Inligting

Ken iemand goeie sagteware vir die vervaardiging van tanglegrams?

Ken iemand goeie sagteware vir die vervaardiging van tanglegrams?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek probeer om te kyk na verwantskappe tussen parasiet en gasheer filogenetiese bome. Ek het 'n bietjie gesoek na sagteware waarmee ek dit kan doen, en ek het probeer om Dendroscope en TreeMap te gebruik, maar ek kan hulle nie onder die knie kry nie.

Ek wil iets in die lyn hiervan produseer;


Dendroskoop

Met Dendroscope het ek die voorbeeldlêer oopgemaakbome.nuut. Dit maak 'n nuwe venster oop met 16 bome daarin.

  1. Shift klik op die eerste twee bome (Boom 1enBoom 2).
  2. KiesAlgoritmes$ ightarrow$Tanglegram …
  3. Dit sal die tanglegram bereken en 'n nuwe venster oopmaak.

Op hierdie stadium kry ek:

Daar is niks besonders in diebome.nuutlêer, net 16 Newick-bome. Dit lyk dus of al wat jy nodig het, is om jou bome in dieselfde lêer of gebruik te hêlêer$ ightarrow$Voeg by vanaf lêer.

Ek dink die moeilike deel is dat jou bome dieselfde puntetikette moet hê, sodat hulle optimaal in lyn gebring kan word. So in jou voorbeeld, Phalacrocorax pygmaeus en Pectinopygus excornis moes dieselfde genoem gewees het in die oorspronklike Nexus-lêer en dan gewysig om die finale figuur te produseer.

Boomkaart 3

TreeMap vereis 'n paar voorlopige opstelling. Basies skep jy 'n Nexus-lêer met die hand. Gebruik die4 taxonmatchlêer uit die voorbeelde, kan jy die basiese uitleg kry. Jy het 'nGASTERblok en aPARASIETblok. Binne elkeen daarvan is 'nBOOMblok, wat die Newick-geformateerde boom bevat.

DieREEKSblok binne dieVERSPREIDINGblok bevat die kartering tabel. Hierblkaarte aanu, ens. Dit is die verband tussen gasheer en parasiet.

#NEXUS BEGIN HOST; BOOM * Gasheer1 = (u, (v, (w, x))); EINDBLOK; BEGIN PARASIET; BOOM * Para1 = (p, (q, (r, s))); EINDBLOK; BEGIN VERSPREIDING; REEKS p: u, q: v, r: w, s: x ; EINDE;

Daarteenoor kry jy die korrekte benoemde boom direk. Sien onder.


Jy kan die R-pakket dendextend probeer. Die funksietanglegramkan die truuk doen. Verskeie verwante funksies is ook beskikbaar om erwe te kry met minimum verstrengeling soosuntangle_step_rotate_2side.


Ek moet bieg dat ek niks van filogenetika en die gepaardgaande sagteware weet nie, maar volgens die opsomming van hierdie artikel blyk dit dat hulle BEAST gebruik het om samesmelting van mede-ontwikkelende gashere en parasiete te karteer.

Ook hierdie artikel is waarskynlik van die grootste belang vir jou, aangesien dit die doeltreffendheid van verskillende sagteware vergelyk om tanglegramme te konstrueer


Jane 4 (sagteware vir kofilogenie-versoening) het 'n tanglegram-kyker met 'n interaktiewe redigeerder. (https://www.cs.hmc.edu/~hadas/jane/)


Ek beveel mesquite aan, wat ek gebruik het om filogeniebome mee te skep. Daar is 'n paar ingewikkeldhede met die gebruik daarvan, maar daar is baie dokumentasie op sy webblad! https://www.mesquiteproject.org/


Kyk die video: #26 Stéphanie Ouachan Striktly Business Software over succesvol worden (September 2022).


Kommentaar:

  1. Ryon

    Ek stem absoluut met jou saam. This is a great idea. Ek ondersteun jou.

  2. Arashigami

    Ek kan nie met haar verskil nie.

  3. Oswell

    Ek aanvaar dit met plesier. Na my mening is dit 'n interessante vraag, ek sal aan die bespreking deelneem. Ek weet dat ons saam tot die regte antwoord kan kom.

  4. Vokree

    Blykbaar nie Destiny nie.

  5. Vail

    Die volledige smaakloosheid

  6. Kathlynn

    Vreemde gevoel. dat net bots hier woon

  7. Odhert

    Dit lyk soos hy.

  8. Gogal

    Dit stem saam, jou idee is eenvoudig uitstekend



Skryf 'n boodskap