Inligting

Benodig hulp met kodonoptimalisering

Benodig hulp met kodonoptimalisering


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek wil 'n GFP-geen chemies sintetiseer om in rys uit te druk. Ek gebruik die IDT Codon Optimization program en het gevind dat nie al die kodons 100% geoptimaliseer is nie. Sommige van hulle is die 2de of 3de in gebruiksfrekwensie. Die stopkodon in die geen wat geoptimaliseer is, word ook die minste in rys gebruik. Ek dink nie al die kodons kan die een wees wat die meeste in rys gebruik word nie, aangesien daar translasiepouses nodig is om optimale proteïenuitdrukking te kry. Maar hoe besluit ek watter kodons in watter posisies gebruik moet word om maksimum doeltreffendheid te kry. Gebruik ek net die outomatiese kodon-geoptimaliseerde geen wat deur IDT gegee word, of optimaliseer ek dit verder met die hand?

So moet die stopkodon wat gebruik word die een wees wat die meeste in rys gebruik word vir behoorlike mRNA-beëindiging?

Help my asseblief, want ek is nuut hierin en wil wenke en voorstelle hê om geoptimaliseerde kodons in hierdie geen te kry.


Oor die algemeen is die kodonoptimering die mees algemene tRNA wat in jou spesie van belang gevind word. Jou kodon moet egter nie iets tot gevolg hê wat standaard molekulêre biologie praktyke ontwrig nie. As jou kodon byvoorbeeld 'n beperkingsplek in 'n unieke kloningsvektor plaas, sal die algoritme net die volgende beste kodon soek wat nie ongewenste byvoeging of eliminasie van 'n kloningsplek veroorsaak nie. Plekke soos IDT sal ook die koste van die kodon weeg teenoor die gemak van vervaardiging in hul algoritme (sien hier.)

Wat jy beskryf as translasiepouse wat deur die organisme 'nodig' is om behoorlike geenuitdrukking te optimaliseer, is 'n gevolg en nie a noodsaaklikheid van seldsame kodons (tot my volle begrip). Kyk hier. Dit beteken dat u nie hierdie translasiepouse in geoptimaliseerde geenuitdrukking wil byvoeg nie. Dit is bloot 'n evolusionêre neweproduk.

Wysig -

Om jou vraag meer reguit te beantwoord, kan ek jou met 'n bietjie ervaring vertel om die kodonoptimeringsalgoritmes van biotegnologiemaatskappye soos IDT te vertrou. Ek vind hulle werk baie goed. Rys is 'n algemeen genoeg organisme :)


Die optimalisering wat deur diensverskaffers soos IDT gedoen word, behoort goed te wees, want hulle weeg in verskeie faktore soos die vermyding van mRNA sekondêre strukture en gespesifiseerde beperkingsendonukleases. Selfs ek het dit oorweeg om handmatige redigering, maar toe het 'n bietjie navorsing op die internet aan die lig gebring dat kodongebruik nie die enigste faktor is wat betrokke is nie :)