Inligting

Is daar enige aanlyn hulpbronne om die seinpaaie te vind waaraan twee proteïene albei behoort?

Is daar enige aanlyn hulpbronne om die seinpaaie te vind waaraan twee proteïene albei behoort?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek bestudeer die proteïene GSK3 en AMPK en ek probeer om die seinpaaie te identifiseer waaraan beide hierdie proteïene behoort. Uit die lees van joernaalartikels het ek uitgevind dat albei hierdie proteïene aan die mTOR-seinweg behoort. Ek weet op KEGG as jy die naam van 'n geen wat betrokke is by 'n seinpad (bv. GSK3B) in die soekbalk op die bladsy wat 'n seinpad wys (bv. die mTOR-pad) tik, kan jy meer inligting oor daardie geen kry. Ek het egter gewonder of daar enige bronne aanlyn is waar jy die name van veelvuldige gene kan tik en jy kan uitvind die seinpaaie waarin al die gene is?

Enige insigte word waardeer.


Ek sou probeer "gsk3" EN "AMPK" by WikiPathways.

Hier is 'n paar paaie waar beide GSK3 en AMPK deelnemers is, soos:

En


Wat is sommige tipes biologiese weë?

Daar is baie tipes biologiese weë. Van die bekendste is weë betrokke by metabolisme, in die regulering van gene en by die oordrag van seine.

Metaboliese weë maak die chemiese reaksies wat in ons liggame plaasvind moontlik. 'n Voorbeeld van 'n metaboliese pad is die proses waardeur selle voedsel in energiemolekules afbreek wat vir latere gebruik gestoor kan word. Ander metaboliese weë help eintlik om molekules te bou.

Geen-reguleringsweë skakel gene aan en af. Sulke optrede is noodsaaklik omdat gene die resep verskaf waardeur selle proteïene produseer, wat die sleutelkomponente is wat nodig is om byna elke taak in ons liggame uit te voer. Proteïene maak ons ​​spiere en organe uit, help ons liggame beweeg en verdedig ons teen kieme.

Seintransduksiepaaie beweeg 'n sein van 'n sel se buitekant na sy binnekant. Verskillende selle is in staat om spesifieke seine te ontvang deur strukture op hul oppervlak wat reseptore genoem word. Na interaksie met hierdie reseptore, beweeg die sein na die sel, waar sy boodskap deur gespesialiseerde proteïene oorgedra word wat 'n spesifieke reaksie in die sel veroorsaak. Byvoorbeeld, 'n chemiese sein van buite die sel kan die sel aanstuur om 'n spesifieke proteïen binne die sel te produseer. Op sy beurt kan daardie proteïen 'n sein wees wat die sel aanspoor om te beweeg.

Daar is baie tipes biologiese weë. Van die bekendste is weë betrokke by metabolisme, in die regulering van gene en by die oordrag van seine.

Metaboliese weë maak die chemiese reaksies wat in ons liggame plaasvind moontlik. 'n Voorbeeld van 'n metaboliese pad is die proses waardeur selle voedsel in energiemolekules afbreek wat vir latere gebruik gestoor kan word. Ander metaboliese weë help eintlik om molekules te bou.

Geen-reguleringsweë skakel gene aan en af. Sulke optrede is noodsaaklik omdat gene die resep verskaf waardeur selle proteïene produseer, wat die sleutelkomponente is wat nodig is om byna elke taak in ons liggame uit te voer. Proteïene maak ons ​​spiere en organe uit, help ons liggame beweeg en verdedig ons teen kieme.

Seintransduksiepaaie beweeg 'n sein van 'n sel se buitekant na sy binnekant. Verskillende selle is in staat om spesifieke seine te ontvang deur strukture op hul oppervlak wat reseptore genoem word. Na interaksie met hierdie reseptore, beweeg die sein na die sel, waar sy boodskap deur gespesialiseerde proteïene oorgedra word wat 'n spesifieke reaksie in die sel veroorsaak. Byvoorbeeld, 'n chemiese sein van buite die sel kan die sel aanstuur om 'n spesifieke proteïen binne die sel te produseer. Op sy beurt kan daardie proteïen 'n sein wees wat die sel aanspoor om te beweeg.


Laai hierdie artikel af en druk dit vir u persoonlike vakkundige, navorsings- en opvoedkundige gebruik.

Koop 'n enkele uitgawe van Wetenskap vir slegs $15 USD.

Wetenskap sein

Vol 4, Uitgawe 173
17 Mei 2011

Artikel Gereedskap

Meld asseblief aan om 'n waarskuwing vir hierdie artikel by te voeg.

Deur Illés J. Farkas, Tamás Korcsmáros, István A. Kovács, Ágoston Mihalik, Robin Palotai, Gábor I. Simkó, Kristóf Z. Szalay, Máté Szalay-Bekő, Tibor Vellai, Shijun Wang, Peter Csermely

Wetenskap sein 17 Mei 2011: pt3

Ontleding van netwerktopologie en -dinamika hou belofte in vir die identifisering van nuwe stelle potensiële geneesmiddelteikens.


III. MAP kinase teikens en teiken spesifisiteit

Na stimulasie deur 'n toepaslike ekstra-sellulêre middel, kan die MAP kinase reaksie verbygaande of volgehoue ​​wees (Marshall, 1995). Alhoewel MAP kinases normaalweg geklassifiseer word met die serien/treonien proteïen kinases, toon hulle ook 'n mate van tyrosien kinase aktiwiteit, en kan outofosforileer op beide treonien en tirosien (Wu et al., 1991). Outofosforilering op tirosien kan ook die affiniteit van MEK vir MAP-kinase verhoog (Haystead) et al., 1992). Die fosforileringsteikens van geaktiveerde MAP-kinases sluit beide kern- en sitosoliese proteïene in, insluitend stroomop-elemente van die MAP-kinase-kaskade. Teikenspesifisiteit word ten minste gedeeltelik bepaal deur dokdomeine in die substraatproteïen (Sharrocks et al., 2000). Sitosoliese teikens sluit in fosfolipase A2 (Lin et al., 1993), sitoskeletale proteïene (Sturgill & Ray, 1986 Shiina et al., 1992), en ribosomale proteïen S6 kinase (Sturgill et al., 1988). Stroomop teikens sluit in die EGF-reseptor, Son of sevenless (Sos), Raf en MEK (Denhardt, 1996). Geaktiveerde MAP-kinase kan ook na die kern getranslokeer word (Chen et al., 1992). Kernteikens van MAP-kinase sluit in transkripsiefaktore soos Jun (Pulverer et al., 1991), Myc (Seth et al., 1992 ), Elk1 ( Gille et al., 1992), en ATF2 (Abdel-Hafiz et al., 1992). Dit is bekend dat sommige MAP-kinases, byvoorbeeld ERK3, konstitutief in die kern geleë is (Cheng) et al., 1996). Die beheer van intrasellulêre teiken kan op verskeie maniere werk oor studies Xenopus selle het getoon dat MEK in die sitosol behou word omdat dit 'n kernuitvoervolgorde na die N-terminus bevat. Aangesien MEK MAP-kinase deur die N-terminale koppeldomein bind, word MAP-kinase ook in die sitosol behou. Aktivering van MAP-kinase deur fosforilering deur MEK bevorder dissosiasie van MEK, gevolg deur dimerisering van MAP-kinase en aktiewe kerninvoer. Soogdier ERK2 ondergaan 'n konformasieverandering na fosforilering deur MEK sodat die aktiveringslus wat TEY dra, kan interaksie met 'n C terminale domein genaamd L16 op 'n ander ERK2 molekule, wat dimerisasie bevorder. Daar word nie gedink dat MAP kinase heterodimere gevorm word nie omdat die geometrie van die interaksie baie spesifiek is. Die presiese meganismes wat lei tot aktiewe invoer word nie verstaan ​​nie, dit is moontlik dat gedimeriseerde MAP kinase in wisselwerking tree met ander proteïene wat kernlokaliseringsvolgorde dra. Die konformasie veranderinge wat lei tot MAP kinase dimerisasie ontbloot 'n domein wat die MAP kinase invoeging genoem word, wat kan funksioneer as 'n tweeledige kern lokalisering volgorde. Daarbenewens kan dimerisasie ook 'n vermeende kernuitvoervolgorde verberg (Cobb & Goldsmith, 2000). MAP kinase kan die kern binnedring deur passiewe diffusie, wat nie dimerisasie benodig nie (Fukuda et al., 1997 Adachi et al., 1999). MAP-kinase kan in die kern behou word deur MAP-kinase-geïnduseerde kernankerproteïene (Lenormand et al., 1998 ).

'n Belangrike kenmerk van MAP kinase roetes is seinspesifisiteit met 'n veelheid van MAP kinase roete komponente, hoe word 'n gegewe sein na die korrekte intrasellulêre teiken gerig? Een manier waarop spesifisiteit verseker word, selfs wanneer MAP-kinase-bane gemeenskaplike elemente deel, is deur ensiemkomplekse waarna verwys word as 'signalosome' (Chang & Karin, 2001 Whitmarsh & Davis, 1998). Hierdie komplekse kan tussen verskillende elemente van 'n spesifieke pad vorm (byvoorbeeld in die Hog1-weg, Fig. 2) of steierproteïene kan seinmolekules bymekaar hou (byvoorbeeld in die Sevenless-baan, Fig. 3). Op hierdie manier word ongewenste 'oorspraak' tussen verskillende paaie vermy en is sein vinniger.

Soogdier- en gis-MAP-kinases word gedeaktiveer deur serien/treonienproteïenfosfatases en tirosienproteïenfosfatases, of deur dubbelfunksiefosfatases, wat self deur MAP-kinases gereguleer kan word (Cobb & Goldsmith, 1995 Keyse, 1998). Hierdie fosfatases kan baie spesifiek wees in hul werking met hoë substraataffiniteit vir MAP kinases. MKP-3 word byvoorbeeld selektief geaktiveer deur ERK2 wat op 'n kinase-onafhanklike wyse aan die fosfatase bind en spesifiek ERK familie MAP kinases sal deaktiveer, maar nie ander MAP kinases soos JNK ( Camps et al., 1998). Ander komponente van MAP-kinase-bane word ook deur fosfatases gedeaktiveer, byvoorbeeld Raf word gedeaktiveer deur membraan-geassosieerde proteïenfosfatases (Dent) et al., 1995). 'n Algemene skema wat die verskillende elemente in MAP kinase sein illustreer, word in Fig. 1 getoon.

Veralgemeende mitogeen-geaktiveerde proteïen (MAP) kinase sein transduksie kaskade. Seine wat deur reseptore waargeneem word, word deur middel van sein tussenprodukte na die eerste kernkinase, MAP/ERK kinase, oorgedra. Geaktiveerde MEK kinase fosforileer en aktiveer dus MEK op gekonserveerde serien (S) en treonien (T) residue. Aktiewe MEK fosforileer en aktiveer MAP-kinase op gekonserveerde T- en tirosien (Y)-residue. MEK kinase, MEK en MAP kinase kan saam gehou word in 'n signalosoom kompleks deur steier proteïene. Geaktiveerde kinases word deur spesifieke fosfatases gedeaktiveer. Aktiewe MAP kinase word vrygestel van die signalosoom, dimeriseer en aktiveer deur fosforilering teikenproteïene in die sitoplasma of kern. P, gefosforileerde aminosuur.


Potensiële nuwe teiken vir behandeling van jig

Navorsers by Washington State University Health Sciences Spokane en elders het 'n nuwe terapeutiese teiken vir die behandeling van jig geïdentifiseer, 'n algemene tipe artritis wat episodes van pynlike en stywe gewrigte veroorsaak.

Gepubliseer in die joernaal Sellulêre en Molekulêre Immunologie, dui hul studie daarop dat die blokkering van 'n seinmolekule bekend as TAK1 inflammasie wat deur jig veroorsaak word, kan onderdruk. Die navorsing lê die grondslag vir die ontwikkeling van potensiële nuwe behandelingstrategieë wat die lewenskwaliteit van miljoene mense regoor die wêreld wat aan die toestand ly aansienlik kan verbeter. In die Verenigde State alleen raak jig na raming 8,3 miljoen mense, of ongeveer 4 persent van die bevolking.

Jig word veroorsaak deur hoë bloedvlakke van uriensuur, 'n natuurlike afvalproduk van die vertering van voedsel wat puriene bevat, soos rooivleis, seekos, gedroogde bone en bier. Verhoogde uriensuurvlakke kan lei tot die vorming van monosodium uriensuur (MSU) kristalle wat in gewrigte ophoop. Die immuunstelsel sal hierdie kristalle as 'n bedreiging beskou en 'n immuunreaksie teen hulle begin wat die produksie van interleukien-1-beta (IL-1-beta) verhoog, 'n sitokienproteïen wat inflammasie veroorsaak en die intense pyn en swelling wat mense ervaar veroorsaak tydens jigaanvalle.

"Dit is soort van 'n bose kringloop wat begin met hierdie kristalle, wat veroorsaak dat IL-1-beta geproduseer word, inflammasie veroorsaak en baie ander proteïene aktiveer om meer inflammasie te produseer," het Salah-Uddin Ahmed, 'n professor in farmaseutiese wetenskappe, gesê. in die WSU Kollege vir Farmasie en Farmaseutiese Wetenskappe en senior skrywer oor die studie.

Een van daardie proteïene wat deur IL-1-beta geaktiveer word - TAK1 - het die belangstelling van Ahmed se navorsingspan gevang toe hul vorige studie die sleutelrol in die regulering van IL-1-beta-ontsteking in rumatoïede artritis voorgestel het. Hulle het 'n studie ontwerp om die molekulêre meganisme te identifiseer waardeur MSU-kristalle IL-1-beta-ontsteking produseer en die rol van TAK1 in hierdie proses. Deur twee verskillende sellyne van menslike makrofage te gebruik - immuunselle wat 'n sleutelrol in inflammasie speel - het hulle gevind dat MSU-kristalle TAK1 en ander proteïene wat voorheen gedink is afhanklik was van IL-1-beta-sein vir aktivering direk kan aktiveer.

"Ons het reeds geweet dat MSU-kristalle aktiveer wat bekend staan ​​as die inflammasoomweg, wat IL-1-beta produseer," het Ahmed gesê. "Ons studie het egter bevind dat MSU-kristalle ook 'n alternatiewe pad gebruik wat inflammasie deur TAK1 veroorsaak, wat 'n nuwe bevinding is wat verband hou met hoe jig ontwikkel."

Vervolgens het hulle getoon dat die gebruik van 'n chemikalie wat TAK1 inhibeer of blokkeer, enige inflammasie wat deur MSU-kristalle veroorsaak word, heeltemal kan onderdruk, beide in gesonde menslike makrofagselle en in 'n knaagdiermodel van jig.

Ahmed het gesê hul ontdekking het die deur oopgemaak vir die ontwikkeling van nuwe behandelingstrategieë vir jig.

Een huidige behandeling waarmee hy gesê het wetenskaplikes geëksperimenteer het, is Anakinra, 'n middel wat die binding van IL-1-beta aan sy reseptor blokkeer. Alhoewel dit belofte getoon het, het Ahmed gesê dat die middel nie klinies vir jig gebruik word nie, want dit word deur infusie gegee - wat hospitalisasie vereis, is die doeltreffendheid daarvan beperk en dit het 'n potensiële risiko van infeksies wanneer dit langtermyn gebruik word. Die ontwikkeling van TAK1-remmermiddels wat per mond geneem kan word, sal pasiënte met jig in staat stel om opvlamsels van die siekte tuis te bestuur.

Die span se volgende doelwit is om hul bevindings te bevestig in selle wat geneem is van pasiënte met jig. Hulle soek tans federale befondsing vir hierdie projek, wat hulle beplan om in samewerking met kliniese wetenskaplikes aan die Universiteit van Alabama Birmingham en die Universiteit van Michigan Ann Arbor uit te voer. As hul bevindinge standhou, kan dit uiteindelik lei tot kliniese proewe om TAK1-inhibeerders by pasiënte te toets.

Ahmed het gesê hul bevinding kan ook uiteindelik getoets word in ander siektes wat IL-1-beta-gemedieerde inflammasie behels, soos veelvuldige sklerose, inflammatoriese dermsiekte en tipe 1-diabetes.


Is daar enige aanlyn hulpbronne om die seinpaaie te vind waaraan twee proteïene albei behoort? - Biologie

C2006/F2402 '11 OORSIG VAN LESING #14

(c) 2011 Dr. Deborah Mowshowitz, Columbia Universiteit, New York, NY. Laaste opdatering 03/07/2011 18:38 . 'n Paar klein formateringsveranderinge is 3/9 vm. aangebring.
Uitdeelstukke: 14A -- Oorsig van sein -- die Biologiese Oerknalteorie
14B -- Struktuur van G-proteïene en GPCR se cAMP-weg
14C -- Vergelyking van organelle -- lisosome, peroksisome en mitochondria

'n Paar interessante/nuttige skakels
Ontdekking van G-proteïene. Die 1994 Nobelprys is aan Gilman en Rodbell toegeken vir die ontdekking van G-proteïene en die prosesse van seintransduksie. Die "Persverklaring" beskryf hul wetenskaplike bevindinge, en daar is netjiese illustrasies en biografiese notas.

Verskeie animasies van Signaling is op die McGraw Hill-webwerf vir die Raven-handboek.
Sien die webskakels-bladsy vir meer skakels na animasies en ander aanlynbronne

I. Peroksisome -- opsomming van struktuur, funksie en sintese. Vir meer besonderhede sien Becker pp. 356-360 (354-358). Hoe bereik proteïene organelle wat nie deel van die endomembraanstelsel is nie?

A. Struktuur -- vergelyking van peroksisome en lisosome

  • Lysosome versamel skoonmaakmiddel.

  • Wasmiddel = nabootsing van fosfolipied = amfipatiese molekule met hidrofobiese en hidrofiele punte.

  • Digtheid van organelle is eweredig aan proteïen/lipiedverhouding. Groei op skoonmaakmiddel verander die verhouding in lisosome.

  • Lysosome met triton (gelykstaande aan ekstra lipied) is buitengewoon lig (lae digtheid, as gevolg van hoë lipied-/wasmiddelinhoud).

  • Digtheid van peroksisome word onveranderd deur groei op skoonmaakmiddel.

  • Merker-ensieme = ensieme kenmerkend van en uniek aan 'n bepaalde organel.

  • Tipiese merker-ensieme vir peroksikome is uraatoksidase of katalase

  • Tipiese merker-ensiem vir lisosome is suurfosfatase

B. Hooffunksie = ontgifting (in dierselle). Sien Becker vir ander rolle, esp. in ander organismes.

Oksidasie detoksifiseer RH2 deur vermindering van toksisiteit, en/of deur verhoging van oplosbaarheid

R is oor die algemeen meer oplosbaar en minder hidrofobies as RH2.

Oplosbare materiaal word makliker deur bloed vervoer** en deur die niere uitgeskei word hidrofobiese materiaal meer geneig om in die liggaam op te hoop (en toksiese vlakke bereik).

Let daarop dat hierdie reaksies werklike oksidasies is (betrek werklike byvoeging van suurstof) nie dehidrogenasies (= verwydering van H'e en elektrone) soos in die meeste energiemetabolisme nie.

Hierdie reaksies genereer peroksied, wat baie reaktief is.

** Selle wat oksidasies uitvoer, het gewoonlik vervoermiddels om oplosbare materiaal uit die sel te laat uitgaan en bloed binne te gaan.

R'H2 kan 'n tweede molekule van peroksied wees. In daardie geval is R' suurstof en algehele reaksie is:

Katalase raak ontslae van peroksied, en

Katalase genereer suurstof vir nog 'n rondte van oksidasie (as R'H2 is peroksied) of ontgift R'H2 (deur dit te oksideer)

C. Hoe kom proteïene (& fosofolipiede) in peroksisome? Hier is 'n opsomming van die besonderhede:

  • Peroksisome word nie as deel van die endomembraanstelsel beskou nie -- al die proteïene van die matriks word op sitoplasmiese vrye ribosome gemaak.

  • Alle proteïene van die peroksisomale matriks gaan die organelle na translasie binne. Matriksproteïene gaan direk na peroksisome vanaf vrye ribosome.

  • Lokaliseringseine vir bekendste peroksisomale matriksensieme is op COOH-kant van proteïen. (Sommige peroksproteïene het die sein elders nie alle seine is dieselfde nie. Sien probleem 3-19, veral deel C.)

  • Meganisme van invoer word nie goed verstaan ​​nie - sommige matriksproteïene kom binne sonder om te ontvou. Toegang vereis ATP.

  • Sommige fosfolipiede van peroksisomale membraan word op die ER gemaak. Gedra na peroksisoom deur proteïene en/of vesikels te vervoer/uit te ruil.

  • Sommige lipiede word in die organel gemaak.

  • Die proteïene van die membraan en die proteïene van die matriks gaan die organel deur afsonderlike weë binne.

  • Sommige membraanproteïene kan op die ER gemaak word, maar dit word nie vereffen nie.

  • Peroksisome het geen DNA nie, en daar is gesien dat hulle vermenigvuldig deur groei en deling.

  • Onder sekere omstandighede kan vesikels van die ER aanleiding gee tot nuwe (leë) peroksisome De novo. As dit gebeur, moet al die matriksproteïene ingevoer word.

  • Opsommend: Alle perox. matriks proteïene word op vrye ribosome gemaak, en die meeste eksperimente bevoordeel die groei- en verdelingsmodel as die hoofbron van nuwe peroksisome.

Probeer probleem 3-7 om te hersien hoe proteïene peroksisome binnedring.


II. Mitochondria en chloroplaste
Waar kom hul proteïene vandaan?

A. Sommige Proteïene word in die organelle gemaak

  • Sommige proteïene (nie baie nie) word binne mitochondria gemaak deur organel-DNA en organeltranskripsie- en translasiemasjinerie te gebruik.

  • Mito maak hul eie rRNA's & sommige of alle tRNA's, maar die res van die transkripsie- en vertaalmasjinerie kom van buite.

  • Chloroplaste (in plantselle, benewens mitochondria) het meer DNA as mitochondria, en maak meer komponente binne as mito., maar die meeste chloroplastproteïene word ook van buite ingevoer.

B. Die meeste organelproteïene moet ingevoer word.

  • 'n Kort volgorde genoem 'n transitpeptied (TP) op die amino-punt is die gewone lokaliseringsein wat 'n proteïen teiken om aan 'n mito te heg. translokeer en voer die matriks in.

  • Die TP word verwyder sodra die proteïen die matriks van die mitochondrion binnegaan. (Bykomende seine word benodig om die proteïen na 'n membraan of die intermembraanruimte te rig. Sien 7 hieronder.)

  • Soortgelyke volgordes word gebruik om chloroplastproteïene na translokases op die organel en na die korrekte organel subkompartement te rig.

7. Hoe bereik proteïene dele van die organel anders as die matriks?

a. Bykomende lokaliseringseine en/of stop/oordragreekse word vereis -- bykomend tot 'n transitpeptied. Verskillende proteïene gebruik waarskynlik verskillende lokaliseringseine en/of weë.

b. Een benadering -- van buite: Proteïene wat vir die membrane of die intermembraanruimte bestem is, kan die buitenste membraan binnedring, slegs gedeeltelik inkruis, en nooit die matriks bereik nie -- die proteïene kan in die toepaslike membraan vassit (as hulle 'n 'stop'-oordrag of hidrofobiese ankervolgorde het) of bly in die intermembraanruimte.

c. 'n Alternatiewe benadering -- vanuit die matriks: Proteïene wat vir ander plekke as die matriks bestem is, kan eers die matriks binnegaan, en dan 'n hidrofobiese 'begin'-volgorde gebruik om terug te kruis na die membrane of intermembraanruimte vanaf die matriks. (Sien probleem 3-6.)

8. Opsommingskaarte. Sien uitdeelstuk 14C vir:

a. Top -- Vergelyking van Mitochondria vs Lysosome & Peroksisome

b. Onder - Vergelyking van kenmerke van peroksisome met dié van Mitochondria vs Lysosome

Wil jy seker wees jy het dit onder? Maak 'n leë grafiek soos 14C (bo en/of onder) met slegs die opskrifte en kategorieë verskaf, en vul dit dan in sonder om jou notas of tekste te raadpleeg. Soek enigiets wat jy nie kan onthou nie, en probeer dit oor 'n paar dae weer.


III. Inleiding tot sein

A. Groot kwessies

1. Wat behels sein? Hoe word boodskappe van een sel na 'n ander gestuur? Hoe word hulle ontvang -- hoe produseer seine 'n reaksie in die teikensel?

2. Hoekom die moeite doen met sein? Dit is nodig sodat gebeure in 'n veelsellige organisme gekoördineer kan word. Dit is nie genoeg om te reguleer wat een sel doen nie!

B. Gewone metode -- een sel skei seinmolekules af wat aan 'n reseptor op (of binne) 'n teikensel bind → amplifikasie → groot effek in teikensel.

C. Groot tipes seinmolekules -- geklassifiseer volgens tipe sel wat hulle maak en/of teikenligging. Waar kom die seine vandaan, en waarheen gaan hulle? Sien Uitdeelstuk 7B vir prente en Lesing 7 vir besonderhede.

Goeie manier om dit te bestudeer: Maak 'n tabel wat inligting oor uitdeelstuk 7B opsom. Sluit naam van tipe sein, bron van sein, tipe of ligging van teikensel, enige ander belangrike kenmerke, en 'n voorbeeld van elk in.

D. Hoe werk afgeskeide seinmolekules op molekulêre vlak? Oorsig.
Sien uitdeelstuk 1 4A, onder.

1. Seinmolekules

a. Seine word evolusionêr bewaar. Dieselfde seinmolekules wat deur verskillende organismes of seltipes vir verskillende doeleindes gebruik word.

b. Twee hoofsoorte seinmolekules

(1). wateroplosbare

(2). lipied oplosbaar.

Vraag: Watter tipe seine word gewoonlik deur eksositose vrygestel?

2. Reseptors.

a. Eerste stap in sein is binding (niekovalent) van sein aan reseptor, wat konformasieverandering in reseptor veroorsaak.

b. Plekke van reseptore -- intrasellulêr en op seloppervlak. Sien Sadava fig. 7,5 (15,4).

(1). Intrasellulêr - vir lipiedoplosbare seine. Almal soortgelyk, alle TF's -- besonderhede hieronder

(2). Op seloppervlak -- vir wateroplosbare seine. Sien Becker fig. 14-2.

(a) Struktuur: Alle seloppervlakreseptore is transmembraanproteïene met 'n ekstrasellulêre bindingsdomein vir sein.

(b). Terminologie: Seloppervlakreseptore word soms " ekstrasellulêre reseptore" genoem, maar slegs ligandbindende domein is ekstrasellulêr, nie die hele proteïen nie.

(c). Ligand bind aan ekstrasellulêre domein op die buite effek ('oerknal') is binne die sel.

Sein Tipe Voorbeeld Reseptor tipe Effek
Lipied Oplosbaar Tiroksien, steroïede Intrasellulêre** Geen aktiwiteit
Wateroplosbare Peptiedhormone, GF's Sel oppervlak Proteïenaktiwiteit (gewoonlik)

**Let wel: Sommige lipiedoplosbare seine het seloppervlakreseptore daarbyna hul intrasellulêre reseptore. Een so 'n geval is in die probleemboek. Seloppervlakreseptore vir lipiedoplosbare seine is relatief onlangs ontdek en sal grootliks in hierdie kursus geïgnoreer word.

3. Amplifikasie of die Biologiese Oerknal. Alle seine → versterking = groot effek van 'n klein konsentrasie van sein. Voorbeeld: 1 molekule epinefrien kan vrystelling van 10 8 molekules glukose uit 'n lewersel veroorsaak! (Sien Becker 14-3 vir die berekening.)

4. Hoe word versterking verkry? Hoe word die 'Big Bang' bewerkstellig? Drie maniere (Sien uitdeelstuk 14A):

a. Deur kanale oop te maak (ligand-omheinde).

(1). Algemene idee:

ligand bind maak 'n paar ligand-omheinde kanale oop 'n bietjie ioonvloei tref drempelspanning maak baie (spanning-omheinde) kanale oop groot verandering in ioonkonsentrasies groot effek

(2). Spesifieke voorbeeld: Asetielcholien (AcCh) effekte op spiere. Sein deur AcCh is belangrik in beide spier- en senuweereaksies. AcCh-reseptor is 'n Na+-kanaal in plasmamembraan wat deur AcCh oopgemaak word.

AcCh bind maak 'n paar ligand-omheinde Na+-kanale oop 'n bietjie Na + vloei in sel word minder - binne tref drumpelspanning maak baie (spanning-omheinde) Na + kanale oop groot verandering in Na + konsentrasies Spier trek saam

Let wel: Spesifieke voorbeelde is hoofsaaklik hier vir verwysing. Meer besonderhede van elke spesifieke voorbeeld sal hieronder of in latere lesings bespreek word.

b. Deur kaskades van modifikasie → baie (vooraf bestaande) proteïen is gewysig → groot effek.

(1). Algemene idee:

ligand (1ste boodskapper) bind aktiveer reseptor in membraan aktiveer proteïen binne sel (gewoonlik 'n ketting van aktiverings = waterval*) aktiveer baie teikenproteïen (ensiem, of TF, ens.) baie produk

(2). Spesifieke voorbeelde: TSH en epinefrien (2 hormone). TSH stimuleer die vrystelling van tiroïedhormoon vanaf die skildklier. Epinefrien stimuleer glikogeenafbraak. Baie wateroplosbare hormone werk op hierdie manier. Besonderhede van reseptore, kaskades ens. later.

* Die eerste voorbeeld vir hierdie tipe modifikasie-kaskade wat ontdek is, was die afbreek van glikogeen, gestimuleer deur die hormoon epinefrien (adrenalien). Vir besonderhede oor die omvang van versterking, sien Becker fig. 14-3 of Sadava fig. 7.20 (15.18).

c. Deur transkripsie/vertaling te beïnvloed → baie nuwe proteïen gemaak → groot effek

ligand bind aktiveer 'n TF transkribeer 'n geen maak baie mRNA-molekules/gene mRNA vertaal baie nuwe proteïenmolekules/mRNA

Voorbeeld: Skildklierhormoon (ook genoem thyrotropien of TH) en steroïedhormone. Die meeste lipiedoplosbare hormone werk op hierdie manier. Reseptor is self 'n TF.

Vraag: Hoe vergelyk die spoed van sein vir die drie tipes versterking?

Probeer probleme 6-12 & 6-13.

E. Opsomming van belangrike kwessies van sein om te oorweeg (tot dusver) -- Sien uitdeelstuk 14A.

1. Reseptors -- seloppervlak vs intern (Sadava, fig. 7.5 (15.4))

2. Seine -- lipiedoplosbaar vs wateroplosbaar

3. Amplifikasie -- 3 basiese metodes


IV . Hoe doen Intrasellulêr Werk reseptore?
Sien Sadava fig. 7,9 (15,8)

A. Watter soorte ligande gebruik intrasellulêre reseptore? Wat is die eienskappe van die ligande?

1. Alles lipiedoplosbaar ligande gebruik intrasellulêre reseptore - Steroïede, tiroksien (TH), retinoïede (vitamien A) en vitamien D.

2. Lipiedoplosbare ligande kan nie gestoor word nie -- moet gemaak word van oplosbare voorlopers soos nodig.

3. Hormoonbindende proteïene word in bloed benodig -- Alle lipiedoplosbare ligande beweeg in bloed gebind aan proteïene.

B. Alle intrasellulêre reseptore is transkripsiefaktore

1. Effek op transkripsie. Sommige aktiveer en sommige onderdruk transkripsie.

2. HRE -- hormoon reaksie elemente

  • Alle intrasellulêre reseptore bind aan cis-werkende regulatoriese elemente stroomop van die begin van transkripsie.
  • Bindingsplek vir reseptor/TF word gewoonlik 'n hormoonresponselement of HRE genoem.
  • HRE's is gewoonlik proksimaal tot die kern/basale promotor -- kan as deel van (kern) promotor beskou word, of as aparte proksimale stroomop-terreine.

C . Al hierdie reseptore is soortgelyk -- Alle lede van dieselfde geen/proteïenfamilie. (Let wel: Nie alle TF's is lede van dieselfde familie nie, maar alle hormoonreseptor TF's is verwant.)

D. Hierdie reseptore het (ten minste) drie domeine

1. Transkripsie aktiveer (of inhiberende) domein -- ook genoem transaktiverende domein (vir 'n aktiveerder). Bind aan ander proteïene en aktiveer of inhibeer transkripsie.

2 DNA-bindende domein -- bind aan HRE (verskillende HRE vir elke verskilhormoon)

3. Ligand bindende domein - bind spesifieke steroïde (of tiroksien, ens.)

4. Ander domeine -- Reseptore benodig ook NLS, en streek wat dimerisasie toelaat - dit kan apart wees of ingesluit wees in domeine wat hierbo gelys is.

E. Wat (gewoonlik*) gebeur wanneer TF-reseptore hul lipiedoplosbare ligande bind -- hoe reseptore geaktiveer word en transkripsie beïnvloed

1. Binding -- Reseptor bind sy ligand

2. Disassosiasie -- Reseptore disassosieer van inhiberende proteïene.

3. Dimerisering -- Reseptore dimeriseer -- vorm pare.

4. Ligging -- As reseptor in sitoplasma is, beweeg na kern.

5. DNS-binding -- Geaktiveerde reseptor (dimeriseer en gebind aan ligand) bind aan HRE op DNA.

6. Effek op transkripsie -- Geaktiveerde reseptor bind aan ander proteïene wat met die DNA geassosieer word (ander TF's en/of ko-aktiveerders), en stimuleer of inhibeer transkripsie.

*Besonderhede verskil ietwat met verskillende hormone (en ooreenstemmende reseptore)

F. Voorbeeld -- Estrogeen ('n steroïed)

1. Basiese meganisme . E → bind aan estrogeenreseptore → komplekse kompleks bind aan estrogeenresponselemente (EREs) in regulatoriese streke van (veelvuldige) teikengene. Binding → verhoogde transkripsie van sommige gene (gene geaktiveer) verlaag transkripsie van ander (gene onderdruk).

2. Voorbeeld van sommige proteïene wat deur E beheer word -- beheer die produksie van reseptore vir ander hormone. Byvoorbeeld, tydens swangerskap beheer die produksie van reseptore vir oksitosien (in die baarmoeder) en prolaktien (in die bors). Oksitosien beheer geboortekontraksies prolaktien beheer melkproduksie.

a. In baarmoeder: estrogeen binding & # 8594 aktiveer transkripsie van geen vir oksitosienreseptore → produksie van nuwe reseptore vir oksitosien = regulasie op van oksitosienreseptore. Reseptore nodig om reaksie op sametrekkingsein (oksitosien) → kontraksies → geboorte toe te laat.

b. In bors: estrogeen binding & # 8594 inhibeer transkripsie van geen vir prolaktienreseptore & # 8594 afregulering van prolaktienreseptore by geboorte, estrogeenvlak daal en inhibisie stop → transkripsie van geen vir prolaktienreseptore → sintese van prolaktienreseptore → reaksie op laktasiesein (prolaktien).

  • Alle selle (behalwe immuunstelsel) het dieselfde cis-werkende regulerende terreine - dieselfde HRE's, versterkers, ens.
  • Dit is die trans-werkende faktore soos hormoonreseptore wat wissel, nie die cis-werkende regulerende terreine nie.
  • Alle selle het dieselfde gene vir die trans-werkende faktore, reseptore ens., maar verskillende gene word gebruik om regulatoriese proteïene in verskillende selle te maak.

Ander voorbeelde van hoe hormone verskillende resultate in verskillende weefsels kan gee, sal later bespreek word. Oor die algemeen hang wat enige hormoon doen af ​​van kombinasie van proteïene (ensieme, TF's, ens.) wat reeds in die teikensel is.

Probeer probleem 6-19. Teen hierdie tyd behoort jy 6-12 tot 6-15 te kan doen.

V. Tipes seloppervlak (transmembraan) reseptore (Sien onderkant van 14A)

A. Kanale. Sommige reseptore is self (dele van) kanale. (Sien AcCh-reseptor hierbo en Sadava fig. 7.6 (15.5) Ander reseptore is nie kanale nie, maar werk deur afsonderlike kanale oop te maak of toe te maak. Kanale sal op 'n latere datum deur Dr. Firestein bespreek word.

B. Tipes seloppervlakreseptore wat nie kanale is nie

1. Tipe 1: Gekoppel aan G-proteïene.

a. Terminologie: Genoem G-proteïen gekoppelde reseptore, of G Protein Cgevul Rreseptore (GPCR's). Vir 'n algemene geval, sien Sadava fig. 7,8 (15,7).

b. Struktuur: Almal is 7 deurlaat-transmembraanproteïene met dieselfde basiese struktuur, almal behoort aan dieselfde proteïen/geenfamilie. (Sien Becker 14-4 of boaan uitdeelstuk 14B.)

c. Waarvoor is hulle reseptore? Baie hormone, soos die gebruik van TSH en epinefrien, gebruik GPCR's.

d. Hoe werk hulle? Aktiveer 'n G-proteïen, wat dien as 'n skakelaar om versterking te aktiveer (besonderhede hieronder). G-proteïene gewoonlik:

(1). Aktiveer ensieme wat tweede boodskappers genereer (sien Sadava fig. 7.8 (15.7)), of

(2). Maak ioonkanale oop/toe.

2. Tipe 2: Nie gekoppel aan G-proteïene nie. Word later in meer besonderhede bespreek wanneer ons by selsiklus en kanker kom. Vir verwysing:

a. Baie is proteïenkinases. Benewens ekstrasellulêre, ligand bindende domein, het 'n intrasellulêre kinase domein, of interaksie met 'n intrasellulêre kinase (wanneer geaktiveer).

b. Mees bekende tipe: Reseptor-tirosienkinases (RTK's) - ook genoem TK-gekoppelde reseptore.

c. Struktuur: Gewoonlik is enkeldoorlaatproteïene wat in dimere saamvoeg wanneer dit geaktiveer word.

d. Waarvoor is hulle reseptore? Baie Groeifaktore gebruik TK-gekoppelde reseptore of verwante reseptore. (Sien Becker tabel 14-3 as jy nuuskierig is).

e. Hoe werk hulle? These usually generate cascades of modifications, but do not always use 2nd messengers. If you want to see an example, see Sadava figs. 7.6 & 7.12 (15.6 & 15.10). We won't get to details of how these work for a while.

VI. How do GPCRs & G Proteins Act in Signaling?

A. Typical Pathway (see also handout 14B, middle panel)

ligand (1st messenger) binds outside cell activate receptor in membrane activate G protein in the membrane activate target enzyme in membrane generate small molecule (2nd messenger) inside cell

Note that the ligand (1st messenger) binds to the extracellular domain of its receptor. The remaining events are inside the cell.

B. Second messengers -- See handout 14B or Sadava fig. 7.8 (15.7)

1. What are they? Small molecules or ions that move through the cell and bind to their target proteins.

2 . The usual second messengers -- see handout 14B for structure of cAMP and mode of action

2nd Messenger Where does it come from? How is it made?
KAMP ATP by action of adenyl cyclase
DAG & IP3 membrane lipid by action of phospholipase C
Ca 2+ stored Ca 2+ in ER (or extracellular) by opening channels (in ER/plasma memb.)

3. What do 2nd messengers do? Bind to and thereby activate (or inactivate) target proteins.

4. How they are made : Active G protein (subunit) → binds to & activates enzyme in (or associated with) membrane → generates second messenger in cytoplasm. See Becker fig. 14-7 or Sadava figs. 7.8 & 7.14 (15.7 & 15.12) for cAMP pathway. We will get to IP3 pathway later. If you are curious, see Becker fig. 14-10 or Sadava fig. 7.15 (15.13).

5. A Specific Example: Thyroid stimulating hormone (TSH) -- promotes release of thyroid hormone (TH).

a. Generation of 2nd messenger (cAMP)

TSH (1st messenger) binds activate GPCR in membrane activate G protein in the membrane activate enzyme in membrane (adenyl cyclase) generate small molecule (2nd messenger) inside cell = cAMP

b. Action of 2nd messenger

KAMP activate protein kinase (PKA) in cytoplasm phosphorylate target enzymes stimulate multiple steps in synthesis and release of TH

6. Why bother with all these steps?

a. Amplification. Many steps involve amplifications. For example, one molecule of active Adenyl cyclase can generate many molecules of cAMP and one molecule of PKA can phosphorylate many molecules of its target enzymes. For an example of the possibilities of a cascade of amplification, see Becker fig. 14-3 or Sadava fig. 7.20 (15.18). (They don't agree on the exact numbers.)

b. Voorbeelde. The usual example for this type of modification cascade is the breakdown of glycogen, stimulated by the hormone epinephrine (adrenaline), which is the example in Becker fig. 14-3. If you are interested in more details of the pathway, see Sadava fig. 7.20 (15.18) or Becker fig. 14-25 (14-24). This example was the first to be discovered, but is more complex than the TSH case.

VII. How do G proteins Work?

A. What are the important properties of G proteins? (See Becker fig. 14-5 & Handout 14B)

1. Have active and inactive forms

a. Active form is bound to GTP

b. Inactive form is bound to GDP.

2. G-proteins act as switches in many processes (not just signaling)

a. Activation: G protein is activated by dumping GDP and picking up GTP in response to some signal.

b. Inactivation: G protein inactivates itself by catalyzing hydrolysis of GTP to GDP.

c. Why is it a switch? The G protein does not stay active for long. "Turns itself off."

B. Activation & Inactivation of G Proteins

1 . GTP exchange: Mechanism of activation & inactivation

a. Activation Reaction (GTP/GDP exchange, NOT phosphorylation of GDP GTP replaces GDP):

Protein-GDP (inactive) + GTP → Protein-GTP (active) + GDP

b. Inactivation Reaction (hydrolysis of bound GTP to GDP):

Protein-GTP (active) → Protein-GDP (inactive) + phosphate.

c. Overall: GTP displaces GDP, activating the G protein GTP is then hydrolyzed (usually rapidly), returning the G protein to its inactive state.

(1). Net effect on GTP -- GTP hydrolysis: GTP ( + water) → GDP + phosphate

(2). NettoEffect on G protein -- none: Protein is temporarily activated, but then inactivated. However protein cycles from inactive to active and back to inactive -- acts as switch.

d. Terminologie. Since the overall result is that GTP is hydrolyzed to GDP, G proteins are sometimes called "GTPases."

2. What triggers activation?

a. General Case: Binding of a protein called a GEF (guanine-nucleotide exchange factor) causes GDP to fall off, and GTP binds.

b. In signaling: Activated GPCR = GEF. Binding of activated receptor to G protein triggers activation of G protein (causes loss of GDP).

3. What triggers inactivation?

a. G protein itself has enzymatic activity -- catalyzes inactivation (hydrolysis).

b. No trigger required -- hydrolysis of GTP to GDP happens automatically.

c. Other proteins may increase speed of hydrolysis. They are called RGS proteins (Regulators of G protein Signaling) or GAP proteins (GTPase Activating Proteins).

C. Types of G proteins

1. Subunits -- Ordinary G proteins are trimeric = they have 3 subunits.

a. Inactive G prot = heterotrimer of alpha, beta, gamma

b. Separation occurs on activation: On activation, alpha subunit (with the GTP) separates from other 2 subunits.

c. Either part may be the effector that actually acts on target -- alpha, or beta + gamma, can act as activator or inhibitor of target protein.

d. Hydrolysis causes reassociation. Hydrolysis of GTP to GDP causes alpha to reassociate with other subunits → inactive heterotrimer

2. Small G proteins -- to be discussed further when we get to cell cycle & cancer. For reference:

a. Struktuur: Small G proteins have no subunits.

b. Voorbeeld: the protein called ras -- important in growth control many cancer cells have over-active ras.

c. Role of GTP/GDP exchange: Are activated by GTP/GDP exchange, and inactivated by hydrolysis of GTP to GDP, as above.

d. Are not activated by GPCRs directly (other 'middle man' adapter proteins are involved)

3 . How many G proteins?

a. There are many different G proteins. G proteins are involved in a very large number of cellular processes, not just signaling. (We have ignored their importance until now. See Becker for details & many examples. )

b. Active G proteins can be inhibitory or stimulatory.

c. Method of action: Activated G proteins work by binding to and activating (or inhibiting) other target enzymes/proteins.

d. Terminology: The different trimeric G proteins are usually known as Gbl, Gq Gi, Gs etc. (Books differ on details of naming.)

D. For reference: Comparison of Protein Kinases, Receptor Protein Kinases, & Trimeric G proteins

Proteïen Catalyzes What's added to Target Protein? Who gets the P or GTP? How Inactivated?
Protein Kinase Protein + ATP → ADP + protein-P Fosfaat Usually a dif. proteïen Separate Phosphatase removes P
Receptor Protein Kinase ** Protein + ATP → ADP + protein-P Fosfaat Usually separate subunit of self Separate Phosphatase removes P
Trimeric
G Protein
Exchange & Hydrolysis as described above. GTP Self Hydrolyzes GTP to GDP (by itself)

**Receptor protein kinases have an extracellular ligand binding domain and an intracellular kinase (or kinase binding) domain. Ordinary kinases usually add phosphates to other proteins. Receptor kinases usually add phosphates to themselves. (For an example, see Sadava fig. 7.7 (15.6)

Try problems 6-1 & 6-2.

VIII. An example of a second messenger -- cAMP & its target (PKA) See handout 14B or Becker fig. 14-7.

A. How is cAMP level regulated? Wat doen dit?

1. How is cAMP made?

a. G protein activates adenyl cyclase (also called adenylyl cyclase or AC)

b. cAMP made from ATP by adenyl cyclase for structure of cAMP see handout and Becker fig. 14-6 or Sadava fig. 7.14 (15.12).

2. What does cAMP do? See Becker table 14-1 (14-5).

a. cAMP binds to and activates protein kinase A = PKA . (Also called cyclic AMP dependent blrotein kinase = cAPK) See Becker fig. 14-8.

b. PKA adds phosphates to other proteins

(1). Phosphorylation by PKA can activate or inhibit target protein (target = substrate of PKA)

(2). PKA action can modify other kinases/phosphatases and start a cascade

(3). End result varies. Depends on which kinases and phosphatases in that tissue are targets (substrates) of PKA and/or the other kinases/phosphatases (at end of cascade). See example below.

3. How does signal system turn off when hormone leaves?

a. G protein doesn't stay activated for long: Activated G protein hydrolyzes its own GTP → GDP ( → inactive G protein).

b. cAMP is short lived -- it's hydrolyzed by phosphodiesterase (PDE)

c. In absence of cAMP, action of kinases are stopped and/or reversed

(1) PKA becomes inactivated

(2) Phosphatases become active -- remove phosphates added by kinases

B. How do hormones work through cAMP?

1. TSH -- see above. PKA phosphorylates (and activates) enzymes needed to make thyroid hormone.

2 . Glycogen metabolism: This case is very complex and will be discussed later. If you want to read ahead, see Sadava fig. 7.20 (15.18) or Becker figs. 14-25 (14-24) & 6-17 (6-18 ).

Next Time (after break): Wrap up of chemical signaling how signaling is used to maintain homeostasis.


INHOUDSOPGAWE

  • Chapter 1: Cell Tour, Life&rsquos Properties and Evolution, Studying Cells
  • Chapter 2: Basic Chemistry, Organic Chemistry and Biochemistry
  • Chapter 3: Details of Protein Structure
  • Chapter 4: Bioenergetics
  • Chapter 5: Enzyme Catalysis and Kinetics
  • Chapter 6: Glycolysis, the Krebs Cycle and the Atkins Diet
  • Chapter 7: Electron Transport, Oxidative Phosphorylation and Photosynthesis
  • Chapter 8: DNA Structure, Chromosomes and Chromatin
  • Chapter 9: Details of DNA Replication & DNA Repair
  • Chapter 10: Transcription and RNA Processing
  • Chapter 11: The Genetic Code and Translation
  • Chapter 12: Regulation of Transcription and Epigenetic Inheritance
  • Chapter 13: Post-Transcriptional Regulation of Gene Expression
  • Chapter 14: Repetitive DNA, A Eukaryotic Genomic Phenomenon
  • Chapter 15: DNA Technologies
  • Chapter 16: Membrane Structure
  • Chapter 17: Membrane Function
  • Chapter 18: The Cytoskeleton and Cell Motility
  • Chapter 19: Cell Division and the Cell Cycle
  • Chapter 20: The Origins of Life

Manuel Leonetti

Dr. Manuel Leonetti is a group leader at the Chan Zuckerberg Biohub. Leonetti completed his bachelor’s degree in Chemistry and his master’s degree in Interdisciplinary Life Sciences at the Ecole Normale Superieure in Paris. He continued his graduate studies in Molecular Neurobiology at The Rockefeller University under the supervision of Dr. Rod MacKinnon. In 2013,… Continue Reading

More Talks in Techniques

Verwante hulpbronne

This is a list of the papers we discuss in this lecture, plus a few related references. This is by no means intended to be a comprehensive bibliography, apologies to all the rich studies that we could not cover in this short presentation. This list is rather intended as a starting point for further exploration.

I. Approaches to map protein localization

Antibody-based methods

      • The Human Protein Atlas/Cell Atlas project: Link
      • Thul, PJ, et al. (2017) A subcellular map of the human proteome. Wetenskap. 356(6340)
      • Gut, G, et al. (2018) Multiplexed protein maps link subcellular organization to cellular states. Wetenskap. 361(6401)

      Fluorescent protein collections

          • Huh, WK, et al. (2003) Global analysis of protein localization in budding yeast. Natuur. 425(6959):686-91
            • See also: Yeast GFP Fusion Localization Database
            • The Cell Vision: Link
            • Yeast RGB: Link
            • The localization and quantitation atlas of the yeast proteome: Link
            • See also: Allen Cell Explorer
            • See also: Mitotic cell atlas

            Mass-spectrometry spatial proteomics

            II. Approaches to map protein/protein interactions:

            Immuno-precipitation/mass spectrometry

            Proximity labeling

                • (Review) Branon, T, et al. (2017) Beyond Immunoprecipitation: Exploring New Interaction Spaces with Proximity Biotinylation. Biochemistry. 56(26):3297-3298
                • Go, CD, et al. (2019) A proximity biotinylation map of a human cell. bioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/796391
                  • See also: Human Cell Map

                  III. Pathway mapping and genetic interactions

                  Genetic interactions in yeast:

                        • (Review) Costanzo, M, et al. (2019) Global Genetic Networks and the Genotype-to-Phenotype Relationship. Sel. 177(1):85-100
                        • Costanzo, M, et al. (2016) A global genetic interaction network maps a wiring diagram of cellular function. Wetenskap. 353(6306)
                          • See also: The Cell Map

                          CRISPRi/a methods in human cells

                                • Gilbert, LA, et al. (2014) Genome-Scale CRISPR-Mediated Control of Gene Repression and Activation. Sel. 159(3):647-61
                                • (Review) Kampmann, M. (2018) CRISPRi and CRISPRa Screens in Mammalian Cells for Precision Biology and Medicine. ACS Chem Biol. 13(2):406-416
                                • Horlbeck, MA, et al. (2018) Mapping the Genetic Landscape of Human Cells. Sel. 174(4):953-967.e22.

                                High-dimensionality phenotypes – single-cell RNASeq


                                The Cancer Cell Map

                                The Cancer Cell Map contains selected cancer related signaling pathways which you can browse or search. Biologists can browse and search the Cancer Cell Map pathways. View gene expression data on any pathway. Computational biologists can download all pathways in BioPAX format for global analysis. Software developers can build software on top of the Cancer Cell Map using the web service API. Download and install the cPath software to create a local mirror.

                                This work is done in collaboration with the Sander group of the Computational Biology Center at Memorial Sloan-Kettering Cancer Center in New York City.