried (oligo- wat "min" beteken. Hierdie molekules is geneig om as merkers en seine gebruik te word, sowel as om ander gebruike te hê. [39] Baie monosakkariede wat saamgevoeg is, vorm 'n polisakkaried. Hulle kan in een lang lineêre ketting saamgevoeg word, of hulle kan vertakt wees. Twee van die mees algemene polisakkariede is sellulose en glikogeen, wat albei uit herhalende glukosemonomere bestaan. Sellulose is 'n belangrike strukturele komponent van plant se selwande en glikogeen word gebruik as 'n vorm van energieberging by diere.

    Suiker kan gekenmerk word deur verminderende of nie-reducerende punte. 'n Reduseerpunt van 'n koolhidraat is 'n koolstofatoom wat in ewewig kan wees met die oopketting aldehied (aldose) of ketovorm (ketose). As die binding van monomere by so 'n koolstofatoom plaasvind, word die vrye hidroksiegroep van die piranose- of furanosevorm uitgeruil met 'n OH-syketting van 'n ander suiker, wat 'n volle asetaal lewer. Dit verhoed die opening van die ketting na die aldehied- of ketovorm en maak die gemodifiseerde residu nie-reduserend. Laktose bevat 'n reducerende punt by sy glukose-eenheid, terwyl die galaktose-eenheid 'n volle asetaal vorm met die C4-OH-groep van glukose. Sakkarose het nie 'n reduseerpunt nie as gevolg van volle asetaalvorming tussen die aldehiedkoolstof van glukose (C1) en die ketokoolstof van fruktose (C2).

    Lipiede wysig

    Lipiede bestaan ​​uit 'n uiteenlopende reeks molekules en is tot 'n mate 'n versamelpunt vir relatief water-onoplosbare of nie-polêre verbindings van biologiese oorsprong, insluitend wasse, vetsure, vetsuur-afgeleide fosfolipiede, sfingolipiede, glikolipiede en terpenoïede (bv. retinoïede en steroïede) . Sommige lipiede is lineêre, oopketting alifatiese molekules, terwyl ander ringstrukture het.Sommige is aromaties (met 'n sikliese [ring] en vlakke [plat] struktuur) terwyl ander nie is nie. Sommige is buigsaam, terwyl ander rigied is.

    Lipiede word gewoonlik gemaak van een molekule gliserol gekombineer met ander molekules. In trigliseriede, die hoofgroep grootmaatlipiede, is daar een molekule gliserol en drie vetsure. Vetsure word in daardie geval as die monomeer beskou, en kan versadig wees (geen dubbelbindings in die koolstofketting) of onversadig (een of meer dubbelbindings in die koolstofketting).

    Die meeste lipiede het 'n mate van polêre karakter bykomend tot grootliks nie-polêr. Oor die algemeen is die grootste deel van hul struktuur nie-polêr of hidrofobies ("watervresend"), wat beteken dat dit nie goed met polêre oplosmiddels soos water interaksie het nie. Nog 'n deel van hul struktuur is polêr of hidrofiel ("waterlief") en sal geneig wees om met polêre oplosmiddels soos water te assosieer. Dit maak hulle amfifiele molekules (wat beide hidrofobiese en hidrofiele gedeeltes het). In die geval van cholesterol is die polêre groep 'n blote –OH (hidroksiel of alkohol). In die geval van fosfolipiede is die polêre groepe aansienlik groter en meer polêr, soos hieronder beskryf.

    Lipiede is 'n integrale deel van ons daaglikse dieet. Die meeste olies en melkprodukte wat ons gebruik vir kook en eet soos botter, kaas, ghee ens., bestaan ​​uit vette. Plantaardige olies is ryk aan verskeie poli-onversadigde vetsure (PUFA). Lipiedbevattende voedsel ondergaan vertering binne die liggaam en word opgebreek in vetsure en gliserol, wat die finale afbraakprodukte van vette en lipiede is. Lipiede, veral fosfolipiede, word ook in verskeie farmaseutiese produkte gebruik, hetsy as mede-oplosbaar maakers (bv. in parenterale infusies) of anders as geneesmiddeldraerkomponente (bv. in 'n liposoom of oordragsoom).

    Proteïene wysig

    Proteïene is baie groot molekules—makro-biopolimere—gemaak van monomere wat aminosure genoem word. 'n Aminosuur bestaan ​​uit 'n alfa-koolstofatoom wat aan 'n aminogroep, -NH, geheg is2, 'n karboksielsuurgroep, -COOH (alhoewel dit bestaan ​​as -NH3 + en –COO − onder fisiologiese toestande), 'n eenvoudige waterstofatoom en 'n syketting wat algemeen as "–R" aangedui word. Die syketting "R" verskil vir elke aminosuur waarvan daar 20 standaards is. Dit is hierdie "R"-groep wat elke aminosuur anders gemaak het, en die eienskappe van die sykettings het 'n groot invloed op die algehele driedimensionele konformasie van 'n proteïen. Sommige aminosure het funksies op sigself of in 'n gewysigde vorm, byvoorbeeld, glutamaat funksioneer as 'n belangrike neurotransmitter. Aminosure kan met 'n peptiedbinding verbind word. In hierdie dehidrasie-sintese word 'n watermolekule verwyder en die peptiedbinding verbind die stikstof van een aminosuur se aminogroep met die koolstof van die ander se karboksielsuurgroep. Die resulterende molekule word a genoem dipeptied, en kort stukke aminosure (gewoonlik minder as dertig) word genoem peptiede of polipeptiede. Langer streke verdien die titel proteïene. As 'n voorbeeld bevat die belangrike bloedserumproteïenalbumien 585 aminosuurreste. [42]

    Proteïene kan strukturele en/of funksionele rolle hê. Byvoorbeeld, bewegings van die proteïene aktien en miosien is uiteindelik verantwoordelik vir die sametrekking van skeletspier. Een eienskap wat baie proteïene het, is dat hulle spesifiek aan 'n sekere molekule of klas molekules bind—hulle kan uiters selektief in wat hulle bind. Teenliggaampies is 'n voorbeeld van proteïene wat aan een spesifieke tipe molekule heg. Teenliggaampies bestaan ​​uit swaar en ligte kettings. Twee swaar kettings sal aan twee ligte kettings gekoppel word deur disulfiedbindings tussen hul aminosure. Teenliggaampies is spesifiek deur variasie gebaseer op verskille in die N-terminale domein. [43]

    Die ensiem-gekoppelde immunosorbent-toets (ELISA), wat teenliggaampies gebruik, is een van die mees sensitiewe toetse wat moderne medisyne gebruik om verskeie biomolekules op te spoor. Seker die belangrikste proteïene is egter die ensieme. Feitlik elke reaksie in 'n lewende sel vereis 'n ensiem om die aktiveringsenergie van die reaksie te verlaag. [12] Hierdie molekules herken spesifieke reaktantmolekules genoem substrate hulle kataliseer dan die reaksie tussen hulle. Deur die aktiveringsenergie te verlaag, versnel die ensiem daardie reaksie met 'n tempo van 10 11 of meer [12] 'n reaksie wat normaalweg meer as 3 000 jaar sou neem om spontaan te voltooi, kan minder as 'n sekonde met 'n ensiem neem. Die ensiem self word nie in die proses opgebruik nie en is vry om dieselfde reaksie met 'n nuwe stel substrate te kataliseer. Deur verskeie wysigers te gebruik, kan die aktiwiteit van die ensiem gereguleer word, wat beheer oor die biochemie van die sel as geheel moontlik maak. [12]

    Die struktuur van proteïene word tradisioneel beskryf in 'n hiërargie van vier vlakke. Die primêre struktuur van 'n proteïen bestaan ​​uit sy lineêre volgorde van aminosure, byvoorbeeld, "alanien-glisien-tryptofaan-serien-glutamaat-asparagien-glisien-lisien-...". Sekondêre struktuur is gemoeid met plaaslike morfologie (morfologie is die studie van struktuur). Sommige kombinasies van aminosure sal geneig wees om op te krul in 'n spoel wat 'n α-heliks genoem word of in 'n vel genaamd 'n β-vel, sommige α-helikse kan in die hemoglobienskema hierbo gesien word. Tersiêre struktuur is die hele driedimensionele vorm van die proteïen. Hierdie vorm word bepaal deur die volgorde van aminosure. Trouens, 'n enkele verandering kan die hele struktuur verander. Die alfa-ketting van hemoglobien bevat 146 aminosuurreste. vervanging van die glutamaatresidu op posisie 6 met 'n valienresidu verander die gedrag van hemoglobien sodanig dat dit sekelselsiekte tot gevolg het. Ten slotte, kwaternêre struktuur is gemoeid met die struktuur van 'n proteïen met veelvuldige peptied subeenhede, soos hemoglobien met sy vier subeenhede. Nie alle proteïene het meer as een subeenheid nie. [44]

    Ingeneemde proteïene word gewoonlik in die dunderm opgebreek in enkele aminosure of dipeptiede en dan geabsorbeer. Hulle kan dan saamgevoeg word om nuwe proteïene te vorm. Tussenprodukte van glikolise, die sitroensuursiklus en die pentosefosfaatweg kan gebruik word om al twintig aminosure te vorm, en die meeste bakterieë en plante besit al die nodige ensieme om hulle te sintetiseer. Mense en ander soogdiere kan egter net die helfte daarvan sintetiseer. Hulle kan nie isoleusien, leusien, lisien, metionien, fenielalanien, treonien, triptofaan en valien sintetiseer nie. Omdat hulle ingeneem moet word, is dit die noodsaaklike aminosure. Soogdiere besit wel die ensieme om alanien, asparagien, aspartaat, sisteïen, glutamaat, glutamien, glisien, prolien, serien en tirosien, die nie-essensiële aminosure, te sintetiseer. Terwyl hulle arginien en histidien kan sintetiseer, kan hulle dit nie in voldoende hoeveelhede vir jong, groeiende diere produseer nie, en daarom word dit dikwels as essensiële aminosure beskou.

    As die aminogroep van 'n aminosuur verwyder word, laat dit 'n koolstofskelet wat 'n α-keto-suur genoem word, agter. Ensieme wat transaminases genoem word, kan die aminogroep maklik van een aminosuur oordra (wat dit 'n α-keto-suur maak) na 'n ander α-keto-suur (wat dit 'n aminosuur maak). Dit is belangrik in die biosintese van aminosure, aangesien vir baie van die weë tussenprodukte van ander biochemiese weë omgeskakel word na die α-keto-suurskelet, en dan word 'n aminogroep bygevoeg, dikwels via transaminering. Die aminosure kan dan aan mekaar gekoppel word om 'n proteïen te vorm.

    ’n Soortgelyke proses word gebruik om proteïene af te breek. Dit word eers in sy samestellende aminosure gehidroliseer. Vrye ammoniak (NH3), wat as die ammoniumioon (NH4+) in bloed bestaan, is giftig vir lewensvorme. 'n Geskikte metode om dit uit te skei moet dus bestaan. Verskillende taktieke het in verskillende diere ontwikkel, afhangende van die diere se behoeftes. Eensellige organismes stel bloot die ammoniak in die omgewing vry. Net so kan beenvisse die ammoniak in die water vrystel waar dit vinnig verdun word. Oor die algemeen verander soogdiere die ammoniak in ureum, via die ureumsiklus.

    Om te bepaal of twee proteïene verwant is, of met ander woorde om te besluit of hulle homoloog is of nie, gebruik wetenskaplikes volgorde-vergelykingsmetodes. Metodes soos volgordebelynings en strukturele belynings is kragtige instrumente wat wetenskaplikes help om homologieë tussen verwante molekules te identifiseer. Die relevansie van die vind van homologieë onder proteïene gaan verder as om 'n evolusionêre patroon van proteïenfamilies te vorm. Deur te vind hoe soortgelyk twee proteïenvolgordes is, verkry ons kennis oor hul struktuur en dus hul funksie.

    Nukleïensure Edit

    Nukleïensure, sogenaamd as gevolg van hul voorkoms in sellulêre kerne, is die generiese naam van die familie van biopolimere. Hulle is komplekse, hoë-molekulêre gewig biochemiese makromolekules wat genetiese inligting in alle lewende selle en virusse kan oordra. [2] Die monomere word nukleotiede genoem, en elk bestaan ​​uit drie komponente: 'n stikstofhoudende heterosikliese basis (óf 'n purien óf 'n pirimidien), 'n pentosesuiker en 'n fosfaatgroep. [45]

    Die mees algemene nukleïensure is deoksiribonukleïensuur (DNA) en ribonukleïensuur (RNA). Die fosfaatgroep en die suiker van elke nukleotied bind met mekaar om die ruggraat van die nukleïensuur te vorm, terwyl die volgorde van stikstofbasisse die inligting stoor. Die mees algemene stikstofbasisse is adenien, sitosien, guanien, timien en uracil. Die stikstofbasisse van elke string van 'n nukleïensuur sal waterstofbindings met sekere ander stikstofbasisse in 'n komplementêre string nukleïensuur (soortgelyk aan 'n ritssluiting) vorm. Adenien bind met timien en uracil, timien bind slegs met adenien, en sitosien en guanien kan slegs met mekaar bind. Adenien en timien en adenien en uracil bevat twee waterstofbindings, terwyl waterstofbindings wat tussen sitosien en guanien gevorm word, drie in getal is.

    Afgesien van die genetiese materiaal van die sel, speel nukleïensure dikwels 'n rol as tweede boodskappers, sowel as die vorming van die basismolekule vir adenosientrifosfaat (ATP), die primêre energiedraermolekule wat in alle lewende organismes voorkom. Ook die stikstofbasisse moontlik in die twee nukleïensure verskil: adenien, sitosien en guanien kom in beide RNA en DNA voor, terwyl timien slegs in DNA voorkom en uracil in RNA voorkom.

    Koolhidrate as energiebron Wysig

    Glukose is 'n energiebron in die meeste lewensvorme. Polisakkariede word byvoorbeeld deur ensieme in hul monomere afgebreek (glikogeenfosforilase verwyder glukosereste van glikogeen, 'n polisakkaried). Disakkariede soos laktose of sukrose word in hul twee-komponent monosakkariede gesplit.


    Kyk die video: Pentosephosphatweg (September 2022).