Inligting

MiRNA_ID na GENE_SYMBOL omskakeling

MiRNA_ID na GENE_SYMBOL omskakeling


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek het 'n lys van miRNA ID's en 'n lys van mRNA ID's en hulle is van Muskulus spesies. Ek het die lys van mRNA ID's na geensimbole omgeskakel deur 'n lys van data wat in NCBI en miRNA ID's bestaan ​​het na geensimbole deur Diana te gebruik, maar ek het in die moeilikheid gekom omdat geensimbole op NCBI nie ooreenstem met die geensimbole wat bestaan op Diana-werf. Ek dink die probleem is dat die benaming van geensimbole nie 'n spesifieke reël in verskillende databasisse volg nie en nie gestandaardiseer is nie. Kan iemand vir my 'n goeie manier vertel om beide mRNA- en miRNA-lyste te transformeer na 'n platform, byvoorbeeld unigeen wat uniek sal wees in alle soorte databasisse?


Vir muisgenename en ander besonderhede moet jy na die muisgenoom-informatikadatabasis verwys (dit is 'n standaard organisme-spesifieke databasis soos vliegbasis [Drosophila], SGD [gis], ens.).

Dit is egter baie beter om met RefSeq ID's te werk. Boonop word daar selde na miRNA's verwys deur hul geenname te gebruik. Hou altyd by die miRNA-naamkonvensie wat in miRbase beskryf word.

Ek is nie seker waarin jy eintlik belangstel nie. As jy van plan is om miRNA's na hul teikens te karteer, kan jy een van die standaard geenname saam met die RefSeq ID gebruik. As jy miRanda of TargetScan gebruik om die teikens te voorspel, gee hierdie programme verskillende identifiseerders vir die teikengeen, insluitend sy amptelike geennaam.

Oor die algemeen, vir ID-omskakeling, sou ek BioMart verkies.


Kyk die video: MiARN (Oktober 2022).