Inligting

Wat is 'n proksimale skrap-breekpunt?

Wat is 'n proksimale skrap-breekpunt?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek lees 'n tydskrif oor die verband tussen NCAM2 en outisme. Ek het op die volgende stelling in die koerant afgekom:

Gebaseer op analise met die UCSC-genoomblaaier (hg18, bou 36), is daar 'n totaal van 19 gene wat uitgevee is (Tabel I). Die proksimale delesie-breekpunt val binne die NCAM2-geen, en verwyder 17 uit 18 eksone, en die distale delesie behels 16 uit 17 eksone van die GRIK1-geen.

Ek is nie seker wat bedoel word met 'n 'proksimale skrap-breekpunt' nie. Ek het probeer om die definisie aanlyn te soek, maar ek het niks nuttig gevind nie. Enige insigte word waardeer.


Kom ons breek die frase op as een van die genoemde kommentators:

  • "proksimale": in die konteks van chromosomale posisie beteken dit nader aan sentromeer, terwyl "distaal" verder van die sentromeer (die middelste deel van die chromosoom) beteken.
  • "skrap": verwys na die gene wat verwyder is as gevolg van die ontbrekende deel van die 21ste chromosoom.
  • "breekpunt": punte waar die chromosome gebreek is wat tot die verwydering gelei het.

Om dit alles saam te voeg, sê dit dat die delesie-breekpunt nader aan die sentromeer binne die NCAM2-geen val, terwyl die delesie-breekpunt verder van die sentromeer binne die GRIK1-geen val, met die ander 17/19 gene wat tussen die twee val.

Om hierdie interpretasie te verifieer, kan ons die USCS Genome Browser gebruik soos genoem. Ons kan sien dat as ons die posisie van die NCAM2-geen en die GRIK1-geen op die 21ste chromosoom vergelyk, eersgenoemde nader aan die sentromeer is as laasgenoemde. Ons kan ook 'n steekproef doen om te verifieer dat ADAMTS1 een van die ander 19 geskrapte gene tussen hulle twee lê.


Wat is 'n proksimale skrap-breekpunt? - Biologie

Breekpunt geassosieer met 'n nuwe 2,3 Mb-skrap in die VCFS-streek van 22q11 en die rol van Alu (SINE) in herhalende mikrodelesies

Skrywers

Dokument tipe

Publikasiedatum

Tydskrif

Volume

Uitgawe

Abstrak

Agtergrond: Chromosoom 22q11.2 -gebied is hoogs vatbaar vir herrangskikking, spesifiek verwyderings wat aanleiding gee tot 'n verskeidenheid genomiese afwykings, waaronder velocardiofacial of DiGeorge -sindroom. Persone met hierdie 22q11 mikro -deletiesindroom loop 'n groot risiko om skisofrenie te ontwikkel.

Metodes: Genotipe -analise is uitgevoer op die DNA van 'n pasiënt met die 22q11 mikro -deletie met behulp van genetiese merkers en pasgemaakte primer -stelle om die verwydering te definieer. Bioinformatiese analise is uitgevoer vir molekulêre karakterisering van die delesie-breekpuntvolgorde in hierdie pasiënt.

Resultate: Hierdie 22q11-skrapingspasiënt het 'n nuwe verwydering van 2.3 Mb gehad met 'n proksimale breekpunt tussen genetiese merkers RH48663 en RH48348 en 'n distale breekpunt tussen merkers D22S1138 en SHGC-145314. Molekulêre karakterisering van die rye by die breekpunte onthul 'n gedeelde opeenvolging van 270 bp van die breekpuntstreke (SSBR) wat aan beide kante gemeen is en wat meer as 90% volgorde -ooreenkoms met mekaar het en ook kort afwisselende kernelemente/Alu -elemente.

Gevolgtrekking: Hierdie Alu -volgorde, soos SSBR, is algemeen in die omgewing van alle bekende verwyderingspunte van die 22q11 -gebied en ook in die lae kopie -herhalingsgebiede (LCR's). Hierdie volgorde kan 'n voorkeurvolgorde in die breekpuntstreke of LCR's verteenwoordig vir intra-chromosomale homoloë rekombinasiemeganismes wat lei tot algemene 22q11-delesie.

Notas

Gepubliseer in: BMC Medical Genetics, 2006, 7:18. doi: 10.1186/1471-2350-7-18


Agtergrond

Die 22q11.2 -streek is 'n brandpunt vir herrangskikkings as gevolg van skrapings, duplisering en translokasies. Hierdie herrangskikkings lei tot veranderde geendosering [1] en lei tot aangebore misvormings insluitend DiGeorge (DGS MIM 188400)[2], velokardiofasiaal (VCFS MIM 192430)[3], der(22) [4] en katoog (MIM 115470) ) sindrome [5]. Die algemeenste van hierdie 22q11.2 mikro -deletiesindrome is die VCFS/DGS, wat met 'n geskatte frekwensie van 1 uit elke 4000 lewende geboortes voorkom [6]. Dit verteenwoordig 'n verskeidenheid kliniese manifestasies, insluitend leergestremdhede, kenmerke van gesigsvoorkoms, velofaryngeale ontoereikendheid, hipernasale spraak, gesplete verhemelte en konotrunkale hartdefekte [3]. 'N Subgroep pasiënte wat erg geraak word, het ook 'n hipoplastiese of afwesige timusklier en hipoparatiroïedisme met hipokalsemie [2]. Die meeste kliniese kenmerke wat met hierdie siekte verband hou, toon veranderlike ekspressiwiteit en verminderde penetrasie [1], maar volwassenes met hierdie sindroom ontwikkel gewoonlik ernstige psigiatriese siektes, veral skisofrenie en bipolêre versteuring [7-11]. Die oorgrote meerderheid pasiënte deel 'n algemene hemisigiese skrapping van 3 Mb. Behalwe vir 'n paar seldsame gevalle, het die oorblywende pasiënte kleiner verwyderings wat binne die 3 Mb tipies verwyderde gebied (TDR) [12] geleë is.

Die molekulêre aard van die herrangskikkings wat vir 22q11 mikrodelesies verantwoordelik is, hou verband met die genomiese struktuur van die 22q11.2-streek, wat lang stukke herhaalde reekse saamgegroepeer bevat, bekend as lae-kopie-herhalings (LCR's) van >95% identiteit [13, 14 ]. Hierdie chromosoom 22-spesifieke LCR's is gerapporteer by of naby die breekpunte van die 3 Mb TDR wat die DGS/VCFS-skrap op 22q11.2 [15-20] beïnvloed. Dit is bekend dat hulle ongelyke nie-alleliese homoloë rekombinasiegebeure bemiddel en bydra tot die herrangskikkings wat verband hou met genomiese afwykings [21-23]. Interessant genoeg lyk dit nie asof alle LCR's van 22q11 ewe effektief is om mikro -deleties te veroorsaak nie, en dit verskil wel ten opsigte van sommige van hul rye. Verder bevat LCR's baie herhalende elemente soos kort afwisselende kernelemente (SINE's) en lang afwisselende kernelemente (LINE's). Hierdie elemente, veral SINE's, is betrokke by die herrangskikking van chromosome en siektes [24]. Alu-elemente, deel van die SINE-familie van oordraagbare elemente [24], is ook vasgestel as 'n rol in die modulering van die argitektuur van die menslike genoom in samewerking met menslike afwykings en in die bemiddeling van geen-herrangskikkings is vasgestel [25, 26]. Dit is dus belangrik om die aard van individuele LCR's wat verband hou met Alu -elemente in nuwe mikro -uitwissings te beoordeel.

In hierdie referaat rapporteer ons die resultate van 'n gevallestudie waarin ons die verwyderingsgebied in 'n VCFS -pasiënt gekenmerk het. Ons het 'n nuwe verwydering van 2.3 Mb in chromosoom 22q11.2 -gebied by die pasiënt geïdentifiseer. Ons het ook die rye by die twee breekpunte ontleed vir moontlike Alu -agtige elemente en 'n gedeelde volgorde van die breekpuntstreke (SSBR) geïdentifiseer wat hierdie gebied aan mikro -deleties kan blootstel.


Introniese verwydering en duplisering proksimaal van die EXT1 geen: 'n nuwe veroorsakende meganisme vir veelvuldige osteochondrome †

Ondersteun deur: Nederlandse Organisasie vir Wetenskaplike Navorsing, Toekenningsnommer: 917-76-315 (aan CJFW, CMAR en JVMGB) Europese Netwerk van Uitnemendheid EuroBoNet, Toekenningnommer: 018814 (LSHC-CT-2006-018814) (aan CJFW, MGTW , DdJ, JVMGB en KS).

Institusionele aanmelding
Meld aan by Wiley Online Library

As jy voorheen toegang verkry het met jou persoonlike rekening, meld asseblief aan.

Koop Onmiddellike Toegang
  • Kyk na die artikel PDF en die gepaardgaande aanvullings en syfers vir 'n tydperk van 48 uur.
  • Artikel kan nie gedruk word.
  • Artikel kan nie afgelaai word.
  • Artikel kan nie herverdeel word.
  • Onbeperkte besigtiging van die artikel-PDF en enige verwante aanvullings en syfers.
  • Artikel kan nie gedruk word.
  • Artikel kan nie afgelaai word.
  • Artikel kan nie herverdeel word.
  • Onbeperkte lees van die artikel/hoofstuk PDF en alle verwante aanvullings en syfers.
  • Artikel/hoofstuk kan gedruk word.
  • Artikel/hoofstuk kan afgelaai word.
  • Artikel/hoofstuk kan nie herverdeel word.

Abstrak

Veelvuldige osteochondromas (MO) is 'n sindroom waarin goedaardige kraakbeen-bedekte neoplasmas op die oppervlak van die lang bene ontwikkel. Die meeste gevalle word veroorsaak deur eksoniese veranderinge in EXT1 of EXT2, maar 15% is negatief vir hierdie veranderinge. Hier rapporteer ons vir die eerste keer 'n familie van MO -pasiënte met kiemlyn genomiese veranderings aan die EXT1 lokus sonder waarneembare mutasies of kopiegetalveranderings van EXT eksoniese rye. Array-CGH het 'n 80.7 kb-skrapping van Intron 1 van getoon EXT1 en 'n 68,9 kb duplisering proksimale van EXT1. Ons het 'n breekpunt tussen die distale einde van die gedupliseerde streek en 'n volgorde distaal van die geskrapte streek in die eerste intron geïdentifiseer. Hierdie breekpunt was afwesig by nie-geaffekteerde familielede. Die opset van die breekpunt dui op 'n direkte invoeging van die gedupliseerde gebied in die verwydering. Geen ander breekpunt is egter gevind nie, wat daarop dui dat 'n meer komplekse genomiese herrangskikking binne die gedupliseerde gebied plaasgevind het. Ons resultate toon introniese uitwissing en duplisering as 'n nuwe veroorsakende meganisme vir MO wat nie deur konvensionele diagnostiese metodes opgespoor word nie. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.


Inhoud

Die 5q-sindroom word gekenmerk deur makrocitiese anemie, dikwels 'n matige trombositose, eritroblastopenie, megakariosiet hiperplasie met kernhypolobasie en 'n geïsoleerde interstisiële deletie van chromosoom 5. Die 5q-sindroom kom veral voor by vroue by gevorderde ouderdom. [2]

Verskeie gene in die verwyderde streek speel blykbaar 'n rol in die patogenese van 5q-sindroom. [3] [4] Haploinsufficiëntie van RPS14 speel 'n sentrale rol en dra by tot die bloedarmoede via beide p53-afhanklike en p53-onafhanklike tumoronderdrukker-effekte. [4] Ander gene in hierdie streek sluit miR-145 en miR-146a in, waarvan die verwydering verband hou met die megakariositiese dysplasie en trombositose wat gesien word in 5q-sindroom [5] SPARC, wat antiproliferatiewe en antiangiogene effekte het en die kandidaat tumoronderdrukkers EGR1, CTNNA1 en CDC25C. [4]

Hierdie sindroom affekteer beenmurgselle wat behandelingsweerstandige anemie en myelodisplastiese sindrome veroorsaak wat tot akute myelogene leukemie kan lei. Die ondersoek van die beenmurg toon kenmerkende veranderinge in die megakaryosiete. Hulle is meer as gewoonlik, klein en mononukleêr. Daar kan gepaardgaande eritroïed hipoplasie in die beenmurg wees. [6]

Lenalidomied het aktiwiteit in 5q-sindroom [7] en is FDA goedgekeur vir rooibloedsel (RBC) transfusie-afhanklike anemie as gevolg van lae of intermediêre-1 (int-1) risiko myelodisplastiese sindroom (MDS) wat verband hou met chromosoom 5q delesie met of sonder addisionele sitogenetiese afwykings. [8] Daar is verskeie moontlike meganismes wat die molekulêre letsels van haplo -ontoereikendheid met lenalidomied sensitiwiteit verbind. [4] [9]

Die meeste mense wat geraak word, het 'n stabiele kliniese kursus, maar is dikwels afhanklik van oortappings. [ aanhaling nodig ]


Molekulêre kartering van delesie-breekpunte op chromosoom 4 van Drosophila melanogaster

As deel van ons poging om mutasies in alle gene op chromosoom te veroorsaak en te identifiseer 4 van Drosophila melanogaster, het ons die breekpunte van agt chromosome gekarteer 4 tekorte relatief tot die voorspelde gene langs hierdie chromosoom. Alhoewel die benaderde liggings van Df(4)G, Df(4)C3, Df (4) M101-62f, Df (4) M101-63a, Df(4)J2, Df (4) O2, Df (4) C1-10AT, en Df(4)B2-2D is bekend (sommige uit sitologiese waarnemings en ander voorspel uit P element liggings), is die omvang van hierdie delesies nie gekarteer met betrekking tot die voorspelde gene wat deur die Drosophila Genome Project geïdentifiseer is nie. Polimerase kettingreaksie primers is ontwerp om die voorspelde eksone van alle chromosome te versterk 4 gene, en homosigotiese embrio's vir elke tekort is geïdentifiseer en hul DNA is gebruik om te toets vir die teenwoordigheid of afwesigheid van hierdie eksons. Deur te toets of dit nie moontlik is om verskillende eksone langs die chromosoom te versterk nie, kon ons vasstel watter voorspelde gene in elke tekort ontbreek. Die vyf tekortkominge, Df (4) G, Df (4) C3, Df(4)C1-10AT, en Df(4)B2-20 (alle terminale skrappings), en Df(4)M101-62f ('n proksimale interstisiële delesie), het ons in staat gestel om die geenbevattende, regterarm van chromosoom te verdeel 4 in vyf streke. Streek A [ontbloot deur Df(4)M101-62f] bevat die proksimale mees 21 gene streek B [ontbloot deur Df(4)B2-2D] bevat die volgende 12 gene streek C [ontbloot deur Df(4)B2-2D en Df(4)C1-10AT] bevat die volgende 17 gene streek D [ontbloot deur Df(4)B2-2D, Df(4)C1-10AT, en Df(4)C3] bevat die volgende 21 gene en streek E [ontbloot deur Df (4) B2-2D, Df (4) C1-10AT, Df(4)C3, en Df (4) G] bevat die distaal-meeste tien gene. Deur die gebruik van Df (4) M101-62f, Df(4)B2-2D, Df (4) C1-10AT, Df (4) C3, en Df(4)G in aanvullingstoetse kan ons nuut-geïnduseerde resessiewe dodelike mutasies aan een van die vyf streke op chromosoom toewys 4. Dit sal die hoeveelheid DHPLC-analise wat nodig is om elke mutasie te pas by 'n voorspelde transkripsie op chromosoom aansienlik verminder 4.

Dit is 'n voorsmakie van intekeninginhoud, toegang via u instelling.


Akute myeloïede leukemie (AML) geassosieer met 'n inversie in chromosoom 16 het 'n relatief gunstige prognose. Die AML-subklas wat die meeste met hierdie chromosomale abnormaliteit geassosieer word, is akute myelomonositiese leukemie met abnormale eosinofiele. By sommige AML -pasiënte met inversie 16 lei die chromosomale letsel tot die verwydering van MRP, die geen vir proteïen wat verband hou met multiresistensie. Hierdie geen is naby aan die primêre breekpunt en die verlies aan sy funksie kan 'n sleutelrol speel in die bepaling van die gunstige uitkoms in inversie 16 AML. Ons het getoon dat MRP verwyder word deur in situ hibridisering, deur gene doseringsstudies en deur die verlies van heterogeniteit van 'n flankerende mikrosatelliet merker. Onder 13 AML -pasiënte met inversie is 16 MRP -uitwissing by 5 opgemerk, terwyl 7 geen verwydering gehad het nie. Deletie van MRP-geen was geassosieer met langer tyd vanaf diagnose tot dood of terugval van volledige remissie (p=0·007). Hierdie bevindinge bied belangrike insig in die biologie van inversie 16 -leukemie en dui daarop dat MRP -verwydering, soos opgespoor deur molekulêre analise, 'n sleutelrol kan speel in die bepaling van die uitkoms by pasiënte met inversie 16 AML.

  • APA
  • Skrywer
  • BIBTEX
  • Harvard
  • Standaard
  • RIS
  • Vancouver

Deletie van geen vir multigeneesmiddelweerstand in akute myeloïde leukemie met inversie in chromosoom 16: prognostiese implikasies. / Kuss, B. J. Eyre, H. J. Lane, S. A. Nancarrow, J. K. Whitmore, S. A. Callen, D. F. Deeley, R. G. Cole, Susan P. C. Willman, C. L. Kopecky, K. L. Willman, C. L. Kopecky, Kj Wolman, S. R. Wolman, S. R.

In: The Lancet, Vol. 343, nr. 8912, 18.06.1994, p. 1531-1534.

Navorsingsuitset : Bydrae tot tydskrif › Artikel › ewekniebeoordeling

T1 - Verwydering van geen vir multidrugweerstand in akute myeloïde leukemie met inversie in chromosoom 16

T2 - prognostiese implikasies

N2 - Akute myeloïede leukemie (AML) wat geassosieer word met 'n inversie in chromosoom 16 het 'n relatief gunstige prognose. Die AML -subklas wat die meeste met hierdie chromosomale abnormaliteit verband hou, is akute myelomonositiese leukemie met abnormale eosinofiele. By sommige AML -pasiënte met inversie 16 lei die chromosomale letsel tot die verwydering van MRP, die geen vir proteïen wat verband hou met multiresistensie. Hierdie geen is proksimaal tot die primêre breekpunt en verlies van sy funksie kan 'n sleutelrol speel in die bepaling van die gunstige uitkoms in inversie 16 AML. Ons het delesie van MRP gedemonstreer deur in situ hibridisasie, deur geen dosis studies en deur die verlies van heterogeniteit van 'n flankerende mikrosatelliet merker te bestudeer. Onder 13 AML-pasiënte met inversie is 16 MRP-uitwissing in 5 opgespoor terwyl 7 geen uitwissing gehad het nie. Deletie van MRP-geen was geassosieer met langer tyd vanaf diagnose tot dood of terugval van volledige remissie (p=0·007). Hierdie bevindinge verskaf belangrike insig in die biologie van inversie 16 leukemie en stel voor dat MRP-delesie, soos opgespoor deur molekulêre analise, 'n sleutelrol kan speel in die bepaling van uitkoms by pasiënte met inversie 16 AML.

AB - Akute myeloïede leukemie (AML) geassosieer met 'n inversie in chromosoom 16 het 'n relatief gunstige prognose. Die AML-subklas wat die meeste met hierdie chromosomale abnormaliteit geassosieer word, is akute myelomonositiese leukemie met abnormale eosinofiele. By sommige AML -pasiënte met inversie 16 lei die chromosomale letsel tot die verwydering van MRP, die geen vir proteïen wat verband hou met multiresistensie. Hierdie geen is proksimaal tot die primêre breekpunt en verlies van sy funksie kan 'n sleutelrol speel in die bepaling van die gunstige uitkoms in inversie 16 AML. Ons het getoon dat MRP verwyder word deur in situ hibridisering, deur gene doseringsstudies en deur die verlies van heterogeniteit van 'n flankerende mikrosatelliet merker. Onder 13 AML-pasiënte met inversie is 16 MRP-uitwissing in 5 opgespoor terwyl 7 geen uitwissing gehad het nie. Die verwydering van die MRP -geen hou verband met langer tyd vanaf die diagnose tot die dood of terugval van volledige remissie (p = 0 · 007). Hierdie bevindinge bied belangrike insig in die biologie van inversie 16 -leukemie en dui daarop dat MRP -verwydering, soos opgespoor deur molekulêre analise, 'n sleutelrol kan speel in die bepaling van die uitkoms by pasiënte met inversie 16 AML.


Verwysings

van den Berg H, Kroon HM, Slaar A, Hogendoorn P: Insidensie van biopsie-bewese beentumors by kinders: 'n verslag gebaseer op die Nederlandse patologieregistrasie "PALGA". Tydskrif vir pediatriese ortopedie. 2008, 28 (1): 29-35. 10.1097/BPO.0b013e3181558cb5.

Hennekam RCM: Oorerflike veelvuldige eksostoses. J Med Genet. 1991, 28: 262-266. 10.1136/jmg.28.4.262.

Schmale GA, Conrad EU, Raskind WH: Die natuurlike geskiedenis van oorerflike veelvoudige eksostoses. J Bone Gesamentlike Surg Br. 1994, 76 (A): 986-992.

Bovée J, Hogendoorn P: Meervoudige osteochondromas. Wêreldgesondheidsorganisasie klassifikasie van gewasse Patologie en genetika van gewasse van sagteweefsel en been. Geredigeer deur: Fletcher C, Unni K, Mertens F. 2002, Lyon: IARC Press, 360-362.

Solomon L: Oorerflike veelvoudige eksostose. J Beengewrigchirurgie (Br). 1963, 45: 292-304.

Luckert Wicklund C, Pauli RM, Johnston D, Hecht JT: Natuurgeskiedenisstudie van oorerflike veelvuldige eksostoses. Am J Med Genet. 1995, 55: 43-46. 10.1002/ajmg.1320550113.

Ahn J, Lüdecke H, Lindow S, Horton WA, Lee B, Wagner MJ, Horsthemke B, Wells DE: Kloning van die vermeende tumoronderdrukker geen vir oorerflike veelvoudige eksostoses (EXT1). Natuurgenetika. 1995, 11: 137-143. 10.1038/ng1095-137.

Stickens D, Clines G, Burbee D, Ramos P, Thomas S, Hogue D, Hecht JT, Lovett M, Evans GA: Die EXT2 veelvuldige eksostose-geen definieer 'n familie van vermeende tumoronderdrukkergene. Natuur Genet. 1996, 14: 25-32. 10.1038/ng0996-25.

Wuyts W, Van Hul W, Wauters J, Nemtsova M, Reyniers E, Van Hul E, De Boulle K, de Vries BBA, Hendrickx J, Herrygers I, Bossuyt P, Balemans W, Fransen E, Vits L, Coucke P, Nowak NJ, Shows TB, Mallet L, van den Ouweland AMW, McGaughran J, Halley DJJ, Willems PJ: Posisionele kloning van 'n geen betrokke by oorerflike veelvuldige eksostoses. Menslike molekulêre genetika. 1996, 5 (10): 1547-1557. 10.1093/hmg/5.10.1547.

Lüdecke HJ, Ahn J, Lin X, Hill A, Wagner MJ, Schomburg L, Horsthemke B, Wells DE: Genomiese organisasie en promotorstruktuur van die menslike EXT1-geen. Genomika. 1997, 40: 351-354. 10.1006/geno.1996.4577.

Clines GA, Ashley JA, Shah S, Lovett M: Die struktuur van die menslike veelvoud eksotiseer 2 gene en karakterisering van homoloë by muise en caenorhabditis elegans. Genoomnavorsing. 1997, 7: 359-367.

Bovée J, Cleton-Jansen A, Wuyts W, Caethoven G, Taminiau A, Bakker E, Van Hul W, Cornelisse P, Hogendoorn P: EXT mutasie-analise en verlies van heterosigositeit by sporadiese en oorerflike osteochondromas en sekondêre chondrosarcomas. AmJHumGenet. 1999, 65: 689-698.

Jones KB, Piombo V, Searby C, Kurriger G, Yang B, Grabellus F, Roughley PJ, Morcuende JA, Buckwalter JA, Capecchi MR, Vortkamp A, Sheffield VC: 'n muismodel van osteochondromagenese uit klonale inaktivering van Ext1 in chondrocyte. Verrigtinge van die National Academy of Sciences van die Verenigde State van Amerika. 2010, 107 (5): 2054-2059. 10.1073/pnas.0910875107.

Jennes I, Pedrini E, Zuntini M, Mordenti M, Balkassmi S, Asteggiano CG, Casey B, Bakker B, Sangiorgi L, Wuyts W: Veelvuldige osteochondromas: mutasie-opdatering en beskrywing van die meervoudige osteochondromas-mutasiedatabasis (MOdb). Menslike mutasie. 2009, 30 (12): 1620-1627. 10.1002/humu.21123.

White SJ, Vink GR, Kriek M, Wuyts W, Schouten J, Bakker B, Breuning MH, den Dunnen JT: Twee-kleur multiplex ligasie-afhanklike sonde versterking: opsporing van genomiese herrangskikkings in oorerflike veelvoudige eksostoses. Menslike mutasie. 2004, 24 (1): 86-92. 10.1002/humu.20054.

Jennes I, Entius MM, Van Hul E, Parra A, Sangiorgi L, Wuyts W: Mutasiesifting van EXT1 en EXT2 deur denaturering van hoëprestasie vloeistofchromatografie, direkte volgorde-analise, fluorescentie in situ-hibridisering en 'n nuwe multiplex ligasie-afhanklike sonde amplifikasie-sonde gestel in pasiënte met veelvuldige osteochondromas. J Mol Diagn. 2008, 10 (1): 85-92. 10.2353/jmoldx.2008.070086.

Chen JM, Cooper DN, Ferec C, Kehrer-Sawatzki H, Patrinos GP: Genomiese herrangskikkings in oorerflike siektes en kanker. Seminare in kankerbiologie. 20 (4): 222-233.

Hall BD, Langer LO, Giedion A, Smith DW, Cohen MM, Beals RK, Brandner M: Langer-Giedion-sindroom. Geboortedefekte oorspronklike artikelreeks. 1974, 10 (12): 147-164.

Lüdecke HJ, Wagner MJ, Nardmann J, La Pillo B, Parrish JE, Willems PJ, Haan EA, Frydman M, Hamers GJH, Wells DE, Horsthemke B. -Giedion sindroom. Menslike molekulêre genetika. 1995, 4 (1): 31-36. 10.1093/hmg/4.1.31.

Bartsch O, Wuyts W, Van Hul W, Hecht JT, Meinecke P, Hogue D, Werner W, Zabel B, Hinkel GK, Powell CM, Shaffer LG, Willems PJ: Afbakening van 'n aangrensende gene -sindroom met veelvuldige eksostoses, vergrote pariëtale foramina , kraniofasiale dysostose en verstandelike vertraging, wat veroorsaak word deur verwyderings op die kort arm van chromosoom 11. Amerikaanse tydskrif vir menslike genetika. 1996, 58: 734-742.

Romeike BF, Wuyts W: Proximale chromosoom 11p aaneenlopende geenverwyderingsindroom fenotipe: gevalverslag en hersiening van die literatuur. Kliniese neuropatologie. 2007, 26 (1): 1-11.

Szuhai K, Jennes I, de Jong D, Bovee JV, Wiweger M, Wuyts W, Hogendoorn PC. Menslike mutasie. 32 (2): E2036-2049.

Abeysinghe SS, Chuzhanova N, Krawczak M, Ball EV, Cooper DN: Breekpunte vir translokasie en growwe skraping by menslike oorerflike siektes en kanker I: Nukleotiedsamestelling en rekombinasie-geassosieerde motiewe. Menslike mutasie. 2003, 22 (3): 229-244. 10.1002/humu.10254.

Lieber MR: Die meganisme van menslike nie -homoloë DNA -eindverbinding. Die Tydskrif vir biologiese chemie. 2008, 283 (1): 1-5.

Ma JL, Kim EM, Haber JE, Lee SE: Gis Mre11 en Rad1 proteïene definieer 'n Ku-onafhanklike meganisme om dubbeldraad breuke te herstel sonder oorvleuelende eindreekse. Molekulêre en sellulêre biologie. 2003, 23 (23): 8820-8828. 10.1128/MCB.23.23.8820-8828.2003.

McVey M, Lee SE: MMEJ herstel van dubbel-string breek (direkteur se snit): geskrap rye en alternatiewe eindes. Tendense Genet. 2008, 24 (11): 529-538. 10.1016/j.tig.2008.08.007.

Hastings PJ, Ira G, Lupski JR: 'n Mikrohomologie-gemedieerde breek-geïnduseerde replikasiemodel vir die oorsprong van menslike kopiegetalvariasie. PLoS genetika. 2009, 5 (1): e1000327-10.1371/journal.pgen.1000327.

Zucman-Rossi J, Legoix P, Der Sarkissian H, Cheret G, Sor F, Bernardi A, Cazes L, Giraud S, Ollagnon E, Lenoir G, Thomas G: NF2-geen by neurofibromatose tipe 2-pasiënte. Menslike molekulêre genetika. 1998, 7 (13): 2095-2101. 10.1093/hmg/7.13.2095.

van Zelm MC, Geertsema C, Nieuwenhuis N, de Ridder D, Conley ME, Schiff C, Tezcan I, Bernatowska E, Hartwig NG, Sanders EA, Litzman J, Kondratenko I, van Dongen JJ, van der Burg M: Gross deletions IGHM, BTK of Artemis: 'n model vir genomiese letsels wat deur transponeerbare elemente bemiddel word. Amerikaanse tydskrif vir menslike genetika. 2008, 82 (2): 320-332. 10.1016/j.ajhg.2007.10.011.

Deininger PL, Batzer MA: Alu-herhalings en menslike siekte. Molekulêre genetika en metabolisme. 1999, 67 (3): 183-193. 10.1006/mgme.1999.2864.

DeCerbo J, Carmichael GG: SINEs dui op oorvloedige redigering in die menslike genoom. Genoombiologie. 2005, 6 (4): 216-10.1186/gb-2005-6-4-216.

Weiner AM, Deininger PL, Efstratiadis A: Nie -virale retroposone: gene, pseudogenes en transponeerbare elemente wat gegenereer word deur die omgekeerde vloei van genetiese inligting. Jaarlikse oorsig van biochemie. 1986, 55: 631-661. 10.1146/annurev.bi.55.070186.003215.

Hasler J, Samuelsson T, Strub K: Nuttige 'rommel': Alu RNA's in die menslike transkriptoom. Cell Mol Life Sci. 2007, 64 (14): 1793-1800. 10.1007/s00018-007-7084-0.

Shaw CJ, Lupski JR: Implikasies van menslike genoomargitektuur vir herrangskikkingsgebaseerde versteurings: die genomiese basis van siekte. Menslike molekulêre genetika. 2004, 13 (Spes. No 1): R57-64.

de Smith AJ, Tsalenko A, Sampas N, Scheffer A, Yamada NA, Tsang P, Ben-Dor A, Yakhini Z, Ellis RJ, Bruhn L, Laderman S, Froguel P, Blakemore AI: Array CGH analise van kopiegetalvariasie identifiseer 1284 nuwe gene -variant by gesonde wit mans: implikasies vir assosiasiestudies van komplekse siektes. Menslike molekulêre genetika. 2007, 16 (23): 2783-2794. 10.1093/hmg/ddm208.

Sen SK, Han K, Wang J, Lee J, Wang H, Callinan PA, Dyer M, Cordaux R, Liang P, Batzer MA: Menslike genomiese deleties gemedieer deur rekombinasie tussen Alu -elemente. Amerikaanse tydskrif vir menslike genetika. 2006, 79 (1): 41-53. 10.1086/504600.

Han K, Lee J, Meyer TJ, Wang J, Sen SK, Srikanta D, Liang P, Batzer MA: Alu rekombinasie-gemedieerde strukturele deleties in die sjimpansee genoom. PLoS genetika. 2007, 3 (10): 1939-1949.

Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J, Devon K, Dewar K, Doyle M, FitzHugh W, Funke R, Gage D, Harris K, Heaford A, Howland J, Kann L, Lehoczky J , LeVine R, McEwan P, McKernan K, Meldrim J, Mesirov JP, Miranda C, Morris W, Naylor J, Raymond C, Rosetti M, Santos R, Sheridan A, Sougnez C, Stange-Thomann N, Stojanovic N, Subramanian A. , Wyman D, Rogers J, Sulston J, Ainscough R, Beck S, Bentley D, Burton J, Clee C, Carter N, Coulson A, Deadman R, Deloukas P, Dunham A, Dunham I, Durbin R, French L, Grafham D, Gregory S, Hubbard T, Humphray S, Hunt A, Jones M, Lloyd C, McMurray A, Matthews L, Mercer S, Milne S, Mullikin JC, Mungall A, Plumb R, Ross M, Shownkeen R, Sims S, Waterston RH, Wilson RK, Hillier LW, McPherson JD, Marra MA, Mardis ER, Fulton LA, Chinwalla AT, Pepin KH, Gish WR, Chissoe SL, Wendl MC, Delehaunty KD, Miner TL, Delehaunty A, Kramer JB, Cook LL , Fulton RS, Johnson DL, Minx PJ, Clifton SW, Hawkins T, Branscomb E, Predki P, Richardson P, Wenning S, S lezak T, Doggett N, Cheng JF, Olsen A, Lucas S, Elkin C, Uberbacher E, Frazier M, Gibbs RA, Muzny DM, Scherer SE, Bouck JB, Sodergren EJ, Worley KC, Rives CM, Gorrell JH, Metzker ML , Naylor SL, Kucherlapati RS, Nelson DL, Weinstock GM, Sakaki Y, Fujiyama A, Hattori M, Yada T, Toyoda A, Itoh T, Kawagoe C, Watanabe H, Totoki Y, Taylor T, Weissenbach J, Heilig R, Saurin W, Artiguenave F, Brottier P, Bruls T, Pelletier E, Robert C, Wincker P, Smith DR, Doucette-Stamm L, Rubenfield M, Weinstock K, Lee HM, Dubois J, Rosenthal A, Platzer M, Nyakatura G, Taudien S, Rump A, Yang H, Yu J, Wang J, Huang G, Gu J, Hood L, Rowen L, Madan A, Qin S, Davis RW, Federspiel NA, Abola AP, Proctor MJ, Myers RM, Schmutz J, Dickson M, Grimwood J, Cox DR, Olson MV, Kaul R, Raymond C, Shimizu N, Kawasaki K, Minoshima S, Evans GA, Athanasiou M, Schultz R, Roe BA, Chen F, Pan H, Ramser J, Lehrach H. , Reinhardt R, McCombie WR, de la Bastide M, Dedhia N, Blocker H, Hornischer K, Nordsiek G, Agarwala R, Aravind L, Ba iley JA, Bateman A, Batzoglou S, Birney E, Bork P, Brown DG, Burge CB, Cerutti L, Chen HC, Church D, Clamp M, Copley RR, Doerks T, Eddy SR, Eichler EE, Furey TS, Galagan J , Gilbert JG, Harmon C, Hayashizaki Y, Haussler D, Hermjakob H, Hokamp K, Jang W, Johnson LS, Jones TA, Kasif S, Kaspryzk A, Kennedy S, Kent WJ, Kitts P, Koonin EV, Korf I, Kulp D, Lancet D, Lowe TM, McLysaght A, Mikkelsen T, Moran JV, Mulder N, Pollara VJ, Ponting CP, Schuler G, Schultz J, Slater G, Smit AF, Stupka E, Szustakowski J, Thierry-Mieg D, Thierry -Mieg J, Wagner L, Wallis J, Wheeler R, Williams A, Wolf YI, Wolfe KH, Yang SP, Yeh RF, Collins F, Guyer MS, Peterson J, Felsenfeld A, Wetterstrand KA, Patrinos A, Morgan MJ, de Jong P, Catanese JJ, Osoegawa K, Shizuya H, Choi S, Chen YJ: Aanvanklike volgordebepaling en analise van die menslike genoom. Natuur. 2001, 409 (6822): 860-921. 10.1038/35057062.

Geskiedenis voor publikasie

Die voorpublikasiegeskiedenis vir hierdie referaat kan hier verkry word: http://www.biomedcentral.com/1471-2350/12/85/prepub


SAAK VERSLAG

Ons pasiënt is op 30 weke van die swangerskap gebore deur 'n hoekpunt van vaginale aflewering. Sy het 1531 g geweeg en was 40 cm lank. Bloedprobleme is tydens die swangerskap aangemeld, maar geen opname in die hospitaal was nodig nie. Daar is 'n afname in fetale aktiwiteit. Hipotonie en 'n swak suigrefleks met voedingsprobleme is kort na geboorte waargeneem. Chromosoomstudies het getoon dat die tipiese verwydering van chromosoom 15q11-q13 bevestig word deur fluoressensie in situ hibridisering met behulp van probes SNRPN, D15S11 en GABRB3. Daarbenewens was polimerase kettingreaksie (PCR) metileringstoetsing diagnosties vir PWS. Histories het sy die tipiese kenmerke van PWS gehad, insluitend 'n smal voorkop, 'n klein neusie wat neergedraai het, 'n neergedraaide mond, hipotonie, klein hande en voete, vetsug in die vroeë kinderjare, leer- en gedragsprobleme en velpluk. Sy het ook hipopigmentasie gehad met betrekking tot ander familielede, gewoonlik by persone met 'n verwydering van 15q11-q13. 13, 20 Sy het nie diabetes gehad nie en het in die verlede normale tiroïedfunksietoetse ondergaan, hoewel sy 'n lang geskiedenis van vetsug gehad het. Sy het 'n geskiedenis van ongewone eetpatrone gehad met hiperfagie en voedselsoekery wat tot vetsug in die vroeë kinderjare gelei het. Die yskas en kombuiskaste is toegesluit in die huislike omgewing. Sy het nog nie slaapapnee gehad nie, maar sy is lomerig. Op 17 -jarige ouderdom weeg sy 98,9 kg (& gt & gt97de sentiel) en was 149,9 cm (3de sentiel) lank. Sy is nie met psigotropiese medikasie behandel nie, hoewel gedragsprobleme, insluitend velpluk, in die vroeë kinderjare voorkom. Sy het ontwikkelingsvertraging en ligte verstandelike gestremdheid gehad. Sy het 'n geskiedenis van lees- en wiskundeprobleme gehad wat spesiale onderwys en spraakterapie vereis het. Sy swem graag, maar hou nie van fietsry, stap of dans nie. Sy geniet dit om met handwerk en legkaarte te werk.

Mikrosatelliet-analise met PCR met behulp van 19 kort tandem-herhalings van die 15q11-q13-streek het 'n paternaal-afgeleide deleting van verskeie insiggewende lokusse getoon (byvoorbeeld, D15S817, D15S63, D15S210, GABRA5, D15S822) ondersteunende breekpunte by BP2 en BP3. Interessant genoeg het sy drie allele by D15S541, D15S542 en D15S1035 gehad, wat sentromeries is tot breekpunt BP2 binne die 15q11-q13 streek, wat 'n duplisering van hierdie lokusse aandui (tabel 1). Dieselfde duplisering word gedeel deur haar fenotipies normale pa en ooms deur PCR -analise, maar nie deur die twee onaangetaste vroulike sibbe van die proband nie. Geen ander persoon wat in die gesin getoets is, het die verwydering of duplisering getoon nie (tabel 1).


Introniese verwydering en duplisering proksimaal van die EXT1 geen: 'n Nuwe veroorsakende meganisme vir veelvuldige osteochondromas †

Ondersteun deur: Nederlandse Organisasie vir Wetenskaplike Navorsing, Toekenningsnommer: 917-76-315 (aan CJFW, CMAR en JVMGB) Europese Netwerk van Uitnemendheid EuroBoNet, Toekenningnommer: 018814 (LSHC-CT-2006-018814) (aan CJFW, MGTW , DdJ, JVMGB en KS).

Abstrak

Veelvuldige osteochondromas (MO) is 'n sindroom waarin goedaardige kraakbeenbedekte neoplasmas op die oppervlak van die lang bene ontwikkel. Die meeste gevalle word veroorsaak deur eksoniese veranderinge in EXT1 of EXT2, maar 15% is negatief vir hierdie veranderinge. Hier rapporteer ons vir die eerste keer 'n familie van MO pasiënte met kiemlyn genomiese veranderinge by die EXT1 locus sonder opspoorbare mutasies of kopiegetalveranderings van EXT eksoniese rye. Array-CGH het 'n verwydering van Intron 1 van 80,7 kb getoon EXT1 en 'n duplisering proksimale van 68,9 kb EXT1. Ons het 'n breekpunt tussen die distale einde van die gedupliseerde gebied en 'n volgorde distaal van die verwyderde gebied in die eerste intron geïdentifiseer. Hierdie breekpunt was afwesig by nie-geaffekteerde familielede. Die opset van die breekpunt dui op 'n direkte invoeging van die gedupliseerde gebied in die verwydering. However, no other breakpoint was found, which suggests a more complex genomic rearrangement has occurred within the duplicated region. Our results reveal intronic deletion and duplication as a new causative mechanism for MO not detected by conventional diagnostic methods. © 2013 Wiley Periodicals, Inc.