Inligting

Hoekom is statistiese meganika relevant vir RNA en proteïenvouing?

Hoekom is statistiese meganika relevant vir RNA en proteïenvouing?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Dit is 'n baie naïewe vraag. Sover ek verstaan ​​word die vou van 'n molekule beheer deur die elektromagnetiese kragte tussen sy atome en ook tussen sy atome en die atome in die omliggende omgewing (dus basies 'n baie liggaam probleem). So ek verstaan ​​nie hoe statistiese meganika, soos Boltzmann se wet, kom om te speel nie.

Na my kennis bestaan ​​statistiese meganika en termodinamika wanneer ons 'n ensemble van deeltjies het soos in 'n vloeistof of 'n gas. So, wat is hierdie ensemble vir die RNA- of proteïenvouprobleem?


Ek is geen fisikus nie, maar jou stelling "Na my wete bestaan ​​statistiese meganika en termodinamika wanneer ons 'n ensemble van deeltjies het soos in 'n vloeistof of 'n gas" is sekerlik verkeerd. Die probleem van proteïenvou is een van termodinamika - om die struktuur van die laagste vrye energie te vind, en die pad waardeur dit vanaf 'n ewekansige spoel bereik word.

Een van die probleme wat met die pad verband hou, is om 'vas te sit' in 'n posisie in die energielandskap waaruit die proteïen nie kan ontsnap nie. Dit word 'frustrasie' genoem en daar is blykbaar 'n kwantitatiewe behandeling van 'minimale frustrasie' deur gebruik te maak van die statistiese meganika van spingasse. Dit word genoem in 'n resensie deur Onuchic en Wolynes, wat aanlyn beskikbaar is, wat u waarskynlik beter sal kan verstaan ​​as ek.


As jy statistiese meganika met RNA- en proteïenvouing in verband wil bring, is jy op die regte pad met ensembles. Makromolekules is baie dinamies en bestaan ​​in baie fisiese toestande. Hierdie makrotoestande is wat deur David op 'n energielandskap beskryf word. Die makrotoestande kan verder afgebreek word in mikrotoestande wat nou verwante bewegings van die makrotoestande is. Dit hang af hoe spesifiek jy wil wees wanneer jy jou stelsel beskryf. Statistieke kom ter sprake wanneer die populasies van die makromolekule in sy verskillende makrotoestande beskryf word. Tipies is die makrostaat met die gunstigste energie-konformasie die mees bevolkte.


Dit lyk asof jy twee verskillende maniere om 'n ding te bespreek met twee verskillende dinge verwar het. Elektromeganika is altyd van toepassing, of jy nou oor vloeistowwe of gasse praat of wat jy het. Alle molekules is onderhewig aan elektromagnetiese kragte. En alle materie het populasies van molekules, waaroor ons met statistiese meganika kan praat. In statistiese meganika abstraheer ons sommige van die besonderhede van elektromeganika weg en behandel dit statisties, net soos hoe ons in ekonomie sommige van die besonderhede van individuele sielkunde weg abstraheer. Beide geld dus in elke geval. Die probleem is dat RNA-vou 'n besonder moeilike fisiese stelsel is, so dit is baie moeiliker om dit met statistiese meganika weg te onttrek as wat dit sou wees vir sê, 'n edelgas.


Korrelasie van RNA sekondêre struktuurstatistieke met termodinamiese stabiliteit en toepassings op vou

b Sentrum vir Rekenaarbiologie en Bioinformatika, Afdeling Integrerende Biologie in die Skool vir Biologiese Wetenskappe, en die Instituut vir Sellulêre en Molekulêre Biologie, Universiteit van Texas in Austin, 2401 Speedway, Austin, TX 78712, VSA

Stuart Ozer

c Microsoft, 1 Microsoft Way, Redmond, WA 98052

Robin R. Guttell

b Sentrum vir Rekenaarbiologie en Bioinformatika, Afdeling Integrerende Biologie in die Skool vir Biologiese Wetenskappe, en die Instituut vir Sellulêre en Molekulêre Biologie, Universiteit van Texas in Austin, 2401 Speedway, Austin, TX 78712, VSA

Pengyu Ren

a Die Departement Biomediese Ingenieurswese, Universiteit van Texas in Austin, Austin, Texas 78712-1062


Geassosieerde data

RNA word direk geassosieer met 'n groeiende aantal funksies binne die sel. Die akkurate voorspelling van verskillende RNA's hoër-orde struktuur vanaf hul nukleïensuurvolgorde sal insig gee in hul funksies en molekulêre meganika. Ons het statistiese potensiaal bepaal vir 'n versameling struktuurelemente wat groter is as die aantal struktuurelemente wat met eksperimenteel bepaalde energiewaardes bepaal is. Die eksperimenteel afgeleide vry-energieë en die statistiese potensiaal vir kanoniese basispaarstapels is analoog, wat demonstreer dat statistiese potensiaal afgelei van vergelykende data as 'n alternatiewe energetiese parameter gebruik kan word. 'n Nuwe berekeningsinfrastruktuur - RNA Comparative Analysis Database (rCAD) - wat 'n relasionele databasis gebruik, is ontwikkel om baie groot volgordebelynings en sekondêre struktuurdatastelle te manipuleer en te ontleed. Met behulp van rCAD is 'n ryker stel energieke parameters vir RNA fundamentele strukturele elemente, insluitend haarnaald en interne lusse, bepaal. 'n Nuwe weergawe van RNAfold is ontwikkel om hierdie statistiese potensiaal te benut. Algehele, hierdie nuwe statistiese potensiaal vir haarnaald en interne lusse geïntegreer in die nuwe weergawe van RNAfold het beduidende verbeterings in die voorspelling akkuraatheid van RNA sekondêre struktuur getoon.


Hoofstuk Ses - Kwantumproteïenvou ☆

Om 'n fundamentele raamwerk vir die begrip van biomolekules vanuit die eerste beginsel van kwantummeganika daar te stel, hersien die manuskrip die werk van skrywers se groep oor proteïen- en RNA-vou om die bestaan ​​van 'n algemene kwantummeganisme in die konformasie-oorgang van biomolekules te demonstreer. Gebaseer op die algemene vergelyking van die konformasie-oorgangstempo word verskeie teoretiese resultate afgelei en vergelyk met eksperimentele data deur middel van bioinformatika metodes. Die hoofresultate wat ons verkry het, is: Die temperatuurafhanklikheid en die denaturantkonsentrasieafhanklikheid van die proteïenvoutempo word afgelei en met eksperimentele data vergelyk. Die kwantitatiewe verband tussen proteïenvoutempo en torsiemodusgetal (of kettinglengte) word afgelei en die verkrygde formule kan ook op RNA-vou toegepas word. Die kwantumoorgangteorie van twee-toestand proteïen is suksesvol veralgemeen na multistaat proteïenvouing. Dan word bespreek hoe om direkte eksperimentele toetse op die kwantum-eienskap van die konformasie-oorgang van biomolekule te maak, wat die studie van proteïenfotovou insluit en die waarneming van die fluktuasie van die fluoressensie-intensiteit wat uit die proteïenvou-/ontvou-gebeurtenis vrygestel word. Bogenoemde resultate toon dat die kwantummeganika 'n verenigende en logies eenvoudige teoretiese beginpunt bied in die bestudering van die konformasieverandering van biologiese makromolekules. Die verreikende resultate in praktiese toepassing van die teorie word verwag.


Sleutelwoorde

Aanvullende materiaal wat uit een tabel bestaan, is beskikbaar by DOI:10.1006/jmbi.1997.0889

Geredigeer deur D. E. Draper

Huidige adresse: R. Gutell, Departement Chemie en Biochemie, Kampusbus 215, Universiteit van Colorado Boulder, CO 80309-0215, VSA: D. Konings, Departement Mikrobiologie, Southern Illinois University at Carbondale, Carbondale, IL 62901, VSA: M. Huynen, Biocomputing, EMBL, Meyerhofstrasse 1, 6900 Heidelberg, Duitsland


Hoekom is statistiese meganika relevant vir RNA en proteïenvouing? - Biologie

Toegepaste M ath & S tastiek
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
Che mistry
(Krediete/Dept/Kursus#/Onderwerp)
Fisies
(Krediete/Dept/Kursus#/Onderwerp)
3 AMS 533 Num Methd Algs CompBio 3 AMS 533 Num Methd Algs Comp Bio (elec) 0-2 PHY 600 Onderrig
3 XXX XXX Keuse 3 CHE 523 Chemiese termo (elektries) 0-3 PHY 540 Stat Mech
3 AMS 599 Navorsing 3 CHE 536 Molec Modellering Biomol
3 PHY 512 Quantum Mech 2
3 AMS 537 Biology Dyn & Network* 3 CHE 559 Biologie Dyn & Netwerk 3 PHY 559 Biologie Dyn & Netwerk
0-3 AMS 531 Lab Rot* 0-3 AMS 531 Lab Rot 0-1 PHY 665 J Club (sluit etiek in)
0-1 AMS 532 J Club (sluit etiek in)* 0-1 AMS 532 J Club (sluit etiek in)
0-1 PHY 561 iBIO-Intro Biologie
0-1 PHY 561 iBIO-Intro Bio 0-1 PHY 561 iBIO-Intro Bio
B iochemie & S strukturele B iologie
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
M olekulêre & selulêre B iologie
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
B io m ediese ingenieur
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
2 BSB 512 Strc Bio & Spektroskopie 2 BSB 512 Strc Bio & Spektroskopie 3 BME 502 Adv Numeriese Metodes
1 BSB 602 Colloquium in Biochemie 1 MCB 602 Colloquium Mol Cell Bio 3 BME 509 Fundam Biosci Industry
1-6 BSB 510 Lab Rot 1-4 MCB 510 Lab Rot 3 BME 521 Lab Rot
1 BSB 532 J Klub X MCB 532 Seminaar Mol Cell Bio- J Klub 3 BME XXX Tegniese Keuse
0 BIO 600 Onderrig 0 BIO 600 Onderrig
1-4 MCB 656 Selbiologie (of elec) 4 MCB 656 Selbiologie
1-12 MCB 599 Navorsing
0 MCB 604 Grd Student Res Seminaar

Toegepaste M ath & S tastiek
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
Che mistry
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
Fisies
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
3 AMS 507 Waarskynlikheid 3 XXX XXX Keuse 0-3 PHY 584 Lab Rot
3 PHY 558 Phys Chem & Bio (uitverkorenes) 3 XXX XXX Keuse 3 PHY 558 Phys Chem & Bio
3 CHE 541 Biochemie 3 CHE 558 Phys Chem & Bio
3 CHE 541 Biochemie
0-1 AMS 532 J Club* 0-1 AMS 532 J Klub
0-1 PHY 665 J Klub
B iochemie & S strukturele B iologie
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
M olekulêre & selulêre B iologie
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
B io m ediese ingenieur
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
1 BSB 601 Colloquium in Biochemie 3 MCB 657 Beginsels van Ontwikkeling (1)* 3 BME 526 Biologiese Stelsels Eng
1-12 BSB 599 Navorsing 3 HPH 533 Grd Immunologie 3 BME 599 Navorsing
0 BIO 600 Onderrig 1 MCB 531 Sem Mol Cell Bio-J Club(1,2)* 3 XXX XXX Keuse
3 MCB 503 Mol Genetika (of elec) 1 HPH 691 J Club(3)* 3 CHE 558 Phys Chem & Bio
1 JRN 503 iCOMl-Improv for Sci** 1 MCB 601 Colloquium Mol Cell Bio
3 CHE 558 Phys Chem & Bio (uitverkorenes) 1-12 MCB 599 Navorsing

Toegepaste M ath & S tastiek
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
Che mistry
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
Fisies
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
3 AMS 699 Navorsing X CHE 694 Seminaar 0-3 PHY 584 Lab Rot
X XXX XXX Keuse X XXX XXX Keuse X XXX XXX Keuse
X XXX XXX Keuse X XXX XXX Keuse X XXX XXX Keuse
3 JRN 565 Kommunikeer jou Wetenskap 3 JRN 565 Kommunikeer jou Wetenskap 3 JRN 565 Kommunikeer jou Wetenskap
B iochemie & S strukturele B iologie
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
M olekulêre & S ellulêre B iologie
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
B io m ediese ingenieur
(Krediete/Dept/Kursus #/Onderwerp)
1 BSB 602 Colloquium in Biochemie 3 HBP 531 Algemene Biologie (3)* 3 BME 572 Biomolekulêre Analise
1-12 BSB 599 Navorsing 1 MCB 532 Sem Mol Cell Bio-J Club(1,2)* 6 BME 599 Navorsing
1 BSB 532 J Klub 1-12 MCB 599 Navorsing
1-3 XXX XXX Keuse 1 MCB 602 Colloquium Mol Cell Bio
0 GRD 500 RCR (of seminaar-etiek) 0-1 GRD 500 RCR (etiek)
3 CHE 559 Biology Dyn & Network (elektries)
3 CHE 559 Biology Dyn & Network (4, elektr.)
1 JRN 501 iCOM2-Distilleer jou boodskap** 1-3 XXX XXX Keusevak (1,2)*
1 JRN 502 iCOM2-Skryfwetenskap*** 3 JRN 565 Kommunikeer jou wetenskap (4)
3 XXX XXX Keuse 3 XXX XXX Keuse
Keusevakke: sien BSB-handboek Keusevakke: sien MCB-handboek Keuse: 6 totale keusevakke waarvan 3 BME moet wees

*AMS 531 x gelys met PHY 584

*AMS 532 x gelys met PHY 665

*AMS 535 x gelys met CHE 535

*AMS 537 x gelys met CHE 559 & PHY 559

*AMS 539 papierwerk ingedien

Fisikastudente begin eers met die tweede jaar met laboratoriumrotasies.

Kursusbeskrywings

AMS 507: Inleiding tot Waarskynlikheid

Die onderwerpe sluit in steekproefruimtes, aksiomas van waarskynlikheid, voorwaardelike waarskynlikheid en onafhanklikheid, diskrete en kontinue ewekansige veranderlikes, gesamentlik verspreide ewekansige veranderlikes, kenmerke van ewekansige veranderlikes, wet van groot getalle en sentrale limietstelling, Markov-kettings.

AMS 510: Analitiese Metodes vir Toegepaste Wiskunde en Statistiek

Hersiening van tegnieke van meerveranderlike calculus, konvergensie en limiete, matriksanalise, vektorruimte basiese beginsels, en Lagrange vermenigvuldigers.

Voorvereiste: 'n Kursus in lineêre algebra en in meerveranderlike calculus

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

AMS 530: Beginsels in Parallelle Rekenaarkunde

Hierdie kursus is ontwerp vir beide akademiese en industriële wetenskaplikes wat belangstel in parallelle rekenaar en die toepassings daarvan op grootskaalse wetenskaplike en ingenieursprobleme. Dit fokus op die drie hoofkwessies in parallelle rekenaars: ontleding van parallelle hardeware en sagteware stelsels, ontwerp en implementering van parallelle algoritmes, en toepassings van parallelle rekenaar op geselekteerde probleme in fisiese wetenskap en ingenieurswese. Die kursus beklemtoon praktiese oefening en begrip van algoritmiese konsepte van parallelle rekenaar.

Voorvereiste: 'n Kursus in basiese rekenaarwetenskap soos bedryfstelsels of argitekture of een of ander programmeringservaring.

Lente, 3 krediete, Lettergraad

AMS 531: Laboratoriumrotasies en Joernaalklub in Rekenaarbiologie

Dit is 'n tweesemesterkursus waarin eerstejaar Ph.D. studente spandeer ten minste 8 weke in elk van drie verskillende laboratoriums en neem aktief deel aan die navorsing van die deelnemende Rekenaarbiologie Fakulteit. Aan die einde van elke rotasie gee studente 'n aanbieding van hul laboratoriumaktivasies en -prestasies. Die primêre doel van rotasies is om studente te help om 'n navorsingsadviseur te kies en om fakulteitslede te help om studente te kies. Studente registreer vir AMS 531 in beide die herfs- en lente-semesters van die eerste jaar.

0-3 krediete, S/U-gradering, kan vir krediet herhaal word.

AMS 532: Laboratoriumrotasies en Joernaalklub in Rekenaarbiologie

Die doel van hierdie kursus is vir studente om kritiese lees- en analitiese vaardighede te slyp deur besprekings van literatuur op die gebied van Rekenaarbiologie. Deelnemers maak om die beurt 'n "gespreksleier" wat die groep informeel deur 'n portuurgeëvalueerde manuskrip lei waarvoor alle Joernaalklublede voor die vergadering sal moet lees. Vergaderings in die Lente-semester sal Persoonsopleiding (IPT) in Verantwoordelike uitvoering van Navorsing en Wetenskap (RCRS) insluit oor onderwerpe wat bestaan ​​uit (1) Integriteit in Wetenskap, (2) Wetenskaplike Wangedrag, (3) Mentorskap, (4) Eienaarskap en Outeurskap, (5) Plagiaat, (6) Databestuur, (7) Joernalistiek en Wetenskap, (8) Menslike proefpersone en (9) Proefdiere.

0-1 krediete, S/U-gradering, kan vir krediet herhaal word.

AMS 533: Algoritmes en modelmaak

'n In-diepte opname van baie van die sleuteltegnieke wat in diverse aspekte van rekenaarbiologie gebruik word. 'n Groot fokus van hierdie klas is op hoe om 'n stelling van die probleem wat opgelos moet word suksesvol te formuleer, en hoe daardie formulering kan lei tot die keuse van die mees geskikte berekeningsbenadering. Voorbeelde sal uit 'n wye reeks probleme in biologie getrek word, insluitend molekulêre modellering, biochemiese reaksienetwerke, mikroskopie en sisteembiologie. Geen voorafkennis van biologie word vereis nie.

AMS 534: Inleiding tot Stelselbiologie

Hierdie kursus is gerig op die onderrig van noodsaaklike konsepte en rekenaarvaardighede in Stelselbiologie. Die kursus is gesentreer op twee sleutelprogrammeertale: Matlab vir modelleringstoepassings en die R-taal vir statistiese analise en volgordemanipulasie.

Lente, 3 krediete, Lettergraad

AMS/CHE 535: Berekeningsstruktuurbiologie

Hierdie kursus sal 'n inleiding tot rekenaarstruktuurbiologie bied met toepassing op geneesmiddelontwerp. Metodes en toepassings wat berekening gebruik om biologiese sisteme betrokke by menslike siektes te modelleer, sal beklemtoon word. Die kursus is daarop gemik om samewerkende leer te bevorder en sal bestaan ​​uit aanbiedings deur die instrukteur, gasdosente en deur kursusgangers met die doel om sleutelmetodes, onderwerpe en referate relevant tot Rekenaarstrukturele Biologie op te som. Hierdie kursus word aangebied as beide CHE 535 en AMS 535.

Herfs, 0-3 krediete, Lettergraad

AMS 536: Molekulêre modellering van biologiese molekules

Hierdie kursus is ontwerp vir studente wat ervaring wil opdoen met die modellering van biologiese molekules op atoomvlak. In samewerking met die individuele belangstellings, kan Molekulêre Meganika, Molekulêre dinamika, Monte Carlo, Docking (virtuele sifting), of Quantum Meganika sagteware pakkette gebruik word om relevante biologiese sisteme(s) te bestudeer. Projekte sal opstel, uitvoering en ontleding insluit. Kursusdeelnemers sal literatuuraanbiedings lewer wat relevant is tot die simulasies wat uitgevoer word en 'n finale projekverslag sal vereis word. Vertroudheid met Unix (Linux) is wenslik.

Lente, 0-3 krediete, Lettergraad

AMS 537: Dinamiese modelle van geenregulering en biologiese patroonvorming

Hierdie is 'n nagraadse kursus in die fundamentele teorie van genetiese funksie en biologiese patroonvorming in diereontwikkeling. Die kursus dek dinamiese (soms 'fisiologiese') modelle van hierdie prosesse op 'n verskeidenheid wiskundige vlakke. Biologies sal die klem op E. coli en die vrugtevlieg Drosophila wees, met 'n noukeurige bespreking van sleutel eksperimentele resultate vir nie-spesialiste. Ons sal die gebruik van beide deterministiese en stogastiese differensiaalvergelykings bestudeer om fundamentele wetenskaplike probleme op te los soos die faag lambdalise/lysogenie besluit, die ingenieurswese van kunsmatige geenkringe, en die bepaling en regulering van die morfogenetiese veld in diereontwikkeling, veral die segmentering. veld in Drosophila.

Lente, 3 krediete, Lettergraad, x-lys met PHY/CHE 559

AMS 539: iPQB-Inleiding tot Fisiese en Kwantitatiewe Biologie

Hierdie kursus is 'n seminaarreeks wat deur die Laufer Sentrum vir Fisiese en Kwantitatiewe Biologie gereël word en is gemik op enige inkomende nagraadse studente wat dalk belangstel om navorsing in rekenaar-, wiskundige of fisiese biologie te doen. Elke seminaar sal deur 'n ander fakulteitslid oor hul navorsing aangebied word en sal oor 'n reeks onderwerpe strek, insluitend rekenaarstruktuurbiologie, genomika/bioinformatika, metaboliese en regulatoriese modellering, rekenaarselbiologie en evolusionêre modelle.

Herfs, 0-1 krediete, S/U-gradering

AMS XXX: Navorsing of ESL

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

BSB 515: Berekeningsmetodes in Biochemie en Strukturele Biologie

Data-analise en statistiek deur gebruik te maak van die R-programmeringsomgewing, volgorde en grafiese analise van proteïene en nukleïensure. Voorvereiste: Hierdie klas is beperk tot eerstejaar BSB-, HBM-, MCB PHD- en HBH PhD-studente. Uitsondering vereis goedkeuring van die kursusinstrukteur.

CHE 504: Struktuur en Reaktiwiteit in Organiese Chemie

Elektroniese en stereochemiese teorieë met betrekking tot organiese struktuur en reaksies. Onderwerpe soos binding, spanning, aromatisiteit, MO-teorie, molekulêre herrangskikkings, peri-sikliese reaksies en fotochemie word gedek. Hierdie kursus is bedoel om 'n grondslag van kennis op die begin nagraadse vlak te verskaf as voorbereiding vir gevorderde vakke in CHE 502 en CHE 503, en is aanvullend tot CHE 501.

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

CHE 523: Chemiese Termodinamika

'n Streng ontwikkeling van die grondbeginsels van termodinamika en die toepassing daarvan op 'n aantal sisteme wat vir chemici van belang is, soos elektrochemiese selle, gasse en homogene en heterogene ewewig. 'n Inleiding tot statistiese meganika sal ook ingesluit word.

Herfs, 1-3 krediete, Lettergraad

CHE 528: Statistiese Meganika

Statistiese teorie van ewewigsisteme en tempoprosesse. Ensemble teorie, ruimtelike en tyd korrelasie funksies.Modelstelsels en metodes om hul eienskappe te skat. Ontwerp om die student in staat te stel om die huidige literatuur wat handel oor toepassing van statistiese meganika op probleme in chemie te gebruik.

Lente, 3 krediete, Lettergraad

CHE 541: Biomolekulêre Struktuur en Analise

Die strukture van biologiese makromolekules en die verhouding van hul struktuur tot biologiese funksie word beskryf. Metodologie wat gebruik word om makromolekules te bestudeer word ook bespreek. Onderwerpe sluit chemiese en fisiese eienskappe van sel- en weefselbestanddele in, insluitend koolhidrate, lipiede, nukleïensure, proteïene en peptiede. Voorvereiste: Sterk grondslag in fisiese en organiese chemie.

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

CHE 542: Chemiese Biologie

Die reaktiwiteit en fisiologiese funksie van biologiese makromolekules en hul kofaktore word op chemiese biochemiese vlak beskryf. Die klem van hierdie kursus weerspieël onlangse vooruitgang in chemiese biologie. Moontlike onderwerpe sluit in katalisators, reaksiemeganismes, korrelasie tussen driedimensionele struktuur en reaktiwiteit, reseptor-ligand-interaksies in ekstrasellulêre en intrasellulêre sein, proteïenvou in vitro en in vivo.

Lente, 3 krediete, Lettergraad

CHE 543: Chemiese Benaderings tot Biologie

Die gebruik van molekulêre konsepte en metodologie om probleme in biologie en medisyne op te los. Die kursus dek metodes om biologiese sisteme toe te lig en te beheer. Moontlike onderwerpe sluit in chemiese genomika, metabolomika en chemoterapeutika.

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

CSE 549: Rekenaarbiologie

Hierdie kursus fokus op huidige probleme in rekenaarbiologie en bioinformatika. Ons klem sal algoritmies wees, op die ontdekking van toepaslike kombinatoriese algoritmeprobleme en die tegnieke om dit op te los. Primêre onderwerpe sal DNA-volgordesamestelling, DNA/proteïenvolgordesamestelling, DNA/proteïenvolgorde-vergelyking, hibridisasie-skikkinganalise, RNA- en proteïenvouing en filogeniese bome insluit.

Voorvereiste: CSE 373 of CSE 548 of toestemming van instrukteur

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

BME 558/CHE 558/PHY 558: Fisiese en Kwantitatiewe Biologie

Hierdie is 'n kursus oor die kwantitatiewe beginsels van fisiese biologie. Ons beskryf die aard van die kragte en energieë en entropieë wat molekulêre en sellulêre sisteme na hul toestande van ewewig dryf. Ons oorweeg 'n wye reeks toepassings regdeur chemie, biologie, materiaalingenieurswese en nanowetenskap. Hierdie kursus het ten doel om studente 'n begrip te gee van hoe die aksies en gedrag van materiale en biologiese sisteme uit hul bestanddele (atome, molekules of selle) ontstaan. Onderwerpe van hierdie kursus sluit in, maar is nie beperk nie tot: Tyd en ruimte in selle Strukturele basis van biologie Molekulêre solvasie en roostermodelle Chemiese potensiaal Diffusie Massa-aksie en stogastiese chemiese kinetika Elektrostatika, potensiale, dipole, elektrochemiese potensiale Poisson-Boltzmann en Born-modelle Intermolekulêre potensiale en kragvelde Fase-oorgange Rooster- en Ising-modelle Adsorpsie Bindingspolinome Bindingskoöperasie Molekulêre masjiene Molekulêre motors, energie-omskakeling en transduksie Polimeerteorie Flory-Huggins Willekeurige vlugte Elastisiteit Heliksspoelteorie Ineenstortingsoorgange Proteïenvouewewighede Proteïenvou-ewewigte Proteïenvoukinetika Proteïen-elastiek Proteïen-elastiek biologiese meganika van proteïene Biofisika van die sel Proteoomstabiliteite, aggregasie, kinetika Geenregulering Populasie en evolusionêre dinamika.

Herfs, 3 krediete, Lettergraad

CHE 559/PHY 559: Stelselbiologie en netwerkdinamika

Hierdie kursus gee die grondslag vir sisteembiologie. Eerstens bespreek ons ​​dinamiese eienskappe van chemiese en biochemiese netwerke, veral in selle. Tweedens gee ons 'n breë inleiding tot die opkomende wetenskap van netwerke, insluitend die internet, vervoerstelsels, sosiale netwerke soos Facebook, netwerke van siektevoortplanting en ander. Ons pas die beginsels wat op daardie stelsels geleer is toe op die netwerke van biochemiese reaksies in selle. Ons doel is om studente voor te berei om die eienskappe van selle en die beginsels vir geneesmiddelontdekking van die toekoms beter te verstaan. Onderwerpe van hierdie kursus sluit in, maar is nie beperk nie tot: Fisiese kinetika Diffusie/ Smoluchowskii Willekeurige vlugte Wagtye Poisson Brownian ratels Chemiese kinetika Oorgangstoestande Stabiliteit, bifurkasies, patroonontwikkeling Geraas in selle: intrinsieke en ekstrinsieke terugvoer Biologiese ossillators Herhaling, periode-verdubbeling, chaos Topologieë Graadverspreiding, tussenstand Modelle van nette: Erdos-Renyi, skaalvry, sosiaal, Watts-Strogatz, agente Robuustheid, hoogs geoptimaliseerde verdraagsaamheid, bowties, epidemies Biologiese netwerke: Proteïen-proteïennette, regulatoriese en metaboliese nette Bekende biologiese stroombane en hul gedrag Hoe netwerke ontwikkel: Voorkeuraanhegting, herbedrading Kragwette Gevloei deur netwerke Inligting en kommunikasie, entropie Metaboliese vloedanalise Kunsmatige en Natuurlike seleksie vir eienskappe Darwinistiese evolusie Bevolkingsdinamika.

Lente, 3 krediete, Lettergraad, x-lys met AMS 537

CHE 581: Departementele Navorsingseminaar

Vergaderings waarin eerstejaarstudente leer oor die navorsingsaktiwiteite van die departementele fakulteit.

CHE 603: Spesiale Onderwerpe in Bio-organiese Chemie

Die onderwerp wissel na gelang van belangstellings van studente en fakulteit. Moontlike onderwerpe sluit in asimmetriese sintese en natuurlike produk sintese.

Herfs, 1-3 krediete, Lettergraad, kan herhaal word vir krediet.

CHE 607: Moderne dwelmontwerp en aflewering

'n Seminaarkursus wat moderne aspekte en benaderings tot geneesmiddelontwerp dek. Hierdie kursus kombineer aanbiedings deur fakulteit en deur verteenwoordigers van die industrie om 'n kruisdissiplinêre siening van die ontwikkeling van farmaseutiese produkte te gee.


Mark Kon

Mark Kon werk in kwantumwaarskynlikheid en inligting, bioinformatika, masjien- en statistiese leer, wiskundige fisika, wiskundige en rekenaarneurologie, kompleksiteitsteorie en golfies. Sy huidige navorsing fokus op twee areas.

Die eerste is oor vrae in kwantumwaarskynlikheid, kwantumberekening en kwantuminligting. Kwantumberekening beloof om 'n paar langdurige optimaliseringsprobleme wat in statistiek en berekeningsbiologie ontstaan, op te los, insluitend proteïenvou, RNA-struktuur en DNA-transkripsieaktiwiteit. Kwantumwaarskynlikheid hou ook verband met vrae wat toepassings in statistiese meganika het. Dit sluit vrae in wat verband hou met afhanklikheid/onafhanklikheid (verstrengeling) van kwantum ewekansige veranderlikes, en uiteindelik tot meer algemene benaderings tot kwantumberekeningsmetodes self.

'n Tweede studiearea deur Kon en sy medewerkers is in toepassings van masjienleer tot bioinformatika en rekenaarbiologie, in gebiede wat wissel van afleiding van geenregulerende netwerke tot identifikasie en klassifikasie van kankers gebaseer op geenvariasie, enkelnukleotied polimorfismes, mikroRNA, en ander biomerkers. Bioinformatiese en transkripsie-informatika-toepassings van statistiese en masjienleer het in werklikheid gelei tot metodologiese en teoretiese verbeterings in die statistiese benaderings self, wat belangrik geword het in verskeie aspekte van hierdie navorsingsprojekte. Hierdie gebiede sluit ook aan by statistiese kompleksiteitsteorie, neurale netwerke en Bayesiaanse afleiding, waar soortgelyke kwessies prominent is. In hierdie werk fokus Kon en sy medewerkers op verbande tussen bogenoemde statistiese benaderings, en meer algemeen op die formulering van meer verenigde metodologieë. Een verenigende doelwit is om 'n algemene masjienleerbenadering en -algoritme te verskaf vir die ontleding van geenregulerende interaksies en transkripsiebeheer.


Antwoorde en Antwoorde

Jy mis 'n paar basiese konsepte. Miskien kan ek help:

1. Die meeste mutasies (veranderinge) is nadelig. Soos in gewoonlik " fataal" vir die organisme met die verandering.
2. Baie proteïene met 'n gemeenskaplike afkoms is al miljarde jare deel van lewende dinge.
3. Sommige baie min mutasies is eintlik 'n oorwinning vir die organisme. Wat ons dus vandag sien, is wie het gewen, nie wie die natuurlike seleksie-sweep verloor het nie.
Dit word oorlewingsvooroordeel genoem - en dit is hoekom ons nie altyd weet watter proteïen voorgekom het wat nou sien nie.
https://en.wikipedia.org/wiki/Survivorship_bias

4. Die belangrikste is die konsep van opkoms en van selforganisasie:
Neem 'n stel van 'n paar vuil eenvoudige reëls. Begin hulle teen basiese verbindings waarvan bekend is dat hulle elders in die Sonnestelsel bestaan ​​en uiteindelik kry jy komplekse lewe - proteïene van nuuts af as jy wil.

IMO, die beste manier om dit te sien is 'n eenvoudige rekenaarspeletjie deur John Conway genaamd 'The Game of Life'.
-- dit is 'n goeie manier om die opkomskonsep te verstaan ​​soos dit van toepassing is op abiogenese, kyk eers na die grafika.

https://en.wikipedia.org/wiki/Conway's_Game_of_Life

As jy werklik die skakel lees en met die grafika vroetel, sal dit redelik vinnig duidelik word. Jy kan ook internetweergawes van die speletjie kry wat jy self kan speel as jy wil.

Dit lyk asof jou eerste drie punte slegs veranderinge aan volledig gevormde volledige proteïene aanspreek. Dit is nie waaroor ek vra nie.

Dit klink 'n bietjie soos "poef!" Hoe? Watter meganisme? Hoe het gedeeltelike proteïene bestaan ​​​​voordat hulle volledig was?

En John Conway se Game of Life blyk 'n wiskundige ding te wees. Selfs as ek na die grafika kyk, sien ek nie die relevansie nie. As ons net na die wiskunde kyk, is dit aaklig. Oorweeg 'n relatief klein 100-residu-proteïen. Daar is ongeveer 20^100/2 of 6E129 moontlike ewekansige kombinasies. Die heelal is nie baie naby aan soveel Planck keer oud nie. Dit is duidelik dat proteïene nie tot stand gekom het deur enige brute krag wiskundige ding wat die spel blykbaar gebruik nie.

Dit is aanloklik om te sê die meeste ewekansige reëlings is verwerp deur slegs die regte antwoord by elke byvoeging te aanvaar. Maar sover ek weet, werk 'n langer korrekte-maar-onvolledige proteïen nie beter as 'n korter korrek-maar-onvolledige proteïen nie. So, hoe is verkeerde toevoegings op die ontwikkelingspad afgekeur?

@jim mcnamara se eerste drie punte is baie relevant vir die fyn instel van 'n bestaande proteïenvolgorde.

Daar is bykomende evolusionêre faktore wat die kans om 'n proteïen te ontwikkel sal verminder.

Vinniger toenames in variasie (dit kan die byvoeging van aminosure en seleksie van die volgorde vir spesifieke funksies en strukture kortkort):
1) Die meeste van die huidige proteïene word nie net van nuuts af geskep nie. Hulle is afstammelinge van ander proteïene, dikwels meer as een.
Geenduplisering en heelgenoomduplisering is nie ongewoon in evolusie nie en word beskou as 'n belangrike bron van werkmateriaal vir verdere evolusie. Duplisering van hele genome lei tot bykomende kopieë van elke proteïenkoderende geen in 'n organisme se genoom. Dit maak die helfte van die proteïenkoderende geen vry om beperk te word om 'n gespesifiseerde funksie te vervul en laat hulle meer vryheid toe om bestaande volgorde te verander of nuwes te verkry. Hierdie volgordes kan dus verander sonder om die organisme wat hulle dra dood te maak. Hulle kan óf in pseudo-gene afbreek óf in nuwe funksionele gene verander.

2) Baie gene is die produk van die kombinasie van dele van ander gene. Daar is funksionele komponente van proteïene (soos 'n ensiematiese plek, 'n membraan-oorspanplek, 'n proteïenmerker vir dit om uit die sel uitgevoer te word, of een of ander bindingsplek) wat kopieë van een plek kan wees en in 'n ander geplaas kan word wat kan of mag nie deel van 'n geen wees nie. Dit kan daartoe lei dat 'n proteïen wat 'n nuwe kombinasie van funksies het, soos 'n ensiem wat gewoonlik in sitoplasma in 'n vesikel geplaas word. Soms kan dit proteïene met nuwe funksies genereer.

3) Virusse kan 'n deel van 'n proteïen van een plek (of spesie) gryp en oordra en dit in 'n ander proteïenkoderende geen plaas.

Groot getalle wat die kans op 'n onwaarskynlike gebeurtenis verminder (gooi meer dobbelstene/meer gooie van die dobbelsteen):
4) Die aantal enkelsel-organismes (waarin die meeste proteïenstrukture eers ontwikkel is) kan geweldig groot wees. Ek het 10 8 soogdierselle in minder as 'n liter weefselkultuurmedia gekweek (onder optimale toestande). Daar is ongeveer 1 335 000 000 (1,3 x 10 9 ) kubieke km seewater, wat 1,3 x 10 21 liter is. Bakteriese selle is kleiner, maar kan selfs digter wees in optimale toestande. Die natuurlike wêreld sal gewoonlik nie optimale toestande verskaf nie, maar daar is steeds 'n goeie moontlikheid vir werklik groot getalle.

5) Bakteriese generasies kan so kort as 20 minute wees wat (optimaal) >26,000 generasies per jaar kan oplewer.

Nie alle aminosure in 'n proteïen is ewe belangrik nie (nie elke posisie in 'n proteïen is beperk tot slegs een aminosuur nie):
6) Sommige kan uitgeskakel word vir biochemies soortgelyke aminosure met min ooglopende verandering in funksie. Sommige dele van 'n proteïen is soort van soos 'n steier, wat die meer kritieke dele op hul plekke hou.


Biologie (BIO)

'n Inleiding tot ekosisteem-ekologie en terrestriële biogeochemie. Hierdie kursus sal fokus op die dinamika van koolstof en ander biologies noodsaaklike elemente in die Aardestelsel, op ruimtelike skale van plaaslik tot wêreldwyd.

BIO 103. MENS EN PLANEET GESONDHEID. 2 Eenhede.

Twee van die grootste uitdagings wat die mensdom in die gesig staar – die bevordering van menslike gesondheid en die stop van omgewingsagteruitgang ¿ is sterk verbind. Die ontluikende veld van Planetêre Gesondheid erken hierdie interskakels en bevorder kreatiewe, interdissiplinêre oplossings wat menslike gesondheid en die gesondheid van die ekosisteme waarvan ons afhanklik is, beskerm. Deur 'n reeks lesings en gevallestudiebesprekings sal studente 'n diepgaande begrip van die ¿Planetêre Gesondheid¿-konsep, die grondslag daarvan, doelwitte, prioriteitsareas van aksie, metodes van ondersoek en die mees relevante onmiddellike uitdagings ontwikkel.
Dieselfde as: BIO 203

BIO 104. Gevorderde Molekulêre Biologie: Epigenetika en Proteostase. 5 eenhede.

Molekulêre meganismes wat die replikasie, rekombinasie en uitdrukking van eukariotiese genome beheer. Onderwerpe: DNA-replikasie, DNA-rekombinasie, geentranskripsie, RNA-splyting, regulering van geenuitdrukking, proteïensintese en proteïenvou. Voorvereiste: Biologiekern of BIO 83 (BIO 82 en 86 word sterk aanbeveel).
Dieselfde as: BIO 200

BIO 105A. Ekologie en Natuurgeskiedenis van Jasper Ridge Biologiese Bewaar. 4 Eenhede.

Ekologie en Natuurgeskiedenis van Jasper Ridge Biological Preserve 'n boonste-afdeling kursus, het ten doel om studente te help om ekologie en natuurlike geskiedenis te leer met behulp van 'n lewende laboratorium, die Jasper Ridge Preserve. Die kursus se sentrale doelwit is dat ons, as 'n gemeenskap van leer, deur middel van inleidende besprekings, gevolg deur praktiese ervarings in die veld, die wetenskaplike basis ondersoek van: ekologiese navorsing, argeologie, edafologie, geologie, hidrologie, spesie-interaksies, grondbestuur, en multidissiplinêre omgewingsopvoeding. Die 10 sessies wat die akademiese program saamstel, word gelei deur die instrukteurs, fakulteit (wêreldkundiges oor die temas van elke sessie) en JRBP-personeel. Daarbenewens lei hierdie klas studente op om JRBP-dosente te word wat dus by die Jasper Ridge-onderwys-geaffilieerde gemeenskap aansluit. nnNa voltooiing van hierdie kursus en as nuwe affiliasies van Jasper Ridge, sal deelnemers navorsingsgefokusde opvoedkundige toere kan lei, help met klasse en navorsing, en voortgesette onderwysaktiwiteite wat beskikbaar is vir lede van die JRBP-gemeenskap bywoon.
Dieselfde as: EARTHYS 105A

BIO 105B. Ekologie en Natuurgeskiedenis van Jasper Ridge Biologiese Bewaar. 4 Eenhede.

Ekologie en Natuurgeskiedenis van Jasper Ridge Biological Preserve 'n boonste-afdeling kursus, het ten doel om studente te help om ekologie en natuurlike geskiedenis te leer met behulp van 'n lewende laboratorium, die Jasper Ridge Preserve. Die kursus se sentrale doelwit is dat ons, as 'n gemeenskap van leer, deur middel van inleidende besprekings, gevolg deur praktiese ervarings in die veld, die wetenskaplike basis van: ekologiese navorsing, argeologie, edafologie, geologie, hidrologie, spesie-interaksies, grondbestuur ondersoek , en multidissiplinêre omgewingsopvoeding. Die 10 sessies wat die akademiese program saamstel, word gelei deur die instrukteurs, fakulteit (wêreldkundiges oor die temas van elke sessie) en JRBP-personeel. Daarbenewens lei hierdie klas studente op om JRBP-dosente te word wat dus by die Jasper Ridge-onderwys-geaffilieerde gemeenskap aansluit. Na voltooiing van hierdie kursus, en as nuwe affiliasies van Jasper Ridge, sal deelnemers in staat wees om navorsingsgerigte opvoedkundige toere te lei, met klasse en navorsing te help, en voortgesette onderwysaktiwiteite wat beskikbaar is vir lede van die JRBP-gemeenskap by te woon.
Dieselfde as: EARTHYS 105B

BIO 109A. Boustene vir chroniese siektes. 3 Eenhede.

Navorsers het 'n lang pad gevorder met die ontwikkeling van terapieë vir chroniese siektes, maar 'n gaping bly tussen huidige oplossings en die vermoë om die siekte ten volle aan te spreek. Hierdie kursus bied 'n oorsig van die onderliggende biologie van baie van hierdie siektes en hoe hulle met mekaar kan verbind. 'n " dink buite die boks" benadering tot geneesmiddelontdekking is nodig om so 'n gaping in oplossings te oorbrug, en hierdie kursus leer die boustene vir daardie benadering. Kan Legoland die antwoord verskaf? Hierdie is 'n gaslesingsreeks met oorspronklike bydraes van prominente denkleiers in die akademie en die industrie. Interaksie tussen studente en gasdosente word verwag. Studente met 'n hoof-, minderjarige of medetermyn in Biologie: 109A/209A of 109B/209B mag vir die graadprogram tel, maar nie albei nie.
Dieselfde as: BIOC 109A, BIOC 209A, HUMBIO 158

BIO 109B. Vooruitgang in terapeutiese ontwikkeling: neuronale sein en immunologie. 3 Eenhede.

Hierdie is 'n seminaarkursus wat daarop gefokus is om studente te onderrig oor nuwe navorsing en toepassings in die velde van neurowetenskap en immunologie. Die kursus sal onderwerpe dek wat wissel van die neuronale weë in opioïedverslawing en die meganika van pyn, tot vooruitgang in immunoterapie. Studente sal betrokke raak by uiteenlopende materiaal van vooraanstaande neurowetenskap- en kanker-immunoterapie-kundiges in die Baai. Gasdosente sal van beide die akademie en naburige farmaseutiese/biotegnologiemaatskappye besoek aflê. Aktiewe deelname word vereis. Voorvereiste: Biologie of Mensbiologie kern. Studente met 'n hoof-, minderjarige of medetermyn in Biologie: 109A/209A of 109B/209B mag vir die graadprogram tel, maar nie albei nie.
Dieselfde as: BIOC 109B

BIO 10N. Die gebruik van fisika om biologie te verduidelik: meganistiese benaderings tot plankton-ekologie. 3 Eenhede.

Mense dink dikwels aan fisika en biologie as heeltemal aparte wetenskaplike strewes, maar in werklikheid kan die twee produktief gekombineer word. Alle plante en diere leef in 'n fisiese omgewing, en die wette van fisika wat daardie omgewing beheer, bepaal dikwels hoe organismes funksioneer en interaksie het. In hierdie seminaar sal ons die samevloeiing van fisika en biologie ondersoek deur 'n in-diepte kyk na hoe fitoplankton en soöplankton -- die klein alge en diere wat die basis van die oseane se voedselweb vorm -- deur die fisiese eienskappe van hul waterige wêreld. Jy sal verbaas wees oor ons vermoë om die ekologie van hierdie organismes te verduidelik, en hoe belangrik daardie ekologie vir lewe op aarde is.

BIO 110.Die chromatien-gereguleerde genoom. 3 Eenhede.

Instandhouding van die genoom is 'n voorvereiste vir lewe. In eukariote is alle DNA-gevormde prosesse nou verbind met chromatienstruktuur en -funksie. Hierdie kursus sal epigenetiese en chromatienregulering van sellulêre prosesse verken wat verband hou met veroudering, kanker, stamselpluripotensie, metaboliese homeostase en ontwikkeling. Kursusmateriaal integreer huidige literatuur met 'n grondliggende oorsig van histoonmodifikasies en nukleosoomsamestelling in epigenetiese oorerwing, transkripsie, replikasie, seldeling en DNA-skadereaksies. Voorvereiste: BIO 41 of BIO 83 of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 210

BIO 112. Menslike Fisiologie. 4 Eenhede.

Menslike fisiologie sal deur orgaanstelsels ondersoek word: kardiovaskulêre, respiratoriese, renale, gastroïntestinale en endokriene. Molekulêre en selbiologie en seinbeginsels wat orgaanontwikkeling, patofisiologie en geleenthede vir regeneratiewe medisyne onderlê, word bespreek, asook integrerende beheermeganismes en fetale ontwikkeling. Voorvereiste: Menslike Biologie kern of Biologie Grondslae of ekwivalent of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: HUMBIO 133

BIO 113. Grondbeginsels van Molekulêre Evolusie. 4 Eenhede.

Die afleiding van sleutelmolekulêre evolusionêre prosesse vanaf DNA en proteïenvolgordes. Onderwerpe sluit in ewekansige genetiese drywing, samevloeiingsmodelle, effekte en toetse van natuurlike seleksie, gekombineerde effekte van koppeling en natuurlike seleksie, kodonvooroordeel en genoom-evolusie. Voorvereistes: Biologiekern of BIO 82, 85 of gegradueerde stand in enige departement, en toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 244

BIO 114. bioBUDS (Opbou van Ontwikkelende Wetenskaplikes): Wetenskap In & Beyond the Lab. 2 Eenhede.

Jou unieke kennis, ervarings en doelwitte om ons gesamentlike begrip van die lewe rondom ons te verbeter. BUDS poog om die idee van wat dit beteken om 'n wetenskaplike te wees uit te brei en te help in die proses om gemeenskapsgedrewe wetenskaplikes in en buite die laboratorium te word. Ons sal nagraadse studente en verenigings van histories onderverteenwoordigde groepe die kollig plaas vir hul perspektiewe op navorsing en breër STEM-loopbane. Alle joernaalklubs en werkswinkels is oop vir alle studente, ongeag departementsaffiliasie, ervaringsvlak of veld.

BIO 115. The Hidden Kingdom - Evolusie, Ekologie en Diversiteit van Fungi. 4 Eenhede.

Swamme is kritieke, maar dikwels verborge, komponente van die biosfeer. Hulle reguleer ontbinding, is primêre vennote in plantsimbiose en het 'n groot impak op landbou en ekonomie. Studente sal die fassinerende wêreld van swambiologie, -ekologie en -evolusie verken deur middel van lesings, laboratorium-, veldoefeninge en Saterdag-uitstappies wat tradisionele en molekulêre ervarings in die versameling, ontleding en industriële gebruik van diverse swamme sal bied. Studente sal 'n omgewingsnis kies, inwonende swamme versamel en identifiseer, en hipotese oor hul gemeenskapsverhouding stel. Voorvereiste: BIO 81, 85 aanbeveel.
Dieselfde as: BIO 239

BIO 116. Ekologie van die Hawaiiaanse Eilande. 4 Eenhede.

Terrestriële en mariene ekologie en bewaringsbiologie van die Hawaiian Archipelago. Gedoseer in die veld in Hawaii as deel van 'n kwart-lange reeks kursusse, insluitend Aardwetenskappe en Antropologie. Onderwerpe sluit in ekologiese opeenvolging, plant-grond-interaksies, bewaringsbiologie, biologiese invalle en ekosisteemgevolge, en koraalrif-ekologie. Beperk tot studente wat aanvaar word in die Earth Systems of Hawaii-program.
Dieselfde as: EARTHYS 116

BIO 117. Biologie en globale verandering. 4 Eenhede.

Die biologiese oorsake en gevolge van antropogeniese en natuurlike veranderinge in die atmosfeer, oseane en terrestriële en varswater-ekosisteme. Onderwerpe: gletsersiklusse en mariene sirkulasie, kweekhuisgasse en klimaatsverandering, tropiese ontbossing en spesie-uitsterwings, en menslike bevolkingsgroei en hulpbrongebruik. Voorvereiste: Biologie of Mensbiologie kern of BIO 81 of gegradueerde staande.
Dieselfde as: EARTHSYS 111, EARTHSYS 217, ESS 111

BIO 119. Evolusie van mariene ekosisteme. 3-4 eenhede.

Lewe het oorspronklik in die see ontwikkel. Wanneer, hoekom en hoe het die belangrikste oorgange in die geskiedenis van seelewe plaasgevind? Wat het die vinnige evolusie en diversifikasie van diere in die Kambrium veroorsaak, ná meer as 3,5 miljard jaar van die Aarde se geskiedenis? Wat het die aarde se groot massa-uitwissingsgebeure veroorsaak? Hoe vergelyk antieke uitwissingsgebeure met huidige bedreigings vir mariene ekosisteme? Hoe het die evolusie van primêre produsente diere beïnvloed, en hoe het diere-evolusie primêre produsente beïnvloed? In hierdie kursus sal ons die jongste bewyse oor hierdie groot vrae in die geskiedenis van mariene ekosisteme hersien. Ons sal vertroudheid ontwikkel met die mees algemene groepe seedierfossiele. Ons sal ook oorspronklike ontledings van paleontologiese data uitvoer, en vaardighede ontwikkel in beide die raamwerk en toetsing van wetenskaplike hipoteses en in data-analise en -aanbieding.
Dieselfde as: EARTHYS 122, GEOLSCI 123, GEOLSCI 223B

BIO 120. Prokariotiese Biologie - 'n Kwantitatiewe Benadering. 3 Eenhede.

Om te lewe, moet mikrobes verskeie sellulêre prosesse suksesvol koördineer, in lyn met beskikbare hulpbronne en wat omgewingstoestande vereis. Hierdie kursus stel kwantitatiewe vooruitgang bekend in die begrip van hierdie koördinasie en die gevolge daarvan oor skale: van molekulêre biologie via groei tot bevolkingsdinamika en ekologie. Droë laboratoriumsessies komplementeer lesings om rekenaarbenaderings bekend te stel. Python-gebaseerde analise-instrumente sal bekendgestel word. Voorvereiste: MATH 51 of MATH 19, 20,21. Aanbeveel: mikrobiologie (bv. BIO 62 of 162) en molekulêre biologie/biochemie/genetika-kursusse (bv. BIO 82 of 83) en basiese vertroudheid met kodering.
Dieselfde as: BIO 220

BIO 121. ORNITOLOGIE. 3 Eenhede.

Gevorderde voorgraadse opname van ornitologie, stel studente bekend aan die biologie van voëls en gee hulle gereedskap om voëls as modelstelsels vir navorsing te gebruik. Onderwerpe sal voëlevolusie, fisiologie, aanpassings, gedrag en ekologie insluit. Fokus deurgaans op die identifisering van Kaliforniese voëls en toepassings op huidige voëlbewaringskwessies. Kursus sal lesings en 'n veldkomponent insluit wat studente sal blootstel aan standaard voëlnavorsingstegnieke soos mistnetting, banding en punttelling opnames. Voorvereiste: BIO 81 of BIO 105 of instrukteurgoedkeuring.
Dieselfde as: BIO 221

BIO 124. Onderwerpe in Kankerbiologie. 3 Eenhede.

Hierdie besprekingsgebaseerde kursus sal die wetenskaplike instrumente ondersoek wat gebruik word om die molekulêre en genetiese basis van kanker te bestudeer en om behandelings vir hierdie siekte te ontwikkel. Onderwerpe wat gedek word, kan kankermodelle, tradisionele en geteikende kankerterapieë en die ontwikkeling van weerstand teen behandeling insluit. Studente sal vaardighede ontwikkel in kritiese lees van primêre navorsingsartikels en sal ook 'n finale projek voltooi. Voorvereistes: Mensbiologie kern of BIO 82, 83, 86, of met toestemming van instrukteur.

BIO 126. Inleiding tot Biofisika. 3-4 eenhede.

Kernkursus geskik vir gevorderde voorgraadse studente en gegradueerde studente met voorafkennis van calculus en 'n kollege fisika kursus. Inleiding tot hoe fisiese beginsels insigte in moderne biologie bied, met betrekking tot die strukturele, dinamiese en funksionele organisasie van biologiese sisteme. Onderwerpe sluit in die rolle van vrye energie, diffusie, elektromotoriese kragte, nie-ewewigsdinamika en inligting in fundamentele biologiese prosesse.
Dieselfde as: APPPHYS 205, BIO 226

BIO 129. Fundamentals and Frontiers in Plant Biology. 3 Eenhede.

Hierdie kursus sal dien as 'n basis vir alle vlakke van gegradueerde, medetermyn- en hoërvlak voorgraadse studente wat belangstel om te leer oor die fundamentele aspekte van plantbiologie, die jongste vooruitgang in gereedskap, tegnieke en teorieë wat basiese wetenskap met translasiewetenskap verbind en aansoeke vir die oplossing van groot maatskaplike uitdagings van vandag en môre. Daarbenewens sal hierdie kursus dien om die wydte van plantnavorsing op kampus bekend te stel en te help om 'n groep studente wat in plantbiologie belangstel, te versterk.
Dieselfde as: BIO 229

BIO 12N. Sensoriese ekologie van seediere. 3 Eenhede.

Diere wat in die oseane leef, ervaar 'n hoogs uiteenlopende reeks omgewingstimuli. 'n Waterleefstyl vereis 'n ewe ryk reeks sensoriese aanpassings, insluitend sommige wat totaal vreemd aan ons is. In hierdie kursus sal ons sensoriese sisteem in seediere ondersoek vanuit beide 'n omgewings- en gedragsperspektief en vanuit die oogpunt van neurowetenskap en inligtingstelselingenieurswese.

BIO 130. Ekosisteme van Kalifornië. 4 Eenhede.

Kalifornië is die tuiste van 'n groot verskeidenheid ekosisteemtipes en -prosesse. Hierdie kursus bied 'n inleiding tot die natuurlike geskiedenis, sistematiek en ekosisteem-ekologie van Kalifornië-ekosisteme, gebaseer op 'n kombinasie van lesings, student-geleide projekte en naweekuitstappies. Ekosisteme wat verken gaan word, sal wissel van kus tot berge en van woestyn tot vleilande. Vereistes sluit in drie opstelle en deelname aan drie velduitstappies (van ses opsies).
Dieselfde as: EARTHYS 130A

BIO 132. Gevorderde Imaging Lab in Biofisika. 4 Eenhede.

Laboratorium en lesings. Gevorderde mikroskopie en beeldvorming, met die klem op praktiese ervaring met die nuutste tegnieke. Studente bou en bedryf werksapparaat. Onderwerpe sluit in mikroskoopoptika, Koehler-beligting, kontrasgenererende meganismes (helder/donker veld, fluoressensie, fasekontras, differensiële interferensiekontras) en resolusielimiete. Laboratoriumonderwerpe wissel volgens jaar, maar sluit in enkelmolekule-fluoressensie, fluoressensie-resonansie-energie-oordrag, konfokale mikroskopie, twee-fotonmikroskopie, mikroendoskopie en optiese vangs. Beperkte inskrywing. Aanbeveel: basiese fisika, basiese selbiologie, en toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: APPPHYS 232, BIO 232, BIOPHYS 232, GENE 232

BIO 134. Molekulêre en sellulêre analise van menslike kankersellyne. 4 Eenhede.

Hierdie laboratoriumkursus sal gekweekte soogdierselle gebruik om te bestudeer of geneesmiddelbehandeling funksie kan herstel na mutante weergawes van die tumoronderdrukker p53. Studente sal 'n verskeidenheid sellulêre en molekulêre tegnieke, insluitend RT-PCR en immunofluoressensie, uitvoer om sekere vermoëns van hul mutant in die teenwoordigheid en afwesigheid van die geneesmiddel te toets. Die projek sal kulmineer met student-ontwerpte eksperimente wat 'n funksionele aspek van p53 toets en die aanbieding van die resultate vir beide kundige en leke gehore. Sterk voorgestelde voorvereiste: BIO 45, BIO 82, 83, 86.

BIO 135. Neuroetologie. 3 Eenhede.

Neuroetologie is die studie van die neurale basis van dieregedrag. Ons sal die neurale meganismes van natuurlike gedrag in 'n diverse stel organismes ondersoek. Onderwerpe sluit in molekulêre meganismes van senuweestelselfunksie, roofdier-prooi-interaksies, sosiale gedrag en ander komplekse gedrag soos leer en geheue, navigasie en kommunikasie. Assessering sluit in groepmondelinge aanbiedings van wetenskaplike referate, weeklikse huiswerkvrae wat lei tot 'n mini-toekenningsvoorstel, en wetenskaplike skryfwerk en kommunikasie met die breër publiek oor 'n neuro-etologiese onderwerp. Voorvereistes: BIO 84.
Dieselfde as: BIO 235

BIO 136. Makroevolusie. 3 Eenhede.

Die kursus sal fokus op die makro-evolusie van diere. Ons sal ondersoek hoe paleobiologie en ontwikkelingsbiologie/genomika bygedra het tot ons begrip van die oorsprong van diere, en hoe patrone van evolusie en uitwissing die diversiteit van dierevorme wat ons vandag waarneem, gevorm het.
Dieselfde as: BIO 236, GEOLSCI 136, GEOLSCI 236

BIO 137. Plantgenetika. 3-4 eenhede.

Gene-analise, mutagenese, transponeerbare elemente ontwikkelingsgenetika van blom en embrio-ontwikkeling biochemiese genetika van plantmetabolisme wetenskaplike en samelewingslesse van transgeniese plante. Voorvereiste: Biologiekern of toestemming van instrukteur. Voldoen aan WIM in Biologie.

BIO 138. Ekosisteemdienste: grense in die wetenskap om die natuur te waardeer. 3 Eenhede.

Hierdie kursus ondersoek die wetenskap om die natuur te waardeer, begin met sy historiese oorsprong en dan 'n primêre fokus op sy onlangse ontwikkeling en grense. Die hoofdoel van die kursus is om nuwe navorsing en werklike toepassings van InVEST (Integrated Valuation of Ecosystem Services and Tradeoffs) gereedskap en benaderings moontlik te maak. Ons sal die interkonneksies tussen mense en die natuur en sleutelnavorsingsgrense bespreek, soos op die gebied van biodiversiteit, veerkragtigheid, menslike gesondheid, armoedeverligting en volhoubare ontwikkeling. Die wetenskap wat ons sal verken, is in diens van besluite, en ons sal voorbeelde uit die werklike lewe gebruik om te illustreer waarom hierdie wetenskap so krities is om in te lig waarom, waar, hoe en hoeveel mense die natuur nodig het. Voorvereiste. Basiese tot intermediêre GIS-vaardighede word vereis (insluitend werk met raster-, vektor- en tabeldata-laai en redigering van rasters, vormlêers en tabelle in 'n GIS wat koördinaatstelsels verstaan ​​en basiese rasterwiskunde uitvoer).
Dieselfde as: BIO 238, EARTHSYS 139, EARTHSYS 239

BIO 140. Die Wetenskap van Ekstreme Lewe van die See. 3 Eenhede.

Dek die manier waarop seediere en -plante in uiterste omgewings leef deur morfologiese, ekologiese en genetiese aanpassings by lae temperatuur, hoë hitte, diep water, ens. te ondersoek. Ons dek ook uiterste lewenstyl soos vinnige swem, klein en groot liggaamsgroottes, en nuwe voortplantingstelsels. Lesingmateriaal word gekenmerk deur 'n reeks tutoriale oor narratiewe skryfvaardighede in die wetenskap, veral kreatiewe niefiksie, memoires, gevlegte opstelle en kort fiksie. Die doel is om kwantitatiewe denke oor die lewenswetenskappe te integreer met kreatiewe skryfwerk wat feite tot lewe bring. Voorvereistes: kernkursusse in biologie, kreatiewe skryfwerk, omgewingswetenskappe of ingenieurswese. Twee lesings rug aan rug op Dinsdae met 'n Skryfintermezzo tussenin.

BIO 141. Biostatistiek. 5 eenhede.

Inleidende statistiese metodes vir biologiese data: beskrywing van data (numeriese en grafiese opsommings) inleiding tot waarskynlikheid en statistiese inferensie (hipotesetoetse en vertrouensintervalle). Intermediêre statistiese metodes: vergelyking van groepe (analise van variansie) ontleding van assosiasies (lineêre en logistiese regressie) en metodes vir kategoriese data (gebeurlikheidstabelle en kansverhouding). Kursusinhoud geïntegreer met statistiese rekenaars in R.
Dieselfde as: STATS 141

BIO 142. Molekulêre Geomikrobiologie Laboratorium. 3-4 eenhede.

In hierdie kursus gaan studente die biosintese van sikliese lipiedbiomerkers bestudeer, molekules wat deur moderne mikrobes geproduseer word wat in gesteentes wat meer as 'n miljard jaar oud is bewaar kan word en wat geoloog as molekulêre fossiele gebruik. Studente sal opdrag kry om potensiële biomerker-lipiedsintese-gene in omgewingsgenomiese databasisse te identifiseer, daardie gene in 'n model bakteriële uitdrukkingstelsel in die laboratorium uit te druk, en dan die lipiedprodukte wat geproduseer word, te ontleed. Die oorkoepelende doelwit is dat studente die wetenskaplike navorsingsproses ervaar, insluitend die generering van hipoteses, die toets van hierdie hipoteses in laboratoriumeksperimente, en die kommunikasie van hul resultate deur middel van 'n publikasiestylvraestel. Voorvereistes: BIO83 en CHEM 121 of toestemming van die instrukteur.
Dieselfde as: EARTHYS 143, ESS 143, ESS 243

BIO 144. Bewaringsbiologie: 'n Latyns-Amerikaanse perspektief. 3 Eenhede.

Beginsels en toepassing van die wetenskap van die behoud van biologiese diversiteit. Konseptueel is hierdie kursus ontwerp om die hoofkomponente wat relevant is tot die bewaring van biodiversiteit te verken, soos geïllustreer deur die Latyns-Amerikaanse streek. Die konseptuele raamwerke en beginsels moet egter algemeen toepaslik wees en insigte vir alle streke van die wêreld verskaf. Daar sal van alle studente verwag word om 'n literatuurnavorsingsoefening uit te voer wat lei tot 'n geskrewe verslag wat 'n onderwerp van hul keuse aanspreek, afgelei van enige van die temas wat in die klas bespreek is. Voorvereiste: BIO 101 of BIO 43 of HUMBIO 2A of BIO 81 en 84 of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 234, HUMBIO 112

BIO 145. Ekologie en evolusie van dieregedrag. 3 Eenhede.

Ekologiese en evolusionêre perspektiewe op dieregedrag, met die klem op sosiale en kollektiewe gedrag. Hierdie is 'n projekgebaseerde kursus in 'n lesing-/seminaarformaat. Seminare sal gebaseer wees op bespreking van joernaalartikels. Onafhanklike navorsingsprojekte oor die gedrag van diere op kampus. Voorvereistes: Biologie of Mensbiologie kern of BIO 81 en 85 of toestemming van instrukteur Biologie/ES 30. Aanbeveel: statistiek.
Dieselfde as: BIO 245

BIO 146. Gene en siekte. 3 Eenhede.

Studente in hierdie kursus sal sleutelbeginsels van genetika en molekulêre biologie ontbloot deur ondersoek van gevallestudies van menslike siektes en nuwe terapeutiese benaderings in ontwikkeling. Hierdie kursus sal noukeurige lees en bespreking van primêre literatuur vereis en sal die ontwikkeling van kritiese vaardighede in wetenskaplike kommunikasie beklemtoon en ondersteun. Studente sal 'n verskeidenheid mediums gebruik om wetenskaplike inligting aan 'n reeks gehore oor te dra in 'n reeks projekte wat gedurende die kwartaal voltooi is. Voorvereistes: BIO 82, 83 en 86 of ekwivalent.

BIO 147. Ekosisteem-ekologie en biogeochemie. 3 Eenhede.

'n Inleiding tot ekosisteem-ekologie en terrestriële biogeochemie. Hierdie kursus sal fokus op die dinamika van koolstof en ander biologies noodsaaklike elemente in die Aardestelsel, op ruimtelike skale van plaaslik tot wêreldwyd. Voorvereistes: Biologie 117, Aardestelsels 111, of gegradueerde staande.
Dieselfde as: BIO 240, EARTHSYS 147, EARTHSYS 247

BIO 148. Evolusie van aardse ekosisteme. 4 Eenhede.

Die wat, wanneer, waar en hoe weet ons dit met betrekking tot lewe op land deur tyd. Fossiele plante, swamme, ongewerwelde diere en gewerwelde diere (ja, dinosourusse) word almal gedek, insluitend hoe al daardie komponente met mekaar en met veranderende klimate, kontinentale drywing, atmosferiese samestelling en omgewingsversteurings soos gletsering en massa-uitsterwing in wisselwerking tree. Die kursus behels beide lesing- en laboratoriumkomponente. Nagraadse studente wat op die 200-vlak registreer, word verwag om 'n kwartaalvraestel te skryf, maar kan intekening op sommige laboratoriums waar toepaslik.
Dieselfde as: BIO 228, EARTHSYS 128, GEOLSCI 128, GEOLSCI 228

BIO 149. Die neurobiologie van slaap. 4 Eenhede.

Die neurochemie en neurofisiologie van veranderinge in breinaktiwiteit en bewuste bewustheid wat verband hou met veranderinge in die slaap/wakker toestand. Gedrags- en neurobiologiese verskynsels, insluitend slaapregulering, slaaphomeostase, sirkadiese ritmes, slaapversteurings, slaapfunksie en die molekulêre biologie van slaap. nnVoorkeur aan seniors en gegradueerde studente. nnInskrywing beperk tot 16.
Dieselfde as: BIO 249, HUMBIO 161, PSYC 149, PSYC 261

BIO 150. Menslike Gedragsbiologie. 5 eenhede.

Multidissiplinêr. Hoe om komplekse normale en abnormale gedrag deur biologie te benader. Hoe om dissiplines insluitend sosiobiologie, etologie, neurowetenskap en endokrinologie te integreer om gedrag soos aggressie, seksuele gedrag, taalgebruik en geestesongesteldheid te ondersoek.
Dieselfde as: HUMBIO 160

BIO 151. Meganismes van Neuron Dood. 3 Eenhede.

Vir voorgraadse studente met agtergronde in neurowetenskap. Sel en molekulêre biologie van neuron dood tydens neurologiese siekte.Onderwerpe: die amiloïedsiektes (Alzheimer's), prionsiektes (kuru en Creutzfeldt-Jakob), suurstofradikale siektes (Parkinson's en ALS), drielingherhalingsiektes (Huntington's), en VIGS-verwante demensie. Assessering gebaseer op in-klas deelname en kort weeklikse vraestelle. Inskrywings beperk tot 15 aansoeke vereis. Doen aansoek by https://forms.gle/UE8EcQi3jS6do31a7 teen 16:30 op Woensdag, 9 September 2020.

BIO 152. Beeldvorming: Biologiese Ligmikroskopie. 3 Eenhede.

Hierdie intensiewe laboratorium- en besprekingskursus sal aan deelnemers die teoretiese en praktiese kennis verskaf om ontluikende beeldtegnologieë gebaseer op ligmikroskopie te gebruik. Onderwerpe sluit in mikroskoopoptika, resolusielimiete, Köhler-beligting, konfokale fluoressensie, twee-foton, TIRF, FRET, fotobleiking, super-resolusie (SIM, STED, STORM/PALM), weefselopruiming/CLARITY/ligbladmikroskopie, en lewendige- selbeelding. Toepassings sluit in die gebruik van fluoresserende probes om subsellulêre lokalisering en lewendige sel-translokasie-dinamika te analiseer. Ons sal 'n omgekeerde klaskamer vir die kursus gebruik deurdat studente iBiology-lesings voor klas sal kyk, en klastyd sal gebruik word om aan uitgebreide bespreking deel te neem. Lab gedeelte behels uitgebreide in-klas gebruik van mikroskope in die CSIF en NMS kern mikroskopie fasiliteite.
Dieselfde as: MCP 222

BIO 153. Sellulêre Neurowetenskap: Selseine en gedrag. 4 Eenhede.

Neurale interaksies onderliggende gedrag. Voorvereistes: PSYCH 1 of basiese biologie.
Dieselfde as: PSYCH 120

BIO 154. Molekulêre en Sellulêre Neurobiologie. 4 Eenhede.

Vir gevorderde voorgraadse studente. Sellulêre en molekulêre meganismes in die organisasie en funksies van die senuweestelsel. Onderwerpe: bedrading van die neuronale kring, sinapsstruktuur en sinaptiese transmissie, seintransduksie in die senuweestelsel, sensoriese stelsels, molekulêre basis van gedrag insluitend leer en geheue, molekulêre patogenese van neurologiese siektes. Hoogs aanbeveel: BioCore of BIO 82, 83, 86, of toestemming van instrukteur.

BIO 155. Sel- en Ontwikkelingsbiologie van Plante. 3 Eenhede.

In hierdie kursus sal ons leer hoe plante op verskillende organisatoriese skale gebou word vanaf die sel-, weefsel-, orgaan- en orgaanstelselvlak. Ons sal ook leer oor die eksperimentele metodes wat gebruik word om plante op hierdie verskillende organisatoriese vlakke te bestudeer en hoe om eksperimente wat sulke metodes gebruik te interpreteer en te evalueer. Breed relevante vaardighede wat in die kursus gekweek gaan word, sluit in: evaluering van hoofsaaklik literatuur, identifisering van gapings in kennis, formulering van navorsingsvrae en ontwerp van nuwe eksperimentele strategieë. Voorvereistes: BIO 80-reeks.
Dieselfde as: BIO 255

BIO 156. Kalifornië-veldbrande: bosbrandekologie, bestuur en beleid. 3 Eenhede.

Wydverspreide veldbrande het 'n jaarlikse gebeurtenis in Kalifornië geword met groot implikasies vir beide die natuurlike wêreld en die menslike samelewing. Die impak van hierdie brande sal waarskynlik toeneem met verdere klimaatsverandering en grondgebruik-intensivering. Hierdie klas sal 'n interdissiplinêre perspektief op bosbrande neem, insluitend die fisiologiese, omgewings- en sosiale implikasies van die brande self, sowel as die resultaat van veldbrandbeleid op die natuur en mense, met 'n spesifieke fokus op gelykheid van impakte oor klas en ras. lyne.

BIO 158. Ontwikkelingsneurobiologie. 4 Eenhede.

Vir gevorderde voorgraadse studente en koterminale studente. Die beginsels van senuweestelselontwikkeling vanaf die molekulêre beheer van patroonvorming, sel-sel-interaksies en trofiese faktore tot die vlak van neurale sisteme en die rol van ervaring in die beïnvloeding van breinstruktuur en -funksie. Onderwerpe: neurale induksie en patroonvorming van sellyn, neurogenese, neuronale migrasie, aksonale padvinding, sinaps-eliminering, die rol van aktiwiteit, kritieke periodes en die ontwikkeling van gedrag. Voorvereistes: BIO 82, 83, 84, 86.
Dieselfde as: BIO 258

BIO 16. Conservation Storytelling: Voorkursus vir BOSP Suid-Afrika. 1 Eenheid.

Beperk tot studente wat tot die BOSP Suid-Afrika oorsese seminaar toegelaat is. Deur 5 werkswinkelvergaderings sal studente storie-idees ontwikkel en voorstel, spanne vorm waarin 'n skrywer en 'n fotograaf ooreenkom om saam te werk aan 'n storie, en agtergrondnavorsing doen voordat hulle na Suid-Afrika vertrek.

BIO 160. Ontwikkelingsbiologie. 4 Eenhede.

Hierdie kursus dek die molekulêre meganismes onderliggend aan die generering van diverse seltipes en weefsels tydens embrioniese en post-embrioniese diereontwikkeling. Onderwerpe sluit in die rol van sel-sel kommunikasie in die beheer van ontwikkelingsbesluite, die organisasie en patroonvorming van groot groepe selle via morfogeen sein, die spesifikasie van individuele seltipes en die rol van stamselle in ontwikkeling. Die kursus beklemtoon die eksperimentele logika en metodes van navorsing in ontwikkelingsbiologie en sluit besprekings van navorsingsartikels in.

BIO 161. Organismal Biology Lab. 4 Eenhede.

Hierdie laboratorium is 'n ware navorsingservaringkursus waar studente bydra tot oorspronklike navorsing in 'n veld van organismebiologie. Hierdie jaar sal die kursus fokus op die fisiologie van chemiese verdediging by giftige amfibieë deur drie modules. In die eerste module wat op chemie fokus, sal studente met metabolomika-data werk om chemiese handtekeninge van giftige paddaverdediging te interpreteer en te visualiseer. In die tweede module wat op fisiologie fokus, sal studente leer om geenuitdrukkingsverskille in verskeie weefsels uit RNA-volgordedata te analiseer. In die derde module wat op ekologie fokus, sal studente leer om diere se dieet en vreetstrategieë deur metabarcoding te ontleed. Laastens sal studente hierdie datastelle saam integreer vir 'n organismeperspektief op chemiese verdediging. Studente sal saamwerk om data te ontleed en sal leer om hul bevindinge duidelik deur mondelinge en geskrewe formate te kommunikeer.

BIO 162. Meganismes van Weefselregenerasie. 3 Eenhede.

Baie organismes beskik oor 'n merkwaardige vermoë om beskadigde organe en weefsels te herstel en te regenereer. Hierdie kursus sal die sellulêre en ontwikkelingsmeganismes wat gebruik word om wedergeboorte te bewerkstellig, ondersoek. Studente sal die basiese ontwikkelings- en sellulêre meganismes onderliggend aan die oorspronklike vorming van organe tydens normale ontwikkeling leer en hoe hierdie meganismes tydens die regeneratiewe proses gewysig word. Die kursus sal ook oorweeg hoe ons groeiende kennis van regenerasiemeganismes gebruik kan word om medies nuttige wedergeboorte by mense te bevorder. Die kursus sal uitgebreide lees en ontleding van primêre literatuur behels. Voorvereistes: BIO 86 en BIO160 of met toestemming van instrukteur.

BIO 168. Verkennings in stamselbiologie. 3 Eenhede.

'n Besprekingsgebaseerde kursus vir gevorderde voorgraadse studente. Die doel van hierdie kursus is om studente bekend te stel aan sleutelonderwerpe in stamselbiologie en die ontwikkeling van sterk wetenskaplike skryfvaardighede te bevorder. Ons sal sommige landmerk en huidige primêre literatuur in die stamselveld hersien en bespreek. Onderwerpe sal insluit embrioniese en volwasse stamselle, sellulêre herprogrammering en stamselle in siekte en regeneratiewe medisyne. Studente sal 'n huidige navorsingsreferaat in hul voorkeur stamsel-onderwerparea aanbied en 'n nuwe navorsingsvoorstel saamstel. Voorvereistes: Biologie of Mensbiologie kern of BIO 82, 83, 86. Voldoen aan WIM in Biologie.

BIO 16N. Eiland Ekologie. 3 Eenhede.

Voorkeur aan eerstejaars. Hoe ekoloë oor die wêreld dink. Die fokus is op die Hawaiiaanse eilande: oorsprong, geologie, klimaat, evolusie en ekologie van flora en fauna, en ekosisteme. Die redes vir die konsentrasie van bedreigde en bedreigde spesies in Hawaii, die wetenskaplike basis vir hul beskerming en herstel. Hoe kennis van eiland-ekosisteme kan bydra tot ekologie en bewaringsbiologie op kontinente.

BIO 171. Beginsels van Selsiklusbeheer. 3 Eenhede.

Genetiese analise van die sleutel regulatoriese stroombane wat die beheer van seldeling beheer. Illustrasie van sleutelbeginsels wat veralgemeen kan word na ander sintetiese en natuurlike biologiese stroombane. Fokus op hanteerbare model organismes groei beheer onomkeerbare biochemiese skakelaars chromosoom duplisering mitose DNA skade kontrolepunte MAPK pad-sel siklus koppelvlak onkogenese. Analise van klassieke en huidige primêre literatuur.
Dieselfde as: BIO 271, CSB 271

BIO 172. Ekologiese Dinamika: Teorie en Toepassings. 4 Eenhede.

Gestruktureerde bevolkingsmodelle met ouderdom en fenotipiese variasie. Integrale bevolkingsmodelle, modelpassing en dinamika. Fiksheid en dinamiese heterogeniteit. Voorbeelde van natuurlike bevolkings (skape, hertbokke, plante, voëls). Nagraadse studente sal verantwoordelik wees vir bykomende probleemstelle. Voorvereistes: calculus en lineêre algebra.
Dieselfde as: BIO 272

BIO 173. Chemiese Biologie. 3 Eenhede.

Chemiese biologie is 'n integrerende dissipline wat poog om chemiese instrumente en benaderings toe te pas om biologie te verstaan. Hierdie kursus sal studente bekendstel aan verskeie metodes en benaderings wat in hierdie veld gebruik word, met die klem op die gebruik van natuurlike produkte en sintetiese klein molekules as probes van biologiese funksie. Spesifieke voorbeelde sal gebruik word om die gevolge van chemiese biologie met molekulêre-, sel- en ontwikkelingsbiologie te illustreer. Die interaksie tussen siekte en geneesmiddelontdekking sal in detail oorweeg word. Voorvereistes: BIO 83, en BIO 82 en/of BIO 84.

BIO 174. Menslike skeletale anatomie. 5 eenhede.

Studie van die menslike skelet (ook bekend as menslike osteologie), soos dit betrekking het op ander dissiplines, insluitend medisyne, forensika, argeologie en paleoantropologie (menslike evolusie). Basiese beenbiologie, anatomie en ontwikkeling, met die klem op praktiese ondersoek en identifikasie van menslike skeletdele, die implikasies daarvan vir die bepaling van 'n individu se ouderdom, geslag, geografiese oorsprong en gesondheidstatus, en vir die evolusionêre geskiedenis van ons spesie. Drie uur lesing en ten minste drie uur onder toesig en onafhanklike studie in die laboratorium elke week.
Dieselfde as: ANTHRO 175, ANTHRO 275, BIO 274, HUMBIO 180

BIO 175. Kollektiewe gedrag en verspreide intelligensie. 3 Eenhede.

Hierdie kursus sal moontlikhede ondersoek vir studentenavorsingsprojekte gebaseer op aanbiedings van fakulteitsnavorsing. Ons sal 'n wye reeks onderwerpe dek binne die algemene area van kollektiewe gedrag, beide natuurlik en kunsmatig. Studente sal voortbou op fakulteitsaanbiedings om voorstelle vir toekomstige projekte te ontwikkel.
Dieselfde as: SYMSYS 275

BIO 176. Die ontwikkelingsbasis van dierliggaamplan-evolusie. 4 Eenhede.

Diere word in filums gegroepeer met gedefinieerde organisatoriese kenmerke soos meerselligheid, asorganisasie en senuweestelselorganisasie, sowel as morfologiese nuwighede soos oë, ledemate en segmente. Hierdie kursus ondersoek die ontwikkelings- en molekulêre oorsprong van diere-innovasies. Alternatiewe jare aangebied. Voorvereistes: Geen.
Dieselfde as: BIO 276

BIO 177. Plantmikrobe-interaksie. 3 Eenhede.

Molekulêre basis van plantsimbiose en patogenese. Onderwerpe sluit meganismes van herkenning en sein tussen mikrobes en plantgashere in, met voorbeelde soos die rol van klein molekules, afgeskeide peptiede en seintransduksiebane in simbiotiese of patogeniese interaksies. Lesings sluit landmerkvraestelle in saam met voorlesings in die kontemporêre literatuur. Voorvereistes: Biologiekern- en twee of meer boonste afdeling kursusse in genetika, molekulêre biologie of biochemie. Aanbeveel: plantgenetika of plantbiochemie.
Dieselfde as: BIO 277

BIO 178. Mikrobiologie Literatuur. 3 Eenhede.

Vir gevorderde voorgraadse studente en eerstejaarstudente. Kritiese lees van die navorsingsliteratuur in prokariotiese genetika en molekulêre biologie, met spesifieke toepassings op die studie van hoof menslike patogene. Klassieke en grondliggende referate in patogenese, genetika en molekulêre biologie onlangse literatuur oor bakteriële patogene soos Salmonella, Vibrio en/of Yersinia. Diverse eksperimentele benaderings: biochemie, genomika, patogenese en selbiologie. Voorvereistes: Verklaarde Biologie hoofvakke moet BIO 82 (Genetika) en BIO 83 (Biochemie) geneem het. Inskrywing vir voorgraadse studente is beperk tot Biologie hoofvakke in junior of senior jaar. Medetermyn of Ph.D. studente in basiese lewenswetenskappe-departemente soos Biologie, Bio-ingenieurswese en Genetika kan ook inskryf vir BIO 278. Doen aansoek by https://forms.gle/4NTtcBdWYMqRFvGc9.
Dieselfde as: BIO 278

BIO 179. Geïntegreerde waardasie van ekosisteemdienste en afwykings. 1-3 Eenheid.

Hierdie kursus verken die wetenskap om die natuur te waardeer, deur twee verweefde paaie. Een is biofisies, gefokus op menslike afhanklikheid en impak op Aarde se lewensondersteunende stelsels. As dit goed bestuur word, lewer lande, waters en biodiversiteit 'n vloei van lewensbelangrike voordele op wat menslike lewe onderhou en vervul. 'n Wilde by gons deur 'n plaas en bestuif groente soos dit gaan. Naby, vleilande verwyder chemikalieë van die plase se afloopwater, wat 'n bron van drinkwater beskerm. In parklande aan 'n stedelike rand speel kinders en volwassenes stap en praat, hul blootstelling aan die natuur bevorder fisieke aktiwiteit en verbeterde geestesgesondheid. Die bome help om 'n gunstige klimaat te handhaaf, plaaslik en wêreldwyd. Ons sal 'n raamwerk en praktiese hulpmiddels ontwikkel om hierdie stroom voordele van die natuur vir mense te kwantifiseer.nDie tweede pad is sosiaal, ekonomies en filosofies, wat deur konsepte van welstand, menslike ontwikkeling en bewaring en die etiek en gevolge van hul strewe. Ons sal terugkyk, vorentoe in die toekoms, en na binne, 'n globale siening inneem en diverse kulturele perspektiewe oorweeg. Ons besprekings sal geplaas word in die konteks van die COVID-19-pandemie, bewegings vir rassegeregtigheid en sosio-ekonomiese billikheid, en pogings om mense en natuur in staat te stel om in stede en lande wêreldwyd te floreer.nAl die wetenskap wat ons sal verken, is in diens van besluite . Ons sal in werklike voorbeelde duik om te sien hoe die wetenskap kan inlig waarom, waar, hoe en hoeveel mense die natuur nodig het. Ons sal die basiese beginsels van die InVEST-instrumente (vir geïntegreerde waardasie van ekosisteemdienste en afwykings) leer om voordele van die natuur, die billikheid in toegang tot hierdie voordele en die transformasie van beleid, finansies, bestuur en praktyk te kwantifiseer om dit te onderhou en te verbeter . nDie kursus is bedoel vir diverse, gevorderde studente, met belangstellings in navorsing en om van wetenskap na aksie te beweeg vir 'n meer regverdige en volhoubare wêreld. Die instrukteurs streef daarna om 'n genotvolle en produktiewe geleentheid te bied om op afstand te skakel en tog met baie hart sowel as intellektuele dryfkrag en toewyding, om empatie, buigsaamheid en hopelik 'n bietjie humor te bring na die daaglikse uitdagings wat ons almal in verskillende situasies in die gesig staar. moeilike maniere. Voorvereiste: Basiese tot intermediêre GIS (Geografiese Inligtingstelsels) vaardighede is nodig. Ons sal hiermee help, maar nie GIS spesifiek in die klas onderrig nie. Basiese vaardighede sluit byvoorbeeld in: werk met raster-, vektor- en tabeldata om rasters, vormlêers en tabelle in 'n GIS te laai en die simboliek van rasters en vormlêers in jou gekose GIS te verander. projeklae wat na individuele rasterselwaardes kyk en basiese rasterwiskunde uitvoer.
Dieselfde as: BIO 279

BIO 180. Mikrobiese Fisiologie. 3 Eenhede.

Inleiding tot die fisiologie van mikrobes insluitend sellulêre struktuur, transkripsie en translasie, groei en metabolisme, meganismes vir stresweerstand en die vorming van mikrobiese gemeenskappe. Hierdie onderwerpe sal gedek word met betrekking tot die evolusie van vroeë lewe op Aarde, antieke ekosisteme, en die interpretasie van die rotsrekord. Aanbeveel: inleidende biologie en chemie.
Dieselfde as: EARTHYS 255, ESS 255, GEOLSCI 233A

BIO 182. Modellering van kulturele evolusie. 3 Eenhede.

Seminaar. Kwantitatiewe modelle vir die evolusie van sosiaal-oordraagbare eienskappe. Tempo's van verandering van aangeleerde eienskappe in bevolkings en patrone van kulturele diversiteit as 'n funksie van innovasie en kulturele oordrag. Leer in konstante en veranderende omgewings. Moontlike weë vir geen-kultuur ko-evolusie.
Dieselfde as: BIO 282

BIO 183. Teoretiese populasiegenetika. 3 Eenhede.

Modelle in bevolkingsgenetika en evolusie. Seleksie, ewekansige drywing, geenkoppeling, migrasie en inteling, en hul invloed op die evolusie van geenfrekwensies en chromosoomstruktuur. Modelle hou verband met DNS-volgorde-evolusie. Voorvereistes: calculus en lineêre algebra, of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 283

BIO 187. Wiskundige Bevolkingsbiologie. 3 Eenhede.

Wiskundige modelle in bevolkingsbiologie, in biologiese gebiede insluitend demografie, ekologie, epidemiologie, evolusie en genetika. Wiskundige benaderings sluit tegnieke in op gebiede soos kombinatorika, differensiaalvergelykings, dinamiese stelsels, lineêre algebra, waarskynlikheid en stogastiese prosesse. Wiskunde 50- of 60-reekse word vereis, en ten minste twee van (BIO 81, BIO 82, BIO 85) word sterk aanbeveel.
Dieselfde as: CME 187

BIO 193. Interdissiplinêre benaderings tot menslike gesondheidsnavorsing. 1 Eenheid.

Vir voorgraadse studente wat aan die Stanford ChEM-H Voorgraadse Skolisprogram deelneem. Hierdie kursus sal studente blootstel aan interdissiplinêre navorsingsvrae en -benaderings wat oor chemie, ingenieurswese, biologie en medisyne strek. Fokus is op die ontwikkeling en beoefening van wetenskaplike lees-, skryf- en aanbiedingsvaardighede wat bedoel is om praktiese laboratoriumnavorsing aan te vul. Studente sal wetenskaplike artikels lees, navorsingsvoorstelle skryf, plakkate maak en aanbiedings lewer.
Dieselfde as: BIOE 193, CHEM 193, CHEMENG 193

BIO 196A. Biologie Senior Refleksie. 3 Eenhede.

Capstone kursusreeks vir seniors. Kreatiewe, selfreflekterende en wetenskaplik relevante projekte wat oor die loop van drie kwartale bedink, vervaardig en uitgestal is. Verken wetenskaplike inhoud van persoonlike belang deur kreatiewe vorme, insluitend maar nie beperk nie tot skryfwerk, musiek, beeldende kunste, uitvoerende kunste, fotografie, film of nuwe media. 'n Geskrewe opstel oor die kreatiewe proses en wetenskaplike betekenis van die gekose onderwerp sal die kreatiewe werk vergesel. Voltooide projekte kan in 'n kreatiewe portefeulje ingesluit word. Vereiste inskrywing in 196A,B,C. Voldoen aan WIM in Biologie. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 196B. Biologie Senior Refleksie. 3 Eenhede.

Capstone kursusreeks vir seniors. Kreatiewe, selfreflekterende en wetenskaplik relevante projekte wat oor die loop van drie kwartale bedink, vervaardig en uitgestal is. Verken wetenskaplike inhoud van persoonlike belang deur kreatiewe vorme, insluitend maar nie beperk nie tot skryfwerk, musiek, beeldende kunste, uitvoerende kunste, fotografie, film of nuwe media. 'n Geskrewe opstel oor die kreatiewe proses en wetenskaplike betekenis van die gekose onderwerp sal die kreatiewe werk vergesel. Voltooide projekte kan in 'n kreatiewe portefeulje ingesluit word. Vereiste inskrywing in 196A,B,C. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 196C. Biologie Senior Refleksie. 3 Eenhede.

Capstone kursusreeks vir seniors. Kreatiewe, selfreflekterende en wetenskaplik relevante projekte wat oor die loop van drie kwartale bedink, vervaardig en uitgestal is.Verken wetenskaplike inhoud van persoonlike belang deur kreatiewe vorme, insluitend maar nie beperk nie tot skryfwerk, musiek, beeldende kunste, uitvoerende kunste, fotografie, film of nuwe media. 'n Geskrewe opstel oor die kreatiewe proses en wetenskaplike betekenis van die gekose onderwerp sal die kreatiewe werk vergesel. Voltooide projekte kan in 'n kreatiewe portefeulje ingesluit word. Vereiste inskrywing in 196A,B,C. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 198. Gerigte Lees in Biologie. 1-15 Eenheid.

Individueel gereël onder toesig van lede van die fakulteit.

BIO 198X. Buite-departement gerigte lees. 1-15 Eenheid.

Individueel gereël onder toesig van lede van die fakulteit. Krediet vir werk gereël met buite-departement fakulteit is beperk tot Biologie hoofvakke en vereis departement goedkeuring. Sien https://biology.stanford.edu/academics/undergraduate-research/directed-reading vir inligting en petisies. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 199. Gevorderde Navorsingslaboratorium in Eksperimentele Biologie. 1-15 Eenheid.

Individuele navorsing gedoen volgens afspraak met in-afdeling instrukteurs. Sien http://biohonors.stanford.edu vir inligting oor navorsingsborge, eenhede en krediet vir somernavorsing. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 199W. Senior Honneursproefskrif: Hoe om effektief oor wetenskaplike navorsing te skryf. 3 Eenhede.

Die doel van hierdie klas is om studente op te lei in effektiewe wetenskaplike kommunikasie. Dit is ontwerp om studente te dien wat aan hul senior honneursnavorsing werk om te help om die voltooiing van hul honneursproefskrif te vergemaklik. Onderwerpe wat gedek word, sluit in hysbakke, die skep en verbetering van die afdelings van die proefskrif, mondelinge aanbiedings en plakkate in die konteks van studente se individuele navorsingsprojekte. Klem sal val op die bou en inoefening van die vaardighede vir 1) die voltooiing van jou proefskrif, plakkaat en aanbiedings en 2) die verkryging van 'n konseptuele begrip van effektiewe wetenskaplike skryfwerk en kommunikasie wat wyer toepaslik sal wees. Voldoen aan die WIM-vereiste in Biologie.

BIO 199X. Buite-departement Gevorderde Navorsingslaboratorium in Eksperimentele Biologie. 1-15 Eenheid.

Individuele navorsing volgens reëling met buite-departementele instrukteurs. Krediet vir 199X is beperk tot verklaarde Biologie-hoofvakke en vereis departementsgoedkeuring. Sien https://biology.stanford.edu/academics/undergraduate-research/research vir inligting oor navorsingsborge, eenhede, petisies, sperdatums, krediet vir somernavorsing en buite-Stanford-navorsing. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 19S. Wetenskap van Covid-19. 4 Eenhede.

Hierdie kursus is ontwerp om studente te help om kennis van 'n inleidende hoërskoolbiologiekursus toe te pas op probleme wat met Covid-19 verband hou. Ons sal ondersoek hoe die virus SARS-CoV-2 die menslike liggaam aanval, hoe die immuunstelsel reageer, hoe toetsing werk, en hoe hierdie inligting gebruik kan word om medisyne en entstowwe te ontwerp om die verspreiding van die virus te stop. Daar was 'n ontploffing van navorsingsartikels en baie aansprake in die media oor die virus. Ons sal die eise krities evalueer en die onderliggende wetenskap verken deur 'n paar geselekteerde vraestelle te lees.

BIO 200. Gevorderde Molekulêre Biologie: Epigenetika en Proteostase. 5 eenhede.

Molekulêre meganismes wat die replikasie, rekombinasie en uitdrukking van eukariotiese genome beheer. Onderwerpe: DNA-replikasie, DNA-rekombinasie, geentranskripsie, RNA-splyting, regulering van geenuitdrukking, proteïensintese en proteïenvou. Voorvereiste: Biologiekern of BIO 83 (BIO 82 en 86 word sterk aanbeveel).
Dieselfde as: BIO 104

BIO 202. Ekologiese Statistiek. 3 Eenhede.

Hierdie kursus is bedoel vir nagraadse studente (en gevorderde voorgraadse studente in spesiale omstandighede met toestemming van instrukteurs) in biologie en verwante omgewingswetenskappe, en is 'n inleiding tot statistiese metodes vir ekologiese data-analise, deur gebruik te maak van die programmeringstaal R. Die kursus sal lesings, besprekings, en onafhanklike navorsingsprojekte wat die studente se eie data of gesimuleerde of publiek beskikbare data gebruik.

BIO 203. MENS EN PLANEET GESONDHEID. 2 Eenhede.

Twee van die grootste uitdagings wat die mensdom in die gesig staar – die bevordering van menslike gesondheid en die stop van omgewingsagteruitgang ¿ is sterk verbind. Die ontluikende veld van Planetêre Gesondheid erken hierdie interskakels en bevorder kreatiewe, interdissiplinêre oplossings wat menslike gesondheid en die gesondheid van die ekosisteme waarvan ons afhanklik is, beskerm. Deur 'n reeks lesings en gevallestudiebesprekings sal studente 'n diepgaande begrip van die ¿Planetêre Gesondheid¿-konsep, die grondslag daarvan, doelwitte, prioriteitsareas van aksie, metodes van ondersoek en die mees relevante onmiddellike uitdagings ontwikkel.
Dieselfde as: BIO 103

BIO 204. Neuroplastisiteit: Van sinapse tot gedrag. 3 Eenhede.

Hierdie kursus sal fokus op neuroplastisiteit vanuit 'n breë perspektief, van molekulêre sellulêre meganisme tot die betrokkenheid daarvan by gedrag en siektes. Klem sal val op: a) molekulêre en sellulêre meganismes onderliggend aan verskeie vorme van neuroplastisiteit b) die neuroplastisiteit tydens breinontwikkeling c) die neuroplastisiteit in volwasse brein met betrekking tot leer en geheue en d) wanaangepaste neuroplastisiteit in neurodegeneratiewe siektes en dwelmverslawing. Hierdie kursus is ontwerp vir Ph.D. studente van beide die Biologie- en Neurowetenskap-programme. Oop vir gevorderde voorgraadse studente met toestemming van instrukteur.

BIO 208. Spaans in Wetenskap/Wetenskap in Spaans. 2 Eenhede.

Vir nagraadse en voorgraadse studente wat belangstel in die natuurwetenskappe en die Spaanse taal. Studente sal die vermoë verwerf om in Spaans te kommunikeer deur wetenskaplike taal te gebruik en sal hul vermoë verbeter om wetenskaplike literatuur wat in Spaans geskryf is, te lees. Klem op die ontwikkeling van wetenskap in Spaanssprekende lande of streke. Kursus word in Spaans aangebied en bedoel vir studente wat grade in die wetenskappe volg, veral dissiplines soos ekologie, omgewingswetenskap, volhoubaarheid, hulpbronbestuur, antropologie en argeologie.
Dieselfde as: EARTHYS 207, LATINAM 207

BIO 210. Die chromatien-gereguleerde genoom. 3 Eenhede.

Instandhouding van die genoom is 'n voorvereiste vir lewe. In eukariote is alle DNA-gevormde prosesse nou verbind met chromatienstruktuur en -funksie. Hierdie kursus sal epigenetiese en chromatienregulering van sellulêre prosesse verken wat verband hou met veroudering, kanker, stamselpluripotensie, metaboliese homeostase en ontwikkeling. Kursusmateriaal integreer huidige literatuur met 'n grondliggende oorsig van histoonmodifikasies en nukleosoomsamestelling in epigenetiese oorerwing, transkripsie, replikasie, seldeling en DNA-skadereaksies. Voorvereiste: BIO 41 of BIO 83 of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 110

BIO 211. Proteostase: Van basiese beginsels tot veroudering en neurodegenerasie. 3 Eenhede.

Die beheer van sellulêre proteïenhomeostase, ook genoem Proteostase, kom na vore as die sentrale sellulêre proses wat die stabiliteit, funksie en kwaliteitbeheer van die proteoom beheer en sentraal tot ons begrip van 'n groot verskeidenheid siektes. Die proteostase-masjinerie handhaaf die funksie van gedestabiliseerde en mutante proteïene, help die afbreek van beskadigde en saamgevoegde proteïene en monitor die gesondheid van die proteoom, en pas dit aan in reaksie op omgewings- of metaboliese spanning. Proteostase disfunksie is gekoppel aan siektes wat wissel van neurodegenerasie tot veroudering.nHierdie klas sal studente bekendstel aan die opwindende voorpunt-ontdekkings in hierdie veld deur aanbiedings deur leiers in die veld en besprekings van primêre literatuur wat illustreer hoe begrip van proteostase aangewend kan word om fundamentele biologiese prosesse te verstaan , soos evolusie en veroudering en om 'n wye reeks siektes te verbeter.

BIO 214. Gevorderde Selbiologie. 4 Eenhede.

Vir Ph.D. studente. Gedoseer vanuit die huidige literatuur oor selstruktuur, funksie en dinamika. Onderwerpe sluit in komplekse selverskynsels soos seldeling, apoptose, sein, kompartementalisering, vervoer en handeldryf, beweeglikheid en adhesie, en differensiasie. Weeklikse lees van aktuele referate uit die primêre literatuur. Gevorderde voorgraadse studente kan deelneem met die toestemming van die Kursusdirekteur.
Dieselfde as: BIOC 224, MCP 221

BIO 220. Prokariotiese Biologie - 'n Kwantitatiewe Benadering. 3 Eenhede.

Om te lewe, moet mikrobes verskeie sellulêre prosesse suksesvol koördineer, in lyn met beskikbare hulpbronne en wat omgewingstoestande vereis. Hierdie kursus stel kwantitatiewe vooruitgang bekend in die begrip van hierdie koördinasie en die gevolge daarvan oor skale: van molekulêre biologie via groei tot bevolkingsdinamika en ekologie. Droë laboratoriumsessies komplementeer lesings om rekenaarbenaderings bekend te stel. Python-gebaseerde analise-instrumente sal bekendgestel word. Voorvereiste: MATH 51 of MATH 19, 20,21. Aanbeveel: mikrobiologie (bv. BIO 62 of 162) en molekulêre biologie/biochemie/genetika-kursusse (bv. BIO 82 of 83) en basiese vertroudheid met kodering.
Dieselfde as: BIO 120

BIO 221. ORNITOLOGIE. 3 Eenhede.

Gevorderde voorgraadse opname van ornitologie, stel studente bekend aan die biologie van voëls en gee hulle gereedskap om voëls as modelstelsels vir navorsing te gebruik. Onderwerpe sal voëlevolusie, fisiologie, aanpassings, gedrag en ekologie insluit. Fokus deurgaans op die identifisering van Kaliforniese voëls en toepassings op huidige voëlbewaringskwessies. Kursus sal lesings en 'n veldkomponent insluit wat studente sal blootstel aan standaard voëlnavorsingstegnieke soos mistnetting, banding en punttelling opnames. Voorvereiste: BIO 81 of BIO 105 of instrukteurgoedkeuring.
Dieselfde as: BIO 121

BIO 222. Verkenning van neurale stroombane. 3 Eenhede.

Seminaar. Hierdie kursus fokus op die logika van hoe neurale stroombane inligting verwerk en gedrag beheer, asook hoe neurale stroombane tydens ontwikkeling saamgestel word en deur ervaring aangepas word. Die klem val op primêre literatuur. Onderwerpe sluit in: neurone as inligtingverwerkingseenhede eenvoudige en komplekse stroombane onderliggend aan sensoriese inligtingverwerking, motoriese beheer, en kognitiewe funksie en ontwikkeling en plastisiteit van neurale stroombane. Gevorderde voorgraadse en gegradueerde studente met agtergrond in fisiese wetenskap, ingenieurswese en biologie kan aansoek doen om in te skryf. Inskrywing is slegs deur aansoek. Aanbeveel: agtergrond in neurowetenskap.

BIO 223. Stogastiese en Nie-lineêre Dinamika. 3 Eenhede.

Teoretiese analise van dinamiese prosesse: dinamiese sisteme, stogastiese prosesse en tydruimtelike dinamika. Motiverings en toepassings vanuit biologie en fisika. Die klem val op metodes, insluitend kwalitatiewe benaderings, asimptotika en meervoudige skaalanalise. Voorvereistes: gewone en parsiële differensiaalvergelykings, komplekse analise, en waarskynlikheid of statistiese fisika.
Dieselfde as: APPPHYS 223, BIOE 213, FISIKA 223

BIO 226. Inleiding tot Biofisika. 3-4 eenhede.

Kernkursus geskik vir gevorderde voorgraadse studente en gegradueerde studente met voorafkennis van calculus en 'n kollege fisika kursus. Inleiding tot hoe fisiese beginsels insigte in moderne biologie bied, met betrekking tot die strukturele, dinamiese en funksionele organisasie van biologiese sisteme. Onderwerpe sluit in die rolle van vrye energie, diffusie, elektromotoriese kragte, nie-ewewigsdinamika en inligting in fundamentele biologiese prosesse.
Dieselfde as: APPPHYS 205, BIO 126

BIO 227. Grondslae van gemeenskapsekologie. 3 Eenhede.

Bespreking van klassieke referate in gemeenskapsekologie (Forbes, Clements, Gleason, Grinnell, Lindeman, Preston, Elton, Hutchinson, May, MacArthur, Odum, Connell, Paine, Tilman, ens.) en kontemporêre referate oor verwante onderwerpe, om historiese perspektiewe te ontwikkel om huidige kwessies te verstaan ​​en toekomstige rigtings te identifiseer. Voorvereiste vir voorgraadse studente: toestemming van instrukteur.

BIO 228. Evolusie van aardse ekosisteme. 4 Eenhede.

Die wat, wanneer, waar en hoe weet ons dit met betrekking tot lewe op land deur tyd. Fossiele plante, swamme, ongewerwelde diere en gewerwelde diere (ja, dinosourusse) word almal gedek, insluitend hoe al daardie komponente met mekaar en met veranderende klimate, kontinentale drywing, atmosferiese samestelling en omgewingsversteurings soos gletsering en massa-uitsterwing in wisselwerking tree. Die kursus behels beide lesing- en laboratoriumkomponente. Nagraadse studente wat op die 200-vlak registreer, word verwag om 'n kwartaalvraestel te skryf, maar kan intekening op sommige laboratoriums waar toepaslik.
Dieselfde as: BIO 148, EARTHSYS 128, GEOLSCI 128, GEOLSCI 228

BIO 229. Fundamentals and Frontiers in Plant Biology. 3 Eenhede.

Hierdie kursus sal dien as 'n basis vir alle vlakke van gegradueerde, medetermyn- en hoërvlak voorgraadse studente wat belangstel om te leer oor die fundamentele aspekte van plantbiologie, die jongste vooruitgang in gereedskap, tegnieke en teorieë wat basiese wetenskap met translasiewetenskap verbind en aansoeke vir die oplossing van groot maatskaplike uitdagings van vandag en môre. Daarbenewens sal hierdie kursus dien om die wydte van plantnavorsing op kampus bekend te stel en te help om 'n groep studente wat in plantbiologie belangstel, te versterk.
Dieselfde as: BIO 129

BIO 231. Strukturele vergelykingmodellering vir ekoloë. 1 Eenheid.

Ons sal daarop fokus om te leer om strukturele vergelykingsmodellering (SEM) as 'n tegniek vir ekologiese afleiding te gebruik. Klas sal kort lesings, referaatbesprekings en SEM-koderingswerkswinkels in R insluit. Vergaderings sal gewoonlik net 60 minute duur.

BIO 232. Gevorderde Imaging Lab in Biofisika. 4 Eenhede.

Laboratorium en lesings. Gevorderde mikroskopie en beeldvorming, met die klem op praktiese ervaring met die nuutste tegnieke. Studente bou en bedryf werksapparaat. Onderwerpe sluit in mikroskoopoptika, Koehler-beligting, kontrasgenererende meganismes (helder/donker veld, fluoressensie, fasekontras, differensiële interferensiekontras) en resolusielimiete. Laboratoriumonderwerpe wissel volgens jaar, maar sluit in enkelmolekule-fluoressensie, fluoressensie-resonansie-energie-oordrag, konfokale mikroskopie, twee-fotonmikroskopie, mikroendoskopie en optiese vangs. Beperkte inskrywing. Aanbeveel: basiese fisika, basiese selbiologie, en toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: APPPHYS 232, BIO 132, BIOPHYS 232, GENE 232

BIO 234. Bewaringsbiologie: 'n Latyns-Amerikaanse perspektief. 3 Eenhede.

Beginsels en toepassing van die wetenskap van die behoud van biologiese diversiteit. Konseptueel is hierdie kursus ontwerp om die hoofkomponente wat relevant is tot die bewaring van biodiversiteit te verken, soos geïllustreer deur die Latyns-Amerikaanse streek. Die konseptuele raamwerke en beginsels moet egter algemeen toepaslik wees en insigte vir alle streke van die wêreld verskaf. Daar sal van alle studente verwag word om 'n literatuurnavorsingsoefening uit te voer wat lei tot 'n geskrewe verslag wat 'n onderwerp van hul keuse aanspreek, afgelei van enige van die temas wat in die klas bespreek is. Voorvereiste: BIO 101 of BIO 43 of HUMBIO 2A of BIO 81 en 84 of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 144, HUMBIO 112

BIO 235. Neuroetologie. 3 Eenhede.

Neuroetologie is die studie van die neurale basis van dieregedrag. Ons sal die neurale meganismes van natuurlike gedrag in 'n diverse stel organismes ondersoek. Onderwerpe sluit in molekulêre meganismes van senuweestelselfunksie, roofdier-prooi-interaksies, sosiale gedrag en ander komplekse gedrag soos leer en geheue, navigasie en kommunikasie. Assessering sluit in groepmondelinge aanbiedings van wetenskaplike referate, weeklikse huiswerkvrae wat lei tot 'n mini-toekenningsvoorstel, en wetenskaplike skryfwerk en kommunikasie met die breër publiek oor 'n neuro-etologiese onderwerp. Voorvereistes: BIO 84.
Dieselfde as: BIO 135

BIO 236. Makroevolusie. 3 Eenhede.

Die kursus sal fokus op die makro-evolusie van diere. Ons sal ondersoek hoe paleobiologie en ontwikkelingsbiologie/genomika bygedra het tot ons begrip van die oorsprong van diere, en hoe patrone van evolusie en uitwissing die diversiteit van dierevorme wat ons vandag waarneem, gevorm het.
Dieselfde as: BIO 136, GEOLSCI 136, GEOLSCI 236

BIO 238. Ekosisteemdienste: grense in die wetenskap om die natuur te waardeer. 3 Eenhede.

Hierdie kursus ondersoek die wetenskap om die natuur te waardeer, begin met sy historiese oorsprong en dan 'n primêre fokus op sy onlangse ontwikkeling en grense. Die hoofdoel van die kursus is om nuwe navorsing en werklike toepassings van InVEST (Integrated Valuation of Ecosystem Services and Tradeoffs) gereedskap en benaderings moontlik te maak. Ons sal die interkonneksies tussen mense en die natuur en sleutelnavorsingsgrense bespreek, soos op die gebied van biodiversiteit, veerkragtigheid, menslike gesondheid, armoedeverligting en volhoubare ontwikkeling. Die wetenskap wat ons sal verken, is in diens van besluite, en ons sal voorbeelde uit die werklike lewe gebruik om te illustreer waarom hierdie wetenskap so krities is om in te lig waarom, waar, hoe en hoeveel mense die natuur nodig het. Voorvereiste. Basiese tot intermediêre GIS-vaardighede word vereis (insluitend werk met raster-, vektor- en tabeldata-laai en redigering van rasters, vormlêers en tabelle in 'n GIS wat koördinaatstelsels verstaan ​​en basiese rasterwiskunde uitvoer).
Dieselfde as: BIO 138, EARTHSYS 139, EARTHSYS 239

BIO 239. The Hidden Kingdom - Evolusie, Ekologie en Diversiteit van Fungi. 4 Eenhede.

Swamme is kritieke, maar dikwels verborge, komponente van die biosfeer. Hulle reguleer ontbinding, is primêre vennote in plantsimbiose en het 'n groot impak op landbou en ekonomie. Studente sal die fassinerende wêreld van swambiologie, -ekologie en -evolusie verken deur middel van lesings, laboratorium-, veldoefeninge en Saterdag-uitstappies wat tradisionele en molekulêre ervarings in die versameling, ontleding en industriële gebruik van diverse swamme sal bied. Studente sal 'n omgewingsnis kies, inwonende swamme versamel en identifiseer, en hipotese oor hul gemeenskapsverhouding stel. Voorvereiste: BIO 81, 85 aanbeveel.
Dieselfde as: BIO 115

BIO 240. Ekosisteem-ekologie en biogeochemie. 3 Eenhede.

'n Inleiding tot ekosisteem-ekologie en terrestriële biogeochemie. Hierdie kursus sal fokus op die dinamika van koolstof en ander biologies noodsaaklike elemente in die Aardestelsel, op ruimtelike skale van plaaslik tot wêreldwyd. Voorvereistes: Biologie 117, Aardestelsels 111, of gegradueerde staande.
Dieselfde as: BIO 147, EARTHSYS 147, EARTHSYS 247

BIO 244. Grondbeginsels van Molekulêre Evolusie. 4 Eenhede.

Die afleiding van sleutelmolekulêre evolusionêre prosesse vanaf DNA en proteïenvolgordes. Onderwerpe sluit in ewekansige genetiese drywing, samevloeiingsmodelle, effekte en toetse van natuurlike seleksie, gekombineerde effekte van koppeling en natuurlike seleksie, kodonvooroordeel en genoom-evolusie. Voorvereistes: Biologiekern of BIO 82, 85 of gegradueerde stand in enige departement, en toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 113

BIO 245. Ekologie en evolusie van dieregedrag. 3 Eenhede.

Ekologiese en evolusionêre perspektiewe op dieregedrag, met die klem op sosiale en kollektiewe gedrag. Hierdie is 'n projekgebaseerde kursus in 'n lesing-/seminaarformaat. Seminare sal gebaseer wees op bespreking van joernaalartikels. Onafhanklike navorsingsprojekte oor die gedrag van diere op kampus. Voorvereistes: Biologie of Mensbiologie kern of BIO 81 en 85 of toestemming van instrukteur Biologie/ES 30. Aanbeveel: statistiek.
Dieselfde as: BIO 145

BIO 247. Genomiese benaderings tot die studie van menslike siektes. 3 Eenhede.

Hierdie kursus sal 'n reeks genetiese en genomiese benaderings dek om menslike fenotipiese variasie en siektes te bestudeer. Ons sal die genetiese basis van Mendeliese en komplekse siektes bespreek, sowel as kliniese toepassings insluitend voorgeboortelike toetsing, en pediatriese en kankerdiagnostiek. Die kursus sal lesings sowel as kritiese lees en bespreking van die primêre literatuur insluit. Voorvereiste: BIO 82 of ekwivalent. Oop vir gevorderde voorgraadse studente.
Dieselfde as: GENE 247

BIO 249. Die neurobiologie van slaap. 4 Eenhede.

Die neurochemie en neurofisiologie van veranderinge in breinaktiwiteit en bewuste bewustheid wat verband hou met veranderinge in die slaap/wakker toestand. Gedrags- en neurobiologiese verskynsels, insluitend slaapregulering, slaaphomeostase, sirkadiese ritmes, slaapversteurings, slaapfunksie en die molekulêre biologie van slaap. nnVoorkeur aan seniors en gegradueerde studente. nnInskrywing beperk tot 16.
Dieselfde as: BIO 149, HUMBIO 161, PSYC 149, PSYC 261

BIO 24N. Visioene van die Paradys: Tuinontwerp. 3 Eenhede.

Leer deur literatuurlesings en uitstappies na plaaslike tuine die beginsels en estetika van klassieke tuinontwerpe: Italiaanse Renaissance, botaniese onderrig, Japannees, Engelse kothuise en ander. Ontwerp 'n persoonlike visie van die paradys met besonderhede van spesies, visuele en reukimpak, waterkenmerke en harde landskap. Maak jou oë oop vir 'n nuwe waardering van die wêreld van plante en leer 'n bietjie fisiologie en genetika wat die spesifieke eienskappe van individuele spesies verduidelik.

BIO 251. Kwantitatiewe evolusionêre dinamika en genomika. 3 Eenhede.

Die genomika-revolusie het 'n hernieude druk aangevuur om evolusionêre prosesse in kwantitatiewe terme te modelleer. Hierdie kursus bied 'n inleiding tot kwantitatiewe evolusionêre modellering deur die lens van statistiese fisika. Onderwerpe sal wissel van die grondslae van teoretiese bevolkingsgenetika tot eksperimentele evolusie van laboratoriummikrobes. Kursuswerk sal 'n mengsel van potlood-en-papier-wiskunde behels, die skryf van basiese rekenaarsimulasies, en die aflaai en manipulering van DNS-volgordedata vanaf gepubliseerde datastelle. Hierdie kursus is bedoel vir hoërvlak fisika- en wiskundestudente met geen biologie-agtergrond nie, sowel as biologiestudente wat gemaklik is met differensiaalvergelykings en waarskynlikheid.
Dieselfde as: APPPHYS 237

BIO 254. Molekulêre en Sellulêre Neurobiologie. 3-5 eenhede.

Vir gegradueerde studente. Sluit lesings vir BIO 154 in. Sellulêre en molekulêre meganismes in die organisasie en funksies van die senuweestelsel. Onderwerpe: bedrading van die neuronale kring, sinapsstruktuur en sinaptiese transmissie, seintransduksie in die senuweestelsel, sensoriese stelsels, molekulêre basis van gedrag insluitend leer en geheue, molekulêre patogenese van neurologiese siektes.
Dieselfde as: NBIO 254

BIO 255. Sel- en ontwikkelingsbiologie van plante. 3 Eenhede.

In hierdie kursus sal ons leer hoe plante op verskillende organisatoriese skale gebou word vanaf die sel-, weefsel-, orgaan- en orgaanstelselvlak. Ons sal ook leer oor die eksperimentele metodes wat gebruik word om plante op hierdie verskillende organisatoriese vlakke te bestudeer en hoe om eksperimente wat sulke metodes gebruik te interpreteer en te evalueer. Breed relevante vaardighede wat in die kursus gekweek gaan word, sluit in: evaluering van hoofsaaklik literatuur, identifisering van gapings in kennis, formulering van navorsingsvrae en ontwerp van nuwe eksperimentele strategieë. Voorvereistes: BIO 80-reeks.
Dieselfde as: BIO 155

BIO 258. Ontwikkelingsneurobiologie. 4 Eenhede.

Vir gevorderde voorgraadse studente en koterminale studente. Die beginsels van senuweestelselontwikkeling vanaf die molekulêre beheer van patroonvorming, sel-sel-interaksies en trofiese faktore tot die vlak van neurale sisteme en die rol van ervaring in die beïnvloeding van breinstruktuur en -funksie. Onderwerpe: neurale induksie en patroonvorming van sellyn, neurogenese, neuronale migrasie, aksonale padvinding, sinaps-eliminering, die rol van aktiwiteit, kritieke periodes en die ontwikkeling van gedrag. Voorvereistes: BIO 82, 83, 84, 86.
Dieselfde as: BIO 158

BIO 25Q. Sistiese fibrose: van mediese raaisel tot suksesverhaal vir presisiemedisyne. 3 Eenhede.

Die klas sal sistiese fibrose (CF), die mees algemene dodelike genetiese siekte in die VSA, as 'n wetenskaplike en mediese groep ondersoek. Deur die lees en bespreking van mediese en wetenskaplike literatuur, sal ons vrae aanpak wat insluit: hoe is lewensverwagting met CF verhoog van weke tot dekades sonder om die siektemeganisme te verstaan? Hoekom is die siekte so algemeen? Is daar 'n voordeel daaraan om 'n draer te wees? Is CF 'n enkele siekte of 'n kontinuum van fisiologiese variasie of- wat is 'n siekte? Hoe het navorsing oor CF gelei tot die ontdekking van die onderliggende oorsaak van die meeste ander genetiese siektes ook? Deur kritiese lees van die wetenskaplike en mediese literatuur, klasbesprekings, uitstappies en vergaderings met genetiese beraders, versorgers, pasiënte, dokters en navorsers, sal ons werk om 'n diepgaande begrip van hierdie siekte te bou, van die biochemiese basis tot die huidige kontroversies oor patogeniese meganismes, behandelingstrategieë en die etiek en ekonomie van genetiese toetsing en astronomiese medisynekoste.

BIO 267. Molekulêre Meganismes van Neurodegeneratiewe Siekte. 4 Eenhede.

Die epidemie van neurodegeneratiewe afwykings soos Alzheimer en Parkinson se siekte wat veroorsaak word deur 'n verouderende menslike bevolking. Genetiese, molekulêre en sellulêre meganismes. Kliniese aspekte deur gevalaanbiedings.nnnHierdie klas is oop vir beide nagraadse en voorgraadse studente, maar vereis voldoende agtergronde in kollege-vlak genetika, selbiologie en biochemie. Voorgraadse studente wat belangstel, moet eers die kursusdirekteur kontak.
Dieselfde as: GENE 267, NENS 267

BIO 268. Statistiese en Masjienleermetodes vir Genomika. 3 Eenhede.

Inleiding tot statistiese en berekeningsmetodes vir genomika. Voorbeeldonderwerpe sluit in: verwagtingmaksimering, versteekte Markov-model, Markov-ketting Monte Carlo, ensembleleer, waarskynlike grafiese modelle, kernmetodes en ander moderne masjienleerparadigmas. Rasionale en tegnieke geïllustreer met bestaande implementerings wat gebruik word in bevolkingsgenetika, siekteassosiasie en funksionele regulatoriese genomika studies. Onderrig sluit lesings en bespreking van voorlesings uit primêre literatuur in. Huiswerk en projekte vereis die implementering van sommige van die algoritmes en die gebruik van bestaande gereedskapstelle vir ontleding van genomiese datastelle.
Dieselfde as: BIOMEDIN 245, CS 373, STATS 345

BIO 271. Beginsels van Selsiklusbeheer. 3 Eenhede.

Genetiese analise van die sleutel regulatoriese stroombane wat die beheer van seldeling beheer. Illustrasie van sleutelbeginsels wat veralgemeen kan word na ander sintetiese en natuurlike biologiese stroombane. Fokus op hanteerbare model organismes groei beheer onomkeerbare biochemiese skakelaars chromosoom duplisering mitose DNA skade kontrolepunte MAPK pad-sel siklus koppelvlak onkogenese. Analise van klassieke en huidige primêre literatuur.
Dieselfde as: BIO 171, CSB 271

BIO 272. Ekologiese Dinamika: Teorie en Toepassings. 4 Eenhede.

Gestruktureerde bevolkingsmodelle met ouderdom en fenotipiese variasie. Integrale bevolkingsmodelle, modelpassing en dinamika. Fiksheid en dinamiese heterogeniteit. Voorbeelde van natuurlike bevolkings (skape, hertbokke, plante, voëls). Nagraadse studente sal verantwoordelik wees vir bykomende probleemstelle. Voorvereistes: calculus en lineêre algebra.
Dieselfde as: BIO 172

BIO 273A. Omgewingsmikrobiologie I. 3 Eenhede.

Basiese beginsels van mikrobiologie en biochemie. Die biochemiese en biofisiese beginsels van biochemiese reaksies, energetika en meganismes van energiebesparing. Diversiteit van mikrobiese katabolisme, vloei van organiese materiaal in die natuur: die koolstofsiklus en biogeochemiese siklusse. Bakteriële fisiologie, filogenie en die ekologie van mikrobes in grond en mariene sedimente, bakteriese adhesie en biofilmvorming. Mikrobes in die afbraak van besoedelingstowwe. Voorvereistes: CHEM 33, CHEM 121 (voorheen CHEM 35), en BIOSCI 83, CHEMENG 181, of ekwivalente.
Dieselfde as: CEE 274A, CHEMENG 174, CHEMENG 274

BIO 273B. Mikrobiese Bio-energiestelsels. 3 Eenhede.

Inleiding tot mikrobiese metaboliese weë en tot die roetelogika met 'n spesiale fokus op mikrobiese bio-energiestelsels. Die eerste deel van die kursus beklemtoon die metaboliese en biochemiese beginsels van weë, terwyl die tweede deel meer spesifiek daarop gerig is om hierdie kennis te gebruik om bestaande stelsels te verstaan ​​en om innoverende mikrobiese bio-energiestelsels vir biobrandstof-, bioraffinadery- en omgewingstoepassings te ontwerp. Daar is ook 'n klem op die implikasies van herleiding van energie en die vermindering van ekwivalente vir die fiksheid en ekologie van die organisme. Voorvereistes: CHEMENG 174 of 181 en organiese chemie, of ekwivalente.
Dieselfde as: CEE 274B, CHEMENG 456

BIO 274. Menslike skeletale anatomie. 5 eenhede.

Studie van die menslike skelet (ook bekend as menslike osteologie), soos dit betrekking het op ander dissiplines, insluitend medisyne, forensika, argeologie en paleoantropologie (menslike evolusie). Basiese beenbiologie, anatomie en ontwikkeling, met die klem op praktiese ondersoek en identifikasie van menslike skeletdele, die implikasies daarvan vir die bepaling van 'n individu se ouderdom, geslag, geografiese oorsprong en gesondheidstatus, en vir die evolusionêre geskiedenis van ons spesie. Drie uur lesing en ten minste drie uur onder toesig en onafhanklike studie in die laboratorium elke week.
Dieselfde as: ANTHRO 175, ANTHRO 275, BIO 174, HUMBIO 180

BIO 274S. Hopkins Mikrobiologie Kursus. 3-12 Eenhede.

(Voorheen GES 274S.) Vier weke, intensief. Die wisselwerking tussen molekulêre, fisiologiese, ekologiese, evolusionêre en geochemiese prosesse wat mikrobiese diversiteit uitmaak, veroorsaak en handhaaf. Hoe om sleutelmikro-organismes te isoleer wat mariene biologiese en geochemiese diversiteit aandryf, kultuuronafhanklike molekulêre karakterisering van mikrobiese spesies te interpreteer en oorsake en gevolge te voorspel. Laboratoriumkomponent: wat bestaan ​​uit fisiologiese en metaboliese mikrobiese diversiteit hoe evolusionêre en ekologiese prosesse individuele selle diversifiseer in fisiologies heterogene populasies en die beginsels van interaksies tussen individue, hul bevolking en ander biologiese entiteite in 'n dinamies veranderende mikrobiese ekosisteem. Voorvereistes: CEE 274A en CEE 274B, of ekwivalente.
Dieselfde as: BIOHOPK 274, CEE 274S, ESS 253S

BIO 276. Die ontwikkelingsbasis van dierliggaamplan-evolusie. 4 Eenhede.

Diere word in filums gegroepeer met gedefinieerde organisatoriese kenmerke soos meerselligheid, asorganisasie en senuweestelselorganisasie, sowel as morfologiese nuwighede soos oë, ledemate en segmente. Hierdie kursus ondersoek die ontwikkelings- en molekulêre oorsprong van diere-innovasies. Alternatiewe jare aangebied. Voorvereistes: Geen.
Dieselfde as: BIO 176

BIO 277. Plantmikrobe-interaksie. 3 Eenhede.

Molekulêre basis van plantsimbiose en patogenese. Onderwerpe sluit meganismes van herkenning en sein tussen mikrobes en plantgashere in, met voorbeelde soos die rol van klein molekules, afgeskeide peptiede en seintransduksiebane in simbiotiese of patogeniese interaksies. Lesings sluit landmerkvraestelle in saam met voorlesings in die kontemporêre literatuur. Voorvereistes: Biologiekern- en twee of meer boonste afdeling kursusse in genetika, molekulêre biologie of biochemie. Aanbeveel: plantgenetika of plantbiochemie.
Dieselfde as: BIO 177

BIO 278. Mikrobiologie Literatuur. 3 Eenhede.

Vir gevorderde voorgraadse studente en eerstejaarstudente. Kritiese lees van die navorsingsliteratuur in prokariotiese genetika en molekulêre biologie, met spesifieke toepassings op die studie van hoof menslike patogene. Klassieke en grondliggende referate in patogenese, genetika en molekulêre biologie onlangse literatuur oor bakteriële patogene soos Salmonella, Vibrio en/of Yersinia. Diverse eksperimentele benaderings: biochemie, genomika, patogenese en selbiologie. Voorvereistes: Verklaarde Biologie hoofvakke moet BIO 82 (Genetika) en BIO 83 (Biochemie) geneem het. Inskrywing vir voorgraadse studente is beperk tot Biologie hoofvakke in junior of senior jaar. Medetermyn of Ph.D. studente in basiese lewenswetenskappe-departemente soos Biologie, Bio-ingenieurswese en Genetika kan ook inskryf vir BIO 278. Doen aansoek by https://forms.gle/4NTtcBdWYMqRFvGc9.
Dieselfde as: BIO 178

BIO 279. Geïntegreerde waardasie van ekosisteemdienste en afwykings. 1-3 Eenheid.

Hierdie kursus verken die wetenskap om die natuur te waardeer, deur twee verweefde paaie. Een is biofisies, gefokus op menslike afhanklikheid en impak op Aarde se lewensondersteunende stelsels. As dit goed bestuur word, lewer lande, waters en biodiversiteit 'n vloei van lewensbelangrike voordele op wat menslike lewe onderhou en vervul. 'n Wilde by gons deur 'n plaas en bestuif groente soos dit gaan. Naby, vleilande verwyder chemikalieë van die plase se afloopwater, wat 'n bron van drinkwater beskerm. In parklande aan 'n stedelike rand speel kinders en volwassenes stap en praat, hul blootstelling aan die natuur bevorder fisieke aktiwiteit en verbeterde geestesgesondheid. Die bome help om 'n gunstige klimaat te handhaaf, plaaslik en wêreldwyd. Ons sal 'n raamwerk en praktiese hulpmiddels ontwikkel om hierdie stroom voordele van die natuur vir mense te kwantifiseer.nDie tweede pad is sosiaal, ekonomies en filosofies, wat deur konsepte van welstand, menslike ontwikkeling en bewaring en die etiek en gevolge van hul strewe. Ons sal terugkyk, vorentoe in die toekoms, en na binne, 'n globale siening inneem en diverse kulturele perspektiewe oorweeg. Ons besprekings sal geplaas word in die konteks van die COVID-19-pandemie, bewegings vir rassegeregtigheid en sosio-ekonomiese billikheid, en pogings om mense en natuur in staat te stel om in stede en lande wêreldwyd te floreer.nAl die wetenskap wat ons sal verken, is in diens van besluite . Ons sal in werklike voorbeelde duik om te sien hoe die wetenskap kan inlig waarom, waar, hoe en hoeveel mense die natuur nodig het. Ons sal die basiese beginsels van die InVEST-instrumente (vir geïntegreerde waardasie van ekosisteemdienste en afwykings) leer om voordele van die natuur, die billikheid in toegang tot hierdie voordele en die transformasie van beleid, finansies, bestuur en praktyk te kwantifiseer om dit te onderhou en te verbeter . nDie kursus is bedoel vir diverse, gevorderde studente, met belangstellings in navorsing en om van wetenskap na aksie te beweeg vir 'n meer regverdige en volhoubare wêreld. Die instrukteurs streef daarna om 'n genotvolle en produktiewe geleentheid te bied om op afstand te skakel en tog met baie hart sowel as intellektuele dryfkrag en toewyding, om empatie, buigsaamheid en hopelik 'n bietjie humor te bring na die daaglikse uitdagings wat ons almal in verskillende situasies in die gesig staar. moeilike maniere. Voorvereiste: Basiese tot intermediêre GIS (Geografiese Inligtingstelsels) vaardighede is nodig. Ons sal hiermee help, maar nie GIS spesifiek in die klas onderrig nie. Basiese vaardighede sluit byvoorbeeld in: werk met raster-, vektor- en tabeldata om rasters, vormlêers en tabelle in 'n GIS te laai en die simboliek van rasters en vormlêers in jou gekose GIS te verander. projeklae wat na individuele rasterselwaardes kyk en basiese rasterwiskunde uitvoer.
Dieselfde as: BIO 179

BIO 27S. Evolusie: Van DNS tot Dinosourusse. 3 Eenhede.

Hierdie kursus fokus op die fundamentele idee van evolusie, wat velde so uiteenlopend as genetika tot paleontologie beïnvloed. Jy sal leer oor die geskiedenis van evolusionêre denke, insluitend Darwin se idee van evolusie deur natuurlike seleksie, en evolusionêre tydskale van beide klein en groot verken. Onderwerpe sluit in bevolkingsgenetika, genomika, molekulêre evolusie, evolusionêre kragte, vorming van nuwe spesies, evolusionêre divergensies in die geskiedenis van lewe, en bewyse van evolusie, insluitend patrone van DNS en die fossielrekord.

BIO 282. Modellering van kulturele evolusie. 3 Eenhede.

Seminaar. Kwantitatiewe modelle vir die evolusie van sosiaal-oordraagbare eienskappe. Tempo's van verandering van aangeleerde eienskappe in bevolkings en patrone van kulturele diversiteit as 'n funksie van innovasie en kulturele oordrag. Leer in konstante en veranderende omgewings. Moontlike weë vir geen-kultuur ko-evolusie.
Dieselfde as: BIO 182

BIO 283. Teoretiese populasiegenetika. 3 Eenhede.

Modelle in bevolkingsgenetika en evolusie. Seleksie, ewekansige drywing, geenkoppeling, migrasie en inteling, en hul invloed op die evolusie van geenfrekwensies en chromosoomstruktuur. Modelle hou verband met DNS-volgorde-evolusie. Voorvereistes: calculus en lineêre algebra, of toestemming van instrukteur.
Dieselfde as: BIO 183

BIO 287A. Gevorderde Onderwerpe in Wiskundige Evolusionêre Biologie. 3 Eenhede.

Gefokusde ondersoek van spesifieke onderwerpe in wiskundige evolusionêre biologie. Kursustemas kan die volgende insluit: wiskundige eienskappe van statistiek wat in menslike bevolkingsgenetika gebruik word, wiskunde van evolusionêre bome, en die kruising van bevolkingsgenetika en filogenetika.

BIO 28S. Molekulêre Genetika en Biotegnologie. 3 Eenhede.

Hierdie kursus dek die grondbeginsels van molekulêre genetika, insluitend beginsels van hoe gene werk, hoe geenuitdrukking in beide prokariote en eukariote gereguleer word, en hoe seine oorgedra word van selle na selle wat ver is. Ons sal ook sleutelvooruitgang in biotegnologie ondersoek, insluitend kloning, volgordebepaling en volgende generasie volgordebepaling, en gevallestudies bespreek wat kanker, Huntington se siekte en meer behels.

BIO 290. Teaching Practicum in Biology. 1-5 Eenheid.

Oop vir voorgraadse en gegradueerde studente in die boonste afdeling. Praktiese onderrigervaring onder toesig in 'n biologie-laboratorium of lesingkursus. Opleiding sluit dikwels die bywoning van lesings in, die inisieer en beplanning van besprekingsafdelings, en hulp met die voorbereidingskursusmateriaal. Mag herhaal word vir krediet.nVoorvereiste: toestemming van instrukteur.

BIO 291. Ontwikkeling en Onderrig van Kern Eksperimentele Laboratoria. 1-2 Eenheid.

Ontwikkeling en onderrig van kerneksperimentele laboratoriumsnVoorbereiding vir die onderrig van die kern eksperimentele laboratoriumkursusse (45 en 47). Die klem val op die inoefening van die laboratorium-, praat- en skryfvaardighede. Gelyktydig geneem tydens onderrig (vir BIO 45) of gedurende die vorige kwartaal (vir onderrig BIO 47). Kan herhaal word vir krediet. Vergadertye TBD.

BIO 292. Kurrikulêre Praktiese Opleiding. 1 Eenheid.

Hierdie kursus word vereis vir internasionale studente wat deelneem aan professionele internskappe in organisasies (bv. navorsingsinstitute, onderwys, medisyne, besigheid, beleid) met 'n fokus in die biologiese wetenskappe. Studente sal betrokke wees by opleiding op die werk onder leiding van ervare toesighouers op die terrein. Hierdie kursus voldoen aan die vereistes vir kurrikulêre praktiese opleiding (CPT) vir studente met F-1D/S status. Voor die internskap word van studente verwag om 'n bondige verslag in te dien waarin die voorgestelde projek en werkaktiwiteite uiteengesit word. Na die internskap word van studente verwag om 'n opsomming van die voltooide werk, vaardighede wat aangeleer is en weerspieëling van die professionele groei wat as gevolg van die internskap verkry is, in te dien. Hierdie kursus kan herhaal word vir krediet. Voorvereiste: Gekwalifiseerde aanbod van indiensneming en toestemming van adviseur.

BIO 294. Sellulêre Biofisika. 3 Eenhede.

Fisiese biologie van dinamiese en meganiese prosesse in selle. Die klem val op kwalitatiewe begrip van biologiese funksies deur kwantitatiewe analise en eenvoudige wiskundige modelle. Sensoriese transduksie, sein, aanpassing, skakelaars, molekulêre motors, aktien en mikrotubuli, motiliteit en sirkadiese horlosies. Voorvereistes: differensiaalvergelykings en inleidende statistiese meganika.
Dieselfde as: APPPHYS 294, BIOPHYS 294

BIO 296. Onderrig en Leer in Biologie. 1 Eenheid.

Hierdie kursus bied aan studente wat in die Departement Biologie onderrig gee basiese opleiding, ondersteuning en professionele ontwikkeling in hul onderwysrolle. Onderwerpe sluit in studentebetrokkenheid, assessering, terugvoer en meer. Moet gelyktydig met die eerste onderwyspos geneem word.

BIO 299. Biologie PhD Lab Rotasie. 1-10 Eenheid.

Beperk tot eerstejaar Biologie PhD-studente. Laboratoriumrotasies met Biowetenskappe-fakulteit.

BIO 2N. Ekologie en evolusie van aansteeklike siektes in 'n veranderende wêreld. 3 Eenhede.

Hierdie seminaar sal die maniere ondersoek waarop antropogeniese verandering, klimaatsverandering, habitatvernietiging, grondgebruikverandering en spesie-indringings die ekologie en evolusie van aansteeklike siektes beïnvloed. Onderwerpe sal aansteeklike siektes van mense, natuurlewe, vee en gewasse, uitwerking van siektes op bedreigde spesies, siekteoorvloei, opkomende siektes en die rol van siektes in natuurlike stelsels insluit. Kursus sal aangebied word deur 'n kombinasie van populêre en wetenskaplike lesings, bespreking en lesing. .

BIO 3. Grense in Mariene Biologie. 1 Eenheid.

'n Inleiding tot kontemporêre navorsing in mariene biologie, insluitend ekologie, bewaringsbiologie, omgewingstoksikologie, gedrag, biomeganika, evolusie, neurobiologie en molekulêre biologie. Die klem val op nuwe ontdekkings en die tegnologieë wat gebruik word om dit te maak. Weeklikse lesings deur fakulteit vanaf die Hopkins Marine Station.

BIO 30. Ekologie vir almal. 4 Eenhede.

Ekologie is die wetenskap van interaksies en die veranderinge wat dit genereer. Hierdie projekgebaseerde kursus verbind individuele gedrag, bevolkingsgroei, spesie-interaksies en ekosisteemfunksie. Inleiding tot meting, waarneming, eksperimentele ontwerp en hipotesetoetsing in veldprojekte. Die doel is om te leer om analities oor alledaagse ekologiese prosesse te dink, insluitend dié waaraan jy deelneem, wat bakterieë, swamme, plante, diere en mense behels. Die kursus gebruik basiese statistieke om data te ontleed daar is geen wiskundige voorvereistes behalwe rekenkunde nie. Oop vir almal, insluitend diegene wat dalk op pad is na meer gevorderde kursusse in ekologie en omgewingswetenskap. Die aanlyn weergawe sal sinchroon vergader en behels voorbereiding buite die klas vir interaktiewe besprekings tydens klastyd. Ons sal veldprojekte organiseer wat jy kan doen waar jy ook al is. Projekte begin in die eerste week van die kwartaal. Vir vrae kontak asseblief prof. Gordon by [email protected]

BIO 300. Nagraadse Navorsing. 1-10 Eenheid.

Slegs vir gegradueerde studente. Individuele navorsing volgens afspraak met departementele instrukteurs.

BIO 300X. Buite-Departement Nagraadse Navorsing. 1-10 Eenheid.

Individuele navorsing volgens reëling met buite-departementele instrukteurs. Meestersgraadstudente: krediet vir werk wat met buite-departementele instrukteurs gereël is, is beperk tot Biologiestudente en vereis goedgekeurde departementspetisie. Sien http://biohonors.stanford.edu vir meer inligting. Kan herhaal word vir krediet.

BIO 301. Frontiers in Biology. 1-3 Eenheid.

Beperk tot en vereis van eerstejaar Ph.D. studente in molekulêre, sellulêre en ontwikkelingsbiologie. Huidige navorsing in molekulêre, sellulêre en ontwikkelingsbiologie wat primêre navorsingsliteratuur beklemtoon. Gehou in samewerking met die departement se Maandag-seminaarreeks. Studente en fakulteit vergader weekliks voor die seminaar vir 'n studenteaanbieding en bespreking van opkomende referate.

BIO 302. Huidige onderwerpe en konsepte in bevolkingsbiologie, ekologie en evolusie. 1 Eenheid.

Vereis van eerstejaar PhD-studente in bevolkingsbiologie, en ekologie en evolusie. Groot konseptuele kwessies en ontwikkelende onderwerpe. Hierdie kursus is slegs oop vir Biologie PhD-studente en is nie oop vir ouditeure nie.".

BIO 303. Huidige onderwerpe en konsepte in bevolkingsbiologie, ekologie en evolusie. 1 Eenheid.

Vereis van eerstejaar PhD-studente in bevolkingsbiologie, en ekologie en evolusie. Groot konseptuele kwessies en ontwikkelende onderwerpe. Hierdie kursus is slegs oop vir Biologie PhD-studente en is nie oop vir ouditeure nie.".

BIO 304. Huidige onderwerpe en konsepte in bevolkingsbiologie, ekologie en evolusie. 1 Eenheid.

Vereis van eerstejaar PhD-studente in bevolkingsbiologie, en ekologie en evolusie. Groot konseptuele kwessies en ontwikkelende onderwerpe. Hierdie kursus is slegs oop vir Biologie PhD-studente en is nie oop vir ouditeure nie.

BIO 305. Bestuur van jou PhD. 1 Eenheid.

Die kursus sal fokus op 5 temas vir die doeltreffende bestuur van jou PhD: professionaliteit, vakkundigheid, welstand, gemeenskapsbetrokkenheid en loopbaanontwikkeling. Ons sal elke tweede week vergader en 'n aktiewe besprekingsgebaseerde klasvergadering vir 2 uur hou. Aan die einde van die kwartaal sal studente en instrukteurs 'n departementele halfdagwerkswinkel saam-organiseer oor 'n spesifieke onderwerp wat relevant is tot die onderwerpe wat in die klas gedek word.

BIO 313. Etiek in die Antroposeen. 1 Eenheid.

Vandag, in die Antroposeen, beïnvloed die mensdom die omgewing op 'n massiewe skaal, met ernstige gevolge vir spesies, ekosisteme en landskappe. Die gevolge van hierdie impak laat baie etiese vrae ontstaan, met nuwe dilemmas wat ons dwing om nuwe morele waardes te oorweeg en oues te heroorweeg. In hierdie kursus sal ons kennis maak met omgewings- en bewaringsetiek en -filosofie, en die gereedskapstel van konsepte en idees aanleer wat ons in staat sal stel om die huidige omgewingsetiese debatte aan te pak. Ons sal die rol van etiek in die omgewings- en bewaringswetenskappe ondersoek deur die filosofiese grondslae vir morele waardes in die Antroposeen te bespreek, asook deur praktiese hedendaagse kwessies te ondersoek, soos herinstellings, indringerspesies en bewaringsvoorspraak.

BIO 315. Becoming a Resilient Scientist. 1 Eenheid.

Dit is 'n virtuele ses-delige NIH-geborgde werkswinkel wat daarop gemik is om veerkragtigheid te bou teen struikelblokke wat algemeen in navorsing teëgekom word. Studente en fasiliteerders sal deelneem aan 'n reeks webinars en kleingroepbesprekings oor onderwerpe, soos emosionele intelligensie, selfvoorspraak, terugvoerveerkragtigheid en mentorskapverhoudings.

BIO 329. Matriksmetodes vir dinamiese modelle en data-analise. 1 Eenheid.

Tipes matrikse in dinamiese en stogastiese modelle, kovariansies, reghoekige data, netwerke. Spektraalstelling, asimptotiek, stabiliteitsteorie, Nie-negatiewe matrikse, ergodisiteit, Markov-kettings. Hermitian, kovariansie, SVD. Perturbasie teorie. Ewekansige matriksprodukte, Lyapunov-eksponente. Oop vir Ph.D. studente in Biologie. Voorvereistes: Calculus (TP-vlak) vereis. Enige kennis van lineêre algebra, R, verkieslik.

BIO 32S. Inleiding tot biotegnologie: opsporing en behandeling van siektes. 3 Eenhede.

Hierdie kursus sal die basiese konsepte van biotegnologie en die instrumentasie en tegnieke wat gebruik word in die manipulasie van nukleïensure (DNS en RNA) ondersoek. Studente sal leer hoe biotegnologie se gereedskap en tegnieke gebruik word om siektes te help identifiseer en te beveg, met spesiale klem op instrumente wat help om virale infeksies soos COVID-19 op te spoor. Hierdie kursus sal ook die etiese en privaatheidskwessies wat met genetiese toetsing verband hou, ondersoek.

BIO 330. Stogastiese metodes vir simulasie, dinamika en data-analise. 1 Eenheid.

Markov-kettings: ergodisiteit, CLT, deurlooptye, absorpsie. Simulasie: ewekansige getalle, kettings. Poisson-prosesse: toepassings en simulasie. Tydreeksmodelle. MCMC noodsaaklikhede. Oop vir Ph.D. studente in Biologie. Voorvereistes: Analise (AP-vlak) en basiese lineêre algebra vereis. Fasiliteit met lineêre algebra, R, verkieslik.

BIO 332. Evolusionêre Genomika. 2 Eenhede.

Ons sal klassieke en moderne referate lees wat relevant is tot evolusionêre genomika, en bespreek. Ons sal 'n wye reeks onderwerpe, metodes en spesies dek.

BIO 342. Plantbiologie Seminaar. 1-3 Eenheid.

Onderwerpe in plantbiologie aangebied by 'n weeklikse seminaar. Onderwerpe wat aan die begin van elke kwartaal aangekondig word. Aktuele literatuur. Kan herhaal word vir krediet. Sien https://dpb.carnegiescience.edu/events.

BIO 346. Gevorderde Seminaar in Mikrobiese Molekulêre Biologie. 1 Eenheid.

Inskrywing beperk tot PhD-studente verbonde aan departementele navorsingsgroepe in genetika of molekulêre biologie.
Dieselfde as: CSB 346, GENE 346

BIO 35. Volhoubaarheid en beskawing. 1 Eenheid.

Ons beskawing staar enorme volhoubaarheidsuitdagings in die gesig, en om daaraan te voldoen sal al die aansienlike talent en visie van die opkomende generasie vereis. Die onvolhoubaarheid van die koolstofgebaseerde energieregime wat die wêreldekonomie onderlê, het al hoe duideliker geword, en baie van die biologiese wêreld, sowel as ons eie spesie, is in gevaar van menslike aktiwiteit. Die internasionale politieke orde het bewys dat dit minder stabiel is as wat baie twintigste-eeuse waarnemers verwag het, en beide ekonomiese en kulturele stelsels het die afgelope dekades toenemende skokke ondervind. Wetenskap en tegnologie het enorme vooruitgang gemaak, maar die gevolglike toename in ons vermoë om die wêreld te beïnvloed, hou risiko's in, sowel as moontlike oplossings. Sommige van hierdie eienskappe van moderne samelewings het boonop bygedra tot die opkoms van die wêreldwye pandemie, waarvan die wydverspreide gevolge ons herinner aan die broosheid van ons kennisafhanklike beskawing. Hierdie een-eenheid, aanlyn kursus sal fakulteite van regoor die hele Universiteit byeenbring om volhoubaarheid breedweg aan te spreek. Sprekers sal die reeks bedreigings wat ons in die gesig staar, ondersoek, potensiële oplossings ondersoek en ons volgende generasie toekomstige leiers betrek in lewendige bespreking oor hierdie dringende kwessies.
Dieselfde as: GESKIEDENIS 35, POLISCI 35

BIO 355. Koraalriwwe van die Wes-Stille Oseaan: Interdissiplinêre perspektiewe, opkomende krisisse en oplossings. 1 Eenheid.

Hierdie nuwe gegradueerde-vlak kursus fokus op die komplekse wisselwerking van biologie, fisika, chemie en menslike aktiwiteite wat beide die ontwikkeling van koraalriwwe bevorder en beperk. Ons sal die ekologie van hierdie biodiverse stelsels ondersoek asook die diens wat hulle lewer in terme van vinnige herwinning van voedingstowwe, kusbeskerming en instandhouding van groot populasies vis. Nuwe vooruitgang in ons begrip van koraalriwwe sal uitgelig word, insluitend die rol van klimaatveranderlikheid en mikro- en mesoskaal vloeistofvloei in die beheer van rifgroei en volharding, die fisiologie, genomika en fisika wat termiese veerkragtigheid in korale ondersteun, bydraende en versagtende faktore wat betrokke is. in die huidige afname van koraalriwwe, versuring van die see, visvang, rifskaal trofiese modellering, ekologiese interaksies en trofiese kaskades, en riwwe as deel van komplekse seelandskappe en skakels met ander mariene ekosisteme. Die kursus sal afgesluit word met 'n ontleding van wetenskap tot beleidgevallestudies en toekomstige geleenthede. Die fakulteitsleiers het gesamentlik meer as 100 jaar se veldervaring in die koraalriwwe van die Stille Oseaan en ten spyte van ons gedwonge aanlyn onderrig- ​​en leerformaat sal hulle poog om die koraalrifveldervaring vir hierdie klas lewendig te maak.
Dieselfde as: BIOHOPK 355, CEE 363I, ESS 355

BIO 35N. Ekologie van klimaatsverandering: Is dit te laat? 3 Eenhede.

Hierdie inleidende seminaar sal die gevolge van klimaatsverandering op ekologiese gemeenskappe ondersoek, en fokus op twee opkomende konsepte: "disequilibrium" wat beklemtoon dat dit lank kan neem vir gemeenskappe om op klimaatsverandering te reageer as gevolg van spesie-interaksies, en "historiese gebeurlikheid", wat voorstel dat die volgorde waarin spesies binnedring en verdwyn soos gemeenskappe weer bymekaarkom in reaksie op klimaatsverandering, sal bepaal watter spesie sal voortbestaan. Die seminaar sal lesing, bespreking, skryfwerk en besoek aan Jasper Ridge Biologiese Bewaar behels.

BIO 380. Loopbaanverkenning en -beplanning. 1 Eenheid.

Om te dink oor en te beplan vir die lewe buite die nagraadse skool is een van die mees angswekkende aktiwiteite wat studente in die gesig staar. In hierdie kursus sal studente hul persoonlike stories en dilemmas oor loopbaanbesluite deel, verskeie loopbaanopsies met 'n PhD in lewenswetenskappe bespreek en leer om hul eie pad te ontwerp. Daar sal drie loopbaanpanele wees met genooide gaste van verskeie loopbaanbane, insluitend navorsing, onderrig, administrasie, nywerheid, beginondernemings, belegging, reg, joernalistiek, beleid, en meer. Oop vir Biologie PhD-studente in jaar 3 of verder. Die klas sal by Carnegie Institution for Science se konferensiekamergebou 600, geleë by 260 Panama St, Stanford, CA 94305, byeenkom.

BIO 383. Seminaar in Bevolkingsgenetika. 1-3 Eenheid.

Literatuuroorsig, navorsing en huidige probleme in die teorie en praktyk van bevolkingsgenetika en molekulêre evolusie. Kan herhaal word vir krediet. Voorvereiste: toestemming van instrukteur.

BIO 386. Bewaring en Bevolkingsgenomika. 1 Eenheid.

Hierdie een keer per week lees- en besprekingsgroep sal fokus op aanpassingskapasiteit: hoe vinnig en hoe goed spesies, bevolkings en individuele organismes op klimaatsverandering reageer. 'n Vinnige verandering in omgewing plaas sterk veranderinge in ekologiese gemeenskappe. Fenotipiese plastisiteit kan fisiologie of morfologie verander, patrone van natuurlike seleksie kan geenfrekwensies verander, demografiese veranderinge kan spesiereekse verskuif, veranderinge in spesie-interaksies kan gemeenskappe in spesiesamestelling verander. Hierdie seminaar sal ondersoek wat ons weet oor die aanpassingskapasiteit van verskillende gemeenskappe en verskillende spesies. Hoe vinnig kan aanpassing gebeur? Hoeveel kan aanpassing die probleme wat deur klimaatsverandering gegenereer word `oplos¿? Hoe meet ons aanpassingskapasiteit? Ons sal lesings uit die literatuur haal en hierdie onderwerp in afdelings struktureer. Studente sal hul eie of gepubliseerde werk oor aanpassingskapasiteit aanbied om voorbeelde te verskaf en vrae te raam. Aan die einde sal ons 'n internasionale zoom-simposium ontwerp om die rol wat aanpassingskapasiteit kan speel in die bestuur en beskerming van komplekse ekosisteme in die aangesig van klimaatsverandering uit te lig, te definieer en te verwoord.

BIO 3N. Uitsigte oor 'n veranderende see: letterkunde en wetenskap. 3 Eenhede.

Die toestand van 'n veranderende wêreldoseaan, veral in die oostelike Stille Oseaan, sal deur historiese en kontemporêre fiksie, niefiksie en wetenskaplike publikasies ondersoek word. Kwessies sal oes- en marikultuurvisserye, land-see-interaksies en oseaniese klimaatsverandering in beide oppervlak- en diepwaters insluit.

BIO 45. Inleiding tot Laboratoriumnavorsing in Sel- en Molekulêre Biologie. 4 Eenhede.

Ondersoek gisrasse wat ontwerp is om die menslike tumoronderdrukkerproteïen, p53, uit te druk en gebruik moderne molekulêre metodes om die funksionele gevolge van p53-mutasies wat uit tumorselle geïsoleer is, te identifiseer. Leer oor die proteïen se rol as Guardian of the Genome deur middel van lesings en deur tydskrifartikels te lees en te bespreek. Gebruik molekulêre visualiseringsprogramme om die struktuur van normale en mutante p53-proteïene te ondersoek. Kom meer te wete oor die toetse wat gebruik word om die vermoë van mutant p53 te bestudeer om uitdrukking van verskeie verslaggewergene te rig. Tydens geleide refleksie, ondersoek verder en identifiseer wat fout kan wees met die p53-mutante wat jy bestudeer het. Leer hoe om 'n vraag te vra, 'n hipotese te toets, eksperimente uit te voer en data te ontleed, en jou bevindinge aan te bied deur middel van 'n span mondelinge aanbieding, sowel as 'n wetenskaplike plakkaat. Alhoewel daar geen voorvereistes is om vir hierdie klas in te skryf nie, sal dit nuttig wees as jy reeds die toepaslike Biologiestigting-klasse (of HumBio-kernklasse) geneem het of gelyktydig ingeskryf is vir die klasse. Daarbenewens sal dit ook nuttig wees as jy reeds CHEM 31M, of 31A & B geneem het.

BIO 459. Grense in Interdissiplinêre Biowetenskappe. 1 Eenheid.

Studente registreer deur hul geaffilieerde departement anders registreer vir CHEMENG 459. Vir spesialiste en nie-spesialiste. Geborg deur die Stanford BioX-program. Drie seminare per kwartaal spreek wetenskaplike en tegniese temas aan wat verband hou met interdissiplinêre benaderings in bio-ingenieurswese, medisyne en die chemiese, fisiese en biologiese wetenskappe. Vooraanstaande ondersoekers van Stanford en die wêreld bied deurbrake en pogings aan wat oor kerndissiplines heen strek. Pre-seminare stel basiese konsepte en agtergrond vir nie-kundiges bekend. Geregistreerde studente woon alle pre-seminare by ander welkom. Sien http://biox.stanford.edu/courses/459.html. Aanbeveel: basiese wiskunde, biologie, chemie en fisika.
Dieselfde as: BIOC 459, BIOE 459, CHEM 459, CHEMENG 459, PSYCH 459

BIO 46. Inleiding tot Navorsing in Ekologie en Evolusionêre Biologie. 4 Eenhede.

Die doel van hierdie kursus is om 'n begrip te ontwikkel van hoe om biologiese navorsing te doen, deur onderwerpe in Ekologie as praktiese voorbeelde te gebruik. Dit sluit die volledige wetenskaplike proses in: assessering van agtergrondliteratuur, generering van toetsbare hipoteses, aanleer van tegnieke vir data-insameling, ontleding van data deur toepaslike statistiese metodes te gebruik, en die skryf en deel van resultate. Om hierdie vaardighede te bou, fokus hierdie kursus op die mikroörganismes wat met korstmossepifiete geassosieer word en hul interaksies met lugbesoedeling en ander omgewingsveranderlikes. Studente, wat in spanne werk, ontwikkel nuwe navorsingshipoteses en voer die nodige eksperimente en metings uit om hierdie hipoteses te toets. Omdat die kursus vanjaar aanlyn sal wees, sal ons data ontleed wat in vorige jare ingesamel is eerder as om veld- en laboratoriumeksperimente persoonlik uit te voer. Daarbenewens sal studente leer hoe om data in R te manipuleer, te visualiseer en te ontleed. Die sluitsteen van die kursus is 'n navorsingsartikel in die styl van 'n eweknie-geëvalueerde joernaalartikel, sowel as 'n opvoedkundige video wat ontwerp is vir 'n algemene gehoor wat navorsingsbevindinge kommunikeer. BELANGRIKE NOTA: Studente wat BIO 46 benodig om aan die WIM-vereiste vir die hoofvak Biologie te voldoen, MOET hierdie kursus vir 'n lettergraad neem (behalwe in 2020-21).

BIO 47. Inleiding tot Navorsing in Ekologie en Evolusionêre Biologie. 4 Eenhede.

Die doel van hierdie kursus is om 'n begrip te ontwikkel van hoe om biologiese navorsing te doen, deur 'n onderwerp in Ekologie, Evolusionêre Biologie en Plantbiologie as 'n praktiese voorbeeld te gebruik. Dit sluit die volledige wetenskaplike proses in: assessering van agtergrondliteratuur, generering van toetsbare hipoteses, aanleer van tegnieke vir veld- en laboratoriumgebaseerde data-insameling, ontleding van data deur toepaslike statistiese metodes te gebruik en laastens die skryf en deel van die resultate. Om hierdie vaardighede te bou, fokus hierdie kursus op nektarmikrobes by Stanfords nabygeleë Jasper Ridge Biological Preserve. Studente, wat in spanne werk, sal nuwe navorsingshipoteses ontwikkel en die nodige data-ontledings doen om hierdie hipoteses te toets. Die sluitsteen van die kursus is 'n navorsingsreferaat geskryf in die styl van 'n eweknie-geëvalueerde joernaalartikel sowel as 'n mondelinge verdediging van studente se navorsingsbevindinge. Omdat die kursus vanjaar aanlyn aangebied sal word, sal ons die data wat in vorige jare ingesamel is ontleed eerder as om veld- en laboratoriumeksperimente persoonlik uit te voer.Alhoewel daar geen voorvereistes is om in die klas in te skryf nie, sal dit nuttig wees as jy reeds BIO 81 geneem het of gelyktydig ingeskryf is in of reeds die relevante HumBio-kernklas geneem het. Let wel: Voldoen aan WIM in Biologie.

BIO 51S. Die geen: die geskiedenis en wetenskap van ons genetiese kode. 3 Eenhede.

Hierdie besprekingsgebaseerde kursus sal die roman ¿The gene¿ deur Siddhartha Mukherjee en ander geselekteerde lesings gebruik om die wetenskap agter ons genetiese kode te verken. Ons sal onderwerpe dek soos regulering van geenuitdrukking, oorerwing, genetiese toetsing, manipulasie van die genoom, en die verhouding tussen genetika en identiteit. Voorvereistes: Instrukteurtoestemming, AP Biologie aanbeveel.

BIO 52. I, Wetenskaplike: Diversiteit verbeter die wetenskaplike praktyk. 1 Eenheid.

Dissiplinêre prioriteite, navorsingsagendas en innovasies word bepaal deur die diversiteit van deelnemers en probleemoplossing is meer suksesvol met 'n wye reeks benaderings. Deur gevallestudies in wetenskaplike navorsing te gebruik, stel ons voor om hierdie insigte te gebruik om ons studente te help om te leer waarom 'n diverse wetenskaplike gemeenskap tot beter ontdekking lei en die relevansie van wetenskap vir die samelewing verbeter. Ons uitgangspunt is dat 'n diverse stel perspektiewe nie net 'n impak sal hê op hoe ons wetenskap leer nie, maar hoe ons wetenskap doen.
Dieselfde as: CSRE 52H

BIO 53. Bewaringsfotografie. 3 Eenhede.

Inleiding tot die veld van bewaringsfotografie en die strategiese gebruik van visuele kommunikasie om kwessies rakende die omgewing en bewaring aan te spreek. Studente sal bekendgestel word aan basiese digitale fotografie, digitale beeldverwerking, en die teorie en toepassing van fotografiese tegnieke. Gevallestudies van bewaringskwessies sal deur middel van foto's en multimediaplatforms ondersoek word, insluitend beelde, video en oudio. Lesings, tutoriale, demonstrasies en opsionele veldbesoeke sal uitloop op die produksie van individuele en groepprojekte. Hierdie kursus is identies aan BIO 7N, dus studente wat vir eersgenoemde ingeskryf is, moet nie hierdie kursus neem nie. Oop vir voorgraadse en gegradueerde studente. Studente moet toegang hê tot 'n DSLR-kamera en lense - ons kan tot 20 studente aanvaar wat 10 kursus-verskafde kameras en lense kan deel, volgens aansoek. Aansoek vir kameragebruik: https://forms.gle/1yAD3my8GoDseXw59.

BIO 57. DIE TOESTAND VAN MENSE EN DIE PLANEET. 4 Eenhede.

Hoe beïnvloed menslike welstand hul omgewing en die omgekeerde? Die doelwitte van hierdie kursus is om maniere te ondersoek om menslike en omgewingswelstand, hul hoofinteraksies nou en in die volgende paar dekades te meet, en om uitdagings en leemtes in ons kennis te identifiseer.

BIO 60. Probleemoplossing in aansteeklike siektes. 4 Eenhede.

Hoekom versprei Lyme-siekte? Hoe word MIV dwelmweerstandig? Hoe beïnvloed ander diere ons siekterisiko? In BIO sal 60 studente werklike gevallestudies ondersoek om te ervaar hoe verskillende wetenskaplike benaderings gebruik word om aansteeklike siektes te bestry. Hulle sal inligting evalueer wat in die populêre media en die wetenskaplike literatuur aangebied word, en sal direk aan die wetenskaplike proses deelneem deur praktiese versameling, dokumentasie en ontledings van outentieke wetenskaplike data. Studente sal hul wetenskaplike nuuskierigheid kweek deur die natuurlike wêreld te ontdek met 'n Foldscope, die `origami papiermikroskoop¿ (https://microcosmos.foldscope.com). Studente sal kritiese denkvaardighede bou deur hipoteses te skep, en eksperimente te ontwerp wat betrekking het op probleme in aansteeklike siektes. Studente sal in spanne werk om hul denke uit te brei en sal oefen om wetenskap aan verskillende gehore te kommunikeer.

BIO 61. Wetenskap as 'n kreatiewe proses. 4 Eenhede.

Wat is die proses van wetenskap, en hoekom maak kreatiwiteit saak? Ons sal diep delf in die toepaslikheid van wetenskap in die aanspreek van 'n groot verskeidenheid werklike probleme. Hierdie kursus is ontwerp om die wetenskaplike metode te onderrig soos dit eintlik deur werkende wetenskaplikes beoefen word. Dit sal dek hoe om 'n goed gestelde vraag te vra, hoe om 'n goeie eksperiment te ontwerp, hoe om kwantitatiewe data te versamel en te interpreteer, hoe om van foute te herstel en hoe om bevindinge te kommunikeer. Feite maak saak! Kursusonderwerpe sal eksperimentele ontwerp, statistiek en statistiese betekenisvolheid, die formulering van toepaslike kontroles, modellering, portuurbeoordeling, en meer insluit. Die kursus sal 'n beduidende praktiese komponent insluit wat toestelvervaardiging, toetsing en meting bevat. Onder ander "Dorm Science"-aktiwiteite, sal ons Arduino-mikrobeheerderstelle en elektroniese sensors versprei, en dan hierdie items, saam met ander materiaal, gebruik om 'n verskeidenheid groep- en individuele projekte buite die klaskamer te voltooi. Die finale kursusopdrag sal wees om 'n wetenskaplike toekenningsvoorstel te ontwikkel en te skryf om 'n student-gekose mite of wetenskaplike kontroversie te toets. Alhoewel dit nuttig is, word geen vorige ondervinding met elektronika of rekenaarprogrammering vereis nie. Aanbeveel vir eerstejaars.
Dieselfde as: APPPHYS 61

BIO 62. Mikrobiologie-eksperimente. 4 Eenhede.

Micro-X is 'n opritkursus waarin ons klassieke tot moderne bakteriologie-eksperimente ondersoek met 'n fokus op ontwerp en logika. Bakteriese biochemie, struktuur, metabolisme en genetika word in die lesing behandel. Die laboratorium sluit mikrobiese kultuur, mikroskopiese ondersoek en bakteriofaag-ontdekking en karakterisering in. Inskrywing beperkte aansoek vereis. Doen aansoek by https://forms.gle/x37kwXvJxvQmN1sA6 teen 3 Desember om voorkeur vir inskrywing te kry.

BIO 6N. Ocean Conservation: Pathways to Solutions. 3 Eenhede.

Ons sal leer hoe om paaie na oplossings te ontwerp deur sosiale wetenskappe en bestuur in ons gevallestudies te integreer. Ons sal beide konvensionele (visserybestuur, die vermindering van die impak van globale skeepvaart, beskermde mariene gebiede) en opkomende navorsing en bestuursbenaderings (mariene ruimtelike beplanning, dinamiese seebestuur, omgewings-DNS) aanspreek. Oseane staar langtermynuitdagings in die gesig, soos oorbevissing en besoedeling wat ons weet hoe om op te los, en opkomende uitdagings, soos klimaatsverandering en seeplastiek, waarvoor oplossings meer ontwykend is. Om uiteindelik volhoubaarheid op lang termyn te bereik, moet oplossings vir beide mense en die planeet werk. Hierdie raaisels bied uitdagende komplekse stelselprobleme wat ons beste interdissiplinêre denke sal verg om op te los.

BIO 7N. Bewaringsfotografie. 3 Eenhede.

Inleiding tot die veld van bewaringsfotografie en die strategiese gebruik van visuele kommunikasie om kwessies rakende die omgewing en bewaring aan te spreek. Studente sal bekendgestel word aan basiese digitale fotografie, digitale beeldverwerking, en die teorie en toepassing van fotografiese tegnieke. Gevallestudies van bewaringskwessies sal deur middel van foto's en multimediaplatforms ondersoek word, insluitend beelde, video en oudio. Lesings, tutoriale, demonstrasies en opsionele veldbesoeke sal uitloop op die produksie van individuele en groepprojekte.

BIO 802. TGR Verhandeling. 0 Eenhede.

BIO 81. Inleiding tot Ekologie. 4 Eenhede.

Hierdie kursus sal jou bekendstel aan die eerste beginsels van die wetenskap van ekologie, die studie van interaksies tussen organismes en hul omgewing. Voorvereistes: Geen.

BIO 82. Genetika. 4 Eenhede.

Die fokus van die kursus is op die basiese meganismes onderliggend aan die oordrag van genetiese inligting en op die gebruik van genetiese analise om biologiese en mediese vrae te bestudeer. Belangrike onderwerpe sal insluit: (1) die gebruik van bestaande genetiese variasie in mense en ander spesies om gene te identifiseer wat 'n belangrike rol speel in die bepaling van eienskappe en siekte-vatbaarheid, (2) die ontleding van mutasies in model-organismes en hul gebruik in die ondersoek van biologiese prosesse en vrae en (3) die gebruik van genetiese inligting vir diagnose en die potensiaal vir genetiese manipulasies om siekte te behandel. Voorvereistes: Geen, maar BIO 83 word aanbeveel. Vir 2021 sal Live Zoom-lesings opgeneem en op Canvas geplaas word vir studente met konflikte. Bywoning van 'n besprekingsafdeling wat een keer per week gehou word, is verpligtend. Vir logistieke vrae oor die kursus, kontak asseblief vir Waheeda Khalfan ([email protected]).

BIO 83. Biochemie & Molekulêre Biologie. 4 Eenhede.

Inleiding tot die molekulêre en biochemiese basis van lewe. Lesingonderwerpe sluit in die struktuur en funksie van proteïene, nukleïensure, lipiede en koolhidrate, energiemetabolisme, seintransduksie, epigenetika en DNA-herstel. Die kursus sal ook oorweeg hoe defekte in hierdie prosesse siektes veroorsaak. Voorvereistes: Geen.

BIO 84. Fisiologie. 4 Eenhede.

Die fokus van Fisiologie is om te verstaan ​​hoe organismes die fisiese uitdagings van lewe op Aarde aanpak. Hierdie kursus sal 'n oorsig gee van dier- en plantfisiologie en 'n begrip leer van hoe organismes homeostase handhaaf, op omgewingsaanwysings reageer en gedrag oor veelvuldige weefsels en orgaanstelsels koördineer. Ons sal die struktuur en funksie van organe en orgaanstelsels ondersoek en hoe daardie sisteme beheer en gereguleer word om homeostase te handhaaf. Beheer en regulering vereis inligting, net soos die vermoë om op omgewingstimuli te reageer, daarom sal ons spesiale aandag skenk aan hormonale en neurale inligtingstelsels. Ons sal ook bekommerd wees oor die interaksies en integrasie van die aktiwiteite van die verskillende orgaanstelsels wat ons bestudeer. Voorvereistes: geen. Vir 2021 sal Live Zoom-lesings opgeneem en op Canvas geplaas word vir studente met konflikte. Bywoning van 'n besprekingsafdeling wat een keer per week gehou word, is verpligtend. Daar sal geen eksamens in die kursus wees nie. Vir logistieke vrae oor die kursus, kontak asseblief vir Waheeda Khalfan ([email protected]).

BIO 85. Evolusie. 4 Eenhede.

Om evolusie te verstaan ​​is die sleutel om die diversiteit van lewe op aarde te verstaan. Ons sal fokus op die fundamentele beginsels van evolusionêre biologie van natuurlike en seksuele seleksie tot die vorming van nuwe spesies. Om hierdie konsepte te verstaan, sal ons in die meganismes wat hulle onderlê delf. Die kursus sal ook hierdie fundamentele prosesse koppel aan belangrike kontemporêre evolusionêre onderwerpe soos die evolusie van gedrag, lewensgeskiedenis-evolusie en menslike evolusie. Voorvereistes: BIO 60 of 61 of 62 of ekwivalent aanbeveel: BIO 82, of toestemming van instrukteur.

BIO 86. Selbiologie. 4 Eenhede.

Hierdie kursus sal fokus op die basiese strukture binne selle en hoe hulle sellulêre funksies uitvoer. Onderwerpe sluit in organelle, membraanhandel, die sitoskelet, seldeling en seintransduksie. Klassieke en onlangse primêre literatuur sal by lesings geïnkorporeer word met die klem op die nuutste eksperimentele benaderings. Voorvereistes: BIO 83 word sterk aanbeveel.

BIO 89SI. Evolusionêre Geneeskunde. 2 Eenhede.

Waarom is liggaamstelsels geneig tot siektes? Hierdie kursus sal teorieë oor die evolusionêre basis van siektes, insluitend kanker, diabetes en psigiatriese siektes, ondersoek. Studente met 'n agtergrond in genetika, fisiologie en evolusie sal hierdie velde sintetiseer om menslike gesondheid en siektes beter te verstaan. Die kursus sal voorlesings uit en besprekings oor die primêre literatuur behels.

BIO 8N. Menslike oorsprong. 3 Eenhede.

'n Opname van die anatomiese en gedragsbewyse vir menslike evolusie en van die toenemend belangrike inligting uit molekulêre genetika. Klem op die skeuring tussen die menslike en sjimpansee-lyne 6-7 miljoen jaar gelede, die verskyning van die australopiths met 4,1 miljoen jaar gelede, die opkoms van die genus Homo ongeveer 2,5 miljoen jaar gelede, die verspreiding van Homo uit Afrika 1,7-1,6 miljoen jare gelede, die daaropvolgende divergensie van Homo in verskillende spesies op verskillende kontinente, en die uitbreiding van ten volle moderne mense (Homo sapiens) uit Afrika ongeveer 50 000 jaar gelede om die Neanderdalmense en ander nie-moderne Eurasiërs te vervang.

BIO 8S. Inleiding tot menslike fisiologie. 4 Eenhede.

Normale funksionering en patofisiologie van hooforgaanstelsels: senuwee-, respiratoriese, kardiovaskulêre, renale, spysverteringstelsel en endokriene. Bykomende onderwerpe sluit in integrerende fisiologie, kliniese gevallestudies en toepassings in genomika-gebaseerde persoonlike medisyne.


Mark Kon

Mark Kon werk in kwantumwaarskynlikheid en inligting, bioinformatika, masjien- en statistiese leer, wiskundige fisika, wiskundige en rekenaarneurologie, kompleksiteitsteorie en golfies. Sy huidige navorsing fokus op twee areas.

Die eerste is oor vrae in kwantumwaarskynlikheid, kwantumberekening en kwantuminligting. Kwantumberekening beloof om 'n paar langdurige optimaliseringsprobleme wat in statistiek en berekeningsbiologie ontstaan, op te los, insluitend proteïenvou, RNA-struktuur en DNA-transkripsieaktiwiteit. Kwantumwaarskynlikheid hou ook verband met vrae wat toepassings in statistiese meganika het.

'n Tweede studiearea is in toepassings van masjienleer op bioinformatika en rekenaarbiologie, in gebiede wat wissel van afleiding van geenregulerende netwerke tot identifikasie en klassifikasie van kankers gebaseer op geenvariasie, enkelnukleotiedpolimorfismes, mikroRNA en ander biomerkers. Bioinformatiese en transkripsie-informatika-toepassings van statistiese en masjienleer het in werklikheid gelei tot metodologiese en teoretiese verbeterings in die statistiese benaderings self, wat belangrik geword het in verskeie aspekte van hierdie navorsingsprojekte. Hierdie gebiede sluit ook aan by statistiese kompleksiteitsteorie, neurale netwerke en Bayesiaanse afleiding, waar soortgelyke kwessies prominent is.


Kyk die video: Mehanika fluida - 1.predavanje (Oktober 2022).