Inligting

RNAse aktiwiteit hersiening

RNAse aktiwiteit hersiening


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Ek was op soek na enige resensie wat die struktuurfunksiemotiewe wat verantwoordelik is vir RNAse-aktiwiteit ontrafel. Of ten minste 'n goed saamgestelde oorsig van RNAse superfamilies wat deesdae beskryf word (met koppeling aan hul funksionele aktiwiteit). My PubMed-soektog wat uitgevoer is, het geen waardevolle resultate daarvoor opgelewer nie. Enige spesialiste om kommentaar te lewer?

Dankie by voorbaat!


Ek het 'n paar soektogte gedoen, net vir die pret, maar al waarmee ek vorendag gekom het, was:

Yuhong Zuo en Murray P. Deutscher "Exoribonuklease superfamilies: strukturele analise en filogenetiese verspreiding" (2001) Nucl. Sure Res. 29 (5): 1017-1026. doi: 10.1093/nar/29.5.1017

Nie baie onlangs nie, maar dit is oop toegang. Dit kan moontlik wees om na meer onlangse artikels te soek wat dit aangehaal het. Alhoewel ek dit nie self probeer het nie, het ek voorstelle gevind om dit te doen by https://www.bc.edu/libraries/help/howdoi/howto/pubcitation.html.


Grense in Immunologie

Die redakteur en beoordelaars se affiliasies is die nuutste wat op hul Loop-navorsingsprofiele verskaf word en sal moontlik nie hul situasie ten tyde van hersiening weerspieël nie.


  • Laai artikel af
    • Laai PDF af
    • ReadCube
    • EPUB
    • XML (NLM)
    • Aanvullend
      Materiaal
    • EindNota
    • Verwysingsbestuurder
    • Eenvoudige TEXT-lêer
    • BibTex


    DEEL OP

    Immuniteit en weerstand teen virusse

    2′-5′ Oligo A Synthase Pathway

    Twee ISG's is die sleutel tot hierdie pad: ribonuklease L (RNaseL) en 2'-5' oligo A sintase (OAS). RNaseL (vir latent) is onaktief wanneer dit gesintetiseer word, maar wanneer dit geaktiveer word, vernietig RNA binne die sel, wat lei tot outofagie en apoptose. (Albei hierdie prosesse is robuuste antivirale response.) Om vir RNAseL aktief te word, moet dit aan polimere van 2'-5'-gekoppelde oligoadenilaat (2'-5' oligo A) bind en dit word deur OAS gesintetiseer. OAS word egter ook in 'n onaktiewe vorm geproduseer en word eers aktief wanneer dit aan dsRNA bind. Die vereiste vir 'n meerstap-roete help om te verseker dat RNaseL nie geaktiveer word in die afwesigheid van virale infeksie nie. Om die pad op te som: (1) RNaseL en OAS is ISG'e. (2) As 'n sel wat hierdie proteïene uitdruk deur 'n RNA-virus geïnfekteer is, versamel lang dsRNA in die sitoplasma. (3) OAS word geaktiveer en sintetiseer 2'-5' oligo A. (4) RNaseL bind aan 2'-5' oligo A en word geaktiveer. (5) Aktiewe RNaseL klief virale en sellulêre RNA.


    Dreyfus, M. & Joyce, S. Die wisselwerking tussen vertaling en mRNA-verval in prokariote. in Translasiemeganismes (reds. Lapointe, J. & Brakier-Gingras, L.) 165–183 (Landes Bioscience, Georgetown, Texas, 2002).

    Condon, C. RNA verwerking en afbraak in Bacillus subtilis. Mikrobiol. Mol. Biol. Ds. 67, 157–174 (2003).

    Condon, C. & Putzer, H. Die filogenetiese verspreiding van bakteriële ribonukleases. Nukleïensure Res. 30, 5339–5346 (2002).

    Agaisse, H. & Lereclus, D. STAB-SD: 'n Shine-Dalgarno-volgorde in die 5'-onvertaalde streek is 'n determinant van mRNA-stabiliteit. Mol. Mikrobiol. 20, 633–643 (1996).

    Bechhofer, D.H. & Dubnau, D. Geïnduseerde mRNA-stabiliteit in Bacillus subtilis. Proc. Natl. Acad. Wetenskap. VSA 84, 498–502 (1987).

    Hambraeus, G., Karhumaa, K. & Rutberg, B. 'n 5′-stamlus- en ribosoombindingsplek, maar nie translasie nie, is belangrik vir die stabiliteit van Bacillus subtilis aprE leier mRNA. Mikrobiologie 148, 1795–1803 (2002).

    Glatz, E., Nilsson, R.-P., Rutberg, L. & Rutberg, B. A Dual role for the Bacillus subtilis leier en die GlpP-proteïen in die gereguleerde uitdrukking van glpD: antiterminasie en beheer van mRNA-stabiliteit. Mol. Mikrobiol. 19, 319–328 (1996).

    Selfs, S. et al. Ribonukleases J1 en J2: twee nuwe endoribonukleases in B. subtilis met funksionele homologie aan E coli RNase E. Nukleïensure Res. 33, 2141–2152 (2005).

    Mathy, N. et al. 5'-tot-3'-eksoribonuklease-aktiwiteit in bakterieë: rol van RNase J1 in rRNA-rypwording en 5'-stabiliteit van mRNA. Sel 129, 681–692 (2007).

    Condon, C., Putzer, H., Luo, D. & Grunberg-Manago, M. Verwerking van die Bacillus subtilis thrS-leier mRNA is RNase E-afhanklik in Escherichia coli. J. Mol. Biol. 268, 235–242 (1997).

    Bouvet, P. & Belasco, J.G. Beheer van RNase E-gemedieerde RNA-afbraak deur 5'-terminale basisparing in E coli. Natuur 360, 488–491 (1992).

    Tock, M.R., Walsh, A.P., Carroll, G. & McDowall, K.J. Die CafA-proteïen wat benodig word vir die 5'-rypwording van 16 S rRNA is 'n 5'-eindafhanklike ribonuklease wat konteksafhanklike breë volgorde spesifisiteit het. J. Biol. Chem. 275, 8726–8732 (2000).

    Mackie, G.A. Ribonuklease E is 'n 5'-end-afhanklike endonuklease. Natuur 395, 720–723 (1998).

    Jiang, X. & Belasco, J.G. Katalitiese aktivering van multimeriese RNase E en RNase G deur 5'-monofosforileerde RNA. Proc. Natl. Acad. Wetenskap. VSA 101, 9211–9216 (2004).

    Callebaut, I., Moshous, D., Mornon, J.P. & de Villartay, J.P. Metallo-beta-laktamase vou binne nukleïensure verwerking ensieme: die beta-CASP familie. Nukleïensure Res. 30, 3592–3601 (2002).

    Mandel, C.R. et al. Polyadenylation faktor CPSF-73 is die pre-mRNA 3'-end-verwerking endonuklease. Natuur 444, 953–956 (2006).

    Ishikawa, H., Nakagawa, N., Kuramitsu, S. & Masui, R. Kristalstruktuur van TTHA0252 vanaf Thermus thermophilus HB8, 'n RNA-afbraakproteïen van die metallo-beta-laktamase superfamilie. J. Biochem. 140, 535–542 (2006).

    Dominski, Z. Nukleases van die metallo-beta-laktamase-familie en hul rol in DNA- en RNA-metabolisme. Krit. Ds Biochem. Mol. Biol. 42, 67–93 (2007).

    Li de la Sierra-Gallay, I., Mathy, N., Pellegrini, O. & Condon, C. Struktuur van die alomteenwoordige 3′-prosesseringsensiem RNase Z gebind om RNA oor te dra. Nat. Struktuur. Mol. Biol. 13, 376–377 (2006).

    de la Sierra-Gallay, I.L., Pellegrini, O. & Condon, C. Strukturele basis vir substraatbinding, splitsing en allosterie in die tRNA maturase RNase Z. Natuur 433, 657–661 (2005).

    Weaver, L.H. et al. Vergelyking van ganstipe, hoendertipe en faagtipe lisosimes illustreer die veranderinge wat in beide aminosuurvolgorde en driedimensionele struktuur tydens evolusie plaasvind. J. Mol. Evol. 21, 97–111 (1984).

    Cormack, R.S. & Mackie, G.A. Strukturele vereistes vir die verwerking van Escherichia coli 5 S ribosomale RNA deur RNase E in vitro. J. Mol. Biol. 228, 1078–1090 (1992).

    Mackie, G.A. Sekondêre struktuur van die mRNA vir ribosomale proteïen S20. Implikasies vir splitsing deur ribonuklease E. J. Biol. Chem. 267, 1054–1061 (1992).

    Mackie, G.A. & Genereaux, J.L. Die rol van RNA-struktuur in die bepaling van RNase E-afhanklike splitsingsplekke in die mRNA vir ribosomale proteïen S20 in vitro. J. Mol. Biol. 234, 998–1012 (1993).

    McDowall, K.J., Kaberdin, V.R., Wu, S.W., Cohen, S.N. & Lin-Chao, S. Plekspesifieke RNase E-splyting van oligonukleotiede en inhibisie deur stamlusse. Natuur 374, 287–290 (1995).

    Callaghan, A.J. et al. Struktuur van Escherichia coli RNase E-katalitiese domein en implikasies vir RNA-omset. Natuur 437, 1187–1191 (2005).

    Choonee, N., Even, S., Zig, L. & Putzer, H. Ribosomale proteïen L20 beheer uitdrukking van die Bacillus subtilis infC-operon via 'n transkripsie-dempingsmeganisme. Nukleïensure Res. 35, 1578–1588 (2007).

    Ryan, K., Calvo, O. & Manley, J.L. Bewyse dat polyadenylation faktor CPSF-73 die mRNA 3'-prosessering endonuklease is. RNA 10, 565–573 (2004).

    Moshous, D. et al. Artemis, 'n nuwe DNA-dubbelstring-breekherstel/V(D)J-rekombinasieproteïen, is gemuteer in ernstige gekombineerde immuungebrek by die mens. Sel 105, 177–186 (2001).

    Ma, Y., Pannicke, U., Schwarz, K. & Lieber, M.R. Haarnaaldopening en oorhangverwerking deur 'n Artemis/DNA-afhanklike proteïenkinase-kompleks in nie-homologe eindverbinding en V(D)J-rekombinasie. Sel 108, 781–794 (2002).

    Dominski, Z., Yang, X.C., Purdy, M., Wagner, E.J. & Marzluff, W.F.A. CPSF-73 homoloog is nodig vir selsiklus progressie, maar nie selgroei nie en interaksie met 'n proteïen met kenmerke van CPSF-100. Mol. Sel. Biol. 25, 1489–1500 (2005).

    Ma, Y. et al. Die DNA-afhanklike proteïenkinase-katalitiese subeenheid-fosforileringsplekke in menslike Artemis. J. Biol. Chem. 280, 33839–33846 (2005).

    Soubeyrand, S. et al. Artemis gefosforileer deur DNA-afhanklike proteïenkinase assosieer verkieslik met diskrete streke van chromatien. J. Mol. Biol. 358, 1200–1211 (2006).

    Niewolik, D. et al. DNA-PKcs afhanklikheid van Artemis endonukleolitiese aktiwiteit, verskille tussen haarnaaldjies en 5' of 3' oorhange. J. Biol. Chem. 281, 33900–33909 (2006).

    Taghbalout, A. & Rothfield, L. RNaseE en die ander bestanddele van die RNA-degradosoom is komponente van die bakteriële sitoskelet. Proc. Natl. Acad. Wetenskap. VSA 104, 1667–1672 (2007).

    Vanzo, N.F. et al. Ribonuklease E organiseer die proteïeninteraksies in die Escherichia coli RNA-degradosoom. Gene Dev. 12, 2770–2781 (1998).

    Celesnik, H., Deana, A. & Belasco, J.G. Aanvang van RNA-verval in Escherichia coli deur 5′-pirofosfaatverwydering. Mol. Sel 27, 79–90 (2007).

    Muhlrad, D., Decker, C.J. & Parker, R. Deadenylering van die onstabiele mRNA wat deur die gis MFA2-geen gekodeer word, lei tot decapping gevolg deur 5′ → 3′ vertering van die transkripsie. Gene Dev. 8, 855–866 (1994).

    Matthews, B.W. Oplosmiddelinhoud van proteïenkristalle. J. Mol. Biol. 33, 491–497 (1968).

    Collaborative Computational Project, Nommer 4. Die CCP 4 suite: programme vir proteïenkristallografie. Acta Crystallogr. D Biol. Kristalloogr. 50, 760–763 (1994).

    Kabsch, W.J. Outomatiese verwerking van rotasiediffraksiedata vanaf kristalle van aanvanklik onbekende simmetrie en selkonstantes. J. Appl. Kristalloogr. 26, 795–800 (1993).

    Uson, I. & Sheldrick, G.M. Vooruitgang in direkte metodes vir proteïenkristallografie. Curr. Mening. Struktuur. Biol. 9, 643–648 (1999).

    Schneider, T.R. & Sheldrick, G.M. Onderbou-oplossing met SHELXD. Acta Crystallogr. D Biol. Kristalloogr. 58, 1772–1779 (2002).

    Brunger, A.T. et al. Kristallografie en KMR-stelsel: 'n nuwe sagtewarepakket vir makromolekulêre struktuurbepaling. Acta Crystallogr. D Biol. Kristalloogr. 54, 905–921 (1998).

    Perrakis, A., Morris, R. & Lamzin, V.S. Outomatiese proteïenmodelbou gekombineer met iteratiewe struktuurverfyning. Nat. Struktuur. Biol. 6, 458–463 (1999).

    Emsley, P. & Cowtan, K. Coot: modelbou-instrumente vir molekulêre grafika. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 60, 2126–2132 (2004).

    Vagin, A.A. et al. REFMAC5 woordeboek: organisasie van vooraf chemiese kennis en riglyne vir die gebruik daarvan. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 60, 2184–2195 (2004).

    Laskowski, R.A., MacArthur, M.W., Moss, D.S. & Thornton, J.M. PROCHECK: 'n program om die stereochemiese kwaliteit van proteïenstrukture na te gaan. J. Appl. Kristalloogr. 26, 283–291 (1993).

    DeLano, W.L. Die PyMOL Molekulêre Grafiese Stelsel. (DeLano Scientific, Palo Alto, Kalifornië, 2002).

    Baker, N.A., Sept, D., Joseph, S., Holst, M.J. & McCammon, J.A. Elektrostatika van nanostelsels: toepassing op mikrotubuli en die ribosoom. Proc. Natl. Acad. Wetenskap. VSA 98, 10037–10041 (2001).

    Krissinel, E. & Henrick, K. Sekondêre-struktuur-passing (SSM), 'n nuwe instrument vir vinnige proteïen struktuur belyning in drie dimensies. Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. 60, 2256–2268 (2004).


    Natriumasetaat, trihidraat (Prod. No. S8625)
    Ribonukleïensuur (Prod. No. R6750)

    Gebruik ultrasuiwer water (≥18 MΩxcm weerstand by 25 °C) vir die voorbereiding van reagense.

    Buffer (100 mM natriumasetaat, pH 5.0 by 25 °C) – Berei 'n 13.61 mg/ml oplossing voor deur natriumasetaat, trihidraat (Prod. No. S8625) in ultrasuiwer water te gebruik. Verstel pH tot 5.0 by 25 °C met 2 M asynsuur.

    RNA-oplossing [0.1% (w/v) Ribonukleïensuuroplossing] – Berei voor

    1 mg/mL oplossing in Buffer met behulp van Ribonukleïensuur (Prod. No. R6750). Verseker ontbinding deur óf te swaai óf inversie. Doen nie gebruik 'n roerstaaf. Ontbinding kan tot 30 minute neem. Sodra die RNA opgelos het, is die RNA-konsentrasie moet geverifieer word voordat die toets uitgevoer word. Pipetteer die volgende in 3,0 ml akrilaat weggooibare cuvettes en meng deur inversie:

    Bepaal die ΔA300 Substraat = A300 Substraat - A300 Leeg. ΔA300 Substraat moet wees 0,73±0,025. Indien nodig, pas die absorpsie aan deur die toepaslike hoeveelheid buffer of vaste ribonukleïensuur te gebruik.

    Ensiemoplossing (RNase-oplossing) – Berei 'n RNase-voorraadoplossing voor wat 50–75 Kunitz-eenhede/ml in koue ultrasuiwer water bevat.

    • Vir Totale Hidrolise Bepaling (Ef) – Berei 'n oplossing voor deur die RNase-voorraadoplossing met koue ultrasuiwer water te verdun tot 'n finale konsentrasie van 0.50–0.75 Kunitz-eenheid/ml.
    • Vir koersbepaling (E0) – Onmiddellik voor gebruik, berei 'n oplossing voor deur die RNase-voorraadoplossing met koue ultrasuiwer water te verdun tot 'n finale konsentrasie van 0.20–0.30 Kunitz-eenheid/ml.

    Tegnologie wat RNase-aktiwiteit opspoor

    'n KAIST-navorsingspan van professor Hyun Gyu Park by Departement Chemiese en Biomolekulêre Ingenieurswese het 'n nuwe tegnologie ontwikkel om die aktiwiteit van RNase H, 'n RNA-afbrekende ensiem, op te spoor. Die span het hoogs doeltreffende seinversterkingsreaksie genaamd katalitiese haarnaaldsamestelling (CHA) gebruik om die RNase H-aktiwiteit effektief te ontleed. As in ag geneem word dat RNase H nodig is in die verspreiding van retrovirusse soos MIV, kan hierdie navorsingsbevinding in die toekoms tot VIGS-behandelings bydra, sê navorsers.

    Hierdie studie gelei deur Ph.D. kandidate Chang Yeol Lee en Hyowon Jang is gekies as die voorblad vir Nanoskaal (Uitgawe 42, 2017) gepubliseer in 14 November.

    Die bestaande tegnieke om RNase H op te spoor vereis duur fluorofoor en quencher, en behels komplekse implementering. Verder is daar geen manier om die sein te versterk nie, wat lei tot lae opsporingsdoeltreffendheid in die algemeen. Die span het CHA-tegnologie gebruik om hierdie beperkings te oorkom. CHA versterk opsporingsein om meer sensitiewe RNase H-aktiwiteitstoets moontlik te maak.

    Die span het die reaksiestelsel so ontwerp dat die produk van CHA-reaksie G-quadruplex-strukture het, wat geskik is om fluoressensie te genereer. Deur fluoresserende molekules te gebruik wat aan G-kwadruplekse bind om sterk fluoressensie te genereer, kan die span hoëprestasie RNase H-opsporingsmetode ontwikkel wat die beperkings van bestaande tegnieke oorkom. Verder kan hierdie tegnologie inhibeerders van RNase H-aktiwiteit skerm.

    Die span verwag dat die navorsingsbevinding tot vigsbehandeling kan bydra. VIGS is siekte wat veroorsaak word deur MIV, 'n retrovirus wat omgekeerde transkripsie gebruik, waartydens RNA na DNA omgeskakel word. RNase H is noodsaaklik vir omgekeerde transkripsie in MIV, en dus kan inhibisie van RNase H op sy beurt transkripsie van MIV DNA inhibeer.

    Professor Park het gesê: "Hierdie tegnologie is van toepassing om verskeie ensiemaktiwiteite op te spoor, sowel as RNase H-aktiwiteit." Hy het voortgegaan, "Ek hoop hierdie tegnologie kan wyd gebruik word in navorsing oor ensiemverwante siektes."


    Etiekverklarings

    Mededingende belange

    Die Regents van die Universiteit van Kalifornië het patente uitgereik en hangende vir CRISPR-tegnologieë waarop H.S., B.F.C., G.J.K. en J.A.D. uitvinders is. J.A.D. is 'n medestigter van Caribou Biosciences, Editas Medicine, Scribe Therapeutics, Intellia Therapeutics en Mammoth Biosciences. J.A.D. is 'n wetenskaplike adviesraadslid van Caribou Biosciences, Intellia Therapeutics, eFFECTOR Therapeutics, Scribe Therapeutics, Mammoth Biosciences, Synthego, Algen Biotechnologies, Felix Biosciences en Inari. J.A.D. is 'n direkteur by Johnson & Johnson en het navorsingsprojekte wat deur Biogen, Pfizer, AppleTree Partners en Roche geborg word.


    'n Quadruplex-gebaseerde, etiketvrye en intydse fluoressensietoets vir RNase H-aktiwiteit en -inhibisie

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Seldsame Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie vir Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Skaars Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie van Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Skaars Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie vir Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Skaars Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie vir Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Skaars Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie vir Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Seldsame Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie van Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Seldsame Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie van Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Skaars Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie vir Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Skaars Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie vir Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Laboratorium vir Chemiese Biologie en Staat Sleutellaboratorium van Seldsame Aarde Hulpbronne Benutting, Changchun Instituut vir Toegepaste Chemie, Chinese Akademie van Wetenskappe, Changchun, 130022 (PR China), Faks: (+86) 0431-85262625

    Nagraadse Skool van die Chinese Akademie van Wetenskappe, Beijing, 100039 (PR China)

    Abstrak

    Ons demonstreer 'n unieke quadrupleks-gebaseerde fluoressensie-toets vir sensitiewe, maklike, intydse en etiketvrye opsporing van RNase H-aktiwiteit en -inhibisie deur 'n G-quadruplex-vormingstrategie te gebruik. In ons benadering is 'n RNA-DNA-substraat voorberei, met die DNA-string ontwerp as 'n quadrupleks-vormende oligomeer. By splitsing van die RNA-string deur RNase H, vou die vrygestelde G-ryke DNA-string in 'n quadrupleks in die teenwoordigheid van eenwaardige ione en tree in wisselwerking met 'n spesifieke G-quadruplex binder, N-metielmesoporfirien IX (NMM) dit gee 'n dramatiese toename in fluoressensie en dien as 'n verslaggewer van die reaksie. Hierdie nuwe toets is eenvoudig in ontwerp, vinnig in werking en is geriefliker en belowend as ander metodes. Dit neem minder as 30 minute om klaar te maak en die opsporingslimiet is baie beter of ten minste vergelykbaar met vorige verslae. Geen gesofistikeerde eksperimentele tegnieke of chemiese modifikasie vir óf RNA óf DNA word vereis nie. Die toets kan bewerkstellig word deur 'n algemene spektrofotometer te gebruik en voorkom moontlike inmenging met die kinetiese gedrag van die katalisators. Ons benadering bied 'n ideale stelsel vir hoë-deurset sifting van ensiem inhibeerders en demonstreer dat die struktuur van die G-quadruplex gebruik kan word as 'n funksionele hulpmiddel in spesifieke velde in die toekoms.

    Gedetailleerde feite van belang vir spesialislesers word gepubliseer as "Ondersteunende Inligting". Sulke dokumente word eweknie-geëvalueer, maar nie kopie-geredigeer of getipeer nie. Hulle word beskikbaar gestel soos voorgelê deur die skrywers.

    Lêernaam Beskrywing
    chem_200902166_sm_miscellaneous_information.pdf155 KB diverse_inligting

    Neem asseblief kennis: Die uitgewer is nie verantwoordelik vir die inhoud of funksionaliteit van enige ondersteunende inligting wat deur die skrywers verskaf word nie. Enige navrae (behalwe ontbrekende inhoud) moet aan die ooreenstemmende outeur vir die artikel gerig word.


    Inhoud

    Bakteriële RNase P het twee komponente: 'n RNA-ketting, genoem M1-RNA, en 'n polipeptiedketting, of proteïen, genoem C5-proteïen. [4] [5] In vivo, beide komponente is nodig vir die ribosiem om behoorlik te funksioneer, maar in vitro, kan die M1 RNA alleen as 'n katalisator optree. [1] Die primêre rol van die C5-proteïen is om die substraatbindingsaffiniteit en die katalitiese tempo van die M1 RNA-ensiem te verbeter waarskynlik deur die metaalioonaffiniteit in die aktiewe plek te verhoog. Die kristalstruktuur van 'n bakteriële RNase P-holoënsiem met tRNA is onlangs opgelos, wat wys hoe die groot, koaksiaal gestapelde heliese domeine van die RNase P-RNA betrokke raak by vormselektiewe herkenning van die pre-tRNA-teiken. Hierdie kristalstruktuur bevestig vroeëre modelle van substraatherkenning en katalise, identifiseer die ligging van die aktiewe plek en wys hoe die proteïenkomponent RNase P-funksionaliteit verhoog. [6] [7]

    Bakteriële RNase P klas A en B Edit

    Ribonuklease P (RNase P) is 'n alomteenwoordige endoribonuklease, wat in archaea, bakterieë en eukarya voorkom, sowel as chloroplaste en mitochondria. Die beste gekarakteriseerde aktiwiteit daarvan is die generering van volwasse 5'-punte van tRNA's deur die 5'-leierelemente van voorloper-tRNA's te splits. Sellulêre RNase Ps is ribonukleoproteïene (RNP). RNA van bakteriële RNase Ps behou sy katalitiese aktiwiteit in die afwesigheid van die proteïensubeenheid, dit wil sê dit is 'n ribosiem. Daar is nie getoon dat geïsoleerde eukariotiese en argaeale RNase P-RNA sy katalitiese funksie behou nie, maar is steeds noodsaaklik vir die katalitiese aktiwiteit van die holoënsiem. Alhoewel die argaeale en eukariotiese holoënsieme 'n baie groter proteïeninhoud as die eubakteriese het, is die RNA-kerne van al die drie afstammelinge homoloog—helikse wat ooreenstem met P1, P2, P3, P4 en P10/11 is algemeen vir alle sellulêre RNase P RNA's. Tog is daar aansienlike volgordevariasie, veral onder die eukariotiese RNA's.

    In archaea bestaan ​​RNase P ribonukleoproteïene uit 4-5 proteïensubeenhede wat met RNA geassosieer word. Soos geopenbaar deur in vitro rekonstitusie-eksperimente hierdie proteïen-subeenhede is individueel gebruikbaar vir tRNA-verwerking wat in wese deur die RNA-komponent bemiddel word. [8] [9] [10] Die strukture van proteïensubeenhede van argaeale RNase P is opgelos deur x-straalkristallografie en KMR, wat dus nuwe proteïendomeine openbaar en vou fundamenteel vir funksie.

    Deur gebruik te maak van vergelykende genomika en verbeterde berekeningsmetodes, is 'n radikaal geminimaliseerde vorm van die RNase P RNA, genaamd "Tipe T", gevind in alle volledige genome in die crenarchaeale filogenetiese familie Thermoproteaceae, insluitend spesies in die genera Pyrobaculum, Caldivirga en Vulcanisaeta. [11] Almal behou 'n konvensionele katalitiese domein, maar kort 'n herkenbare spesifisiteitsdomein. 5' tRNA verwerkingsaktiwiteit van die RNA alleen is eksperimenteel bevestig. Die Pyrobaculum en Caldivirga RNase P RNAs is die kleinste natuurlik voorkomende vorm wat nog ontdek is om as transwerkende ribosime te funksioneer. [11] Verlies van die spesifisiteitsdomein in hierdie RNA's dui op potensiële veranderde substraatspesifisiteit.

    Daar is onlangs aangevoer dat die archaebacteriium Nanoarchaeum equitans beskik nie oor RNase P nie. Rekenkundige en eksperimentele studies kon nie bewyse vir die bestaan ​​daarvan vind nie. In hierdie organisme is die tRNA-promotor naby aan die tRNA-geen en daar word gedink dat transkripsie by die eerste basis van die tRNA begin en sodoende die vereiste vir RNase P verwyder word. [12]

    In eukariote, soos mense en gis, bestaan ​​die meeste RNase P uit 'n RNA-ketting wat struktureel soortgelyk is aan dié wat in bakterieë gevind word [13] sowel as nege tot tien geassosieerde proteïene (teenoor die enkele bakteriële RNase P-proteïen, C5) . [2] [14] Vyf van hierdie proteïensubeenhede vertoon homologie met argaeale eweknieë. Hierdie proteïen subeenhede van RNase P word gedeel met RNase MRP, [14] [15] [16] 'n katalitiese ribonukleoproteïen wat betrokke is by die verwerking van ribosomale RNA in die nukleolus. [17] Daar is eers onlangs gedemonstreer dat RNase P van eukariote 'n ribosiem is. [18] Gevolglik het die talle proteïensubeenhede van eukêre RNase P 'n geringe bydrae tot tRNA-verwerking per se, [19] terwyl dit blykbaar noodsaaklik is vir die funksie van RNase P en RNase MRP in ander biologiese omgewings, soos geentranskripsie. en die selsiklus. [3] [20] Ten spyte van die bakteriële oorsprong van mitochondria en chloroplaste, blyk dit nie dat plastiede van hoër diere en plante 'n RNA-gebaseerde RNase P bevat nie. Dit is getoon dat menslike mitochondriale RNase P 'n proteïen is en nie RNA bevat nie. . [21] Daar is ook getoon dat spinasiechloroplast RNase P sonder 'n RNA-subeenheid funksioneer. [22]

    Subeenhede en funksies van menslike RNase P [2]
    Subeenheid Funksie/interaksie (in tRNA-verwerking)
    RPP14 RNA-binding
    RPP20 ATPase, helikase/Hsp27, SMN, Rpp25
    RPP21 RNA-binding, aktiwiteitg/Rpp29
    RPP25 RNA-binding/Rpp20
    RPP29 tRNA-binding, aktiwiteit/Rpp21
    RPP30 RNA-binding, aktiwiteit/Pop5
    RPP38 RNA-binding, aktiwiteit
    RPP40
    hpop1
    hpop5 RNA-binding, aktiwiteit/Rpp30
    H1 RNA Aktiwiteit/Rpp21, Rpp29, Rpp30, Rpp38

    RNase P word nou bestudeer as 'n potensiële terapie vir siektes soos herpes simplex-virus, [23] sitomegalovirus, [23] [24] griep en ander respiratoriese infeksies, [25] MIV-1 [26] en kanker wat deur samesmeltingsgeen veroorsaak word BCR-ABL. [23] [27] Eksterne gidsvolgordes (EGS'e) word gevorm met komplementariteit tot virale of onkogene mRNA en strukture wat die T-lus en aanvaarderstam van tRNA naboots. [25] Hierdie strukture laat RNase P toe om die EGS te herken en die teiken-mRNA te klief. EGS-terapieë het getoon om effektief te wees in kultuur en in lewende muise. [28]


    Amerikas

    Webwerf sal in Engels vertoon word.

    Ons gebruik hierdie koekies om te verseker dat ons webwerf veilig en behoorlik funksioneer, dit is nodig vir ons dienste om te funksioneer en kan nie in ons stelsels afgeskakel word nie. Hulle word gewoonlik slegs ingestel in reaksie op aksies wat deur jou gemaak word wat neerkom op 'n versoek vir dienste, soos om aan te meld, 'n inkopiemandjie te gebruik of vorms in te vul. Jy kan jou blaaier instel om jou te blokkeer of te waarsku oor hierdie koekies, maar sommige dele van ons dienste sal nie daarsonder werk nie. Soos die ander koekies wat ons gebruik, kan streng noodsaaklike koekies óf eerstepartykoekies óf derdepartykoekies wees.

    Ons gebruik hierdie koekies om jou instellings en voorkeure te onthou. Ons kan byvoorbeeld hierdie koekies gebruik om jou taalvoorkeure te onthou.
    Laat voorkeurkoekies toe

    Ons gebruik hierdie webkoekies om inligting in te samel oor hoe jy met ons dienste omgaan en om ons te help om dit te meet en te verbeter. Byvoorbeeld, ons kan hierdie koekies gebruik om te bepaal of jy met 'n sekere bladsy interaksie gehad het.
    Laat prestasie-/statistiekkoekies toe

    Ons en ons advertensievennote gebruik hierdie webkoekies om advertensies te lewer, om dit meer relevant en betekenisvol vir jou te maak, en om die doeltreffendheid van ons advertensieveldtogte na te spoor, beide op ons dienste en op ander webwerwe en sosiale media.
    Laat bemarkingskoekies toe


    Kyk die video: RNA processing pre-mature to mature RNA (September 2022).


Kommentaar:

  1. Enzo

    Sjoe ...

  2. Ulises

    Ekskuus, ek kan niks help nie. Maar dit is verseker dat jy die regte besluit sal vind. Moenie wanhoop nie.



Skryf 'n boodskap