Inligting

Hoe om die aantal plooie in 'n proteïen te bereken

Hoe om die aantal plooie in 'n proteïen te bereken


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Gestel ek het 'n aantal PDB-lêers van proteïene. Hoe kan ek die aantal voue in hierdie proteïene kry? Is die voutelling afgelei van die PDB-lêers? Indien wel, hoe?


Daar is verskillende maniere waarop u dit kan doen.

  1. CATH is 'n hiërargiese klassifikasiestelsel
  2. SCOP is nog so 'n stelsel met 'n ander hiërargie
  3. PTGL is die proteïen topologie grafiek biblioteek
  4. Topmotief sal PDB -lêers skandeer en patrone daarby pas

Hoe jy hierdie nutsmiddels werklik toepas of opsoek binne hierdie stelsels, word op hul webwerwe gedokumenteer. Dit hang egter af van wat u wil doen - kyk na gepubliseerde strukture of nuwe eksperimentele data.

Ek moet daarop wys dat dit moeilik is om sagteware van nuuts af te skryf om die vou van 'n proteïen te bepaal.


3.3: Proteïene

  • Bydra deur Kevin Ahern en Indira Rajagopal
  • Professor (Biochemie en Biofisika) aan die Oregon State University

Terwyl nukleotiede almal wateroplosbaar is en dieselfde basiese samestelling het (suiker, basis, fosfaat) en die suikers ook wateroplosbaar is en meestal 5 of 6 koolstofstowwe bevat ('n paar uitsonderings), is die aminosure (algemene struktuur hieronder) struktureel en chemies uiteenlopend.

Figuur 3.2.1: Aminosuur Skematiese

Alhoewel al die aminosure in werklikheid oplosbaar is in water, verskil die interaksies van hul sykettings met water aansienlik. Dit is belangrik, want dit is slegs in die sykettings (R-groepe) wat aminosure van mekaar verskil. Op grond van sykettings kan ons die 20 aminosure wat in proteïene voorkom, soos volg groepeer:

  • Aromaties (fenielalanien, tyrosien, tryptofaan)
  • Alifaties (leusien, isoleusien, alanien, metionien, valien)
  • hidroksiel/sulfhidriel (treonien, serien, tirosien, sisteïen)
  • Karboksiamied (glutamien, asparagien)
  • R-sure (glutamiensuur, asparaginsuur)
  • R-amiene (lisien, histidien, arginien)
  • Vreemd (glisien, prolien)

Let daarop dat tirosien 'n hidroksielgroep het en in twee kategorieë inpas. Let ook daarop dat biochemieboeke verskil in hoe hulle aminosure in kategorieë organiseer. Aminosure word met mekaar verbind deur peptiedbindings. Dit stel 'n effense vereenvoudigende aspek van die struktuur van proteïene bekend, en u hoef slegs die posisie van die R-groepe rondom elke peptiedbinding in ag te neem by die bepaling van proteïenstruktuur skematies. Proteïene wat in waterige omgewings is, soos die sitoplasma van die sel, se aminosure is so gerangskik dat diegene met hidrofiliese sykettings (soos threonien of lysien) aan die buitekant van die proteïen oorheers sodat dit met water kan wissel. Die hidrofobiese aminosure in hierdie proteïene kom hoofsaaklik aan die binnekant voor. Wanneer 'n mens die struktuur van proteïene in nie-waterige omgewings ondersoek, soos die binnekant van 'n lipied-dubbellaag, word die rangskikking omgekeer en hidrofobies oorheers aan die buitekant waar hulle met die hidrofobiese sykettings van membraanvetsure en die hidrofiele aminosure kan in wisselwerking tree word enige plek gereël waar hulle water kan kontak. Vir 'n proteïen soos poreen, wat 'n binnekanaal bied waardeur water kan beweeg, is dit waar die hidrofilika gevind word. Vir transmembraanproteïene wat deur beide kante van die membraan uitsteek, word die hidrofilika gevind op elke punt waar die polipeptiedketting uit die membraan kom.

Figuur 3.2.2: 'n Beeld van die primêre struktuur van 'n proteïen.


Hoe om die aantal voue in 'n proteïen te bereken - Biologie

Proteïene is beide die enjins en die boustene van alle lewende dinge, dus 'n begrip van hul struktuur en gedrag is noodsaaklik om te verstaan ​​hoe lewende dinge werk. My tesisprojek is 'n rekenaarprogram wat ontwerp is om die driedimensionele struktuur van proteïene te voorspel, slegs gegewe hul aminosuurvolgorde. Hierdie stelsel is ook die eerste van 'n familie rekenaarprogramme wie se doel is om ontleders te help om proteïenstruktuur en -funksie te ondersoek. Die analise word volledig in die digitale domein uitgevoer, met slegs bestaande DNA- en RNA -sekwensdata, proteïenhomologie en karakteristieke databasisse.

Hoe proteïene vou

Alle proteïene in die natuur bestaan ​​uit kettings van molekules wat "aminosure" genoem word. Selle skep proteïene deur dit van RNA-volgordes te "transkribeer" (wat self uit DNA-volgordes geskep word). Wanneer proteïene vanaf RNA getranskribeer word, begin hulle as lineêre volgordes van aminosure. Omdat die aminosure wat 'n proteïen uitmaak, verskillende elektrostatiese en meganiese eienskappe het, bly die proteïen nie lank in hierdie gebitvorm nie en begin dit opvou tot 'n driedimensionele struktuur. Dit is hierdie driedimensionele struktuur (sowel as die meganiese en elektrostatiese eienskappe van die aminosuurvolgorde) wat die proteïen sy funksionaliteit gee.

Byvoorbeeld, twee proteïene kan hulself so vou dat een proteïen 'n "sluit" bindingsplek aan die ooreenstemmende "sleutel" van die ander proteïen bied. Deur die sleutel in die slot te plaas, veroorsaak dit 'n elektrochemiese reaksie wat 'n paar noodsaaklike sellulêre funksies verrig.

Die getranskribeerde volgorde van aminosure wat 'n proteïen vorm, word die proteïen se "primêre struktuur" genoem. Die gevoude vorm van die proteïen in drie-ruimte word die proteïen se "sekondêre struktuur" genoem. Die sekondêre struktuur van 'n proteïen word grootliks bepaal deur die meganiese en elektrostatiese effekte van naburige aminosure. Proteïene het ook "tersiêre" en "kwartenêre" strukture. Die tersiêre struktuur verwys na die algehele voupad van 'n proteïen. Byvoorbeeld, 'n proteïen kan 'n heliese sekondêre struktuur hê, terwyl die tersiêre struktuur die algehele proteïen in 'n 'superspoel' kan vou waar die spiraalvormige proteïen om homself draai. Die meganika van hoe 'n proteïen kan vou, bepaal 'n proteïen se struktuur. Tersiêre struktuurvoorspelling is die rowwe deel en fokus van my proefskrifprojek, alhoewel alle beperkings van plaaslike tot globale vouing in ag geneem moet word om 'n algehele vou te voorspel.

Die kwartenêre struktuur van 'n proteïen verwys na 'n samestelling van veelvuldige proteïenstringe saam met die sogenaamde "post-translasionele modifikasies" aan die proteïenstringe. "Post-translasionele wysiging" beteken vouing of veranderinge van die proteïenstring wat plaasgevind het buite die proteïen se aangebore struktuur of uitdrukking. 'n Goeie voorbeeld van 'n post-translasionele modifikasie is die byvoeging van 'n "heemgroep" by hemoglobienmolekules. Sonder hierdie heemgroep sou rooi bloedblomme nie suurstof kon dra nie.

Een kenmerk van proteïene in die natuur wat baie konsekwent blyk te wees, is dat wanneer hulle vou, hulle vou in die mees energiekonserwatiewe struktuur moontlik, dit wil sê dat die aminosure in totale rus is en die proteïen geen energie bestee nie sy struktuur te handhaaf. Hierdie feit bied ons 'n sleutel om 'n proteïen se struktuur betroubaar te voorspel. Teoreties, al wat ons hoef te doen is om die optimale konformasie te vind onder al die moontlike konformasies wat 'n proteïen kan aanneem.

In die praktyk is dit egter 'n onpraktiese oplossing. Die hoeveelheid tyd wat nodig is om alle moontlike konformasies te toets wat 'n ordentlike grootte proteïen kan aanneem, is baie groter as die ouderdom van die heelal, selfs vir die vinnigste rekenaars.

Hidrofobiese verpakkingsmodelle

Een van die eienskappe van aminosure wat vermoedelik die meeste van 'n proteïen se struktuur bepaal, is die aminosuur se "hidrofobisiteit", of sy afiniteit vir water. Dit maak sin, want alle proteïene vou binne 'n sitoplasmiese medium wat hoofsaaklik uit water bestaan. As 'n mens elke aminosuur as 'hidrofil' of 'hidrofobies' bestempel en dan hierdie eienskap as die enigste voumeganisme beskou (maar die verwagte opeenvolgende struktuur van 'n proteïen behou), het 'n makroskopiese model vir die vou van abstraksies van proteïene. mekaar en die proteïen se "sentrum" weg van die sel se sitoplasma. Om die probleem verder te vereenvoudig (maar nie die noodsaaklike berekeningskompleksiteit van die probleem nie), kan ons hierdie vou binne 'n diskrete kartesiese roosterruimte uitvoer.

Sulke abstrakte modelle van proteïene word "hidrofobiese verpakking"-modelle of kortweg "HP-modelle" genoem en is deur baie navorsers ondersoek, veral K. A. Dill.

Hierdie geabstraheerde proteïenmodelle is nie minder moeilik om rekenaarmatig op te los nie. Om die probleem te onttrek, verwyder net die geraas van die probleem en stel ons in staat om te fokus op die kernprobleme van die voorspelling van proteïenstruktuur. Tot vandag toe bly die proteïenvouprobleem, sowel as die voorspelling van geabstraheerde proteïenvoue, onopgeloste probleme.

Selfs nadat die proteïen geabstraheer is, blyk dit dat die proteïenvouprobleem sy NP-volledige eienskappe behou, wat goed is omdat ons die probleem agtergrondgeraas wil verwyder sonder om die beperkings te verwyder wat die probleem moeilik maak om op te los. en dus skaalbaar om werklike proteïene te vou. Aangesien die proteïenvouprobleem oor die algemeen as NP-volledig beskou word, het ek geen konvensionele probleemoplossingstegnieke (soos 'n volledige soek na die oplossingruimte) van die hand gewys nie. Enige oplossing vir hierdie probleem moet proteïene in die werklike grootte binne die polinoom tyd vou.


Voeding

Vir elke fisiese aktiwiteit benodig die liggaam energie en die hoeveelheid hang af van die duur en tipe aktiwiteit. Energie word gemeet in kalorieë en word verkry uit die liggaamswinkels of die kos wat ons eet. Glikogeen is die primêre brandstofbron wat deur die spiere gebruik word, sodat u beide aërobiese en anaërobiese oefening kan onderneem. As u oefen met lae glikogeenopslag, voel u voortdurend moeg, oefenprestasies is laer en u is meer geneig tot beserings en siektes.

'N Kalorie (cal) is die hoeveelheid hitte -energie wat nodig is om die temperatuur van 1 g water 1 & degC van 14 & degus tot 15 & degC te verhoog. 'N Kilokalorie (kcal) is die hoeveelheid hitte wat nodig is om die temperatuur van 1000g water 1 & degC te verhoog.

Voedingstofbalans

Noukeurig beplande voeding moet 'n energiebalans en 'n voedingstofbalans verskaf.

  • Proteïene - noodsaaklik vir die groei en herstel van spiere en ander liggaamsweefsels
  • Vette - 'n bron van energie en noodsaaklik vir vetoplosbare vitamiene
  • Koolhidrate - ons primêre bron van energie
  • Minerale - daardie anorganiese elemente wat in die liggaam voorkom en wat krities is vir sy normale funksies
  • Vitamiene - water en vetoplosbare vitamiene speel 'n belangrike rol in baie chemiese prosesse in die liggaam
  • Water - noodsaaklik vir normale liggaamsfunksie - as 'n voertuig om ander voedingstowwe te dra en omdat 60% van die menslike liggaam water is
  • Ruvoer - die veselagtige onverteerbare gedeelte van ons dieet wat noodsaaklik is vir die gesondheid van die spysverteringstelsel

Wat is die daaglikse energiebehoeftes?

Persoonlike energievereiste = basiese energievereistes + ekstra energievereistes

Basiese energievereistes (BER) sluit u basale metaboliese tempo (BMR) en algemene daaglikse aktiwiteite in.

  • Vir elke kg liggaamsgewig word ongeveer 1,334 kalorieë elke uur benodig [2] . ('N Atleet wat 60 kg weeg, benodig 1,334 en 24 uur en 60 kg = 1921 kalorieë per dag)
  • Vir die berekening van jou BMR, sien die sakrekenaar op die Rustende Daaglikse Energiebesteding (RDEE) bladsy

Ekstra energievereistes (EER)

  • Vir elke uur opleiding benodig u ongeveer 8,5 kalorieë ekstra vir elke kg liggaamsgewig [2]. (Vir 'n oefensessie van twee uur sal ons 60 kg-atleet 8.5 & maal 2 uur & maal 60 kg = 1020 kalorieë benodig)

'N Atleet van 60 kg wat twee uur oefen, benodig ongeveer 2941 kalorieë (BER + EER = 1921 + 1020)

Energie Brandstof

Soos brandstof vir 'n motor, moet die energie wat ons benodig gemeng word. Die Dieetriglyne vir Amerikaners [1] beveel die volgende versnit aan:

  • 45-65% koolhidrate (suiker, lekkers, brood, koeke)
  • 20-35% vette (suiwelprodukte, olie)
  • 10-35% proteïene (eiers, melk, vleis, pluimvee, vis)

Vir die volgende voorbeelde en berekeninge sal ek die volgende waardes gebruik: Vet 27%, Koolhidraat 52% en Proteïen 21%

Die benaderde energie-opbrengs per gram is soos volg [3] : Koolhidrate - 4.2 Kalorieë, Vette - 9.5 Kalorieë en Proteïen - 4.1 Kalorieë.

Wat benodig 'n 60 kg-atleet in koolhidrate, vette en proteïene?

  • Koolhidrate - 52% van 2941 = 1529 kalorieë - teen 4,2 kalorieë/gram = 1529 en verdeel 4,2 = 364 gram
  • Vette - 27% van 2941 = 794 kalorieë - teen 9,5 kalorieë/gram = 794 en verdeel 9,5 = 84 gram
  • Proteïen - 21% van 2941 = 617 kalorieë - teen 4,1 kalorieë/gram = 617 en verdeel 4,1 = 151 gram

Ons atleet van 60 kg benodig 364 gram koolhidrate, 84 gram vet en 151 gram proteïen.

Watter soorte vet is daar?

Die aard van die vet hang af van die tipe vetsure waaruit die trigliseriede bestaan. Alle vette bevat beide versadigde en onversadigde vetsure, maar word gewoonlik beskryf as 'versadig' of 'onversadig' volgens die hoeveelheid vetsure teenwoordig. Versadigde vette is oor die algemeen solied by kamertemperatuur en is geneig om dierlike vette te wees. Onversadigde vette is vloeibaar by kamertemperatuur en is gewoonlik plantaardige vette. In wese is daar uitsonderings, bv. palmolie, is 'n groente-olie wat 'n hoë persentasie versadigde vetsure bevat.

Onversadig Versadig
Sonneblomolie Beesvleis
Olyf olie Spekvleis
Rys Olie Kaas
Neute Botter
Raapsaadolie Koekies
Olierige vis - Sardientjies Skyfies

Watter soorte koolhidrate is daar?

Daar is twee koolhidrate - styselagtige (komplekse) koolhidrate en eenvoudige suikers. Die eenvoudige suikers kom voor in suikergoed, mueslibars, koeke en koekies, graan, poedings, koeldrank en sappe en konfyt en heuning, maar dit bevat ook vet. Styselrige koolhidrate word aangetref in aartappels, rys, brood, volgraan, halfgeleë melk, jogurt, vrugte, groente, boontjies en peulgewasse. Beide tipes vervang effektief spierglikogeen. Die styselagtige koolhidrate is dié wat al die vitamiene en minerale in het asook proteïene. Dit is ook laag in vet, solank u nie botter en vetsouse gebruik nie. Die styselryke voedsel is baie meer volumineus, so daar kan 'n probleem wees om die hoeveelheid voedsel te eet, dus is dit nodig om eenvoudige suikeralternatiewe aan te vul.

Jou spysverteringstelsel omskep die koolhidrate in voedsel in glukose, 'n vorm van suiker wat in die bloed vervoer word en na die selle vervoer word vir energie. Op sy beurt word die glukose in koolstofdioksied en water afgebreek. Enige glukose wat nie deur die selle gebruik word nie, word omgeskakel in glikogeen - nog 'n vorm van koolhidrate wat in die spiere en lewer gestoor word. Die liggaam se glikogeenkapasiteit is egter beperk tot ongeveer 350 gram sodra hierdie maksimum bereik is, word oortollige glukose vinnig in vet omskep. Meng die hoofmaaltyd op die bord vol koolhidrate en klein hoeveelhede proteïene, soos vleis, pluimvee en vis. Die ekstra proteïene en vitamiene wat u benodig, is in die styselryke koolhidrate.

Laktose onverdraagsaamheid

Laktose-intoleransie ontstaan ​​wanneer die mukosale selle van die dunderm nie laktase produseer wat noodsaaklik is vir die vertering van laktose nie. Simptome sluit in diarree, opgeblasenheid en maagkrampe na die gebruik van melk of suiwelprodukte.

Koolhidrate vir prestasie

Om 'n oefensessie of kompetisie te ondersteun, moet atlete op 'n gepaste tyd eet sodat al die kos geabsorbeer is en hul glikogeenvoorrade volledig aangevul is.

Na opleiding en kompetisie is 'n atleet se glikogeenvoorraad uitgeput. Om dit aan te vul, moet die atleet die snelheid waarteen koolhidrate in bloedglukose omgeskakel word na die spiere in ag neem. Die vinnige aanvulling van glikogeenvoorrade is noodsaaklik vir die baanatleet wat baie wedrenne in 'n byeenkoms het.

Die styging in bloedglukosevlakke word aangedui deur 'n voedsel se glukemiese indeks (GI) - hoe vinniger en hoër die bloedglukose styg, hoe hoër is die GI.

Voedsel met 'n hoë GI neem 1 tot 2 uur om geabsorbeer te word, en 'n lae GI -voedsel kan 3 tot 4 uur neem om geabsorbeer te word.

Studies het getoon dat die inname van hoë GI -koolhidrate (ongeveer 1 gram per kg liggaam) binne 2 uur na oefening die aanvulling van glikogeenopslag bespoedig en die hersteltyd bespoedig.

Glikogeenwinkels sal ongeveer 10 tot 12 uur hou wanneer jy rus (slaap), so dit is hoekom ontbyt noodsaaklik is.

Deur 5-6 maaltye of peuselhappies per dag te eet, sal glikogeenopslag en energievlakke maksimaliseer, vetopslag verminder word en bloedglukose- en insulienvlakke stabiliseer.

Eet en kompetisie

Wat jy daagliks eet, is uiters belangrik vir opleiding. U dieet beïnvloed hoe vinnig en hoe goed u vorder, en hoe gou u 'n mededingende standaard bereik. Die voedingswenke -bladsy bevat algemene voedingsadvies om u gewig en liggaamsvet te beheer.

Sodra jy gereed is om mee te ding, sal jy 'n nuwe bekommernis hê: jou kompetisie-dieet. Is dit belangrik? Wat moet jy eet voor jou kompetisie? Wanneer is die beste tyd om te eet? Hoeveel moet jy eet? Moet u tydens die geleentheid eet? Ook, wat kan jy tussen uitdunne of vuurhoutjies eet? Daar is baie navorsing op hierdie gebied gedoen, en spesifieke dieetbenaderings kan mededingingsprestasie verbeter.

Wat moet ek doen?

Bereken jou daaglikse basiese en ekstra vereistes, monitor jou daaglikse inname (veral jou koolhidrate) en pas dan jou dieet aan om aan jou daaglikse vereistes te voldoen. 'N Goed gebalanseerde dieet moet u die nodige voedingstowwe voorsien, maar dit moet gemonitor word. Die eenvoudigste manier om die 'energiebalans' te monitor, is om gereeld u gewig te kontroleer.

Sleutelfaktore in jou oefendieet

Elke dag het drie hoofmaaltye en twee tot drie versnaperinge. Alle maaltye moet beide koolhidrate en proteïene bevat - 20 tot 30 gram se proteïen by elke hoofmaaltyd en 10 tot 20 gram met elke snack.

Die hoeveelheid koolhidrate sal baie verskil, hoofsaaklik na gelang van jou werklading. Dit kan in die omgewing van 40 tot 60 gram vir hoofmaaltye en 20 tot 30 gram vir versnaperinge wees. As u hard oefen en moontlik verskeie sessies daagliks doen, is die herstelmaaltyd van kritieke belang. Het 1 gram koolhidrate per kg liggaamsgewig en ongeveer 30 gram proteïen. Drink 'n drankie (bv. 'n hersteldrankie of 'n pint afgeroomde melk) en 'n piesang onmiddellik na oefening (dit verskaf ongeveer 10 gram proteïen en 30 gram koolhidrate) gevolg binne ongeveer 45 minute met meer aansienlike kos soos boontjies op roosterbrood en tuna.

Probeer altyd om ten minste vyf stukke vrugte per dag te eet. Afgeroomde melk is 'n hoë proteïenvoedsel en verskaf kritieke minerale, soos kalsium en fosfor.

Voedselsamestellingstabelle

Voedselsamestellingstabelle word wyd gebruik om die inname van voedingstowwe en energie te bepaal en maaltye te beplan. Die samestelling van 'n voedsel kan baie wissel, afhangend van ander faktore, van die verskeidenheid plante of diere, die groei- en voedingsomstandighede en, vir sommige kosse, van varsheid. Tabelle is gebaseer op gemiddelde waardes van verskeie monsters wat in die laboratorium ontleed is en gee dus slegs 'n rowwe gids.

Gratis sakrekenaar

  • Kalorie -sakrekenaar - 'n gratis Microsoft Excel -sigblad wat u op u rekenaar kan aflaai en gebruik. Die sigblad sal in 'n nuwe venster gelaai word.

Verwysings

  1. Dieetriglyne vir Amerikaners 2010 [www] Beskikbaar by: www.health.gov/dietaryguidelines/dga2010/DietaryGuidelines2010.pdf [Besoek op 16 April 2013]
  2. Britse Atletiekfederasie (1992) Senior Afrigter - Afrigtingsteorie Handleiding. 3de uitgawe. Reedprint Ltd, Windsor (VK). bl. H1
  3. SADAVA, D. en ORIANS, G. (2000) Lewe: die wetenskap van biologie. New York: W.H. Freeman en Kie, p. 887.

Bladsyverwysing

As u inligting van hierdie bladsy in u werk aanhaal, is die verwysing na hierdie bladsy:


B. Proteïenverwerking en die endomembraansisteem

Alle proteïene word verwerk

Na translasie op ribosome in die sitosoliese kompartement word alle proteïene in die sitosol of in die ER/Golgi -stelsel verwerk.

Die aanvanklike stadiums van proteïenverwerking behels vou.

  • Onthou dat vou van proteïene plaasvind deur interaksie met chaperone proteïene (sien pp 139-40 en 232, 468-9).
  • Proteïene wat nie behoorlik gevou word nie, word vernietig. In die sitosolkompartement word hulle met ubikitien gemerk en deur proteasome vernietig.

Modifikasie van membraanproteïene en proteïene bestem vir afskeiding in die endoplasmiese retikulum. Proteïene wat op die ER gerig is, sal eindig as membraanproteïene of as oplosbare proteïene wat bestem is vir vesikels (bv. lisosomale proteïene) of afskeiding.

Ander vorme van verwerking vind plaas in die ER-lumen.

  • kovalente modifikasie (fosforilering, metilering, asetilering en vorming van disulfiedbrûe), en
  • splitsing van die aanvanklike proteïenproduk om 'n kleiner aktiewe proteïen te produseer. Splitsing vind algemeen plaas in die geval van verteringsensieme en ander afgeskeide proteïene (bv. insulien).
  • glikosilering - byvoeging van polisakkariede om glikoproteïene te vorm.
  • Die ensieme wat hierdie reaksies uitvoer, is in die lumen van die E R geleë en nie in die sitosol nie.
  • Dit beteken dat die proteïene wat geglikosileer word vir afskeiding gebind is of membraanproteïene is.

Gedagtevraag: In die geval van membraanproteïene, watter deel van die proteïen sal geglikosileer word. Die binnekant (sitosoliese) of die buitekant?

Figuur 14-22. Proteïenglikosilering in die ER. Wanneer polipeptiedkettings die endoplasmiese retikulum binnedring, word hulle onmiddellik geglikosileer deur die toevoeging van 'n oligosakkariedketting wat as 'n enkele eenheid van 'n fosfolipied genaamd dolichol na 'n asparagienresidu in die proteïen oorgedra word.

Let op in die figuur hierbo (14-22) dat die oligosakkariede bygevoeg word as 'n ongeskonde voorafvervaardigde eenheid wat bestaan ​​uit 14 gekoppelde suikerreste wat oorgedra word vanaf 'n fosfolipiedanker in die membraan.

  • aanvanklik gesintetiseer in die sitosol en ingebed in die sitosoliese gesig van die membraan. Hulle is dan
  • omgedraai na die eksterne (lumen) pamflet van die membraan.
  • kovalent aan asparagien gekoppel in asn -X- (ser of thr) volgorde merker.

C. Beheer van proteïenuitgang uit die ER.

Sommige proteïene word in die ER behou (byvoorbeeld die ensieme wat die oligosakkariede wat by proteïene gevoeg word, verander)

  • Hierdie proteïene dra 'n ER-retensiesein (KDEL-volgorde) by hul karboksiel eindig. Sien Tabel 14-3.
  • Selfs as hulle uit die ER in vesikels kom, word hulle teruggebring na die ER deur retrograde (trans aan cis) beweging van transportvesikels. Dit is nog 'n voorbeeld van proteïen-teikening via 'n intern gekodeerde teikensein.

Proteïene moet behoorlik gevou en verwerk word.

  • Proteïene wat normaalweg vanaf die ER uitgevoer word, moet behoorlik gevou word. Abnormaal proteïene word deur chaperone-molekules behou en afgebreek as hulle nie saamwerk en korrek vou nie.
  • Baie multi-polipeptied proteïene, soos teenliggaampies, word in die ER saamgestel. As hierdie proteïene nie behoorlik saamgestel is nie (deur vou en die vorming van disulfiedbrue), word die proteïene afgebreek.
  • Selle maak baie foute in die samestelling van proteïene. Hulle laat hulle net nie in die openbaar gesien word nie.

Proteïene wat uit die ER kom, word deur COPII-bedekte vesikels na die Golgi-apparaat oorgedra.

D. Die Golgi-kompleks


Fig 14-24
Bestudeer Figuur 14-24 en 14-17 in teks vir basiese struktuur van die organel. Die Golgi-kompleks bestaan ​​uit stapel afgeplatte sakkies (cisternae) met uitgestrekte of geswelde punte. Die Golgi-kompleks het twee funksioneel en struktureel verskillende gesigte. Die gedrag van die Golgi hang af van die teenwoordigheid van ander organelle, bv. sitoskelet vir ondersteuning en beweging.

Die Golgi bestaan ​​uit drie komponente:

  • die cis Golgi netwerk
  • die Golgi-stapel en
  • die trans Golgi netwerk

Elke Golgi -stapel het twee vlakke,

  • Die cis gesig, naby die ER, is die ingangsvlak wat klein membraanblasies van die ER ontvang. Die vesikelmembrane word in die Golgi -membrane opgeneem en die inhoud van die vesikels kom in die Golgi cisternae.
  • Die trans gesig, weg van die kern na die plasmamembraan, is die uitgangsvlak waar vesikels die Golgi verlaat en na hul teikens beweeg, insluitend die buitekant van die sel.

Hier is 'n paar beelde van Golgi-apparaat uit die Biol 200-tutoriaal. Identifiseer

  • die cis en trans gesigte van golgi,
  • die trans Golgi-netwerk, en
  • vervoer vesikels in hierdie prente.

Die Golgi cisternae bevat 'n verskeidenheid transglikosilases (ensieme wat suikers van een molekule na 'n ander beweeg) wat die oligosakkariedkettings van glikoproteïene verander. Verskillende ensieme woon in verskillende streke van die kompleks.

Die grusame besonderhede van glikosilering in die Golgi -kompleks.

  • Hoe word hierdie ensieme in plek gehou en
  • hoe word die vloei van teikenproteïene deur die Golgi gereguleer?

Die vloei van vragproteïene deur die Golgi -apparaat kom van cis aan trans. (ER & gt oorgangsvesikels & gt cis Golgi Network & gt cis cisterna & gt medial cisterna & gt trans cisterna & gt trans Golgi netwerk & gt sekretoriese vesikels).

Ten spyte van hierdie vloei is daar baie inwonende proteïene wat in bepaalde dele van die Golgi gelokaliseer is. Twee klasse modelle is aangebied om die cis-tot-transvloei van vragproteïene te verduidelik terwyl die inwonende proteïene in plek bly.

1. Vesikel vervoer model:

  • Vragproteïene (maar nie inwonende proteïene nie) word deur vesikelvervoer van stapel na stapel verskuif.
  • Hierdie sortering behels ook beide
    • vorentoe, anterograde (cis aan trans), en
    • agteruit, of retrograde (trans aan cis), vloei van vesikels met proteïene, beweeg terug op die stapel.

    2. Cisternale rypwordingsmodel:

    • Die cisDie meeste sisterna is die jongste, wat onlangs uit inkomende vesikels gevorm is
    • Die transDie meeste sisterna is die oudste en breek op in vesikels soos materiaal na die trans Golgi-netwerk verskuif word
    • Vragproteïene word saam met die sisterna gedra. Inwonende proteïene word na hul regte plek teruggekeer deur retrograde beweging van vesikels.

    Daar is bewyse vir beide prosesse, en die mate waarin die werklike situasie ooreenstem met een model of die ander verskil tussen seltipes.

    Vesikels uit die trans gesig van die Golgi-stapel betree die trans Golgi-netwerk, wat dien as 'n sorteer- en verspreidingsentrum.


    Makronutriënte: berekening van u proteïene, vette en#038 koolhidrate

    Laat ons u makrovoedingstowwe uitvind! In ons pos Kalorieë: Hoeveel het ek nodig? ons het vier stappe uiteengesit om jou te help om jou Totale Daaglikse Energiebesteding (TDEE). Jou TDEE is die totale aantal kalorieë wat jy op 'n daaglikse basis benodig. Om u TDEE te ken, is 'n uitstekende eerste stap om beheer oor u dieet te neem. Nou wil ons 'n bietjie dieper delf en verken hoe jy die kalorieë van jou TDEE kan toewys.

    In hierdie pos sal ons eers kyk na 'n paar definisies en die rolle van makrovoedingstowwe in jou dieet. Dan sal ons 'n uiteensetting gee van hoe u u daaglikse behoefte aan proteïene, vet en koolhidrate kan skat. Ons verskaf ook 'n skakel na twee eenvoudige instrumente (een spesifiek ontwerp vir die ketogeniese dieet) wat hierdie berekeninge vir jou outomatiseer.

    Ons hoop dat hierdie pos u die nodige kennis en gereedskap bied om ingeligte besluite te neem oor die samestelling van u dieet.

    Sommige basiese kennis van makrovoedingstowwe

    Makronutriënte is die voedingstowwe wat ons voorsien van die energie (gemeet in kalorieë) wat ons liggame benodig vir groei, metabolisme en ander funksies. Die voorvoegsel “macro ” beteken dat groot makrovoedingstowwe in groot hoeveelhede nodig is in teenstelling met mikrovoedingstowwe (vitamiene en minerale).

    Proteïene, vette en koolhidrate vorm die groep makrovoedingstowwe. Laat ons 'n rukkie neem om kortliks na elkeen van hierdie makronutriënte te kyk.

    Koolhidrate: Dit is 'n belangrike bron van energie vir ons liggame en word in ons spiere en lewer gestoor vir latere gebruik. Voedsel wat groot hoeveelhede koolhidrate bevat, is vrugte, korrels (rys, hawer, gars, ens.) En wortels (aartappels, jams, wortels, ens.). Koolhidrate lewer 4 kalorieë energie per gram. Kyk na hierdie pos om meer oor koolhidrate te wete te kom.

    Proteïene: Ons liggame gebruik proteïene om weefsel en spiere te laat groei, organe te herstel en om hormone en ensieme te skep, proteïene word ook gebruik vir energie wanneer koolhidrate nie beskikbaar is nie. Voedsel wat hoë vlakke van proteïen bevat, sluit in pluimvee, vis, bone, dagboek, neute en peulgewasse. Proteïene lewer 4 kalorieë energie per gram.

    Vette: Om vitamiene te absorbeer, benodig ons liggame vette. Voedsel wat 'n hoë persentasie vet bevat, is kookolie, botter, neute en kaas. Van die drie makrovoedingstowwe bevat vette die hoogste aantal kalorieë per gram vette verskaf 9 kalorieë energie per gram.

    Die Instituut vir Geneeskunde (IOM) beveel in sy verslag oor dieetinname vir energie reekse vir proteïene, vette en koolhidrate aan. Die volgende tabel som IOM’s aanbevole reekse vir volwassenes op. U moet daarop let dat sommige diëte om verskillende redes nie aan hierdie reekse voldoen nie. Daar is byvoorbeeld bewyse dat diëte wat hoër vlakke van proteïen bevat (hoër as 35%) meer effektief is vir gewigsverlies 4 . Dink aan hierdie reekse as 'n baie rowwe skatting van hoe jou makronutriëntverspreiding kan lyk.

    Tabel 1. IOM & # 8217 se Makronutriënt Range Aanbevelings

    Berekening van u makronutriënte

    Noudat ons die basiese beginsels van makrovoedingstowwe bekendgestel het, kan jy voortgaan met die berekening van jou makrovoedingstowwe deur die volgende vier (4) stappe te gebruik.

    Stap 1 – TDEE: Bepaal jou Totale Daaglikse Energiebesteding (TDEE). Kyk na ons berig Kalorieë: hoeveel benodig ek? as jy hulp nodig het om jou TDEE te bepaal.

    Stap 2 – Proteïene: Skat jou vereiste proteïen-inname deur 'n persentasie uit die reeks in die tabel hierbo (Tabel 1) te kies en dit met jou TDEE te vermenigvuldig. Alternatiewelik, bepaal hoeveel gram proteïen per pond liggaamsgewig jy nodig het op grond van jou fisiese aktiwiteitsvlak. Die volgende grafiek van Bodybuilding.com beveel proteïenvlakke aan gebaseer op fisiese aktiwiteitsvlak/leefstyl.

    Tabel 2. Proteïenvereiste gebaseer op fisiese aktiwiteitsvlak

    Voorbeeldberekening: 'n Volwassene wat 150 pond weeg wat ontspanningsoefeninge doen, gebaseer op Tabel 2 hierbo, sal 0,75 gram proteïen per pond liggaamsgewig benodig.

    Daaglikse proteïeninname (in gram) = 0,75 gram per pond x 150 pond = 112,5 gram proteïen

    Skakel dan jou proteïen-inname van gram na kalorieë om om hierdie omskakeling te doen, vermenigvuldig jou daaglikse proteïen-inname (in gram) met 4.

    Voorbeeldberekening: Gebruik die resultaat in die vorige voorbeeld

    Daaglikse proteïeninname (in kalorieë) = 112,5 gram proteïen x 4 kalorieë per gram = 450 kalorieë van proteïen

    Stap 3 & # 8211 Vette: Besluit watter persentasie van u dieet vet sal wees, kies 'n persentasie tussen 15% en 35%. Vermenigvuldig hierdie persentasie met u TDEE om u vetinname in kalorieë te kry. Skakel hierdie waarde om van Calorieë na gram deur dit te deel met 9 1 gram vet lewer 9 kalorieë.

    Voorbeeldberekening: Met 'n TDEE van 2,475 kalorieë en 'n gewenste vetsamestelling van 20%

    Daaglikse vetinname (in kalorieë) = 20% x 2,475 kalorieë = 495 kalorieë van vet
    Daaglikse vetinname (in gram) = 495 kalorieë ÷ 9 kalorieë per gram = 55 gram vet

    Stap 4 – Koolhidrate: Trek jou vet- en proteïen-innamewaardes (in kalorieë) van jou TDEE af om jou vereiste koolhidraat-inname te bereken.

    Voorbeeldberekening: Gebruik die waardes uit die voorbeelde in stappe 2 en 3:

    Daaglikse koolhidraatinname (in kalorieë) = TDEE – (proteïeninname + vetinname) = 2,475 kalorieë – (495 + 450) kalorieë = 1,530 kalorieë

    Skakel die koolhidraat-inname van Kalorieë na gram deur deur 4 te deel koolhidrate verskaf 4 Kalorieë per gram.

    Daaglikse inname van koolhidrate (in gram) = 1,530 kalorieë ÷ 4 kalorieë per gram = 382,5 gram

    Laat 'n masjien die wiskunde doen!

    Nou, dit was pret! But if you’re uninterested in manually performing the calculations above, you can consider using the Free Dieting Macronutrient Calorie Counter. Both these tools are extremely helpful and let you use pre-defined ratios or define your own.

    This post provided you with a general idea of how to calculate your daily macronutrient requirements. In later posts we will take an even deeper look into each macronutrient and discuss the various differences between the subcategories of each macronutrient. For example, there are various types of fats–polyunsaturated, monounsaturated, trans and saturated fats–and our bodies treat each of these differently.


    Look on the food label of a product. If there is no label, look up the nutrition information on line. A good website for this is www.nutritiondata.com. See how many grams of protein the food contains. Multiply the amount of protein grams by four. This is the amount of kcals in the protein portion.

    How to Calculate Grams

    Now look at how many grams of carbohydrates included in this product. Multiply the carbohydrates by four. This is the amount of carbohydrate kcals in the food being evaluated.

    Find how many total fat grams there are. Multiply this number by nine. This is the amount of fat kcals. in the food.

    How to Calculate Fat, Protein & Carbohydrates

    Add the amounts of kcals in carbohydrates, fats, and proteins together for a total kcal count.

    To find the percentage of an individual component, divide the amount of kcals by the total kcal count. For example, if there are 45 kcals of fat in a 90 kcal product, you would divide 45 by 90. This food, then, is made up of fifty percent fat kcals.

    Attempt to eat the percentages recommended by the Food and Nutrition Board. Forty five to sixty five percent of your daily intake should be carbohydrates. Protein should comprise ten to thirty five percent. Fat should be twenty to thirty five percent.


    EOSC-WeNMR portals

    The Utrecht Biomolecular Interactions software portal provides access to software tools developed in the Computational Structural Biology group / NMR Research Group of Utrecht University with a main focus on the characterization of biomolecular interactions. Please note that this site is in active development.

    Navorsing

    Research within the computational structural biology group focuses on the development of reliable bioinformatic and computational approaches to predict, model and dissect biomolecular interactions at atomic level.

    For this, bioinformatic data, structural information and available biochemical or biophysical experimental data are combined to drive the modelling process. By following a holistic approach integrating various experimental information sources with computational structural biology methods we aim at obtaining a comprehensive description of the structural and dynamic landscape of complex biomolecular machines, adding the structural dimension to interaction networks and opening the route to systematic and genome-wide studies of biomolecular interactions.


    How do you calculate osmolarity of a solution?

    You multiply the molarity by the number of osmoles that each solute produces.

    Verduideliking:

    An osmole (Osmol) is 1 mol of particles that contribute to the osmotic pressure of a solution.

    For example, #"NaCl"# dissociates completely in water to form #"Na"^+# ions and #"Cl"^-# ions.

    Thus, each mole of #"NaCl"# becomes two osmoles in solution: one mole of #"Na"^+# and one mole of #"Cl"^-"# .

    A solution of 1 mol/L #"NaCl"# has an osmolarity of 2 Osmol/L.

    A solution of 1 mol/L #"CaCl"_2# has an osmolarity of 3 Osmol/L (1 mol #"Ca"^(2+)# and 2 mol #"Cl"^-# ).

    Calculate the osmolarity of blood. The concentrations of solutes are:

    #["Na"⁺] = "0.140 mol/L"#
    #"[Glucose]" = "180 mg/100 mL"#
    #"[BUN] (blood urea nitrogen)" = "20 mg/100 mL"# .

    But, each #"Na"^+# ion pairs with a negative ion #"X"^-# such as #"Cl"^-# to give 2 Osmol of particles.

    #"NaX osmolarity" = (0.140cancel("mol"))/(1"L") × "2 Osmol"/(1cancel("mol")) = "0.280 Osmol/L"#

    #"Glucose osmolarity" = (0.180 cancel("g"))/(100 cancel("mL")) × (1000 cancel("mL"))/"1 L" × (1 cancel("mol"))/(180.2 cancel("g")) × "1 Osmol"/(1 cancel("mol")) = "0.009 99 Osmol/L"#

    #"BUN osmolarity" = (0.020 cancel("g"))/(100 cancel("mL")) × (1000 cancel("mL"))/"1 L" × (1cancel("mol"))/(28.01 cancel("g")) ×"1 Osmol"/(1cancel("mol")) = "0.0071 Osmol/L"#

    #"Blood osmolarity" = "(0.280 + 0.009 99 + 0.0071) Osmol/L"= "0.297 Osmol/L" = "297 mOsmol/L"#

    Calculate the osmolarity of an IV admixture that contains 500 mL sterile water 50 mL NaHCO₃ 8.4 % 10 mL of 2 mmol/mL KCl 0.5 mL heparin 5000 units 1 mL pyridoxine 1 mL thiamine.

    Set up a table for easy calculation.

    #"Osmolarity" = "141.96 mOsmol"/(562.5 cancel("mL")) × (1000 cancel("mL"))/"1 L" = "252 mOsmol/L"#


    11. Plastids

    Plastids are found in all plant cells and in euglenoides. These are easily observed under the microscope as they are large. They bear some specific pigments, thus imparting specific colours to the plants. Based on the type of pigments

    plastids can be classified into different types:

    Protoplastids, Amyloplastids, Leucoplastids, Etioplasts, Chloro-amyloplasts and Chromoplasts.

    • Protoplasts contain brown carotenoids, chlorophyll a and chlorophyll c pigments

    • Amyloplasts synthesizes starch and stores them as granules in the stroma. Some types of plastids contain enzymes for the synthesis of certain small compounds.

    • The leucoplasts are the colourless plastids of varied shapes and sizes.

    • Rhodoplasts contain chlorophyll a and chlorophyll d along with phycobilin and phycoerythrin pigments.

    • Chloroplasts-occur in green plants are characterised by the presence of Chlorophyll a and Chlorophyll b.

    • Chromoplasts synthesize and store pigments called carotenoids, which are red, orange, or yellow molecules that give some flowers and fruits their colour.

    12. Chloroplasts

    Chloroplasts are members of a group of plant organelles collectively known as plastids. These are associated with photosynthesis. Majority of the chloroplasts of the green plants are found in the mesophyll cells of the leaves. These are lens-shaped, oval, spherical, discoid or even ribbon-like organelles having variable length (5-10 j m) and width (2-4 μm). Their number varies from 1 per cell of the Chlamydomonas, a green alga to 20-40 per cell in the mesophyll. Of the two, the inner chloroplast membrane is relatively less permeable. The space limited by the inner membrane of the chloroplast is called the stroma. A number of organised flattened membranous sacs called the thylakoids, are present in the stroma. Thylakoids are arranged in stacks like the piles of coins called grana (singular: granum) or the intergranal thylakoids. In addition, there are flat membranous tubules called the stroma lamellae connecting the thylakoids of the different grana. The membrane of the thylakoids enclose a space called a lumen. The stroma of the chloroplast contains enzymes required for the synthesis of carbohydrates and proteins. It also contains small, double-stranded circular DNA molecules and ribosomes. Chlorophyll pigments are present in the thylakoids.


    The thylakoids in chloroplasts contain chlorophyll and carotenoid pigments which are responsible for trapping light energy essential for photosynthesis. Chloroplasts develop in the parts of a plant, such as leaves, in which light gathering and photosynthesis will occur. Plants that are grown in the dark do not develop chloroplasts but instead develop a different type of plastid in their leaves. Chloroplasts develop into chromoplasts when tomatoes ripen from green to red and when green leaves of deciduous trees turn red orange or yellow.

    Functions of chloroplast

    · Chloroplasts function as the food producers of the cell and every green plant in the planet is working to convert the solar energy into sugars.

    · They are responsible for breaking down the nutrients and sugars that the cell receives and convert that into energy.

    · It enables a plant to make ATP from a system in which the electrons are provided by chlorophyll that have been activated by light.

    13. Vacuole:

    The vacuole is the membrane-bound space found in the cytoplasm. Plant cells possess a well-developed vacuolar system, which becomes more prominent in maturing cells. It is also present in the cells of animals, fungi and bacteria but they are smaller in size. In plant cells the vacuoles can occupy up to 90 percent of the volume of the cell. Vacuoles contain water, sap, excretory product and other materials not useful for the cell. The vacuole is bound by a single membrane called tonoplast. In plants, the tonoplast facilitates the transport of a number of ions and other materials against concentration gradients into the vacuole, hence, their concentration is significantly higher in the vacuole than in the cytoplasm. In Amoeba, the contractile vacuole is important for excretion. In many cells, as in protists, food vacuoles are formed by engulfing the food particles.


    In plant cells, the vacuoles accumulate a high concentration of sugars and other soluble compounds. Water enters the vacuole to dilute these sugars, generating hydrostatic pressure that is counterbalanced by the rigid wall. In this way the cells of the plant become stiff or turgid, in the same way that when an inner tube is inflated inside a bicycle tyre the combination becomes stiff. Vacuoles are generally pigmented. The beautiful colors of petals and fruits are due to presence of compounds such as the purple anthocyanins in the vacuole.

    Functions of vacuole:

    · Vacuoles aid in storing salts, nutrients, pigments, minerals, proteins, facilitating the growth of the plant and playing a vital structural role for the plant.

    · It serves in other functions such as protection, storage organelles for metabolites, growth and disposal of toxic excretory substances.