Inligting

Veelvuldige transkripsies wat ooreenstem met dieselfde geen in de novo saamgestelde RNA-volgorde-data, maar FPKM-waardes verskil?

Veelvuldige transkripsies wat ooreenstem met dieselfde geen in de novo saamgestelde RNA-volgorde-data, maar FPKM-waardes verskil?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek het 'n datastel van de novo saamgestelde RNA-seq datastelle oor verskillende monstertipes.

Wanneer BLASTING, pas baie van die passings van die individuele transkripsies by dieselfde geen op die verwysingsgenoom. Elke individuele transkripsie het egter sy eie unieke FPKM-waarde.

Ek is eerstens verward oor hoe jy veelvuldige volgordes van dieselfde geen met verskillende FPKM-waardes kan hê - en natuurlik wonder ek ook wat 'n geskikte benadering vir die daaropvolgende analise sou wees. Moet ek net die FPKM-waardes bymekaar tel vir die rye met dieselfde passings?


As die kwantifisering op die transkripsievlak gedoen word, sal elke geïdentifiseerde transkripsie van 'n gegewe geen 'n ander aantal leeswerk hê wat daaraan toegeskryf word, dus 'n ander RPKM-waarde.

Vir die daaropvolgende ontleding kan u voortgaan op die transkripsievlak.

Ek dink jy kan nie die FPKM-waardes direk optel nie, want hulle is omgekeerd eweredig aan die transkripsielengtes ("K" staan ​​vir "per kilobasis"). As jy die daaropvolgende analise op geenvlak wil doen en FPKM-waardes wil gebruik, sal jy die FPKM-waardes van die transkripsies met die ooreenstemmende transkripsielengtes moet vermenigvuldig voordat jy optel. Dan sal jy hierdie som moet deel deur die geenlengte, of so iets.