Inligting

Enkele nukleotied polimorfismes en siektes

Enkele nukleotied polimorfismes en siektes



We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek skryf 'n verslag oor hoe enkele nukleotied polimorfismes in elk van hierdie streke voorkom:

  1. Transkripsiefaktor (TF) bindingsplekke
  2. Epigentiese seine
  3. Verskeie variante
  4. MikroRNA-bindingsplekke
  5. Koderingstreke

siektes kan veroorsaak. Verwante literatuurvoorstel van jou of net inligting wat jy weet sal dankbaar wees


SNP's in al hierdie streke sal die DNS-volgorde wysig. Effekte sal afhang van waar presies die SNP is. Ek gee 'n opsomming van die toestande waarin die maksimum effek moontlik is

  1. Transkripsiefaktore (TF's) bindingsplekke: SNP in die nukleotiedposisies wat bind aan die herkenningsaminosure in die TF
  2. Epigentiese seine: C-> X [x: A, G, T] SNP's kan DNA-metilering-hotspots ontwrig
  3. Verskeie variëteite: SNP's op skenker-/aannemerwebwerwe kan intronretensie veroorsaak
  4. mikroRNA-bindingsplekke: SNP in saadstreek kan miRNA-teikening afskaf
  5. Koderingsstreke: sekere SNP's kan voortydige stopkodons skep vir bv. CAG (Gln) -> UAG (stop)

daar is baie werk aan SNP's. As jy in pubmed vir al hierdie kategorieë soek, sal jy baie navorsingsartikels sowel as resensies kry.


Biologie/DNA

Inleiding

Enkel-nukleotied polimorfismes (SNP's) is basiese paar (bp) variasies op spesifieke plekke in die genoom. Per definisie word 'n genetiese variasie by 'n enkele bp-lokus nie as 'n SNP beskou nie, tensy ten minste twee allele frekwensies van meer as 1% in 'n groot populasie van onverwante individue het. Die haploïede menslike genoom bestaan ​​uit ongeveer 3 biljoen pk. Die aantal SNP's word na raming 10–11 miljoen, wat gemiddeld een SNP per 275 bp gee. Die oorgrote meerderheid SNP's het slegs twee allele omdat die mutasiesnelheid by 'n spesifieke bp -posisie uiters laag is en dit hoogs onwaarskynlik is dat twee puntmutasies mettertyd op dieselfde posisie plaasvind. Om hierdie rede is SNP's op groot skaal gebruik om die geskiedenis van bevolkings in kaart te bring deur die verspreiding van SNP -allele tussen bestaande en vorige bevolkings te identifiseer. SNP -merkers is ook die beste keuse vir die bou van 'n digte stel polimorfiese merkers wat gebruik kan word om die verband tussen die merkers en 'n spesifieke eienskap of siekte te bestudeer.

SNP's het baie potensiële gebruike in forensiese genetiese ondersoeke, insluitend skatting van etnisiteit, menslike eienskappe of siektes. Hierdie kwessies word in ander artikels van hierdie boek aangespreek. Hier word die gebruik van SNP's vir menslike identifikasie bespreek.


Genusstudies van baber: vordering en perspektiewe

Yulin Jin,. Zhanjiang Liu, in Genomika in akwakultuur, 2016

Enkelnukleotied polimorfismes

Enkelnukleotiedpolimorfismes (SNP's) is polimorfismes wat veroorsaak word deur puntmutasies wat aanleiding gee tot verskillende allele wat alternatiewe basisse bevat op 'n gegewe posisie van nukleotied binne 'n lokus. Vanweë hul groot hoeveelheid in die genoom dien SNP's reeds as die oorheersende merktipe. Baie opeenvolgingstegnieke en bioinformatika -metodes word toegepas vir SNP -ontwikkeling en identifikasie, soos willekeurige haelgeweervolgorde, PCR amplicon -geteikende volgordebepaling, RNA -volgordebepaling en bioinformatiese ontginning van ESTs -databasisse (Liu en Cordes, 2004). Vir identifikasie van EST-afgeleide SNP's is kwaliteitstandaarde vasgestel ten einde die moontlikheid van volgordebepalingsfoute te verminder (Wang et al., 2008). Contigs met ten minste vier rye met die geringe allele volgorde wat ten minste twee keer voorgestel is, het 'n hoë SNP -validering gegee. Deur EST-hulpbronne van kanaalbaber te gebruik, het Wang et al. (2010) het meer as 300 000 vermeende SNP's geïdentifiseer. Gebaseer op RNA-Seq, is meer as 2 miljoen vermeende SNP's geïdentifiseer uit kanaalvis, terwyl byna 2,5 miljoen vermeende SNP's uit blou baber geïdentifiseer is met behulp van die volgende generasie DNA-volgorde tegnologie (Liu et al., 2011). Van hierdie vermeende SNP's is 'n stel gefiltreerde SNP's geïdentifiseer, wat 342,104 intraspesifieke SNP's vir kanaalbaber, 366,269 intraspesifieke SNP's vir blou baber, en 420,727 interspesifieke SNP's tussen kanaalbaber en blou katvis ingesluit het. Hierdie gefiltreerde SNP's is versprei binne 16,562 unieke gene in kanaalvis en 17,423 unieke gene in blou baber (Liu et al., 2011). Onlangs het 'n totaal van 8.4 miljoen vermeende SNP's deur 'n volledige genoomhervorming van vier akwakultuurbevolkings in die groot kanaal baber, sowel as een natuurlike bevolking, gesorg (Sun et al., 2014). Die geïdentifiseerde SNP's bied 'n broodnodige bron vir genetiese studies in die wetenskaplike gemeenskap van babers, wat bydra tot die ontwikkeling van hoëdigtheid, koste-effektiewe genotiperingsplatforms. Validasie en toetsing van hierdie SNP's met behulp van SNP-skikkings sal die wesenlike basis vorm vir genoomassosiasiestudies en heelgenoomgebaseerde seleksie in baber (Liu et al., 2011, 2014).


Enkele nukleotied polimorfisme (SNP): betekenis, oorsprong en ander besonderhede

'n Enkelnukleotiedpolimorfisme of SNP (uitgespreek ‘snip’) is 'n klein genetiese verandering, of variasie, wat binne 'n DNS-volgorde kan voorkom.

Die vier nukleotiedletters A (adenien), C (sitosien), T (timien) en G (guanien) spesifiseer die genetiese kode.

SNP-variasie vind plaas wanneer 'n enkele nukleotied, soos 'n A, een van die ander drie nukleotiedletters – C, G of T (Fig. 20-1) vervang.

Volgens die klassieke definisie van polimorfisme, moet die frekwensie van die variasie minstens 1% wees om die nukleotiedverandering as 'n polimorfisme te kwalifiseer. Die nukleotiedveranderinge wat minder as 1% voorkom, word 'n seldsame variant genoem.

Omdat slegs ongeveer 1,1 tot 1,4% van die DNA -rye van 'n persoon vir proteïene kodeer, word die meeste SNP's buite die koderingsreekse aangetref. SNP's wat buite die koderende gebied lê, sal normaalweg nie verwag word om enige impak op die fenotipe van 'n organisme te hê nie. SNP's wat binne 'n koderingsvolgorde gevind word, is van besondere belang vir navorsers aangesien dit meer geneig is om die biologiese funksie van 'n proteïen te verander, alhoewel hierdie veranderinge baie minder drastiese effek het as dié van mutasies.

As gevolg van onlangse vooruitgang op die gebied van gene -identifikasie en karakterisering, was daar 'n groot vlaag SNP -ontdekking. Om enkele nukleotiedveranderinge regdeur die menslike genoom te vind, lyk na 'n reuse-werk, maar oor die afgelope 20 jaar het navorsers 'n aantal tegnieke ontwikkel wat dit moontlik maak.

Elke tegniek gebruik 'n soortgelyke nie-identiese metode om geselekteerde streke van 'n DNS-volgorde te vergelyk wat verkry is van verskeie individue wat 'n gemeenskaplike eienskap deel. In elke toets toon die uitslag 'n verskil in die DNS -monsters wanneer 'n SNP in een individu in 'n poel wat getoets word, opgespoor word.

Verspreiding van SNP's:

SNP's word nie eenvormig oor die genoom versprei nie. 'N Groot aantal SNP's word versprei oor die nie-koderende gebied van die genoom. Aangesien hierdie streke vry is van seleksiedruk, word hierdie veranderinge neutraal gekies en mettertyd reggestel. Die verspreidingspatrone van die SNPs is veranderlik selfs in 'n enkele chromosoom.

Byvoorbeeld, gebiede wat verantwoordelik is vir die teenwoordigheid van antigeen aan die immuunstelsel, wat op die chromosoom 6 voorkom, toon 'n baie hoë nukleotiedveranderlikheid in teenstelling met ander streke van dieselfde chromosoom.

Die oorsprong, oorlewing en fiksasie van SNP's:

Die SNP is die hoofbron van variansie in die genoom en dit is verantwoordelik vir 90% van alle menslike polimorfisme.

Daar is twee tipes nukleotiedbasisvervanging:

Transformasie, wat byna twee derdes van alle SNP's uitmaak, vind plaas tussen puriene (bv. A & gt G) of pirimidiene (bv. C & gt T).

Transversie vind plaas tussen puriene en pirimidiene (bv. A & gt C en G & gt T).

'N SNP ondergaan 'n reeks keuringsprosedures voordat dit uiteindelik ingestel word.

Sy lewe kan rofweg in 4 fases verdeel word:

1) Verskyn deur middel van puntmutasies.

2) Om die seleksiedruk van die natuur te oorleef.

3) Verspreiding deur generasies.

4) Die vestiging van homself ten minste as 1% van alle allele.

Die mees algemene verandering by mense is die mutasie van CpG na TpG ('n oorgang is verantwoordelik vir ongeveer 25% van alle mutasies). Hierdie meganisme veroorsaak 'n afname in die aantal CG -dinukleotied in die genoom, aangesien baie uiteindelik TG word, terwyl nuwe CpG -webwerwe deur ander minder gereelde mutasies geskep sal word.

Aangesien slegs 1,1% tot 1,4% van die genoomkodes vir proteïene SNP's meer gereeld by nie-koderende rye voorkom. Selfs as die SNP by 'n koderingsvolgorde voorkom, kan dit meestal 'n subtiele en nie-skadelike effek op die uitgedrukte proteïene hê. Veranderinge wat nadelige gevolge veroorsaak, word uiteindelik uit die genoom verwyder deur natuurlike seleksie. Om die status van 'n SNP te verkry, moet 'n puntmutasie dus nie skadelik wees om gekies te word nie (Miller en Kwok, 2001).

Genetiese aanleg:

Mees algemene siektes by mense word nie deur 'n genetiese variasie binne 'n enkele geen veroorsaak nie, maar word beïnvloed deur komplekse interaksies tussen veelvuldige gene sowel as omgewings- en leefstylfaktore. Alhoewel die omgewings- en lewenstylfaktore bydra tot die fenotipe van 'n siekte, is dit moeilik om die algehele effek daarvan op 'n siekteproses te meet en te evalueer.

Die waarskynlikheid van 'n individu om 'n siekte te ontwikkel op grond van gene en oorerflike faktore word genetiese aanleg genoem. Genetiese faktore gee vatbaarheid of weerstand teen 'n siekte en bepaal die erns of vordering van die siekte.

Die meeste geneigdheidsfaktore is nog onbekend. Navorsers het dit moeilik gevind om siftingstoetse vir die meeste siektes en afwykings te ontwikkel. Fenotipiese assosiasie van sekere koderende SNP's met 'n afwyking van die spesifieke geen het gelei tot die identifisering van die funksionele aspek van die SNP's.

Enkele nukleotied polimorfisme kan ook gebruik word as 'n hulpmiddel vir die identifisering van gene wat verantwoordelik is vir die siekte of gene wat 'n sekere fenotipe van die siekte meebring. Deur stukke DNS-volgorde te bestudeer wat gevind is om 'n SNP te bevat wat met 'n siekte-eienskap geassosieer word, kan navorsers begin om relevante gene te openbaar wat met 'n siekte geassosieer word.

Om die rol van genetiese faktore in siekte te verstaan, sal navorsers ook in staat stel om die rol van nie-genetiese faktore - soos habitat, opvoeding, gedrag, dieet, lewenstyl en fisiese aktiwiteit, op die siekte beter te evalueer.

Aangesien genetiese faktore ook 'n individuele reaksie op 'n geneesmiddelterapie beïnvloed, sal SNP's nuttig wees om navorsers te help bepaal en verstaan ​​waarom individue verskil in hul vermoë om sekere middels te metaboliseer, asook om te bepaal waarom 'n individu 'n nadelige newe -effek kan ondervind na 'n spesifieke geneesmiddel.

Daarom beloof die onlangse ontdekking van SNP's om nie net die proses van siekte-opsporing te revolusioneer nie, maar ook die praktyk van persoonlike, voorkomende en genesende medisyne.

Toepassing van SNP in farmakogenomiese studies:

Die reaksiesyfers teenoor algemene en algemene middels wissel baie tussen individue (tabel 1). SNP's skryf hierdie verskynsel hoofsaaklik toe. Deur SNP's te gebruik om die genetika van geneesmiddelreaksie te bestudeer, kan dit help met die skep van persoonlike medisyne soos uiteengesit in (Fig. 20.2). Soos vroeër genoem, kan SNP's ook geassosieer word met die metabolisme, dit wil sê, absorpsie en opruiming van terapeutiese middels.

Tans is daar geen standaard genetiese ondersoek van gene wat geneesmiddels metaboliseer om te bepaal hoe 'n pasiënt op 'n spesifieke medikasie sal reageer nie. 'N Behandeling wat by een pasiënt doeltreffend bewys word, is by ander ondoeltreffend. Sommige pasiënte kan ook 'n negatiewe immunologiese reaksie op 'n spesifieke geneesmiddel ondervind.

Vandaar farmaseutiese maatskappye beperk hul produksie van dwelms waarvoor 'n 'gemiddelde’ pasiënt sal reageer. As gevolg hiervan bly 'n relatief kleiner groep pasiënte wat enige vermeende genetiese variasie (bv. 'N SNP) besit, wat hulle nie in staat stel om die geneesmiddel te metaboliseer nie, onbehandeld. Baie medisyne wat die klein groepie pasiënte kan bevoordeel, kom nooit op die mark nie, aangesien die medisyne minder wins vir die medisyne -industrie sou behaal.

*SSRI = Selektiewe Serotonien Heropname Inwoners

Die data wat in die bostaande tabel (uit die Physicians Desk Reference, 54th edn., Medical Economics Company, 2000) aangebied word, toon die beperking van die doeltreffendheid van voorgeskrewe middels om die siekte onder die geaffekteerde individue te verbeter en onderstreep die belangrikheid van verkenning vir persoonlike medisyne gebaseer op die genetiese samestelling van die individue.

Die post-genomiese era het die assosiasie van SNP met sekere menslike siektes hetsy direk of indirek aan die lig gebring. Genetiese studies het byvoorbeeld 'n ingewikkelde verwantskap tussen:

(a) SNP's in stollingsfaktorgeen F5 en diep-veneuse trombose,

(b) Genetiese verandering in die chemokienreseptorgeen CCR5 en vatbaarheid vir MIV-infeksie en verwantskap tussen 'n gasheer van ander SNP's en siektes (McCarthy en Hilfiker, 2000).

Hierdie assosiasies toon 'n voorbeeld van die kandidaatgeenbenadering en kan dus voordelig wees om die toestand van geneigdheid tot die siekte by 'n individu te identifiseer (tabel 2). Soortgelyk word assosiasies ook gesien tussen SNP en dwelmresponsvariasies in individue (Tabel 3). Byvoorbeeld, genetiese variante in 'n geneesmiddelmetaboliserende ensiem (tiopurienmetieltransferase TPMT) is gekoppel aan nadelige geneesmiddelreaksies (Snow & Gibson, 1995) op soortgelyke wyse moduleer variasie by ALOX5 promotor die reaksie op anti-asma behandeling (Drazen et al. 1999). . SNPs in Apolipoproteïen E (APOE) geen is geassosieer met reaksie op cholinesterase inhibeerder in Alzheimer’s pasiënte.

Direkte effekte van SNP word ook gesien in verskillende algemene siektes. Onlangs is SNP's verantwoordelik vir die verhoogde risiko van diabetes geïdentifiseer. 'N Algemene genetiese variant as gevolg van 'n SNP is die peroksisoom-proliferator-geaktiveerde-reseptor (PPAR) gamma-geen, wat by ongeveer 25% van tipe 2-diabetespasiënte in die bevolking voorkom, maak individue meer geneig tot diabetes (Altshuler et al. 2000).

Alhoewel hierdie variasies 'n beskeie uitwerking op individuele risiko het, maar steeds 'n groot deel van die menslike bevolking beïnvloed. In teenstelling met die identifikasie van direkte betrokkenheid van SNPs by siektes, is identifikasie en gebruik van SNPs in geen verantwoordelik vir geneesmiddelmetabolisme en detoksifikasie beperk.

Aangesien die geneesmiddelreaksie 'n legende is oor die toediening van die geneesmiddel, kan respondente en nie-reageerders slegs identifiseer nadat hulle die geneesmiddel ontvang het. Dit maak identifikasie van individue uit 'n bevolking moeilik (McCarthy en Hilfiker, 2000). 'n Korrelatiewe studie van effek van 'n geneesmiddel op 'n groot populasie wat reeds bekend is, gevolg deur 'n SNP-sifting van verdagte gene, gevolg deur statistiese interpretasie, kan nuttig blyk te wees om SNP-fenotipe-verwantskap te verstaan.

In die toekoms kan die mees geskikte middel vir 'n individu bepaal en gebruik word vir behandeling deur 'n SNP -profiel van 'n pasiënt te ontleed. Die vermoë om 'n geneesmiddel te rig op die individue wat die meeste baat, wat na verwys word as 'Persoonlike medisyne', sal farmaseutiese ondernemings in staat stel om baie meer medisyne op die mark te bring en dokters in staat stel om individuele terapieë voor te skryf wat spesifiek is vir 'n pasiënt se behoeftes.

Die inligting kan geïntegreer word met ander hulpbronne, soos die struktuur van proteïene. Deur 'n berekeningsbenadering te gebruik, kan koderende SNP's op die proteïen 3D -struktuur uitgebeeld word en die waargenome veranderinge kan gekorreleer word met die fenotipe.

Die toepassing van strukturele data op navorsing oor genetiese variasie is van groot nut vir studies oor die genetiese basis van fenotipiese variasie. Die farmaseutiese bedryf kan baat vind by geneesmiddelmetaboliserende gene ‘SNP en mutasiedatabasis ’ wat inligting bevat oor die struktuur van die polimorfisme, die persentasie in die populasie wat die verskillende genotipes dra, en die fenotipiese effek daarvan in reaksie op geneesmiddelbehandeling.

Strukturele en funksionele belangrikheid van SNP's:

Benewens die SNP's wat in die koderingsreeks van gene voorkom, is funksionele belangrikheid van SNP's ook waargeneem in nie-koderende DNA (bv. Introne) insluitend regulatoriese (bv. Promotors, versterkers, ens.). Een goeie voorbeeld van funksionele SNP is in 'n nie-koderende streek is die tau geen. Die struktuur van die tau exon 10-splitsings-regulerende element RNA is onlangs ontsyfer en het getoon dat dit 'n stabiele gevoude stamlus-struktuur vorm.

Ander voorbeelde is:

Intronic SNP wat Splice -webwerwe beïnvloed:

Koderende streek en introniese mutasies in die tau-geen veroorsaak frontotemporale demensie en Parkinsonisme wat aan chromosoom 17 gekoppel word. Introniese mutasies en sommige missense-mutasies verhoog splyting in-van ekson 10, wat lei tot 'n verhoogde verhouding van vier-herhalende tot drie-herhalende tau-isovorme (Varani) et al. 1999).

Promotor SNP's wat gene -uitdrukking beïnvloed:

SNP's kan geenuitdrukking beïnvloed as hulle toevallig op die promotor of enige ander beheervolgorde van die geen lê. Transkripsiefaktore en die RNA -polimerase bind differensieel aan die promotors op grond van die sekwenskonteks, wat die uitdrukkingspatroon van die geen beïnvloed. Onlangse bewyse toon dat SNP's in die promotorstreek van TNF-α, IL-1β en min ander sitokiene die uitdrukking daarvan versterk, waardeur die individue meer immuun is vir bakteriële en ander patogene infeksies (El-Omar et al. 2000).

SNP's in die koderingstreke wat die proteïenstruktuur beïnvloed:

Subtiele veranderinge in die DNA kan lei tot drastiese veranderinge in die proteïenstruktuur soos bespreek. Die strukturele en funksionele verhouding van apolipoproteïen (apo) E in lipoproteïenmetabolisme, hartsiektes en neurodegeneratiewe siektes, insluitend Alzheimer se siekte, is vasgestel. ApoE is 'n 299 aminosuur lang proteïen met twee funksionele domeine.

Die aminoterminale domein wat die residue 1-191 bevat, bevat die lae digtheid lipoproteïen (LDL) reseptorbindingsgebied, en die karboksielterminale domein bevat die belangrikste lipiedbindende elemente.

Die drie algemene menslike isovorme—apoE2, apoE3 en apoE4—verskil slegs op twee posisies in die proteïen, maar het baie verskillende metaboliese eienskappe en dramatiese impakte op siekte (Fig. 20.3). ApoE3 (Cys-112, Arg-158) bind normaalweg aan die LDL-reseptor en word geassosieer met normale lipiedmetabolisme, terwyl apoE2 (Cys-112, Cys-158) defektief aan die LDL-reseptor bind en verband hou met die genetiese afwyking tipe III hiperlipoproteïnemie. ApoE4 (Arg-112, Arg-158) bind normaalweg aan die LDL-reseptor, maar word geassosieer met verhoogde cholesterolvlakke en gevolglik 'n verhoogde risiko vir kardiovaskulêre siektes (Morrow et al. 2002). Daarbenewens is dit waargeneem dat apoE4 is 'n groot risikofaktor vir Alzheimer’s siekte.

'N Aantal onlangse gevallestudies oor die effek van SNP op die struktuur en funksie van proteïene het nie net die spesifieke strukturele verandering van die proteïen in siektes getoon nie, maar het ook insig gegee in die regulerende meganismes van die inheemse proteïen. Die teenwoordigheid van 'n puntmutasie (Leu55Pro) in α1-antichimotrypsien, 'n protease-inhibeerder van die serpien-superfamilie, veroorsaak die verlies aan aktiwiteit daarvan (Sunyaev et al. 2001).

Die verandering in die proteïen as gevolg van die puntmutasie veroorsaak obstruktiewe longsiekte. Net so word 'n puntmutasie in menslike apolipoproteïenA-1 (ApoA-1) geassosieer met koronêre hartsiekte (Sunyaev et al. 2001). Hierdie studies oor die uitwerking van enkelnukleotiedveranderinge op proteïenstruktuur gee ons insigte in beide die oorsaak van siekte en die funksies van proteïen.

Soortgelyke studies is gedoen oor mu-opioïedreseptor, oprm 1. Die mu-opioïedreseptor is die primêre werkplek vir die meeste opioïede, insluitend morfien, heroïne, fentaniel en metadoon. Die mees algemene SNP wat in ongeveer 10% van die bevolking teenwoordig is, is 'n nukleotiedvervanging op posisie 118 (118 A & gt G), met voorspelde verandering van aminosuur by 'n vermeende N-glikosileringsterrein.

Alhoewel die variantproteïen wat uit die 118 A & gt G SNP geen veranderende bindingsaffiniteite vir die meeste opioïede peptiede en alkaloïede getoon het nie, bind die 118 A & gt G-variantreseptor beta-endorfien 'n opioïed wat die opioïedreseptor aktiveer, bind ongeveer 3 keer meer styf as die algemeenste alleliese vorm van die reseptor.

Verder is beta-endorfien ongeveer 3 keer sterker by die 118 A & gt G variant reseptor as by die algemene alleliese vorm in agoniste-geïnduseerde aktivering van G proteïen-gekoppelde kaliumkanale. Hierdie resultate het voorgestel dat 118 A > G SNP in die opioïedreseptorgeen implikasies kan hê vir normale fisiologie en kwesbaarheid om diverse siektes te ontwikkel, insluitend die verslawende siektes (Bond et al. 1998).

Verband van SNP's met bloeddruk (BP) is ook vasgestel. Enkele nukleotiedveranderinge in die Angiotensinogen (AGT) geen word waargeneem, wat algemeen voorkom by mense met hoë bloeddruk. 'n Noord-Amerikaanse godsdienstige genetiese isolaat, Hutterites, is getoets vir assosiasie tussen variasie in sistoliese en diastoliese bloeddruk en die invoeging/skrap-polimorfisme van Angiotensien-omskakelende ensiem, ACE en 2 proteïenpolimorfismes van AGT (nl. M235T en T174M).

Die genotipes van kodon 174 was beduidend geassosieer met variasie in sistoliese bloeddruk by mans en was verantwoordelik vir 3.1% van die totale variasie. Homosigote vir die AGT174M het die hoogste gemiddelde BP gehad, gevolg deur heterosigote en homosigote vir AGT174T het die laagste gemiddelde BP gehad (Hegele et al. 1996).

SNP's as genetiese merkers:

Die meeste SNP's is nie verantwoordelik vir 'n siektetoestand nie. In plaas daarvan kan dit dien as biologiese merkers vir die opsporing van 'n siekte -geen op die menslike genoomkaart. Aangesien SNP's gereeld in die genoom voorkom en relatief stabiel is, dien dit as uitstekende biologiese merkers. Biologiese merkers is DNA-segmente met 'n vooraf geïdentifiseerde fisiese ligging in die chromosoom, wat maklik opgespoor en gebruik kan word om 'n chromosomale kaart van posisie van bekende gene relatief tot mekaar op te stel.

Hierdie kaarte stel die studie in staat om eienskappe te identifiseer wat voortspruit uit die interaksie van meer as een geen. Daarom speel hierdie strategie 'n groot rol in gevalle van komplekse geenversteurings. SNP -merkers, hoewel biallelies, word verkies bo die mikrosatellietmerkers, aangesien herhalende mutasies oor die algemeen baie skaars is in geval van SNP's.

Die Nasionale Sentrum vir Biotegnologie-inligting (NCBI) speel 'n belangrike rol in die fasilitering van die identifisering en katalogisering van SNP's deur die skepping en instandhouding van die publieke SNP-databasis (dbSNP). Dit kan deur die biomediese gemeenskap wêreldwyd verkry word en is bedoel om baie te fasiliteer gebiede van biologiese navorsing.

SNP in Linkage Disequilibrium Studies:

Besondere allele by naburige lokusse is geneig om mede-geërf te word. Vir nou gekoppelde loci kan dit lei tot assosiasie tussen allele in die bevolking - 'n eienskap wat bekend staan ​​as koppelingsongelykheid (LD) (Ardlie et al. 2002). Die verskynsel van LD kan verklaar word aan die hand van mede-segregasie van twee styf gekoppelde allele in 'n populasie, waar een vorm van die haplotipe geselekteer word wanneer die populasie 'n bottelnek ervaar.

Later word die geselekteerde haplotipe die stigterhaplotipe soos getoon in (Fig. 20.4). Mutasie en rekombinasie het die duidelikste impak op LD. Bykomende faktore wat bydra tot die omvang en verspreiding van LD is genetiese drywing, bevolkingsgroei, bevolkingsbyvoeging, migrasie, natuurlike seleksie, veranderlike rekombinasie- en mutasietempo's en geenomskakeling.

Mates van LD:

Die koppelingsdisekwilibrium tussen twee punte A en B kan bereken word deur die uitdrukking:

Waar PAB is die frekwensie van die haplotipe wat bestaan ​​uit allel A en B

PA en PB is die frekwensies van die allele A en B by lokusse A en B, onderskeidelik.

LD -erosie kom oor tyd en afstand voor. Daarom moet die faktor ‘tyd’ en ‘afstand’ in ag geneem word vir die berekening van LD.

As D.0 is die omvang van onewewig by 'n beginpunt tussen twee allele, ver van mekaar af, die onewewig t generasies later (Dt):

Komplekse siektes en SNP:

Die meeste van die gene wat verantwoordelik is vir groot monogene versteurings is gekarteer deur posisionele kloning. Hierdie afwykings volg die Mendeliaanse patroon van oorerwing. Siektes soos diabetes, kanker, asma, rumatoïede artritis toon geen duidelike patroon van sulke oorerwing nie. Sulke afwykings word komplekse of multifaktoriële siektes genoem.

Daar word vermoed dat enkel -nukleotied polimorfismes gebruik kan word vir die opsporing van gene wat verantwoordelik is vir komplekse afwykings. Vir daardie doel kan SNP's wat mede-segregasie met 'n sekere siekte toon as merkers gebruik word om die lokusse wat verantwoordelik is vir die siekte te identifiseer (karteer).

Die geïdentifiseerde SNP's in kandidaatgene vir 'n komplekse siekte kan gebruik word om die vatbaarheid van 'n individu teenoor die siekte te bepaal, en as dit sy SNP -profiel beïnvloed vir gene wat verband hou met geneesmiddeldoelwitte en dwelmmetabolisme, kan dit gebruik word om die doeltreffendheid van die beskikbare middels vir terapeutiese doeleindes.

Die Internasionale HapMap-projek: Begrip van die algemene menslike genetiese variasies:

Soos vroeër beskryf, lei komplekse interaksie van veelvuldige gene, omgewingsfaktore en lewenstyl tot algemene siektes, soos diabetes, kanker, beroerte, hartsiektes, psigiatriese afwykings, asma, ens. Alhoewel twee onverwante individue ongeveer 99,9% van hul DNA dieselfde is. Die oorblywende 0,1% is belangrik omdat dit die genetiese variante bevat wat hul unieke identiteit bied en ook die veranderlikheid in hul risiko van siekte en reaksie op medisyne beïnvloed. Die ontdekking van die DNS-volgordevariante wat bydra tot algemene siekterisiko bied een van die beste geleenthede om die komplekse oorsake van siektes by mense te verstaan.

'N Gesentraliseerde sowel as multinasionale poging was nodig om die algemene variasies in die menslike genoom in kaart te bring, te ontdek en te bekragtig. Die eerste stap in die rigting van hierdie kennis is in 2001 bereik, met die voltooiing van die menslike genoomvolgorde. Gevolglik is die Internasionale HapMap-projek geïnisieer

Die doel van die projek is om 'n haplotipe kaart van die menslike genoom, die HapMap, te ontwikkel wat die algemene patrone van die variasie van die DNA -volgorde van die mens sal beskryf. Die Projek is 'n kragtige instrument en 'n databasis, bedoel om die ontdekking van genetiese bydraes tot algemene siektes te fasiliteer, en kan gebruik word in studies wat die patrone van genetiese variasie (haplotipes) in mense met 'n spesifieke siekte vergelyk met patrone in mense sonder die siekte.

Deur streke van die menslike genoom te identifiseer wat verskille in die haplotipe patrone toon, kan spesifieke genetiese variante wat bydra tot die siekte maklik geïdentifiseer word. Om die HapMap te vervaardig, het navorsers bloedmonsters van 'n totaal van 269 mense uit vier groot bevolkings ontleed.

Hierdie bevolkings is: Yoruba in Ibadan, Nigerië, Japannees in Tokio Han -Chinese in Beijing en Utah -inwoners met afkoms uit Noord- en Wes -Europa. Hierdie vier bevolkings is gekies om mense met afkoms uit baie aparte geografiese streke - Kaukasiese (Europese en Noord -Amerikaanse), Yoruban (Negroid) en Chinese en Japannese (Mongoloïde) - in te sluit. Interessant genoeg is die Indiër of die Suid -Asiatiese bevolking nie in die HapMap verteenwoordig nie.

In Indië is verskeie inisiatiewe geneem om die genetiese variasies in die Indiese bevolking te bestudeer, die belangrikste een is ‘The Indian Genome Variation Database (IGVdb)’. Die HapMap- en die IGVdb -projekte het die potensiaal om die genetiese basis van komplekse siektes te ontrafel wat lei tot ontdekkings vir die voorkoming en behandeling van sulke siektes.

'N Indiese inisiatief:

Aangesien die Indiese subkontinent sedert die aanbreek van die beskawings 'n smeltkroes van verskillende bevolkings en kulture is, kan die bevolking as 'n ideale model dien om 'n enkele nukleotiedprofiel en sy verskeidenheid te bestudeer vanweë sy diversiteit en antieke afstamming. Die Indiese bevolking bestaan ​​uit meer as 'n miljard mense, bestaande uit 4693 gemeenskappe met duisende endogame groepe, 325 funksionerende tale en 25 skrifte.

Om die oorsprong, evolusie, diversiteit en die migrasiepatrone van die bevolking te verstaan, dien SNP as 'n ideale genetiese hulpmiddel. Verder is die geneigdheid tot komplekse afwykings, veranderlike sensitiwiteit en reaksie op verskillende middels van die allergrootste belang. Vir hierdie doel het ses samestellende laboratoriums van die Raad vir Wetenskaplike en Nywerheidsnavorsing (WNNR) in samewerking met ander vooraanstaande navorsingsinstitute van Indië 'n netwerkprogram begin.

Die Indiese Genoomvariasie (IGV)-konsortium om SNP's en polimorfiese herhalingsvolgordes in duisende gene van die menslike genoom te identifiseer en te bekragtig. Hierdie gene is gekies op grond van hul relevansie as funksionele en posisionele kandidate in baie algemene siektes insluitend gene wat relevant is vir farmakogenomika.

’n Oorsig oor die beplande studie word in Human Genetics (The Indian Genome Variation-databasis IGVdb, 2005) gepubliseer. Dit is die eerste grootskaalse omvattende poging van Indië om die reeds huidige genoomvariasies te verstaan ​​en te benut vir hul ontplooiing in die dwelmbedryf.

Die bloedmonsters waarop die DNS-ontleding gedoen moet word, word van verskeie inheemse stamme en bevolkings van Indië ingesamel. Die data sal na verwagting 'n insig gee in die Indiese bevolkingsstruktuur, die evolusie daarvan, met 'n verreikende implikasie in die studie van algemene komplekse siektes en farmakogenomika.


Enkele nukleotied polimorfisme

Die belangrikheid van SNP's kom van hul vermoë om die risiko van siektes, die doeltreffendheid van die geneesmiddel en newe-effekte te beïnvloed, u te vertel van u afkoms en aspekte te voorspel van hoe u daar uitsien en selfs optree. SNP's is waarskynlik die belangrikste kategorie van genetiese veranderinge wat algemene siektes beïnvloed. En wat algemene siektes betref, het 9 van die top 10 hoofoorsake van dood 'n genetiese komponent, en daarom beïnvloed waarskynlik een of meer SNP's u risiko.

Hierdie youtube videogrepe verduidelik

Alle mense het byna dieselfde volgorde van 3 miljard DNS-basisse (A,C,G of T) wat tussen hul 23 pare chromosome versprei is. Maar op sekere plekke is daar verskille - hierdie variasies word polimorfismes genoem. Polimorfismes is wat individue van mekaar verskil. Huidige skattings dui aan dat tot .1% van ons DNA 'n bietjie kan verskil, wat beteken dat twee onverwante individue op minder as 3 miljoen DNA -posisies kan verskil. Alhoewel baie variasies (SNPs) bekend is, het die meeste geen bekende effek nie en mag dit van min of geen belang wees nie.

SNPedia is 'n versameling van die subset van SNP's wat na berig word betekenisvol is, hetsy medies of om ander redes (soos vir genealogie). Die klem in SNPedia is op SNP's wat beduidende mediese gevolge het, algemeen is, reproduseerbaar is (of gevind word in meta-ontledings of studies van ten minste 500 pasiënte), en/of ander historiese of mediese betekenis het.

Hierdie voorbeeld SNP rs1234 sal jou bekendstel aan die verslagformaat wat binne SNPedia gebruik word.

Die duidelikste verskille wat op DNA gebaseer is, is ekstern, soos rs1805009 wat rooi haarkleur beïnvloed. Die meeste polimorfismes het egter baie minder duidelike gevolge, en baie hiervan kan mediese gevolge hê. Ons het net begin om te leer watter van die ongeveer 30 miljoen polimorfismes die gesondheid beïnvloed, hetsy individueel of in stelle. Baie polimorfismes sal waarskynlik óf geen effek hê nie, óf sulke subtiele effekte hê dat dit baie jare sal duur voordat die gevolge daarvan verstaan ​​word.

Thomas Mailund verduidelik hoe wetenskaplikes en statistici bepaal watter SNP's met watter siektes verband hou.

Hierdie werwe bied nuttige inleidings:

'N Meer onlangse ontdekking is groter duplikasies genaamd Copy Number Variations. Hierdie KNV's is nog nie so goed gesistematiseer of bestudeer soos SNP's nie. Die databasis dbVar is vir strukturele variasies.


Koronêre arteriesiekte en die trombospondien enkele nukleotied polimorfismes

GeneQuest was 'n groot deurset, grootskaalse analise van enkele nukleotied polimorfismes (SNP's) om geen te identifiseer wat verband hou met familiale, voortydige kransslagadersiekte en miokardiale infarksie. Die drie SNP's wat die hoogste en belangrikste assosiasies met siekte toon, was almal lede van die trombospondiengeenfamilie, trombospondien-1, trombospondien-2 en trombospondien-4. Hierdie onverwagte assosiasies het pogings aangevuur om te verstaan ​​hoe die drie SNP's die strukture en funksies van die trombospondiene beïnvloed. The SNP in thrombospondin-1 and thrombospondin-4 reside in their coding regions and result in single amino acid changes: in thrombospondin-1, the predominant asparagine at position 700 is changed to a serine while, in thrombospondin-4, it is a change of an alanine to a proline at position 387. The SNP in thrombospondin-2 is a base change in the 3'-untranslated region of the mRNA. At this early stage of investigation, predictive analyses suggest that the substitutions in thrombospondin-2 and thrombospondin-4 should alter structure, and there is direct evidence to indicate that the thrombospondin-1 SNP alters conformational stability. In addition, profound differences in the function of the thrombospondin-4 SNP variants have been identified with respect to their capacity to support endothelial cell adhesion and proliferation. While substantial additional information is needed to understand if and how the polymorphic forms of the thrombospondins affect coronary artery disease, the data assembled to date suggest marked effects of these SNPs on the structures and functions of the thrombospondins, which are consistent with induction of a proatherogenic and prothrombotic phenotype.


Materiaal en metodes

Datasets. The set of cSNPs associated with Mendelian diseases was taken from the Human Gene Mutation Database (HGMD), release date March 11, 2003 (11). The set of cSNPs sampled from healthy individuals was constructed from the database dbSNP of the National Center for Biotechnology Information (12), release date May 20, 2003, which provides a mapping to curated RefSeq (13) protein sequences. To ensure that we used the highest quality data, only cSNPs occurring in “reviewed” (accession number beginning with “NP”) sequences were considered. To construct the list of human complex disease-associated missense SNPs (Table 1), we took all of the human cSNPs from refs. 1, 4, and 6. From ref. 10, we considered only associations that were also replicated with statistical significance.

Substitution Position-Specific Evolutionary Conservation (subPSEC) Scores. SubPSEC scores were calculated from alignments to hidden Markov models (HMMs) in the PANTHER database version 4.1 (14), by using the methods described in ref. 9, which were slightly modified as follows. Proteins were scored against PANTHER subfamilies, and if the subfamily had a better HMM score than any family HMM, subfamily HMM probabilities were used instead. In addition, if a position was perfectly conserved in the subfamily, sequences from neighboring subfamilies of the PANTHER family tree were added to the subfamily if they also conserved the same amino acid (this procedure allows conservation for longer evolutionary times to be reflected in the scores). A total of 33 of the 37 cSNPs in the complex disease set (Table 1), 12,519 of the 14,792 cSNPs in HGMD, and 10,586 of 15,684 in dbSNP were located in positions that aligned to a PANTHER HMM and could be given scores.

Random (Neutral) Model Distributions. To generate simulated data for random cSNPs (Fig. 1 below), protein-HMM alignments were generated for the longest curated human RefSeq protein sequence of each LocusLink (13) gene. For each protein sequence, the aligned region was converted into its corresponding mRNA sequence, and then every possible single-nucleotide substitution in the mRNA sequence was made. Each single-nucleotide-substituted mRNA codon that resulted in an amino acid change was used to calculate a subPSEC score. This procedure resulted in a total of 47,085,084 scores (377,100 of which were sampled randomly). The distribution of subPSEC scores was then weighted according to the a priori transition/transversion probabilities of the SNP, as estimated from data in the JSNP database (15).

Cumulative distributions of position-specific amino acid substitution scores for different sets of cSNPs. Distributions are shown for Mendelian disease (red), neutral variation (yellow), and “normal” human variation (green). The score distribution for complex diseases is in black squares. Shifts toward the left of the graph (smaller scores) indicate increasingly radical substitutions.

The random (neutral) model score distributions for Mendelian disease-associated genes and for complex disease-associated genes (Fig. 2 below) were calculated similarly to the random variation data above. However, to serve as a proper control for Fig. 1, the distributions need to reflect the fact that different genes have different numbers of disease-associated cSNPs. Therefore, we created random distributions for each gene separately (weighting according the transition/transversion probabilities as above). The overall random distribution for the set (Mendelian or complex disease-associated) is simply the sum of random distributions for each gene in the set, weighted for the number of cSNPs in that gene. For example, the random distribution for KAART15 must be counted twice in the overall random distribution for complex disease because there are two cSNPs in this gene that are associated with complex disease (Table 1).

Cumulative random (neutral) distributions of subPSEC scores over the genes associated with Mendelian diseases vs. complex diseases are nearly identical. This is a control for the comparison shown in Fig. 1, demonstrating that there is no bias in these gene sets with respect to the subPSEC scores and that the differences between these sets in Fig. 1 are due to position-specific conservation.

Ka/Ks Ratios. Human–mouse Ka/Ks ratios were obtained from Build 36 of the HomoloGene database, release date July 23, 2004 (16). For HGMD genes, we performed a blastp search to find the corresponding proteins in the human RefSeq protein database (reviewed entries only, accession number beginning with “NP”). We defined a percent identity cutoff of 95% and required that the length of the alignment be at least 95% of both the query and the hit sequence. If there were multiple hit sequences that met the criteria, the top hit with a Ka/Ks ratio was chosen. For all sets, HomoloGene Ka/Ks ratios were used only if both the human and mouse sequences were reviewed RefSeq entries. The fraction of the different sets of genes that met these criteria were 10,536/21,494 for RefSeq (all genes), 4,139/6,902 RefSeqs with at least one cSNP in dbSNP (coding polymorphic genes), 730/950 for HGMD (Mendelian), 26/32 for complex disease genes (Table 1), and 10/12 for conservative complex disease genes (Table 1, asterisks).


Materiale en metodes

Collection of nsSNP data and PTM site data

We collected total 517,466 human nsSNPs from the NCBI dbSNP database Build 135 [15]. From 517,466 nsSNPs, 509,183 SNPs were missense SNPs and 14,878 SNPs were stop-gain (nonsense) SNPs. We linked the location of nsSNPs on protein sequences from Ref-Seq Build 37.3. The flanking peptide of nsSNP sites from -7 to +7 retrieved by using the SNP-MapLinkProtein table in dbSNP and defined as the SNP sequence.

Human PTM site data were retrieved from dbPTM3 [16], which includes 194,886 experimentally verified PTMs from MS/MS analysis based research articles and 10 external PTM-related resources. The dbPTM also provides 404,501 computationally predicted PTMs by the KinasePhos-like method based on hidden Markov models (HMMs). It includes 20 types of PTM sites predicted with the threshold of specificity 100% for minimizing false positive. Peptides of flanking PTM sites from -7 to +7, called the PTM site sequence, were retrieved by matching the PTM site with the protein sequence from UniProt [17].

Detection of PTM-SNP

PTM-SNPs were detected by aligning the SNP sequence with the PTM site sequence because not all sequences in UniProt and RefSeq are perfectly identical (end-to-end identical). Each residue in the SNP sequence is matched with the PTM site sequence by sliding one-by-one (Figure 1). The PTM-SNP is defined as the nsSNP's position of the best-aligned SNP sequence with the PTM site sequence. As Figure 1 illustrates, an SNP sequence of nsSNP, rs1803573, is aligned well with the +3 residue of the PTM site sequence. In few cases, multiple hits with diverse locations were detected due to sequence repeats. The European Molecular Biology Open Software Suite (EMBOSS) [18] Needle, a global pairwise sequence alignment tool, was applied to handle these exceptional cases.

Detection of a PTM-SNP by alignment of a PTM site sequence and a SNP site sequence. Start from -7 to 7 residues of PTM site sequences, each residue is matched with nsSNP site of the SNP sequence by sliding one-by-one. From the best aligned position of SNP sequence, the location of PTM-SNP is identified as the location of the PTM site sequence that is aligned with the nsSNP.

We also extracted and integrated PTM-SNPs from the public resource, PhosSNP 1.0. PhosSNP includes phosphorylation-associated nsSNP from computationally translating mRNA sequences. However, about 18% of SNPs in PhosSNP have not yet been defined as nsSNP by dbSNP Build 135, therefor, were removed in the integrating process.

Disease-associated PTM-SNPs

From GWASs using SNP arrays and NGS techniques, huge numbers of statistically significant disease-associated SNPs have been identified recently. National Human Genome Research Institute (NHGRI) GWAS catalog have been provided 8,771 trait-associated SNPs with p-values < 1.0 × 10 -5 (Apr 02, 2013) [19]. The genetic association database (GAD) [20] contains 29,578 disease-associated SNPs and 23,671 disease-associated SNPs are also available from Genotypes and Phenotypes (dbGaP) [21]. To find a correlation between PTM-SNPs and diseases, we collected total 52,731 distinct disease-associated SNPs from NHGRI GWAS catalog, GAD and dbGaP after then matched these SNPs with our PTM-SNPs.

Furthermore, we analyzed type 2 diabetes (T2D) associated SNPs that were identified in our previous study [22] by using Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) datasets [23]. T2D-associated SNPs with p-values < 1.0 × 10 -5 were identified from quality controlled (QC) 409,656 SNPs, based on Cochran-Armitage trend test statistics using PLINK 1.07 [24]. QC is applied as a sample missing genotype rate of > 3%, a SNP missing genotype rate of > 1%, Hardy-Weinberg Equilibrium (HWE) p-value ≤ 10 -4 , and minor allele frequency (MAF) < 1%. Linkage disequilibrium pruning was leaved out to preserve the PTM-SNP candidates. T2D PTM-SNPs were detected by mapping T2D-associated SNPs and PTM-SNPs. Significantly associated T2D PTM-SNPs were further studied to interpret disease mechanisms with various biological information resources. Known disease genes are mainly collected from OMIM [25], GAD, and KEGG [26]. Drug targets are collected from DrugBank [27], PharmGKB Drug [28], and KEGG Drug.


Single Nucleotide Polymorphisms and Osteoarthritis: An Overview and a Meta-Analysis

Osteoarthritis (OA) is a complex disorder characterized by degenerative articular cartilage and is largely attributed to genetic risk factors. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are common DNA variants that have shown promising and efficiency, compared with positional cloning, to map candidate genes of complex diseases, including OA. In this study, we aim to provide an overview of multiple SNPs from a number of genes that have recently been linked to OA susceptibility. We also performed a comprehensive meta-analysis to evaluate the association of SNP rs7639618 of double von Willebrand factor A domains (DVWA) gene with OA susceptibility. A systematic search of studies on the association of SNPs with susceptibility to OA was conducted in PubMed and Google scholar. Studies subjected to meta-analysis include human and case-control studies that met the Hardy-Weinberg equilibrium model and provide sufficient data to calculate an odds ratio (OR). A total of 9500 OA cases and 9365 controls in 7 case-control studies relating to SNP rs7639618 were included in this study and the ORs with 95% confidence intervals (CIs) were calculated. Over 50 SNPs from different genes have been shown to be associated with either hip (23), or knee (20), or both (13) OA. The ORs of these SNPs for OA and the subtypes are not consistent. As to SNP rs7639618 of DVWA, increased knee OA risk was observed in all genetic models analyzed. Specifically, people from Asian with G-allele showed significantly increased risk of knee OA (A versus G: OR = 1.28, 95% CI 1.13-1.46 AA versus GG: OR = 1.60, 95% CI 1.25-2.05 GA versus GG: OR = 1.31, 95% CI 1.18-1.44 AA versus GA+GG: OR = 1.34, 95% CI 1.12-1.61 AA+GA versus GG: OR = 1.40, 95% CI 1.19-1.64), but not in Caucasians or with hip OA. Our results suggest that multiple SNPs play different roles in the pathogenesis of OA and its subtypes SNP rs7639618 of DVWA gene is associated with a significantly increased risk of knee OA in Asians. Given the limited sample size, further studies are needed to evaluate this observation.

Verklaring van belangebotsing

The authors have no conflicts of interest to disclose.

Syfers

Multiple polymorphisms are associated with…

Multiple polymorphisms are associated with the risk of OA. Illustrated are 56 SNPs…

The odd ratios (OR) of the SNPs associated with OA or OA subtypes.…

Flow chart of study selection.…

Flow chart of study selection. Studies selected for current meta-analysis are as illustrated.…

Forest plot of allele comparison…

Forest plot of allele comparison of DVWA rs7639618 for overall comparison (A versus…

Meta-analysis of the association rs7639618…

Meta-analysis of the association rs7639618 and knee OA. A, Forest plot of homozygote…

Meta-analysis of the association rs7639618…

Meta-analysis of the association rs7639618 and knee OA. A, Forest plot of recessive…

Forest plot of allele comparison…

Forest plot of allele comparison of DVWA rs7639618 for overall comparison (A versus…

The result of sensitivity and…

The result of sensitivity and Funnel plot analysis. A, Sensitivity analysis showed no…


Marker-assisted selection in plant breeding

Enkele nukleotied polimorfisme

Single nucleotide polymorphism (SNP) is a point mutation (a change in one nucleotide) for which a short flanking sequence is known. The system is used in humans, animal husbandry, and to a lesser extent in plants.

Genotyping technology: There are various technologies to genotype SNP including the use of DNA sequencers, mass spectrometry, and more. Modern technologies are automated, requiring expensive machinery, but they are also offered by commercial companies as a service (see section Modern genotyping technologies).

Genotipering: Each allele is defined by the actual nucleotide in the sequence.

Source of polymorphism: SNPs are generated by point mutations namely, any change of a single nucleotide at any place in the genome. Changes can be the replacement of one nucleotide with another and/or deletion or addition (Indels) of a single nucleotide.

Eienskappe: SNPs are single locus markers and mostly have two alleles in each locus (low level of polymorphism).


Kyk die video: Naturfag: DNA (Augustus 2022).