Inligting

Beeldverwerkingsuite vir bakteriële mikroskopie: Schnitzcells of MicrobeTracker?

Beeldverwerkingsuite vir bakteriële mikroskopie: Schnitzcells of MicrobeTracker?



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek wil begin werk doen om die grootte en groei van individuele bakteriese selle in die mikroskoop op te spoor. Om die beelde te analiseer, het ek sagteware nodig wat die selle kan segmenteer, hul vorm akkuraat kan bepaal en selafstammelinge kan naspoor op 'n 'fliek' van beelde wat uit een eksperiment versamel is. Gegewe die beperkings van my mikroskoopopstelling, is die maklikste ding vir my om te doen om 'n stam bakterieë te gebruik wat GFP konstitutief uitdruk en die selle te segmenteer op grond van fluoresserende intensiteit. Dit is funksioneel gelykstaande aan gesegmenteerde fase-kontras beelde van wilde-tipe selle, dit wil sê ek is nie so geïnteresseerd in veranderinge in fluoressensie of die gebruik van fluoressensie as 'n geen-uitdrukking verslaggewer, al is my behoeftes kan lei in daardie rigting.

Ek wil nie die wiel weer uitvind nie (en ek dink dit is beter as die gemeenskap konsolideer rondom 'n paar programme wat almal gebruik sodat eksperimente meer vergelykbaar kan wees), so ek is op soek na 'n voorheen gepubliseerde pakket wat robuust en maklik om te gebruik. Buigsaamheid by die meting van fluoresserende sporing is lekker, maar in hierdie stadium is dit nie deurslaggewend nie. Die twee pakkette wat ek gesien het, is Schnitzcells van die Elowitz-laboratorium by CalTech en Microbetracker van die Emonet- en Jacobs-Wagner-groepe by Yale. Ongelukkig is hulle op dieselfde tyd vrygestel en bied nie 'n goeie vergelyking van die voor-/nadele van elke instrument nie.

Ten slotte is my vraag

Wat is jou aanbevelings vir 'n beeldanalise-suite (uit die twee pakkette hierbo of 'n ander pakket wat jy gebruik het)?

Laat weet my as ek my kriteria duideliker kan maak of enigiets anders. Dankie!