Inligting

Is DNA-volgordebedekking 'n funksie van monstersuiwerheid?

Is DNA-volgordebedekking 'n funksie van monstersuiwerheid?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Hoe word dekking deur die suiwerheid van 'n monster beïnvloed? En kan dekking vir 'n monster deur ander dinge beïnvloed word, soos die biblioteekvoorbereiding of manier waarop die monster gestoor is?


Dus faktore wat in dekking in kortlees-volgordebepaling (en Sanger-volgordebepaling) ingaan.

  • Diepte is die ooglopende een. As dit alles gelyk is, kry jy 'n groot Poisson-verspreiding van dekking oor 'n genoom, en daarom is meer volgordebepaling = meer dekking.

  • Die menslike genoom en transkripsie is nie almal gelyk nie. Illumina-volgordebepaling is uiteindelik (meeste protokolle) afhanklik van PCR-amplifikasie, wat beteken dat enige faktore wat PCR-amplifikasievermoë beïnvloed, ook volgordebepalingsdiepte sal beïnvloed. Die twee ooglopende in hierdie opsig is: 1) Streke met uiterste GC-inhoud en 2) Streke wat sekondêre strukture bevat (hoofsaaklik RNA).

  • Belyning is die volgende groot bron van foute vir streke wat 'afgelaai' word, afhangende van hoe jou belyner met multi-kartering lees. Sommige genome het baie jong oordraagbare elemente wat baie soortgelyk aan mekaar is en baie volop is. Vir die meeste aligners beteken dit dat jy óf groot dekking óf baie klein dekking kan kry, afhangende van hoe die genoom saamgestel is.

  • Vir lae-insette volgordebepaling tegnieke kry jy groot bronne van DNA/RNA kontaminasie van die ensieme, reagense en voorbereiding van die monsters. Dit kan grootliks tot die minimum beperk word deur 'skoon' monsters te hê en groot hoeveelhede insette DNA/RNA te gebruik.

Afhangende van die reekse wat jy bestudeer, kan leesdiepte die enigste faktor wees wat jy oorweeg of as jy moeilike streke of spesifieke vrae het, kan jy 'n hele reeks probleme hanteer.

So in antwoord op jou vraag: ja, DNA-kwaliteit sal dekking direk beïnvloed. Soms kan jy 'net meer volgorde' om oor hierdie probleem te kom, soms moet jy teruggaan na die tekenbord.


Die grootste bydraer tot opeenvolgingsdekking (op 'n Hiseq, neem ek aan) is hoeveel leeswerk jy kry, wat meestal afhang van watter persentasie van 'n vloeisel jy dit gee. Dit is duidelik dat die res wat jy genoem het bydra, en suiwerheid kan 'n groot probleem wees as jy op soek is na 'n subset van selle wat jy uit 'n groter poel probeer isoleer, maar die maklikste manier om meer dekking te kry, is om meer vaste eiendom op te slaan. die vloeisel.