Inligting

EG-nommerklassifikasie van sintase?

EG-nommerklassifikasie van sintase?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Dit word in wikipedia aangehaal dat:

Na die EC -nommerklassifikasie behoort hulle tot die groep ligases, met lyases wat die omgekeerde reaksie kataliseer.

En ons weet almal dat ensieme biokatalisators is wat die reaksie in beide voorwaartse en agterwaartse rigtings kataliseer.

My vraag is dus: hoe kan die reaksie in een rigting deur een ensiem gekataliseer word en in omgekeerde rigting deur 'n ander ensiem gekataliseer word? As ons aanneem dat hulle sê dat een rigtingsintase as ligase optree en in 'n ander rigting as lyase, hoe kan dan lyases meer as een substraat vir reaksie hê? Omdat produkte (meer as een) van ligase 'n substraat is vir omgekeerde reaksie. (Neem byvoorbeeld 'n ligase, glutaminesintetase as sintase)

Dit word ook uit wikipedia aangehaal

Liases verskil van ander ensieme deurdat hulle slegs een substraat benodig vir die reaksie in een rigting, maar twee substrate vir die omgekeerde reaksie.


'N Redelike vraag, maar dit bevat 'n dwaling. Dit is omdat waarna verwys word as die voorwaartse en terugwaartse reaksies wat deur verskillende ensieme gekataliseer word niein werklikheid dieselfde algehele reaksie.

Oorweeg die verwantskap tussen DNA en sy bestanddele (of RNA of Proteïen of vetsuur). Jy dink dalk hieraan as:

DNA ⇌ DNA -bestanddele

Maar omdat hidrolise (eintlik 'n hidrolase-reaksie) termodinamies bevoordeel word, moet sintese van DNA ('n ligasereaksie) gekoppel word aan die hidrolise van 'hoë groep-oordrag' deoksynukleotiedtrifosfate om die ewewig in sy rigting te verskuif. Die twee reaksies is dus (ietwat simplisties):

DNA → n dNMP (gekataliseer deur DNases)

en

n dNTP → DNA + n pirofosfaat (gekataliseer deur DNA -polimerases)

Alhoewel jy in sekere omstandighede reaksies van hierdie soort in omgekeerde kan dwing, is hulle in die sel geneig om eenrigting te wees, en word dienooreenkomstig geklassifiseer.

(In hierdie soort ligasereaksie in die sel is daar 'n verdere faktor wat die waargenome rigting beïnvloed. Dit is die teenwoordigheid van pirofosfatases wat die termodinamies gunstige hidrolise van pirofosfaat na ortofosfaat kataliseer, wat eersgenoemde verwyder.)

Coda: Is die reaksie in die omgekeerde rigting van 'n ligase noodwendig deur 'n lyase gekataliseer?

Alhoewel dit nie die beginsel van my antwoord beïnvloed nie, dink ek dat die laaste deel van die verklaring wat uit die Wikipedia -bladsy aangehaal word dat "(sintases) ... behoort tot die groep ligases, met lyases wat die omgekeerde reaksie kataliseer"Is oor die algemeen nie waar nie. Soos hierbo genoem, is die ensieme wat die reaksies in die omgekeerde rigting van ligases wat by 'polimerisasie' betrokke is, kataliseer, in die algemeen hidrolases (EC 3.1 ...), nie lyases nie (EC 4 ...). Ek kon nie dadelik 'n voorbeeld vind van 'n lyase wat by hierdie beskrywing pas nie. U kan die skakels op hierdie gesaghebbende bladsy bekyk as u dit wil opvolg.


Ensiem nomenklatuur

World Wide Web weergawe voorberei deur G.P. Mos
Skool vir Biologiese en Chemiese Wetenskappe, Queen Mary University of London,
Mile End Road, Londen, E1 4NS, VK
[email protected]

OM TE SOEK vir inligting oor ensieme op die databasis KLIK HIER.

Hierdie bladsy bevat algemene inligting oor ensiemnomenklatuur. Dit sluit skakels na individuele dokumente in, en die aantal hiervan sal toeneem namate meer afdelings van die ensiemlys hersien word. Skakels na ander relevante databasisse word verskaf. Dit verskaf ook raad oor hoe om nuwe ensieme voor te stel vir notering, of regstelling van bestaande inskrywings. Daar is 'n lys van afkortings wat in die databasis gebruik word.

Historiese inleiding

In Ensiemnaam 1992 was daar 'n historiese inleiding. Hierdie webweergawe is effens geredigeer vanaf dié in die boek.

Gepubliseer in Ensiemnomenklatuur 1992 [Academic Press, San Diego, Kalifornië, ISBN 0-12-227164-5 (hardeband), 0-12-227165-3 (sagteband)] met Supplement 1 (1993), Supplement 2 (1994), Supplement 3 (1995) , Supplement 4 (1997) en Supplement 5 (in EUR. J. Biochem. 1994, 223, 1-5 EUR. J. Biochem. 1995, 232, 1-6 EUR. J. Biochem. 1996, 237, 1-5 EUR. J. Biochem. 1997, 250 1-6, en EUR. J. Biochem. 1999, 264, 610-650 onderskeidelik) [Kopiereg IUBMB].

Elke ensiem het aan die einde besonderhede aangeteken van wanneer dit die eerste keer in die ensiemnomenklatuur gepubliseer is of wanneer dit by die databasis en die daaropvolgende geskiedenis daarvan gevoeg is.

Webweergawe van Ensiemnomenklatuur

Die volledige inhoud van Ensiem nomenklatuur, 1992 (plus daaropvolgende aanvullings en ander veranderinge) word hieronder gelys in ensiemgetalvolgorde wat net die aanbevole naam gee. Elke inskrywing verskaf 'n skakel na besonderhede van daardie ensiem. As alternatief, as u op soek is na 'n spesifieke reaksie wat gebruik word in die klassifikasie van ensieme, word die breë omtrek wat deur die eerste twee getalle gedefinieer word, hieronder gegee. Elkeen van hierdie subklasinskrywings is gekoppel aan 'n plek waar die kategorie onderverdeel is in sub-subklasse. Dit is weer gekoppel aan 'n lys van aanbevole name vir elke ensiem in die sub-subklas.

Die algemene name van alle gelyste ensieme word hieronder gelys, saam met hul EG-nommers. As 'n ensiem verwyder is of na 'n ander EG -nommer oorgedra is, word hierdie inligting ook aangedui. Elke lys is gekoppel aan beide skei inskrywings vir elke inskrywing of na lêers met tot 50 ensieme in elke lêer.

Woordelys, reaksiepaaie en skakels na ander databasisse

Daar is begin met die wys van die paaie waaraan ensieme deelneem. So, byvoorbeeld, lei 'n skakel onder EC 5.3.3.2 (isopenteniel-difosfaat-isomerase) na die pad van mevalonaat na terpene, en skakels onder EC 1.14.99.7 (skwaleenmonooksigenase) en EC 5.4.99.7 (lanosterol-wegsintese) lei na van steroïedvorming. Vir ander ensieme is 'n woordelysinskrywing bygevoeg, wat slegs 'n sistematiese naam of 'n skakel na 'n grafiese voorstelling kan wees. Die woordelys van Ensiem nomenklatuur, 1992 kan ook geraadpleeg word. Dit is opgedateer met daaropvolgende woordelysinskrywings. Elke ensieminskrywing het skakels na ander databasisse. Vir onlangse inskrywings is dit dalk nog nie op die ander datumbasis geïmplementeer nie. Klik hier vir meer inligting oor die gegewe inligting.

Ensiemaanvulling 6 tot 24 (slegs elektronies)

Ses dokumente wat byvoegings en regstellings tot vorige inskrywings bevat, is in 2000 goedgekeur. Dit vorm saam Bylaag 6.

Vyf dokumente is in 2001 goedgekeur en vorm Aanvulling 7.

Drie dokumente (ses lêers) is in 2002 goedgekeur en vorm aanvulling 8.

Drie dokumente (vyf lêers) is in 2003 goedgekeur en vorm aanvulling 9.

Drie dokumente is in 2004 goedgekeur en vorm aanvulling 10.

Ses dokumente is in 2005 goedgekeur en vorm aanvulling 11.

Vier lêers is in 2006 goedgekeur en vorm Bylaag 12.

Twee lêers is in 2007 goedgekeur en vorm Aanvulling 13.

Elf lêers is in 2008 goedgekeur en vorm Supplement 14.

Sewe lêers is in 2009 goedgekeur en vorm aanvulling 15.

Sewe lêers is in 2010 goedgekeur en vorm Aanvulling 16.

Agt lêers is in 2011 goedgekeur en vorm Bylaag 17.

Vyf lêers is in 2012 goedgekeur en vorm Bylaag 18.

Drie lêers is in 2013 goedgekeur en vorm aanvulling 19.

Vier lêers is in 2014 goedgekeur en vorm Aanvulling 20.

Drie lêers is in 2015 goedgekeur en vorm Supplement 21.

Vier lêers is in 2016 goedgekeur en vorm aanvulling 22.

Vier lêers is in 2017 goedgekeur en vorm Bylaag 23.

Vyf lêers is in 2018 goedgekeur en vorm aanvulling 24.

Vier lêers is in 2019 goedgekeur en vorm aanvulling 25.

Die inskrywings is & kopieer Kopiereg op die International Union of Biochemistry and Molecular Biology.

Voorgestelde nuwe inskrywings en hersiene inskrywings

Voorstelle vir nuwe inskrywings tot die ensiemlys en hersienings van voorheen gepubliseerde inskrywings is beskikbaar in die volgende lêer:

Kriteria vir insluiting

Voordat 'n ensiem in die lys ingesluit kan word, is direkte eksperimentele bewyse nodig dat die voorgestelde ensiem die reaksie wat beweer word, kataliseer. Gelyke volgorde -ooreenkoms is nie voldoende sonder bewyse vir die reaksie wat gekataliseer is nie, want slegs 'n klein verandering in volgorde is voldoende om die aktiwiteit of spesifisiteit van 'n ensiem te verander. Omdat klassifikasie uitsluitlik gebaseer is op die gekataliseerde reaksie, is daar gevalle waar proteïene van baie verskillende rye dieselfde reaksie kataliseer. Die bestaan ​​van 'n skynbare leemte in 'n biochemiese weg is op sigself nie voldoende vir klassifikasiedoeleindes nie.

Hoe om nuwe inskrywings voor te stel en bestaande inskrywings reg te stel

Inligting oor nuwe ensieme of regstellings van bestaande inskrywings kan direk vanaf hierdie webbladsye gerapporteer word of deur die vorm wat agterop gedruk is, te gebruik Ensiemnaam. Daar is advies beskikbaar oor hoe om nuwe ensieme voor te stel of regstellings van bestaande inskrywings voor te stel. Kommentaar en voorstelle oor ensiemklassifikasie en nomenklatuur kan ook gestuur word aan dr Andrew McDonald (Departement Biochemie, Trinity College Dublin, Dublin 2, Ierland)

Reëls vir die klassifikasie en benaming van ensieme

In Ensiem nomenklatuur 1992 was daar 'n afdeling oor aanbevole algemene beginsels en sistematiese name van klassifikasie en nommering van ensieme en reëls vir klassifikasie en nomenklatuur. Hierdie webweergawe is effens geredigeer uit die in die boek.

Die skakels is na 'n lys van sub-subklasse wat weer die ensieme bevat wat gekoppel is aan aparte lêers vir elke ensiem, of na 'n lys as deel van 'n lêer met tot 50 ensieme per lêer.


  • Die reduktant is die elektronskenker.
  • Die oksidant is die elektron -acceptor.
  • Hierdie groep ensieme gebruik gewoonlik NADP of NAD+ as kofaktore.
  • oksidoreduktase: Enige ensiem wat 'n oksidasie-reduksie (redoks) reaksie kataliseer.
  • ensiem: 'N Bolvormige proteïen wat 'n biologiese chemiese reaksie kataliseer.
  • kataliseer: Katalise is die verandering in tempo van 'n chemiese reaksie as gevolg van die deelname van 'n stof wat 'n katalisator genoem word. Anders as ander reagense wat aan die chemiese reaksie deelneem, word 'n katalisator nie deur die reaksie self verbruik nie.

In biochemie is 'n oksidoreduktase 'n ensiem wat die oordrag van elektrone van een molekule, die reduktant, ook die elektrondonor genoem, na 'n ander die oksidant kataliseer, ook die elektronakseptor genoem. Hierdie groep ensieme gebruik gewoonlik NADP of NAD+ as kofaktore.

Byvoorbeeld, 'n ensiem wat hierdie reaksie gekataliseer het, sal 'n oksidoreduktase wees: A&ndash + B &rarr A + B&ndash. In hierdie voorbeeld is A die reduktant (elektronskenker) en B is die oksidant (elektronontvanger).

In biochemiese reaksies is die redoksreaksies soms moeiliker om te sien, soos hierdie reaksie van glikolise: Pi + glyceraldehied-3-fosfaat + NAD + & rarr NADH + H + + 1,3-bisfosfoglyseraat. In hierdie reaksie is NAD+ die oksidant (elektron-acceptor) en glyceraldehied-3-fosfaat is die reduktant (elektrondonor).

Figuur: Illustrasie van 'n redoksreaksie: Illustrasie van 'n redoksreaksie

Oksidoreduktases word as EC 1 geklassifiseer in die EC-nommerklassifikasie van ensieme. Oksidoreduktases kan verder in 22 subklasse ingedeel word:


Ensieme en ensiemmeganismes

Olga Khersonsky, Dan S. Tawfik, in Comprehensive Natural Products II, 2010

8.03.4.2 Evaluering van die graad van promiskuïteit met EC -nommers

Hier stel ons 'n eenvoudige en relatief objektiewe manier voor om die mate van promiskuïteit te bepaal deur 'n vergelyking van die Enzyme Commission -getalle (EC) vir die inheemse en promiskue aktiwiteite te beoordeel. By ensieme wat multispesifiek is, of substraat -dubbelsinnigheid, moet EC -getalle vir die verskillende substrate dieselfde wees, of slegs verskil met die vierde syfer wat oor die algemeen onderskei tussen ensieme van dieselfde klas. Katalitiese losbandigheid moet verwys na gevalle waarin die EG-nommers van die verskillende substrate en reaksies wat deur dieselfde ensiem gekataliseer word, verskil in die 2de, of die 3de, syfers wat na verskillende chemieë en verskillende klasse substrate verwys, of selfs met die 1ste syfer dit dui op 'n heeltemal ander reaksiekategorie.

Tabel 1 lys verskeie voorbeelde vir substraatdubbelsinnigheid en katalitiese losbandigheid. Die tabel dui die EG-nommers vir die inheemse en promiskue aktiwiteite aan, en kategoriseer dus hul losbandigheid ooreenkomstig verskille in EG-nommers. Tipiese voorbeelde waar verskille in EG-getalle die graad van losbandigheid weerspieël, en gevalle waar dit moontlik nie is nie, word hieronder bespreek.

Tabel 1. Voorbeelde vir die klassifikasie van die promiskuïteit op grond van verskille in EC -nommers

EnsiemInheemse aktiwiteit (EC -nommer)Promiskue aktiwiteit (EG-nommer)PromiskuïteitstipeVerwysing (e)
1Menslike sitosoliese sulfo-transferases (hSULTs)Breë-spesifisiteit ensieme, sulfonaatgroep oordrag van PAPS na die verskillende substrate EC 2.8.2.X.Sulfonaatgroepoordrag vanaf PAPS na die verskillende substrate EC 2.8.2.X.Multispesifisiteit 70
2Glutathion transferasesBreë substraatspesifisiteit GST van A-klas 2.5.1.18.Glutathion-koppeling met verskeie ligande EC 2.5.1.18.Multispesifisiteit 57
3N.-asetiel- d -mannosamien kinase (NanK)Fosforilering van N.-asetiel- d -mannosamien EC 2.7.1.60Fosforilering van glukose EC 2.7.1.2.Substraat onduidelikheid 71, 72
Fruktose kinase (YajK)Fosforilering van fruktose EC 2.7.1.4Fosforilering van glukose EC 2.7.1.2.
Ken kinase (AlsK) toeFosforilering van allose EC 2.7.1.55Fosforilering van glukose EC 2.7.1.2.
4Aspartaat amino-transferase (AATase)Transaminering van dikarboksielsubstraat EC 2.6.1.1.Transaminering van tirosien en fenielalanien EC 2.6.1.X.Substraat onduidelikheid) 73
5Beta-glukuronidase (GUS)Hidrolise van beta-glukuroniede EC 3.2.1.31Hidrolise van pNP-galaktosied EC 3.2.1.23Substraat onduidelikheid 74, 75
6HaeIII metieltransferaseMetilering van GGCC -terreine EC 2.1.1.X.Metilering van AGCC -terreine EC 2.1.1.X.Substraat onduidelikheid 76
7LipasesTrigliseriedhidrolise EC 3.1.1.3.Hidrolise van arielesters van verskillende karboksielsure 3.1.1.X.Substraat onduidelikheid 62, 63
Amiedbinding hidrolise EC 3.4.X.X.Katalitiese losbandigheid 77
Aldolreaksie (C–C-bindingsvorming) EC 4.1.X.X.Katalitiese losbandigheid 78
Michael-tipe byvoegings EC 2.5.1.18. (soos in GST) EC 4.4.X.X. (soos in lyases)Katalitiese losbandigheid 79, 80
Oligomerisering van siloksane Natuurlike reaksie waarvoor geen inheemse ensiem bekend is nieKatalitiese losbandigheid 81
8Alkaliese fosfataseHidrolise van monofosfaatesters EC 3.1.3.1.Fosfodiesterase EC 3.1.4.X.Katalitiese losbandigheid 82
Sulfaatesters hidrolise EC 3.1.6.X.Katalitiese losbandigheid 83, 84
Fosfietafhanklike dehidrogenase EC 1.1/2.X.XKatalitiese losbandigheid 47
9Mukonaat laktoniserende ensiem (MLE)Cycloisomeri-zation EC 5.5.1.1.OSBS (β-eliminasie) EC 4.2.1.113Katalitiese losbandigheid 85
10Fosfotri-esterase van P. verklein (PTE)Fosfotriester hidrolise EC 3.1.8.1.Fosfodiesterase EC 3.1.4.X.Esterase EC 3.1.1.X.Laktonase EC 3.1.1.X.Katalitiese losbandigheid 19, 86, 87
11PLL'e (PTE-agtige laktonases)Hidrolise van kworumwaarnemende laktone EC 3.1.1.X.Fosfotriester hidrolise EC 3.1.8.1.Katalitiese losbandigheid 88
12AiiA van B. thuringiensisHidrolise van kworumwaarnemende laktone EC 3.1.1.X.Fosfotriester hidrolise EC 3.1.8.1Katalitiese losbandigheid 88, 89 H.-S. Kim, persoonlike kommunikasie
13PONs (serum paraoksonases)Soogdierlaktonases EC 3.1.1.X.Fosfotriesterase EC 3.1.8.X.Katalitiese losbandigheid 90–92
Arylesterase EC 3.1.1.X.Substraat onduidelikheid
14SerumalbumieneNie -ensimatiese proteïeneEsterase EC 3.1.1.X.Katalitiese losbandigheid 93
Carbamate hidrolise EC 3.1.1.X.Katalitiese losbandigheid 94
Kemp-eliminasie (onnatuurlike reaksie, waarvoor geen inheemse ensiem bekend is nie).Katalitiese losbandigheid 95
15KoolstofanhidraseHidrasie van CO2 EC 4.2.1.1.Esterase EC 3.1.1.X.Substraat dubbelsinnigheid 2, 96
Epoksied sintase (stireen epoksidasie, deur metaal uitruiling) EC 1.14.X.X.Katalitiese losbandigheid, of kofaktor-dubbelsinnigheid 97

Byna alle gevalle van substraat -dubbelsinnigheid en multispesifisiteit (soos gedefinieer in afdeling 8.03.3) manifesteer in verskille in die 4de syfer. Voorbeelde vir multispesifieke of breë spesifisiteit ensieme sluit in sulfotransferases en GST's ( Tabel 1 , inskrywings 1, 2).

Voorbeelde van substraat-dubbelsinnigheid sluit in ensieme soos suikerkinases, aminosuurtransferases, glikosidases en metieltransferases, wat dieselfde chemiese transformasie op ander substrate as hul oorspronklike een kan uitvoer ( Tabel 1 , inskrywings 3-6).

Lipases (EC 3.1.1.3 Tabel 1 , inskrywing 7) bestaan ​​uit 'n duidelike voorbeeld waar EG-nommers blykbaar verskille in die graad van losbandigheid vir 'n hele reeks promiskue aktiwiteite weerspieël. Hul inheemse substrate is trigliseriede (EC 3.1.1.3), en hul vermoë om arielesters van verskeie karboksielsure promisku te hidroliseer word slegs deur 'n verskil in die 4de syfer (3.1.1.X) gemanifesteer en word dus korrek gedefinieer as substraatdubbelsinnigheid. Die promiskue amiedhidrolise het betrekking op die splitsing van 'n ander binding (C–N vs C–O) en word gemanifesteer deur verskille in die 2de syfer (EC 3.4.X.X). Daar is ook getoon dat lipases nie -hidrolitiese reaksies soos aldolkondensasies en Michael -byvoegings, 78–80, promosie kataliseer, en dit behoort tot die 4de EC -kategorie (EC 4.X.X.X). In hierdie gevalle verskil beide die meganismes en die bindings wat gevorm of gebreek word, en hierdie verskille word in die 1ste syfer gemanifesteer.

Alkaliese fosfatase (EC 3.1.3.1. Tabel 1 , inskrywing 8) beskik ook oor 'n wye reeks promiskue aktiwiteite. Sommige van hulle verskil van die inheemse fosfaatmonoesters hidrolise in die 3de syfer (sulfatase, fosfodiesterase), maar ander (fosfiet dehidrogenering) verskil in die 1ste syfer, en verteenwoordig 'n hoër graad van losbandigheid.

Ander gevalle waarin die inheemse en promiskue aktiwiteite in die 1ste syfer verskil, sluit in mukonaat laktoniserende ensiem (MLE) Tabel 1 , inskrywing 9), waarvan die inheemse aktiwiteit sikloisomerisering is (EC 5.5.1.1) en 'n promiskue OSBS (β-eliminasie) aktiwiteit het (EC 4.2.1.113).

Voorbeelde vir 'n hoë mate van promiskuïteit sluit natuurlik nie -ensimatiese proteïene in, soos serumalbumiene wat promiskue katalitiese aktiwiteite vertoon 93–95 ( Tabel 1 , inskrywing 14). Ander gevalle kan katalise van onnatuurlike reaksies insluit, wat beteken reaksies waarvoor, na ons kennis, geen natuurlike ensiem ontwikkel het nie (bv. die Kemp-eliminasie uitgevoer deur serumalbumien ( Tabel 1 , inskrywing 14, of siloksaanhidrolise deur lipase ( Tabel 1 , inskrywing 7)).

Nog 'n voorbeeld waar EC -getalle die verskille in die mate van losbandigheid weerspieël, het betrekking op laktonases. Daar is bewys dat hierdie ensieme wat tot drie verskillende superfamilies behoort, promiskue fosfotriesterase (PTE) aktiwiteit vertoon ( Tabel 1 , inskrywings 11–13). Laktonase aktiwiteit behels die hidrolitiese splitsing van 'n C -O binding en word beskryf as EC 3.1.1.X (waar X verwys na 'n spesifieke laktonesubstraat). Die hidrolitiese splitsing van die P -O -binding van fosfotriesters word beskryf deur EC -nommer 3.1.8.X. Die verskil in die 3de syfer weerspieël die verskil in die binding wat verbreek word (C–O versus P–O), terwyl in wese dieselfde meganisme toegepas word. Ter vergelyking vertoon baie van hierdie laktonases (maar nie almal nie) ook esterase -aktiwiteit met veral arielesters. 88 Hierdie aktiwiteit word beskryf as EC 3.1.1.X, soos die geval is met laktonase -aktiwiteit. Omdat beide reaksies die splitsing van C -O -bindings behels en die laktonase -esterase -verskille in die vierde syfer manifesteer, word hierdie geval beter beskryf as substraat -dubbelsinnigheid.

Daar moet egter op gelet word dat EG-nommers ook misleidend kan wees. Daar is noemenswaardige gevalle waar, ten spyte van aansienlike ooreenkoms in die chemie van katalise, die EC-getalle verskil, en selfs met die 1ste syfer. Dit is hoofsaaklik omdat die EG -definisies nie net betrekking het op die chemie nie, maar ook op die fisiologiese konteks. 'N Duidelike voorbeeld is koolsuuranhidase ( Tabel 1 , inskrywing 15 EC 4.2.1.1) wat promiskue arielesterase-aktiwiteit (3.1.1.X) toon. Die EC -syfers dui op 'n totaal ander chemie. Alhoewel die substrate aansienlik verskil, veral in grootte, behels beide reaksies die aanval van 'n hidroksiedioon op 'n karboniel ( Figuur 1 ). Die fosfiet-afhanklike hidrogenase-aktiwiteit (EC 1.1/2.X.X) van alkaliese fosfatase ( Tabel 1 , inskrywing 8 EC 3.1.3.1) verteenwoordig ook 'n grensgeval. Die baie verskillende inheemse en promiskue aktiwiteite (soos dit manifesteer in die verskillende EG -kategorieë) gebruik eintlik 'n soortgelyke meganisme (sien Afdeling 8.03.6.1.2).

Figuur 1 . Die inheemse reaksie van koolsuuranhidase (CO2 hidrasie, Top) en die promiskue arylesterase -reaksie daarvan, geïllustreer met naftielasetaat (onderkant). Beide reaksies verloop deur dieselfde meganisme van hidroksiedioonaanval op 'n karboniel, gevolg deur die stabilisering van 'n oksianion-tussenproduk deur die aktiewe plek Zn 2+. Ten spyte van hierdie duidelike ooreenkoms, verskil die EC -getalle van hierdie reaksies in die eerste syfer ( Tabel 1 , inskrywing 15).


Nomenklatuur en klassifikasie van ensieme

In die vroeë dae het die agtervoegsel - ase is by die substraat gevoeg om die ensieme te benoem.

Voorbeeld: Lipase werk op lipiede.

Hierdie name staan ​​bekend as triviale name. Hulle gee nie volledige inligting oor die ensiematiese reaksie nie.

Die Internasionale Unie van Biochemie en Molekulêre Biologie (IUBMB) het 'n sistematiese nomenklatuur vir ensieme toegeken. Die sistematiese naam bestaan ​​uit twee dele.

· Die eerste deel stel die substraat voor. In ensiemgekataliseerde reaksies staan ​​die reaktante bekend as substrate.

· Die tweede deel, eindigend in -ase, dui die tipe reaksie aan wat gekataliseer word.

Aan elke ensiem word 'n vier-syfer-kode nommer toegeken, genaamd Enzyme Commission (EC) -nommer.

· Die eerste syfer verteenwoordig die hoofklas waartoe die ensiem behoort.

· Die tweede syfer dui die subklas aan.

· Die derde syfer dui die sub-subklas van die ensiem binne die hoofklas aan.

· Die vierde syfer verteenwoordig die reeksnommer van die ensiem in die sub-subklas.

Voorbeeld: Heksokinase (EC 2.7.1.1) en Glutamien sintetase (EC 6.3.1.2)

Volgens die International Union of Biochemistry and Molecular Biology word die ensieme in ses hoofklasse ingedeel op grond van die reaksie wat hulle kataliseer. Die ses hoofklasse ensieme is,


1) Oksidoreduktase:

Dit is ensieme wat die oksidasie -reduksie reaksies tussen twee substrate kataliseer.

a) Dehidrogenase (alkohol dehidrogenase)

b) Oksidase (sitochroomoksidase)

c) Peroxidase (Glutathione Peroxidase)

Alkoholdehidrogenase (EC 1.1.1.1):

Hierdie ensiem oksideer etanol tot asetaldehied. Dit benodig die koënsiem NAD + (Niacinamide Adenine Dinucleotide) wat tot NADH verminder word.


2) Oordragings:

Dit is ensieme wat die oordrag van sekere groepe soos fosfaat-, amino- of asetielgroepe van een substraat na 'n ander kataliseer.

Voorbeelde:

· Transaminase (dra 'n aminogroep voor

· Transasilase (dra 'n asielgroep oor Voorbeeld malonieltransasilase)

· Fosforylase (dra 'n fosfaatgroep oor, byvoorbeeld glikogeenfosforylase)

Transaminase:

Hulle kataliseer die oordrag van die aminogroep van aminosuur na ketosuur. Voorbeeld: Glutamaat oxaloacetate transaminase (GOT) of Aspartate transaminase (AST EC 2.6.1.1). Hierdie ensiem kataliseer die oordrag van die aminogroep van glutamienzuur na oksaloasynsuur. Dit benodig piridoksaalfosfaat (PLP) as koënsiem vir sy aktiwiteit.


3) hidrolase:

Dit is ensieme wat die hidrolise van substrate kataliseer. Hulle bring die hidrolise teweeg deur water by te voeg.

Voorbeeld: a) Lipase b) Urease c) Glikosidase.


Dit is ensieme wat die esterkoppeling hidroliseer. Triasielglycerollipase (EC 3.1.1.3) verdeel byvoorbeeld die esterverbinding tussen gliserol en vetsuur.


4) Lyases:

Hierdie ensieme kataliseer die byvoeging of eliminasie van groepe soos H 2 O, CO 2 en NH 3 ens. Voorbeeld: Aldolase, dekarboksilase


A. Fruktose bisfosfaat aldolase (EC 4.1.2.13):

Dit kataliseer die omkeerbare omskakeling van fruktose-1,6-bisfosfaat na gliseraldehied-3-fosfaat en dihidroksi-asetonfosfaat deur aldolskeuring van die C3-C4-binding.


5) Isomerases:

Hierdie ensieme kataliseer die inter-omskakeling van isomere soos optiese, geometriese of posisionele isomere.

a) Alanien racemase (EC 5.1.1.1)


B) Triosefosfaat -isomerase (EC 5.3.1.1):

Hierdie ensiem kataliseer die isomerisering van gliseraldehied-3-fosfaat in dihidroksi-asetonfosfaat.


6) Ligases:

Hierdie ensieme kataliseer die sintetiese reaksies. Hulle verbind twee substrate met die gebruik van ATP of GTP.

Voorbeeld: Glutamien sintetase.

Glutamien sintetase (EC 6.3.1.2):

Dit is 'n ligase wat die sintese van glutamien uit glutamaat en NH 3 kataliseer.


<p>Hierdie afdeling verskaf enige nuttige inligting oor die proteïen, meestal biologiese kennis.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>Meer. </a></p> Funksie i

Kataliseer die byvoeging van GlcNAc of GlcUA monosakkariede tot die ontluikende hyaluronan polimeer. Daarom is dit noodsaaklik dat hyaluronan sintese 'n belangrike komponent van die meeste ekstrasellulêre matrikse is wat 'n strukturele rol speel in weefselargitekture en die selhechting, migrasie en differensiasie reguleer. Dit is een van die isozyme wat die reaksie kataliseer. Ook in staat om die sintese van chito-oligosakkaried te kataliseer, afhangende van die substraat (Deur ooreenkoms).


& ltp> Hierdie afdeling bied nuttige inligting oor die proteïen, meestal biologiese kennis. & ltp> & lta href = '/help/function_section' target = '_ top'> Meer. & lt/a> & lt/p> Funksie i

Kataliseer die dismutasie van twee molekules 6,7-dimetiel-8-ribityllumasien, wat die vorming van riboflavien en 5-amino-6- (D-ribitylamino) uracil tot gevolg het.

<p>Handmatig saamgestelde inligting waarvoor daar gepubliseerde eksperimentele bewyse is.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000269">Meer. </a></p> Handmatige bewering gebaseer op eksperiment in i


Ensiem nomenklatuur

World Wide Web weergawe voorberei deur G.P. Mos
Skool vir Biologiese en Chemiese Wetenskappe, Queen Mary Universiteit van Londen,
Mile End Road, Londen, E1 4NS, VK
[email protected]

Om te SOEK vir inligting oor ensieme op die databasis KLIK HIER.

Hierdie bladsy bevat algemene inligting oor ensiemnomenklatuur. Dit sluit skakels na individuele dokumente in, en die aantal hiervan sal toeneem namate meer afdelings van die ensiemlys hersien word. Skakels na ander relevante databasisse word verskaf. Dit bied ook advies oor hoe om nuwe ensieme voor te stel vir die notering of die regstelling van bestaande inskrywings. Daar is 'n lys met afkortings wat in die databasis gebruik word.

Historiese inleiding

In Ensiemnaam 1992 was daar 'n historiese inleiding. Hierdie webweergawe is effens geredigeer uit die in die boek.

Gepubliseer in Ensiemnomenklatuur 1992 [Academic Press, San Diego, Kalifornië, ISBN 0-12-227164-5 (hardeband), 0-12-227165-3 (sagteband)] met Supplement 1 (1993), Supplement 2 (1994), Supplement 3 (1995) , Supplement 4 (1997) en Supplement 5 (in EUR. J. Biochem. 1994, 223, 1-5 EUR. J. Biochem. 1995, 232, 1-6 EUR. J. Biochem. 1996, 237, 1-5 EUR. J. Biochem. 1997, 250 1-6, en EUR. J. Biochem. 1999, 264, 610-650 onderskeidelik) [Kopiereg IUBMB].

Elke ensiem het aan die einde besonderhede aangeteken van wanneer dit die eerste keer in die ensiemnomenklatuur gepubliseer is of wanneer dit by die databasis en die daaropvolgende geskiedenis daarvan gevoeg is.

Webweergawe van die ensiembenaming

Die volledige inhoud van Ensiem nomenklatuur, 1992 (plus daaropvolgende aanvullings en ander veranderinge) word hieronder gelys in ensiemgetalvolgorde wat net die aanbevole naam gee. Elke inskrywing bied 'n skakel na die besonderhede van die ensiem. As alternatief, as u op soek is na 'n spesifieke reaksie wat gebruik word in die klassifikasie van ensieme, word die breë omtrek wat deur die eerste twee getalle gedefinieer word, hieronder gegee. Elkeen van hierdie subklasinskrywings is gekoppel aan 'n plek waar die kategorie onderverdeel is in sub-subklasse. Dit is weer gekoppel aan 'n lys van aanbevole name vir elke ensiem in die sub-subklas.

Die algemene name van alle gelyste ensieme word hieronder gelys, tesame met hul EC -nommers. As 'n ensiem verwyder is of na 'n ander EG -nommer oorgedra is, word hierdie inligting ook aangedui. Elke lys is gekoppel aan beide skei inskrywings vir elke inskrywing of na lêers met tot 50 ensieme in elke lêer.

Woordelys, reaksiepaaie en skakels na ander databasisse

Daar is begin met die wys van die paaie waaraan ensieme deelneem. So, byvoorbeeld, lei 'n skakel onder EC 5.3.3.2 (isopenteniel-difosfaat-isomerase) na die pad van mevalonaat na terpene, en skakels onder EC 1.14.99.7 (skwaleenmonooksigenase) en EC 5.4.99.7 (lanosterol-wegsintese) lei na van steroïedvorming. Vir ander ensieme is 'n woordelysinskrywing bygevoeg wat net 'n sistematiese naam of 'n skakel na 'n grafiese voorstelling kan wees. Die woordelys van Ensiem nomenklatuur, 1992 kan ook geraadpleeg word. Dit is opgedateer met daaropvolgende woordelysinskrywings. Elke ensieminskrywing het skakels na ander databasisse. Vir onlangse inskrywings is dit moontlik nog nie op die ander databasis geïmplementeer nie. Klik hier vir meer inligting oor die gegewe inligting.

Ensiemaanvulling 6 tot 24 (slegs elektronies)

Ses dokumente met byvoegings en regstellings van vorige inskrywings is in 2000 goedgekeur. Dit vorm saam Aanvulling 6.

Vyf dokumente is in 2001 goedgekeur en vorm Aanvulling 7.

Drie dokumente (ses lêers) is in 2002 goedgekeur en vorm aanvulling 8.

Drie dokumente (vyf lêers) is in 2003 goedgekeur en vorm aanvulling 9.

Drie dokumente is in 2004 goedgekeur en vorm aanvulling 10.

Ses dokumente is in 2005 goedgekeur en vorm Bylaag 11.

Vier lêers is in 2006 goedgekeur en vorm Bylaag 12.

Twee lêers is in 2007 goedgekeur en vorm Aanvulling 13.

Elf lêers is in 2008 goedgekeur en vorm Bylaag 14.

Sewe lêers is in 2009 goedgekeur en vorm aanvulling 15.

Sewe lêers is in 2010 goedgekeur en vorm Bylaag 16.

Agt lêers is in 2011 goedgekeur en vorm Bylaag 17.

Vyf lêers is in 2012 goedgekeur en vorm Aanvulling 18.

Drie lêers is in 2013 goedgekeur en vorm aanvulling 19.

Vier lêers is in 2014 goedgekeur en vorm Aanvulling 20.

Drie lêers is in 2015 goedgekeur en vorm Supplement 21.

Vier lêers is in 2016 goedgekeur en vorm aanvulling 22.

Vier lêers is in 2017 goedgekeur en vorm Aanvulling 23.

Vyf lêers is in 2018 goedgekeur en vorm Bylaag 24.

Vier lêers is in 2019 goedgekeur en vorm Bylaag 25.

Die inskrywings is &kopieer Kopiereg aan die Internasionale Unie van Biochemie en Molekulêre Biologie.

Voorgestelde nuwe inskrywings en hersiene inskrywings

Voorstelle vir nuwe inskrywings tot die ensiemlys en hersienings van voorheen gepubliseerde inskrywings is beskikbaar in die volgende lêer:

Kriteria vir insluiting

Voordat 'n ensiem in die lys ingesluit kan word, is direkte eksperimentele bewyse nodig dat die voorgestelde ensiem die reaksie wat beweer word, kataliseer. Gelyke volgorde -ooreenkoms is nie voldoende sonder bewyse vir die reaksie wat gekataliseer is nie, want slegs 'n klein verandering in volgorde is voldoende om die aktiwiteit of spesifisiteit van 'n ensiem te verander. Omdat klassifikasie uitsluitlik gebaseer is op die gekataliseerde reaksie, is daar gevalle waar proteïene van baie verskillende rye dieselfde reaksie kataliseer. Die bestaan ​​van 'n skynbare leemte in 'n biochemiese weg is op sigself nie voldoende vir klassifikasiedoeleindes nie.

Hoe om nuwe inskrywings voor te stel en bestaande inskrywings reg te stel

Inligting oor nuwe ensieme of regstellings van bestaande inskrywings kan direk vanaf hierdie webbladsye gerapporteer word of deur die vorm wat agterop gedruk is, te gebruik Ensiemnaam. Daar is advies beskikbaar oor hoe om nuwe ensieme voor te stel of regstellings van bestaande inskrywings voor te stel. Kommentaar en voorstelle oor ensiemklassifikasie en nomenklatuur kan ook aan Dr Andrew McDonald (Departement van Biochemie, Trinity College Dublin, Dublin 2, Ierland) gestuur word.

Reëls vir die klassifikasie en nomenklatuur van ensieme

In Ensiemnaam 1992 was daar 'n afdeling oor algemene beginsels aanbeveel en sistematiese name skema van klassifikasie en nommering van ensieme en reëls vir klassifikasie en nomenklatuur. Hierdie webweergawe is effens geredigeer vanaf dié in die boek.

Die skakels is na 'n lys van sub-subklasse which in turn list the enzymes linked to separate files for each enzyme, of to a list as part of a file with up to 50 enzymes per file.


<p>This section provides any useful information about the protein, mostly biological knowledge.<p><a href='/help/function_section' target='_top'>More. </a></p> Function i

Bifunctional enzyme which catalyzes the formation of UMP from orotate in the de novo pathway of pyrimidine biosynthesis (PubMed:19645718).

May also form UMP from uracil (PubMed:19645718).

Regulates the size of gut granules during embryonic development (PubMed:20148972).

Involved in resistance to DNA damaging agents including UV-C and X-ray radiation (PubMed:24262006).

<p>Manually curated information for which there is published experimental evidence.</p> <p><a href="/manual/evidences#ECO:0000269">More. </a></p> Manual assertion based on experiment in i


Meer inligting

Additional information is available from Genetics Home Reference 13 and from the Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM®) 14 :

Condition Name and Abbreviation — curated by the NLM and selected from among the names used by the Advisory Committee on Heritable Disorders in Newborns and Children (Committee), National Newborn Screening Information System (NNSIS), the American College of Medical Genetics (ACMG), the HHS Office of the National Coordinator for Health Information Technology (ONC)/American Health Information Community (AHIC) Personalized Health Care Work Group, and input from the newborn screening community.

Category — based on the U.S. Department of Health and Human Services (HHS) Recommended Uniform Screening Panel. Conditions designated as "core" should be included in every newborn screening program, and "secondary" conditions are some of the disorders that may be detected during screening for a core disorder. Conditions classified as "other" are those that are screened for by some states but are not part of the Recommended Uniform Screening Panel.

SNOMED CT® Code — Systematized Nomenclature of Medicine — Clinical Terms code is assigned by the International Health Terminology Standards Development Organisation (IHTSDO). SNOMED CT is a concept-oriented clinical terminology that has been designated as a U.S. standard for electronic health information exchange. The Newborn Screening Coding and Terminology Guide uses some codes from the US Extension to SNOMED CT.

UMLS CUI — a concept unique identifier (CUI) assigned to every concept in the Unified Medical Language System (UMLS®).

ICD-9-CM Code — International Classification of Diseases, Ninth Revision, Clinical Modification code is assigned to diagnoses associated with hospital utilization in the U.S. It is a current US standard for use in administrative healthcare transactions. Although ICD-9-CM codes are fairly specific, in certain cases, the same ICD-9-CM code might apply to several disorders in the same group (e.g. amino acid disorders).

ICD-10-CM Code — International Classification of Diseases, Tenth Revision, Clinical Modification code. Although ICD-10-CM codes are fairly specific, in certain cases, the same ICD-10-CM code might apply to multiple related disorders.

Enzyme Commission (EC) Number — a unique identifier for the affected enzyme (if the affected protein is an enzyme) the EC number is assigned by the Recommendations of the Nomenclature Committee of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology on the Nomenclature and Classification of Enzymes by the Reactions they Catalyse.

UniProt Number — a unique identifier assigned to all proteins, including enzymes, hemoglobin subunits, and immunoglobulin chains. The UniProt database is maintained by the Universal Protein Resource, an international collaboration.

LOINC Long Common Name — derived by the Logical Observation Identifiers Names and Codes (LOINC®) Committee from the measurement's formal name by using conventional names for analytes and procedures. The long common name eliminates the parts of the formal name that are not needed to distinguish the test from related tests.

Analyte Short Name — an abbreviation for the analyte.

LOINC Number — the unique and permanent code assigned by the Logical Observation Identifiers Names and Codes (LOINC®) Committee to identify the test measurement. LOINC codes are unique for different test methods and different units of reporting to enable interoperability and comparison of results from different labs. LOINC is a U.S. government standard for electronic health information exchange of laboratory tests and other measurements in Interoperability Specifications produced by the Healthcare Information Technology Standards Panel (HITSP).

Units — what is being counted or measured, using the Unified Code for Units of Measure (UCUM). Ratios whose units fully cancel each other are indicated by . UCUM is the US standard for reporting units in laboratory messages. Results that are not quantitative have either a link to the specific LOINC answer list for that analyte or appropriate text (such as "Pos or Neg" or "Specific alleles").

Genetics Home Reference — the National Library of Medicine's Web site for consumer-friendly information about genetic conditions and the genes or chromosomes related to those conditions. Visit Genetics Home Reference at http://ghr.nlm.nih.gov/.

OMIM — Online Mendelian Inheritance in Man® is a comprehensive resource about human genes and genetic diseases. It focuses primarily on the relationship between genotype and phenotype. It is currently maintained by Johns Hopkins University.


Phytochelatin synthase is required for tolerating metal toxicity in a basidiomycete yeast and is a conserved factor involved in metal homeostasis in fungi

Agtergrond: Phytochelatin synthase (PCS) is an enzyme that catalyzes the biosynthesis of phytochelatin from glutathione. Phytochelatins protect cells against the toxic effects of non-essential heavy metals, such as cadmium, and hence growth is restricted in the presence of these metals in mutants in PCS-encoding genes. PCS genes from fungi have been characterized in only two species in the Ascomycota, and these genes are considered sparsely distributed in the fungal kingdom.

Resultate: A gene encoding a putative PCS was identified in Sporobolomyces sp. strain IAM 13481, a fungus that is a member of the Pucciniomycotina subphylum of the Basidiomycota. The function of this PCS1 gene was assessed by heterologous expression in the Ascomycota yeasts Saccharomyces cerevisiae en Schizosaccharomyces pombe, and by mutating the gene in Sporobolomyces. The gene is required for tolerance to toxic concentrations of non-essential cadmium as well as the essential metal copper. Pcs1 homologs in fungi and other eukaryotes have putative targeting sequences for mitochondrial localization: the S. pombe homolog was fused to green fluorescent protein and it co-localized with a mitochondrial dye. Evaluation of the presence or absence of PCS and PCS-like homologs in the genome sequences of fungi indicates that they have a wide distribution, and the absence in most Ascomycota and Basidiomycota (the Dikarya) species can be explained by a small number of gene losses.

Gevolgtrekkings: The ecology of the species within the fungi carrying putative PCS genes, the phenotypes of phytochelatin synthase mutants in two major fungal lineages, and the presence of homologs in many non-Dikarya lineages parallel what is seen in the plant and animal kingdoms. That is, PCS is a protein present early during the evolution of the fungi and whose role is not solely dedicated to combating toxic concentrations of non-essential metals.

Sleutelwoorde: EC 2.3.2.15 Glutathione gamma-glutamylcysteinyltransferase Heavy metal Red yeast Sporidiobolales.