Inligting

Chromosoom-uitwissingsnotasie in kankers

Chromosoom-uitwissingsnotasie in kankers


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Die kankerliteratuur verwys dikwels na die verwydering van sekere dele van 'n chromosoom (bv. "17p del" of "Del(17p)" vir die uitwissing van chromosoom 17 se p-arm.)

Beteken dit dat beide allele van die chromosoom vir die gespesifiseerde sitoband geskrap is (d.w.s. kopiegetal-analise sal in hierdie geval nul wys)? Of beteken dit dat een van die allele geskrap is, en dus een oorbly (kopiegetalontleding sal in hierdie geval 'n kopiegetal van 1 toon)?

Dankie


9q22.3 mikrodelesie

9q22.3 mikrodelesie is 'n chromosomale verandering waarin 'n klein stukkie chromosoom 9 in elke sel geskrap word. Die delesie vind plaas op die lang (q) arm van die chromosoom in 'n gebied wat q22.3 aangewys is. Hierdie chromosomale verandering word geassosieer met vertraagde ontwikkeling, intellektuele gestremdheid, sekere fisiese abnormaliteite en die kenmerkende kenmerke van 'n genetiese toestand genaamd Gorlin-sindroom.

Baie individue met 'n 9q22.3 mikrodelesie het ontwikkeling vertraag, wat veral die ontwikkeling van motoriese vaardighede soos sit, staan ​​en loop beïnvloed. By sommige mense is die vertragings tydelik en verbeter dit in die kinderjare. Meer ernstig geaffekteerde individue het permanente ontwikkelingsgestremdhede saam met intellektuele gestremdheid en leerprobleme. Selde is aanvalle aangemeld by mense met 'n 9q22.3 mikrodelesie.

Ongeveer 20 persent van mense met 'n 9q22.3 mikrodelesie ervaar oorgroei (makrosomie), wat lei tot verhoogde lengte en gewig in vergelyking met onaangeraakte eweknieë. Die makrosomie begin dikwels voor geboorte en gaan voort tot in die kinderjare. Ander fisiese veranderinge wat soms met 'n 9q22.3 mikrodelesie geassosieer word, sluit in die voortydige samesmelting van sekere bene in die skedel (metopiese kraniosynostose) en 'n opbou van vloeistof in die brein (hidrokefalus). Geaffekteerde individue kan ook kenmerkende gelaatstrekke hê soos 'n prominente voorkop met vertikale velplooie, op- of afwaarts skuins oë, 'n kort neus en 'n lang spasie tussen die neus en bolip (philtrum).

9q22.3 mikrodelesies veroorsaak ook die kenmerkende kenmerke van Gorlin-sindroom (ook bekend as nevoïde basaalselkarsinoomsindroom). Hierdie genetiese toestand raak baie dele van die liggaam en verhoog die risiko om verskeie kanker- en nie-kankeragtige gewasse te ontwikkel. By mense met Gorlin-sindroom is die tipe kanker wat die meeste gediagnoseer word basaalselkarsinoom, wat die algemeenste vorm van velkanker is. Die meeste mense met hierdie toestand ontwikkel ook nie-kankeragtige (goedaardige) gewasse van die kakebeen, genaamd keratosistiese odontogene gewasse, wat gesigsswelling en tandverplasing kan veroorsaak. Ander tipes gewasse wat by sommige mense met Gorlin-sindroom voorkom, sluit in 'n vorm van kinderbreinkanker wat 'n medulloblastoom genoem word en 'n tipe goedaardige gewas genaamd 'n fibroom wat in die hart of in 'n vrou se eierstokke voorkom. Ander kenmerke van Gorlin-sindroom sluit in klein depressies (putte) in die vel van die handpalms en voetsole 'n buitengewoon groot kopgrootte (makrokefalie) met 'n prominente voorkop en skeletale abnormaliteite wat die ruggraat, ribbes of skedel behels.


Sitogenetiese ligging

Genetici gebruik 'n gestandaardiseerde manier om 'n geen se sitogenetiese ligging te beskryf. In die meeste gevalle beskryf die ligging die posisie van 'n spesifieke band op 'n gekleurde chromosoom:

Dit kan ook geskryf word as 'n reeks bands, as minder bekend is oor die presiese ligging:

Die kombinasie van syfers en letters verskaf 'n geen se "adres" op 'n chromosoom. Hierdie adres bestaan ​​uit verskeie dele:

Die chromosoom waarop die geen gevind kan word. Die eerste nommer of letter wat gebruik word om 'n geen se ligging te beskryf, verteenwoordig die chromosoom. Chromosome 1 tot 22 (die outosome) word deur hul chromosoomnommer aangedui. Die geslagschromosome word deur X of Y aangedui.

Die arm van die chromosoom. Elke chromosoom word in twee afdelings (arms) verdeel op grond van die ligging van 'n vernouing (vernuwing) wat die sentromeer genoem word. Volgens konvensie word die korter arm p genoem, en die langer arm word q genoem. Die chromosoomarm is die tweede deel van die geen se adres. Byvoorbeeld, 5q is die lang arm van chromosoom 5, en Xp is die kort arm van die X-chromosoom.

Die posisie van die geen op die p- of q-arm. Die posisie van 'n geen is gebaseer op 'n kenmerkende patroon van ligte en donker bande wat verskyn wanneer die chromosoom op 'n sekere manier gekleur word. Die posisie word gewoonlik deur twee syfers aangedui (wat 'n streek en 'n band verteenwoordig), wat soms gevolg word deur 'n desimale punt en een of meer bykomende syfers (wat subbande binne 'n ligte of donker area verteenwoordig). Die getal wat die geenposisie aandui, neem toe met afstand vanaf die sentromeer. Byvoorbeeld: 14q21 verteenwoordig posisie 21 op die lang arm van chromosoom 14. 14q21 is nader aan die sentromeer as 14q22.

Soms word die afkortings "cen" of "ter" ook gebruik om 'n geen se sitogenetiese ligging te beskryf. "Cen" dui aan dat die geen baie naby aan die sentromeer is. Byvoorbeeld, 16pcen verwys na die kort arm van chromosoom 16 naby die sentromeer. “Ter” staan ​​vir terminus, wat aandui dat die geen baie naby aan die einde van die p- of q-arm is. Byvoorbeeld, 14qter verwys na die punt van die lang arm, of die heel einde, van chromosoom 14.

Die CFTR geen is geleë op die lang arm van chromosoom 7 op posisie 7q31.2.


Chromosoomkaart

Ons genetiese inligting word gestoor in 23 pare chromosome wat baie verskil in grootte en vorm. Chromosoom 1 is die grootste en is meer as drie keer groter as chromosoom 22. Die 23ste paar chromosome is twee spesiale chromosome, X en Y, wat ons geslag bepaal. Wyfies het 'n paar X-chromosome (46, XX), terwyl mans een X- en een Y-chromosome (46, XY) het. Chromosome is gemaak van DNA, en gene is spesiale eenhede van chromosomale DNA. Elke chromosoom is 'n baie lang molekule, so dit moet styf om proteïene toegedraai word vir doeltreffende verpakking.

Naby die middel van elke chromosoom is sy sentromeer, 'n nou gebied wat die chromosoom in 'n lang arm (q) en 'n kort arm (p) verdeel. Ons kan die chromosome verder verdeel deur spesiale vlekke te gebruik wat strepe bekend as 'n bandpatroon produseer. Elke chromosoom het 'n duidelike bandpatroon, en elke band is genommer om te help om 'n spesifieke streek van 'n chromosoom te identifiseer. Hierdie metode om 'n geen na 'n spesifieke band van die chromosoom te karteer, word sitogenetiese kartering genoem. Byvoorbeeld, die hemoglobien beta geen (HBB) word op chromosoom 11p15.4 gevind. Dit beteken dat die HBB geen lê op die kort arm (p) van chromosoom 11 en word gevind by die band gemerk 15.4.

Met die koms van nuwe tegnieke in DNS-analise, kan ons in baie groter besonderhede na die chromosoom kyk. Terwyl sitogenetiese kartering 'n voëlvlugoorsig van die chromosoom gee, toon meer moderne metodes DNA teen 'n baie hoër resolusie. Die Menslike Genoomprojek het ten doel om die


Chromosoom-skrapnotasie in kankers - Biologie

Bron: prent links van die GeneMap'99-illustrasie van Chromosoom 18. Prent regs vanaf die CCAP-webblad oor "Recurrent Aberration Data."

Elke chromosoomarm word in streke verdeel, of sitogenetiese bande, wat met 'n mikroskoop en spesiale vlekke gesien kan word. Die sitogenetiese bande word gemerk p1, p2, p3, q1, q2, q3, ens., tel vanaf die sentromeer uit na die telomere. By hoër resolusies kan subbande binne die bande gesien word. Die sub-bande is ook genommer vanaf die sentromeer uit na die telomeer.

Byvoorbeeld, die sitogenetiese kaartligging van die CFTR-geen is 7q31.2, wat aandui dat dit op chromosoom 7, q-arm, band 3, sub-band 1 en sub-sub-band 2 is.

Die punte van die chromosome word ptel en qtel gemerk. Byvoorbeeld, die notasie 7qtel verwys na die einde van die lang arm van chromosoom 7.

Strachan, T. en Read, A.P. 1999. Menslike Molekulêre Genetika, 2de uitgawe. New York: John Wiley & Seuns.

GeneMap'99 (klik op 'n chromosoomnommer).

Die CCAP-webblad oor "Recurrent Aberration Data" (klik op 'n chromosoomnommer), gebaseer op 'n genoomwye kaart van chromosomale breekpunte in menslike kanker deur Dr. Mitelman, Mertens en Johansson.


Kodering van DNA-verwysingsvolgorde

Probleme in die omgangstaal CFTR mutasie nomenklatuur berus hoofsaaklik in die nommering van nukleotiedposisies. Alhoewel die omgangstaalnotasies van CFTR mutasies is ook gebaseer op die GenBank cDNA verwysingsvolgorde <"type":"entrez-nucleotide","attrs":<"text":"NM_000492.3","term_id":"90421312","term_text":"NM_000492 .3">> NM_000492.3, die omgangstaalnotasies gebruik nukleotiednommering met die A van die ATG-inisiasiekodon by die nukleotiednommer 133. 'n Mens kan die koderende DNA-volgorde (�S”) vir CFTR eenvoudig deur op die CDS-skakel in GenBank te klik <"type":"entrez-nucleotide","attrs":<"text":"NM_000492.3","term_id":"90421312","term_text":"NM_000492. 3">> NM_000492.3 dit maak 'n venster oop waarin die nukleotiednommering begin met ʱ by die A van die ATG-inisiasiekodon, en sodoende 132 nukleotiede uit die 5′-UTR elimineer. Daar is slegs een koderende DNS-verwysingsvolgorde vir 'n gegewe GenBank-toetredingsnommer, sodat 'n mens nukleotiedposisies onomwonde kan beskryf.


Biologiese betekenis van 5q-delesie in hematopoiesis en beenmurgfunksie

MDS is klonale hematopoietiese stamselafwykings wat klinies gekenmerk word deur ondoeltreffende hematopoïese as gevolg van abnormaliteite in proliferasie, differensiasie en apoptose van hematopoietiese voorlopers en hul nageslag. Hierdie afwykings is tipies meer algemeen by bejaardes met die mediaan ouderdom by diagnose tussen 60 en 80 jaar (3, 20–22). Oor die algemeen sluit die kliniese beeld perifere sitopenieë in in die omgewing van normosellulêre of hipersellulêre beenmurg en verhoogde risiko van transformasie na AML. Hiposellulêre beenmurg is minder algemeen in MDS. 'n Opsomming van die kliniese en hematologiese kenmerke wat spesifiek is vir die 5q− sindroom subtipe van MDS word in Fig. 1 (11, 13, 15, 22) getoon. Beenmurgoenmerke wat met 5q−-sindroom geassosieer word, sluit in hipolobuleerde megakariosiete, eritroïed-hipoplasie en <5% ontploffings.

Kliniese en patologiese kenmerke van 5q− sindroom.

Rol van tumoronderdrukkergene in MDS-patogenese. Chromosoom 5q bevat baie gene wat betrokke is by die regulering van hematopoïese, insluitend sitokiene en hul reseptore, selsiklusreguleerders, transkripsiefaktore en seinbemiddelaars. Die groepering van hematologiese gene tussen 5q13 en 5q33 dui op 'n korrelasie tussen die genetiese abnormaliteit en die kliniese kenmerke van 5q− sindroom en ander del(5q) MDS subtipes (19, 23).

Die voorkoms van 5q-delesies by pasiënte met MDS verhoog die moontlikheid van 'n tumoronderdrukkergeen op die lang arm van chromosoom 5, waarvan die verlies die basiese gebeurtenis is wat tot siekteprogressie lei. Pogings om so 'n geen te lokaliseer het gelei tot die identifikasie van kritieke, minimaal geskrap streke (24-26). In 5q−-sindroom is die kritieke gebied van geenverlies gedefinieer as 'n 1,5 Mb-streek by 5q31-q32, omring deur D5S413 en die GLRA1 geen (25, 26). Baie gene is na hierdie streek gekarteer, soos blyk uit 'n oorsig van die Online Mendelian Inheritance in Man-databasis van die Nasionale Sentrum vir Biotegnologie-inligting (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/getmap.cgi? ). Tabel 1 toon 'n seleksie van gene gelokaliseer op die algemeen geskrapte segment van chromosoom 5 in die 5q− sindroom. Hierdie streek is onderskei van en distaal van 'n 1.5 Mb-streek by 5q31.1 omring deur die gene IL-9 en EGR-1 en geskrap in AML en ander vorme van MDS wat 5q-skrappings behels (24, 27). Die spesifikasie van twee afsonderlike genomiese intervalle op chromosoom 5q impliseer dat 'n ander geen of groep gene bydra tot die patogenese van hierdie verskillende myeloïede versteurings. Hierdie bevindinge stem ooreen met die kategoriseer van 5q-sindroom as 'n duidelike subtipe van MDS met 'n ander patogenese as ander vorme van MDS wat 5q delesies behels (28).

Geselekteerde gene gelokaliseer in chromosoom 5 (q31-q33)

Tot op hede is geen enkele tumoronderdrukkergeen wat verantwoordelik is vir MDS op chromosoom 5q geïdentifiseer nie. Alhoewel daar 'n aantal interessante kandidate is (bv. MEGF1 en G3BP), daar is nog nie getoon dat een van hulle krities is vir siektevordering nie (19, 28). Gegewe die groot grootte van die 5q-delesies wat dikwels in MDS voorkom en die afwesigheid van 'n duidelike kandidaatgeen, is dit moontlik dat een van verskeie gene tot MDS kan lei. 'n Alternatiewe moontlikheid is 'n geendoseringseffek wat veroorsaak word deur die verwydering van veelvuldige gene wat in die 5q-streek voorkom, wat funksioneel verwant is aan hematopoïese.

Klonale basis van siekte in 5q− sindroom. Die frekwensie van 5q-delesies, sowel as ander chromosomale abnormaliteite in MDS, dui aan dat hierdie abnormaliteite nie ewekansige gebeurtenisse is nie, maar eerder die klonale evolusie en multistap-patogenese van MDS weerspieël (21, 29). Volgens 'n multi-stap model bevorder inisiërende of "primêre" genetiese letsels, wat verkry of veroorsaak kan word deur spontane mutasie, binne 'n hematopoietiese stamsel die verkryging van "sekondêre" genetiese gebeurtenisse, gekenmerk deur stapsgewyse verliese en/of toenames van spesifieke chromosomale streke (bv. 5q−, −7, of +8 ref. 29). Hierdie sekondêre genetiese veranderinge kan selsiklusbeheer, transkripsie en/of tumoronderdrukkeraktiwiteit beïnvloed, wat die MDS-kloon van 'n groeivoordeel voorsien, wat lei tot uitbreiding van die kloon en potensiaal vir leukemiese transformasie.

Om die sel van oorsprong in 5q−-sindroom te identifiseer, het Nilsson et al. (30) gesuiwerde pluripotente hematopoietiese stamselle (CD34 + CD38 - ) van MDS pasiënte met 'n 5q delesie tussen bande 5q13 en 5q33. Dit het pasiënte met 5q−-sindroom ingesluit. Feitlik alle (>90%) CD34 + CD38-selle behoort aan die 5q-geskrap kloon, wat aandui dat 'n limfomiëloïde hematopoietiese stamsel die primêre teiken van 5q delesies in MDS is en dat 5q delesies 'n vroeë gebeurtenis in MDS patogenese verteenwoordig (30). Veral, hoewel 'n pluripotente hematopoietiese stamsel die primêre teiken van 5q delesies is, lyk dit asof volwasse limfosiete nie betrokke is by die 5q-kloon nie, wat daarop dui dat die getransformeerde pluripotente stamsel nie die vermoë het om na limfosiete te onderskei nie (30).

Sellulêre verspreiding van 5q31 delesie binne die beenmurg in 5q− sindroom. In beenmurgsmere van pasiënte met 5q− sindroom, word die 5q31 delesie gevind in al drie hoof hematopoietiese afstammelinge (eritroblaste, granulosiet voorlopers en megakariosiete refs. 30, 31). Dit stem ooreen met transformasie van 'n pluripotente stamsel, wat hierbo beskryf is, wat die vermoë behou om voort te gaan langs veelvuldige differensiasiepaaie (30, 31). Bigoni et al. (31) het bevind dat ten spyte van die feit dat alle eritrosiete in beenmurgsmere van pasiënte met 5q−-sindroom konsekwent makrosities was, is die 5q31-skrap in slegs 35% tot 50% van eritroblaste waargeneem. Die teenwoordigheid van die 5q31 delesie in slegs 'n gedeelte van die eritroblaste dui op 'n mosaïekisme van sitogeneties veranderde en normale selle in die beenmurg. Hierdie mosaïek is gevind oor al drie lyne in 5q-sindroom en blyk 'n algemene verskynsel in MDS te wees (31).

Effek van 5q delesie op beenmurg disfunksie. Oneffektiewe hematopoïese in MDS is hoofsaaklik te wyte aan oormatige apoptose van hematopoietiese stamvaders en hul nageslag in die beenmurg (7, 32). Verhoogde tempo van apoptose in MDS kan veroorsaak word deur intrinsieke sellulêre meganismes of deur 'n sitokien/groeifaktor wanbalans in die plaaslike omgewing. In 5q-sindroom en ander vorme van MDS met 5q delesie, kan die onderliggende genetiese abnormaliteit self aanleiding gee tot afwykende sitokien produksie en onvanpaste sein as gevolg van skrapping van een of meer van die ooreenstemmende gene (7). Sitokienwanbalans in die beenmurg kan breë effekte op hematopoiese hê deur sellulêre ontwikkeling en funksie te benadeel, ongeag of spesifieke selle die 5q-delesie huisves. Inderdaad, displastiese kenmerke kan gevind word in al drie hooflyne by pasiënte met 5q delesies (18, 31).

Beenmurgdisfunksie by MDS-pasiënte met 5q-delesies kan egter minder uitgesproke wees as in ander vorme van MDS. Washington et al. (33), byvoorbeeld, het aansienlik laer pryse van apoptose gevind in beenmurgselle wat geïsoleer is van pasiënte met 5q-sindroom teenoor pasiënte met ander refraktêre anemie. Hulle het veronderstel dat laer apoptose in 5q−-sindroom die ligter kliniese verloop van die siekte kan verklaar en 5q−-sindroom van ander MDS kan onderskei. Verder het Lopez-Holgado et al. (34) het 'n hoër proporsie van myeloïed-toegewyde stamvaders gevind in pasiënte met 5q delesies in vergelyking met MDS pasiënte met trisomie 8 of normale kariotipe. Boonop was hierdie myeloïed-toegewyde stamvaders van pasiënte met 5q delesies minder benadeel soos aangedui deur hoër plating doeltreffendheid in langtermyn beenmurg kulture in vergelyking met stamvaders van pasiënte met normale kariotipe of monosomie 7. Saam dui hierdie waarnemings op 'n mindere mate van funksionele inkorting met betrekking tot hematopoiese in MDS pasiënte met 5q delesies teenoor ander chromosomale abnormaliteite.


Organisasies Organisasies

Ondersteunings- en voorspraakgroepe kan jou help om met ander pasiënte en gesinne te skakel, en hulle kan waardevolle dienste lewer. Baie ontwikkel pasiëntgesentreerde inligting en is die dryfkrag agter navorsing vir beter behandelings en moontlike genesings. Hulle kan jou na navorsing, hulpbronne en dienste lei. Baie organisasies het ook kundiges wat as mediese adviseurs dien of lyste van dokters/klinieke verskaf. Besoek die groep se webwerf of kontak hulle om meer te wete te kom oor die dienste wat hulle bied. Insluiting op hierdie lys is nie 'n endossement deur GARD nie.


Agtergrond

Kanker vorm deur die stapsgewyse verkryging van somatiese genetiese veranderinge, insluitend puntmutasies, kopie-getalveranderinge en samesmeltingsgebeurtenisse, wat die funksie van kritieke gene wat sellulêre groei en oorlewing reguleer, beïnvloed [1]. Die identifisering van onkogene en tumoronderdrukkergene wat deur hierdie veranderinge geteiken word, het vordering aansienlik versnel in beide die begrip van kankerpatogenese en die identifisering van nuwe terapeutiese kwesbaarhede [2]. Gene wat geteiken word deur somatiese kopie-nommer veranderinge (SCNAs), veral, speel sentrale rolle in onkogenese en kankerterapie [3]. Dramatiese verbeterings in beide skikking- en volgordebepalingplatforms het toenemend hoë-resolusie karakterisering van die SCNA's wat in duisende kankergenome teenwoordig is [4-6] moontlik gemaak.

Die ontdekking van nuwe kankergene wat deur SCNA's geteiken word, word egter deur twee fundamentele uitdagings bemoeilik. Eerstens word somatiese veranderinge willekeurig tydens elke seldeling verkry, waarvan slegs sommige ('drywer'-veranderings) kankerontwikkeling bevorder [7]. Selektief neutrale of swak nadelige 'passasier' veranderings kan nietemin vasgestel word wanneer 'n subkloon wat sulke veranderinge dra selektief voordelige mutasies verkry wat klonale dominansie bevorder [8]. Tweedens kan SCNA's gelyktydig tot duisende gene beïnvloed, maar die selektiewe voordele van bestuurderveranderings sal waarskynlik deur slegs een of 'n paar van hierdie gene bemiddel word. Om hierdie redes is bykomende ontleding en eksperimentering nodig om die bestuurders van die passasiers te onderskei, en om die gene te identifiseer wat hulle waarskynlik sal teiken.

'n Algemene benadering tot die identifisering van bestuurders is om groot versamelings kankermonsters te bestudeer, met die idee dat streke wat bestuurdergebeurtenisse bevat teen hoër frekwensies verander moet word as streke wat slegs passasiers bevat [4, 6, 7, 9-14]. Ons het byvoorbeeld 'n algoritme ontwikkel, GISTIC (Genomiese Identifikasie van Beduidende Teikens in Kanker) [15], wat waarskynlike drywer SCNA's identifiseer deur die frekwensie en amplitude van waargenome gebeurtenisse te evalueer. GISTIC is toegepas op verskeie kankertipes, insluitend glioblastoom [10, 15], long adenokarsinoom [16], melanoom [17], kolorektale karsinoom [18], hepatosellulêre karsinoom [19], eierstokkarsinoom [20], medulloblastoom [21] , en long- en esofageale plaveiselkarsinoom [22], en het gehelp om verskeie nuwe teikens van versterkings te identifiseer (insluitend NKX2-1 [16], CDK8 [18], VEGFA [19], SOX2 [22], en MCL1 en BCL2L1 [4]) en skrappings (EHMT1 [21]). Verskeie bykomende algoritmes vir die identifisering van waarskynlike bestuurder SCNA's is ook beskryf [23-25] (hersien in [26]).

Tog is verskeie kritieke uitdagings nog nie voldoende aangespreek deur enige van die bestaande kopienommer-analise-instrumente nie. Byvoorbeeld, ons en ander het getoon dat die oorvloed van SCNAs in menslike kankers wissel volgens hul grootte, met chromosoom-armlengte SCNAs wat baie meer gereeld voorkom as SCNAs van effens groter of kleiner grootte [4, 27]. Daarom moet analisemetodes komplekse kankergenome modelleer wat 'n mengsel van SCNA-tipes bevat wat teen verskillende agtergrondtempo's voorkom. Bestaande kopienommermetodes is ook gebruik ad hoc heuristiek om die genomiese streke te definieer wat waarskynlik ware kankergeen-teikens sal huisves. Die onvermoë van hierdie metodes om te voorsien a priori statistiese vertroue was 'n groot beperking in die interpretasie van kopienommer-ontledings, 'n belangrike probleem aangesien eindgebruikers tipies hierdie resultate gebruik om kandidaatgene te prioritiseer vir tydrowende valideringseksperimente.

Hier beskryf ons verskeie metodologiese verbeterings om hierdie uitdagings aan te spreek, en valideer die werkverrigting van die hersiene algoritmes in beide werklike en gesimuleerde datastelle. Ons het hierdie veranderinge in 'n hersiene GISTIC-pyplyn, genaamd GISTIC 2.0, geïnkorporeer.


Gereelde vrae oor chromosoomafwykings

Wat is chromosome?
Chromosome is georganiseerde pakke DNA wat in jou liggaam se selle gevind word.[1] Jou DNA bevat gene wat jou liggaam vertel hoe om te ontwikkel en te funksioneer. Mense het 23 pare chromosome (46 in totaal). Jy erf een van elke chromosoompaar van jou ma en die ander van jou pa. Chromosome verskil in grootte. Elke chromosoom het 'n sentromeer, wat die chromosoom in twee ongelyke dele verdeel. Die korter gedeelte word die p-arm genoem, en die langer gedeelte word die q-arm genoem.[1][2] MedlinePlus Genetics het 'n nuttige prentjie van 'n chromosoom.


Is daar verskillende tipes chromosome?
Ja, daar is twee verskillende tipes chromosome geslagschromosome en outosomale chromosome. Die geslagschromosome is die X- en Y-chromosome. Hulle bepaal jou geslag (manlik of vroulik). Wyfies het twee X-chromosome, XX, een X van hul pa en een X van hul ma. Mans het een X-chromosoom van hul ma en een Y-chromosoom van hul pa, XY. Moeders dra altyd 'n X-chromosoom by (of hul seun of dogter). Vaders kan óf 'n X óf 'n Y bydra, wat die geslag van die kind bepaal. Die oorblywende chromosome (pare 1 tot 22) word outosomale chromosome genoem. Hulle bevat die res van jou genetiese inligting.[1][2][3][4]


Wat is die verskillende tipes chromosoomafwykings?
Chromosoomafwykings kan in twee hooftipes numeries en struktureel geklassifiseer word. Numeriese versteurings kom voor wanneer daar 'n verandering in die aantal chromosome is (meer of minder as 46). Voorbeelde van numeriese afwykings sluit in trisomie, monosomie en triploïdie. Waarskynlik een van die bekendste numeriese afwykings is Downsindroom (trisomie 21).[1][2] Ander algemene tipes numeriese afwykings sluit in trisomie 13, trisomie 18, Klinefelter-sindroom en Turner-sindroom.

Strukturele chromosoomafwykings spruit uit breuke binne 'n chromosoom. In hierdie tipe afwykings kan daar meer of minder as twee kopieë van enige geen wees. Hierdie verskil in aantal kopieë van gene kan lei tot kliniese verskille in geaffekteerde individue. Tipes strukturele afwykings sluit die volgende in: [1][2] (klik op elke tipe om 'n illustrasie te sien)

    , soms bekend as gedeeltelike monosomieë, kom voor wanneer 'n stuk of gedeelte van chromosomale materiaal ontbreek. Deleties kan in enige deel van enige chromosoom voorkom. Wanneer daar net een breuk in die chromosoom is, word die delesie a genoem terminale verwydering omdat die einde (of terminus) van die chromosoom ontbreek. Wanneer daar twee breuke in die chromosoom is, word die delesie 'n genoem interstisiële uitvee omdat 'n stuk chromosoommateriaal van binne die chromosoom verlore gaan. Deleties wat te klein is om onder 'n mikroskoop opgespoor te word, word genoem mikrodelesies.[1][2][5] 'n Persoon met 'n uitwissing het slegs een kopie van 'n spesifieke chromosoomsegment in plaas van die gewone twee kopieë. Enkele voorbeelde van meer algemene chromosoomuitwissingsindroome sluit in cri-du-chat-sindroom en 22q11.2-uitwissingsindroom.
    , soms bekend as gedeeltelike trisomieë, kom voor wanneer daar 'n ekstra kopie van 'n segment van 'n chromosoom is. 'n Persoon met 'n duplisering het drie kopieë van 'n bepaalde chromosoomsegment in plaas van die gewone twee kopieë. Soos skrappings, kan duplisering enige plek langs die chromosoom plaasvind.[1][2][5] Enkele voorbeelde van dupliseringsindroom sluit in 22q11.2 dupliseringsindroom en MECP2 dupliseringsindroom.
    vind plaas wanneer 'n chromosoomsegment van een chromosoom na 'n ander verskuif word. In gebalanseerde translokasies is daar geen waarneembare netto wins of verlies van DNA nie.[1][2][5]
    vind plaas wanneer 'n chromosoomsegment van een chromosoom na 'n ander beweeg word. In ongebalanseerde translokasies is die algehele hoeveelheid DNA verander (sommige genetiese materiaal is verkry of verloor).[1][2][5]
    vind plaas wanneer 'n chromosoom op twee plekke breek en die resulterende stuk DNA word omgekeer en weer in die chromosoom ingevoeg. Inversies wat die sentromeer behels, word genoem persentriese inversies inversies wat nie die sentromeer betrek nie, word genoem parasentriese inversies.[1][2][5]
    is abnormale chromosome met identiese arms - óf twee kort (p) arms óf twee lang (q) arms. Albei arms is van dieselfde kant van die sentromeer, is ewe lank en besit identiese gene. Pallister-Killian-sindroom is 'n voorbeeld van 'n toestand wat voortspruit uit die teenwoordigheid van 'n isochromosoom.[2][5]
    spruit uit die abnormale samesmelting van twee chromosoomstukke, wat elk 'n sentromeer insluit.[5]
    vorm wanneer die punte van albei arms van dieselfde chromosoom uitgevee word, wat veroorsaak dat die oorblywende gebreekte punte van die chromosoom "taai" is. Hierdie taai punte voeg dan saam om 'n ringvorm te maak. Die verwydering aan die einde van beide arms van die chromosoom lei tot ontbrekende DNA, wat 'n chromosoomafwyking kan veroorsaak. MedlinePlus Genetics verskaf 'n diagram van die stappe betrokke by die vorming van 'n ringchromosoom.[1][2][5] 'n Voorbeeld van 'n ringtoestand is ringchromosoom 14-sindroom.

Wat veroorsaak chromosoomafwykings?
Die presiese oorsaak is onbekend, maar ons weet dat chromosoomafwykings gewoonlik voorkom wanneer 'n sel in twee verdeel ('n normale proses waardeur 'n sel gaan). Soms gebeur chromosoomafwykings tydens die ontwikkeling van 'n eiersel of spermsel (genoem kiemlyn), en ander kere gebeur dit na bevrugting (genoem somaties). In die proses van seldeling is die korrekte aantal chromosome veronderstel om in die resulterende selle te beland. Foute in seldeling, wat nie-disjunksie genoem word, kan egter lei tot selle met te min of te veel kopieë van 'n hele chromosoom of 'n stuk van 'n chromosoom,[1][6] Sommige faktore, soos wanneer 'n ma van gevorderde moeder is ouderdom (ouer as 35 jaar), kan die risiko vir chromosoomafwykings in 'n swangerskap verhoog.[1]


Wat is mosaïek?
Mosaïsisme is wanneer 'n persoon 'n chromosoomafwyking in sommige, maar nie alle, selle het nie. Dit is dikwels moeilik om die uitwerking van mosaïek te voorspel omdat die tekens en simptome afhang van watter selle van die liggaam die chromosoomafwyking het.[2][7] MedlinePlus Genetics verskaf 'n diagram van mosaïek.


Hoe word chromosoomafwykings gediagnoseer?
Chromosoomafwykings kan vermoed word by mense wat ontwikkelingsagterstande, intellektuele gestremdhede en/of fisiese abnormaliteite het. Verskeie tipes genetiese toetse kan chromosoomafwykings identifiseer:

Watter tekens en simptome word geassosieer met seldsame chromosoomafwykings?
Oor die algemeen verskil die uitwerking van seldsame chromosoomafwykings. Met 'n verlies of aanwins van chromosomale materiaal kan simptome 'n kombinasie van fisiese probleme, gesondheidsprobleme, leerprobleme en uitdagende gedrag insluit. Die simptome hang af van watter dele van watter chromosome betrokke is. Die verlies van 'n segment van 'n chromosoom is gewoonlik ernstiger as om 'n ekstra kopie van dieselfde segment te hê. Dit is omdat wanneer jy 'n segment van 'n chromosoom verloor, jy dalk een kopie van 'n belangrike geen verloor wat jou liggaam nodig het om te funksioneer.[2]

Daar is algemene kenmerke van seldsame chromosomale versteurings wat in verskillende mate by die meeste geaffekteerde mense voorkom. Byvoorbeeld, 'n mate van leergestremdheid en/of ontwikkelingsagterstand sal by die meeste mense voorkom met enige verlies of wins van materiaal vanaf chromosome 1 tot 22. Dit is omdat daar baie gene oor al hierdie chromosome geleë is wat instruksies vir normale ontwikkeling verskaf. en funksie van die brein.[2] Gesondheidsverskaffers kan die chromosoom ondersoek om te sien waar daar 'n breek ('n breekpunt) is. Dan kan hulle kyk watter gene betrokke kan wees op die plek van die breek. Om die betrokke geen(ne) te ken, kan soms, maar nie altyd nie, help om tekens en simptome te voorspel.


Kan chromosoomafwykings oorgeërf word?
Alhoewel dit moontlik is om sommige tipes chromosomale afwykings te erf, word baie chromosomale versteurings nie van een generasie na die volgende oorgedra nie. Chromosoomafwykings wat nie oorgeërf word nie, word genoem De novo , wat "nuut" beteken.[6] Jy sal met 'n genetiese professionele persoon moet praat oor hoe (en of) 'n spesifieke chromosoomafwyking in jou familie geërf kan word.

Hoe kan ek individue met dieselfde chromosoomafwyking vind?
Chromosome Disorder Outreach (CDO) verskaf inligting oor chromosomale toestande en gesinspassing. Kontak CDO vir meer inligting oor hoe om met ander gesinne te skakel.

Chromosoomversteuring Uitreik
Posbus 724
Boca Raton, FL 33429
Gesinshulplyn: 561-395-4252
E-pos: [email protected]
Webwerf: http://www.chromodisorder.org

Uniek is 'n bron van inligting en ondersteuning vir gesinne en individue wat deur seldsame chromosoomafwykings geraak word. Hierdie organisasie is in die Verenigde Koninkryk gebaseer, maar verwelkom lede wêreldwyd. Uniek het ook 'n lys van geregistreerde chromosoomafwykings.

Uniek - Skaars Chromosoomversteuring Ondersteuningsgroep
Verenigde Koninkryk
Telefoon: 440 1883 330766
E-pos: [email protected]
Webwerf: http://www.rarechromo.org


Hoe kan ek navorsingstudies vir individue met chromosoomafwykings vind?
Die Nasionale Instituut vir Algemene Mediese Wetenskappe (NIGMS) Menslike Genetiese Sel Bewaarplek is in 1972 gestig om 'n geredelik toeganklike, gesentraliseerde hulpbron te verskaf vir genetiese materiaal van individue met oorgeërfde defekte in metabolisme, chromosomale abnormaliteite en ander genetiese afwykings. This biobank creates cell lines, DNA and other materials from blood or tissue samples and makes these important resources available to scientists worldwide to facilitate research on the diagnosis, treatment and prevention of rare disorders. They are interested in collecting samples from individuals with chromosome disorders, including but not limited to: rare trisomies, ring chromosomes, micro deletion/duplication syndromes, and balanced and unbalanced translocations or inversions. Click on the link to learn more about this service.

The Developmental Genome Anatomy Project (DGAP) is a research effort to identify apparently chromosomal rearrangements in patients with multiple congenital anomalies and then to use these chromosomal rearrangements to map and identify genes that are disrupted or dysregulated in critical stages of human development. Click on the link to learn more about this study.

Chromosome Disorder Outreach provides information about latest research articles for chromosome disorders.


When might it be appropriate to speak with a genetics professional?
Individuals or families who are concerned about an inherited condition may benefit from a genetics consultation. The MedlinePlus Genetics Web site provides a list of reasons why a person or family might be referred to a genetics professional.

For more information on a specific chromosome abnormality, we encourage you to speak with a genetics professional. Genetics clinics are a source of information for individuals and families regarding genetic conditions, treatment, inheritance, and genetic risks to other family members.


Kyk die video: mitosis 3d animation Phases of mitosiscell division (Oktober 2022).