Inligting

5.20: Taksonomie - Biologie

5.20: Taksonomie - Biologie


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Leeruitkomste

  • Lys die verskillende vlakke van die taksonomiese klassifikasiestelsel

Taksonomie (wat letterlik "reëlingswet" beteken) is die wetenskap om organismes te klassifiseer om internasionaal gedeelde klassifikasiestelsels te konstrueer met elke organisme wat in meer en meer inklusiewe groeperings geplaas word. Hierdie organisasie van groter na kleiner, meer spesifieke kategorieë word 'n hiërargiese stelsel genoem.

Die taksonomiese klassifikasiestelsel (ook genoem die Linnaeaanse stelsel na sy uitvinder, Carl Linnaeus, 'n Sweedse plantkundige, dierkundige en geneesheer) gebruik 'n hiërargiese model. Beweeg van die punt van oorsprong, word die groepe meer spesifiek, totdat een tak as 'n enkele spesie eindig. Byvoorbeeld, na die algemene begin van alle lewe, verdeel wetenskaplikes organismes in drie groot kategorieë wat 'n domein genoem word: Bakterieë, Archaea en Eukarya. Binne elke domein is 'n tweede kategorie genoem a koninkryk. Na koninkryke is die daaropvolgende kategorieë van toenemende spesifisiteit: filum, klas, orde, familie, genus, en spesies (Figuur 1).

Die koninkryk Animalia spruit uit die Eukarya-domein. Vir die gewone hond sal die klassifikasievlakke wees soos getoon in Figuur 1. Daarom het die volle naam van 'n organisme tegnies agt terme. Vir die hond is dit: Eukarya, Animalia, Chordata, Mammalia, Carnivora, Canidae, Canis, en lupus. Let daarop dat elke naam met hoofletters behalwe spesies is, en die genus- en spesiename is kursief gedruk. Wetenskaplikes verwys gewoonlik net na 'n organisme volgens sy genus en spesie, wat sy twee-woord wetenskaplike naam is, in wat genoem word binomiale nomenklatuur. Daarom is die wetenskaplike naam van die hond Canis lupus. Die naam op elke vlak word ook 'n genoem takson. Met ander woorde, honde is in orde Carnivora. Carnivora is die naam van die takson op die ordevlak; Canidae is die takson op familievlak, ensovoorts. Organismes het ook 'n algemene naam wat mense tipies gebruik, in hierdie geval, hond. Let daarop dat die hond ook 'n subspesie is: die "vertroud is"in Canis lupus familiaris. Subspesies is lede van dieselfde spesie wat in staat is om te paar en lewensvatbare nageslag voort te plant, maar hulle word as aparte subspesies beskou as gevolg van geografiese of gedragsisolasie of ander faktore.

Figuur 2 toon hoe die vlakke beweeg na spesifisiteit met ander organismes. Let op hoe die hond 'n domein deel met die wydste diversiteit van organismes, insluitend plante en skoenlappers. Op elke subvlak word die organismes meer eenders omdat hulle nader verwant is. Histories het wetenskaplikes organismes geklassifiseer met behulp van kenmerke, maar soos DNS-tegnologie ontwikkel het, is meer presiese filogenieë bepaal.

Oefenvraag

Op watter vlakke word katte en honde as deel van dieselfde groep beskou?

[oefenarea-rye=”2″][/oefenarea]
[reveal-answer q=”614472″]Wys antwoord[/reveal-answer]
[hidden-answer a=”614472″]Katte en honde is deel van dieselfde groep op vyf vlakke: albei is in die domein Eukarya, die koninkryk Animalia, die filum Chordata, die klas Mammalia en die orde Carnivora.[/hidden -antwoord]

Besoek hierdie webwerf om drie organismes—beer, orgidee en seekomkommer—van koninkryk tot spesie te klassifiseer. Om die speletjie te begin, klik onder Classifying Life op die prent van die beer of die Begin interaktiewe knoppie.

Onlangse genetiese ontleding en ander vooruitgang het gevind dat sommige vroeëre filogenetiese klassifikasies nie ooreenstem met die evolusionêre verlede nie; daarom moet veranderinge en opdaterings gemaak word soos nuwe ontdekkings plaasvind. Onthou dat filogenetiese bome hipoteses is en gewysig word soos data beskikbaar word. Daarbenewens het klassifikasie histories gefokus op die groepering van organismes hoofsaaklik volgens gedeelde eienskappe en illustreer nie noodwendig hoe die verskillende groepe met mekaar verband hou vanuit 'n evolusionêre perspektief nie. Byvoorbeeld, ten spyte van die feit dat 'n seekoei meer na 'n vark as 'n walvis lyk, kan die seekoei die naaste lewende familielid van die walvis wees.

Video-opsomming

Hierdie video bied nog 'n inleiding tot taksonomie en hoe dit werk:

'n YouTube-element is uitgesluit van hierdie weergawe van die teks. Jy kan dit aanlyn hier sien: pb.libretexts.org/fob1/?p=104


Variante oproepformaat

Die Variante oproepformaat (VCF) spesifiseer die formaat van 'n tekslêer wat in bioinformatika gebruik word vir die stoor van geenvolgorde-variasies. Die formaat is ontwikkel met die koms van grootskaalse genotipering en DNA-volgordebepalingsprojekte, soos die 1000 Genomes Project. Bestaande formate vir genetiese data soos Algemene kenmerkformaat (GFF) het al die genetiese data gestoor, waarvan baie oorbodig is omdat dit oor die genome gedeel sal word. Deur die variant-oproepformaat te gebruik, hoef slegs die variasies saam met 'n verwysingsgenoom gestoor te word.

Die standaard is tans in weergawe 4.3, [1] [2] alhoewel die 1000 Genomes Project sy eie spesifikasie ontwikkel het vir strukturele variasies soos duplisering, wat nie maklik in die bestaande skema geakkommodeer word nie. [3] Daar is ook 'n Genomiese VCF (gVCF) uitgebreide formaat, wat bykomende inligting insluit oor "blokke" wat by die verwysing en hul eienskappe pas. [4] 'n Stel gereedskap is ook beskikbaar om die lêers te redigeer en te manipuleer. [5] [6]


Is daar 'n aflaaibare lys van alle spesies saam met hul tradisionele klassifikasie?

Ek is op soek na 'n aflaaibare lys van alle bekende (of beter gesê, aanlyn gedokumenteerde) spesies in hierdie eenvoudige formaat, as 'n voorbeeld die Europese Padda:

Koninkryk: Animalia
Afdeling: Chordata
Klas: Amfibie
Bestelling: Anura
Familie: Ranidae
Genus: Rana
Spesie: Rana temporaria

Ek wil graag hierdie lys vanlyn hê in 'n gestruktureerde teks- of databasisformaat wat ek kan ontleed. As so 'n lys ander nuttige eienskappe het (krediete, verspreiding, algemene name), is dit welkom, maar bogenoemde is die absolute minimum wat ek nodig het. Ek weet daar is meer taksonomievlakke in die bogenoemde stelsel (Species 2000 & ITIS Catalog of Life: April 2013), maar ek het net hierdie basiese 6 nodig.

Ek het na verskeie versamelings gekyk en sukkel om die data te kry wat ek nodig het. Óf die databasis is onvolledig, nie toeganklik as 'n databasis nie, het ingewikkelde datastrukture, of het swak beskryfde en stadige web-API's waarop ek nie kan staatmaak nie.

Konseptueel lyk dit vir my of http://www.catalogueoflife.org die naaste aan my behoeftes kom, tog is hulle aflaai 'n hulpmiddel, nie 'n databasis nie. Ek sien wel die aflaai het 'n MySQL-lêergids wat baie lêers bevat, maar ek weet nie hoe om dit in 'n databasis te rekonstrueer nie. Dit blyk ook dat hulle die bladsy getrek het om die databasis aflaai te beskryf.

So eenvoudig as wat my vraag lyk (ek is nie 'n bioloog nie, so ek het aangeneem dit was eenvoudig), ek het 'n paar uur gemors om leeg op te staan. Ek het gewonder of iemand die werk gedoen het om basiese spesie-inligting in 'n verstaanbare formaat te verskaf soos versoek?

Wat spesie volledigheid betref, die 1.3m van Catalog of Life klink baie goed, aangesien ek tans my stelsel op Wikipedia baseer, wat net 180k spesies het.


Halofiele

Volgens die Nasionale Sentrum vir Biotegnologiese Inligting (NCBI) is daar tans 48 genoemde genera wat tot die familie Halobacteriaceae (insluitend Halobacterium) behoort. Op hierdie vlak word die genera en spesies bepaal deur die polifasiese benadering wat vroeër beskryf is.

Om Halobacterium-stamme in spesies te klassifiseer was 'n moeilike taak. Byvoorbeeld, die oorsprong van die Halobacterium sp. NRC-1 is onduidelik alhoewel verskeie literatuur dit gekategoriseer het as 'n stam van óf H. halobium , H. cutirubrum , H. salinarium óf H. salinarum (die laaste twee is dieselfde spesie maar hernoem weens taalkwessies). In 2000 het dit egter die eerste Halobacterium-stam geword wat sy hele genoom gevolgorde het en die skrywers van die betrokke publikasie het herberaam van die bepaling van sy uiteindelike taksonomie en eerder teruggekeer na die etiket van Halobacterium sp. NRC-1. Toe in 2004 herklassifiseer 'n artikel die wilde-tipe isolaat as 'n stam van H. salinarum alhoewel verskeie bewyse hierdie gevolgtrekking betwis het. Byvoorbeeld 'n onmiskenbare fenotipiese verskil tussen Halobacterium sp. NRC-1 en die “H. salinarum”-stam R-1 is die gebrek aan gasvesikels in H. salinarum str. R-1, 'n kenmerk wat beskou word as fototaksis, termotaksis en chemotaxis en is van beduidende belang vir Halobacterium sp. NRC-1 se oorlewing [10], [11] . Aansienlike oorafhanklikheid van filogenetiese bome wat uit 16S rRNA-vergelykings geproduseer word, het bygedra tot die wanvoorstelling van spesies omdat hierdie volgordes verander in die meeste van die deelnemers van Halobacterium [11].

Hierdie grafiek toon die uitwerking van toenemende sout (natriumchloried) konsentrasie op die groeitempo van verskeie mikroörganismes met verskillende souttoleransies.

Grafiek uit 'Brock Biology of Microorganisms' [6] .

Die filogenetiese boom (links) is die produk van 16S rRNA volgorde vergelykings. Die vetgedrukte takke binne elke domein dui takke aan wat in halofiele mikro-organismes voorkom. Die name wat gegee word verteenwoordig die tipe genus van daardie tak.

Diagram uit 'Halofiele mikroörganismes en hul omgewings' [8].

Die prentjie (regs) is van Artemia salina, 'n spesie pekelgarnale, 'n primitiewe groep antropode, wat onder ander hipersoute habitatte in die Groot Soutmeer gevind kan word. Hulle is meersellige Eukarya wat in staat is om te leef in byna versadigde waters (50% soutkonsentrasie) sowel as seewatervlakke van soutgehalte (2,9 - 3,5% opgeloste soute) [9] .

Op 'n kantnoot, 'n sekere verskeidenheid van hierdie pekelgarnale is die organismes wat jy in die 'Sea-Monkeys'-stelle kan sien!


5.3 Hoe meet ons ooreenkoms?

Van 'n veer: hoe die afstande gemeet word en ooreenkomste tussen waarnemings gedefinieer het 'n sterk impak op die groeperingsresultaat. Ons eerste stap is om te besluit wat ons bedoel soortgelyk. Daar is verskeie maniere om voëls te vergelyk: 'n afstand wat byvoorbeeld grootte en gewig gebruik, sal 'n ander groepering gee as een wat dieet of habitat gebruik. Sodra ons die relevante kenmerke gekies het, moet ons besluit hoe ons verskille tussen die veelvuldige kenmerke in 'n enkele getal kombineer. Hier is 'n seleksie van keuses, sommige van hulle word in Figuur 5.5 geïllustreer.

Figuur 5.5: Gelyke-afstand kontoer plotte volgens vier verskillende afstande: punte op enige een kurwe is almal dieselfde afstand vanaf die middelpunt.

Euklidiese Die Euklidiese afstand tussen twee punte (A=(a_1. a_p)) en (B= (b_1. b_p)) in 'n (p) -dimensionele ruimte (vir die (p) kenmerke) is die vierkantswortel van die som van die vierkante van die verskille in alle (p) koördinaatrigtings:

Manhattan Die Manhattan, City Block, Taxicab of (L_1) afstand neem die som van die absolute verskille in alle koördinate.

Maksimum Die maksimum van die absolute verskille tussen koördinate word ook die (L_infty) afstand genoem:

Geweegde Euklidiese afstand is 'n veralgemening van die gewone Euklidiese afstand, deur verskillende rigtings in kenmerkruimte verskillende gewigte te gee. Ons het reeds een voorbeeld van 'n geweegde Euklidiese afstand in Hoofstuk 2 teëgekom, die (chi^2) afstand. Dit word gebruik om rye in gebeurlikheidstabelle te vergelyk, en die gewig van elke kenmerk is die omgekeerde van die verwagte waarde. Die Mahalanobis afstand is nog 'n geweegde Euklidiese afstand wat die feit in ag neem dat verskillende kenmerke 'n ander dinamiese omvang kan hê, en dat sommige kenmerke positief of negatief met mekaar gekorreleer kan wees. Die gewigte in hierdie geval word afgelei van die kovariansiematriks van die kenmerke. Sien ook Vraag 5.1.

Minkowski Om die eksponent toe te laat om (m) in plaas van (2) te wees, soos in die Euklidiese afstand, gee die Minkowski-afstand

Redigeer, Hamming Hierdie afstand is die eenvoudigste manier om karakterreekse te vergelyk. Dit tel eenvoudig die aantal verskille tussen twee karakterstringe. Dit kan op nukleotied- of aminosuurvolgordes toegepas word – alhoewel in daardie geval die verskillende karaktervervangings gewoonlik met verskillende bydraes tot die afstand geassosieer word (om rekening te hou met fisiese of evolusionêre ooreenkoms), en skrappings en invoegings kan ook toegelaat word.

Binêre Wanneer die twee vektore binêre bisse as koördinate het, kan ons aan die nie-nul-elemente dink as 'aan' en die nul-elemente as 'af'. Die binêre afstand is die proporsie kenmerke wat slegs een bis aan het onder daardie kenmerke wat ten minste een bis aan het.

Jaccard Afstand Voorkoms van eienskappe of kenmerke in ekologiese of mutasiedata kan vertaal word in teenwoordigheid en afwesigheid en geënkodeer word as 1'e en 0'e. In sulke situasies is saam-voorkoms dikwels meer insiggewend as saam-afwesigheid. Byvoorbeeld, wanneer mutasiepatrone in MIV vergelyk word, is die naasbestaan ​​in twee verskillende stamme van 'n mutasie geneig om 'n belangriker waarneming te wees as die mede-afwesigheid daarvan. Om hierdie rede gebruik bioloë die Jaccard-indeks. Kom ons noem ons twee waarnemingsvektore (S) en (T) , (f_<11>) die aantal kere wat 'n kenmerk saam voorkom in (S) en (T) , ( f_<10>) (en (f_<01>) ) die aantal kere wat 'n kenmerk voorkom in (S) maar nie in (T) nie (en omgekeerd), en (f_<00 >) die aantal kere wat 'n kenmerk saam afwesig is. Die Jaccard-indeks is

(m.a.w. dit ignoreer (f_<00>) ), en die Jaccard-ongelykheid is

Korrelasie-gebaseerde afstand

Figuur 5.6: 'n Voorbeeld vir die gebruik van Mahalanobis-afstande om die afstand van 'n nuwe datapunt (rooi) vanaf twee groepsentrums te meet.

Aan watter van die twee trossentrums in Figuur 5.6 is die rooi punt die naaste?

'n Naïewe antwoord sal die Euklidiese metrieke gebruik en besluit dat die punt nader aan die linkergroep is. Aangesien ons egter sien dat die kenmerke verskillende reekse en korrelasies het, en dat dit selfs tussen die twee trosse verskil, maak dit sin om trosspesifieke Mahalanobis-afstande te gebruik. Die figuur toon kontoerlyne vir beide trosse. Dit is verkry uit 'n digtheidskatting die Mahalanobis-afstand benader hierdie kontoere met ellipse. Die afstand tussen die rooi punt en elk van die trossentrums stem ooreen met die aantal kontoerlyne wat gekruis is. Ons sien dat namate die groep aan die regterkant meer versprei is, die rooi punt in werklikheid nader daaraan is.

Figuur 5.7: Die onderste driehoek van afstande kan deur enige van honderd verskillende funksies in verskeie R pakkette (vegdist in vegan, madeliefie in cluster, genetiese_afstand in gstudio, dist.dna in aap, Dist in n kaart, afstand in ekodis, dist.multiPhylo in distories, kortste Pad in gafstand, % dudi.dist en dist.genet in ade4).

5.3.1 Berekeninge wat verband hou met afstande in R

Die dist-funksie in R is ontwerp om minder spasie te gebruik as die volle (n^2) posisies wat 'n volledige (n imes n) afstandmatriks tussen (n) voorwerpe sou vereis. Die funksie bereken een van ses keuses van afstand (euklidiese, maksimum, manhattan, canberra, binêr, minkowski) en voer 'n vektor van waardes uit wat voldoende is om die volledige afstandmatriks te rekonstrueer. Die funksie gee 'n spesiale objek van klas dist terug wat die relevante vektor van grootte (n imes(n-1)/2) kodeer. Hier is die uitset vir 'n (3) by (3) matriks:

Om toegang tot 'n bepaalde afstand te verkry (byvoorbeeld die afstand tussen waarnemings 1 en 2), moet 'n mens die dist-klasvoorwerp in 'n matriks omskep.

Kom ons kyk hoe ons die Jaccard-afstand wat ons hierbo gedefinieer het tussen MIV-stamme sal bereken.

Vergelyk die Jaccard-afstand (beskikbaar as die funksie vegdist in die R-pakket vegan) tussen mutasies in die MIV-data mut tot die korrelasie-gebaseerde afstand.

Figuur 5.8: 'n Voorbeeld van die berekening van die kofenetiese afstand (xkcd).

Dit kan ook interessant wees om komplekse voorwerpe wat nie tradisionele vektore of reële getalle is nie te vergelyk deur verskille of afstande te gebruik. Gower se afstand vir data van gemengde modaliteite (beide kategoriese faktore en kontinue veranderlikes) kan met die madeliefie-funksie bereken word. Trouens, afstande kan gedefinieer word tussen enige pare voorwerpe, nie net punte in (^p) of karakterreekse nie. Byvoorbeeld, die kortste.paaie funksioneer vanaf die igraph pakket wat ons in Hoofstuk 10 sal sien, bereken die afstand tussen hoekpunte op 'n grafiek en die funksie cophenetic bereken die afstand tussen blare van 'n boom soos geïllustreer in Figuur 5.8. Ons kan die afstand tussen bome bereken deur dist.multiPhylo in die distories pakket.

Die Jaccard-indeks tussen grafieke kan bereken word deur te kyk na twee grafieke wat op dieselfde nodusse gebou is en die aantal rande wat saam voorkom, te tel. Dit word geïmplementeer in die funksie ooreenkoms in die igraph pakket. Afstande en verskille word ook gebruik om beelde, klanke, kaarte en dokumente te vergelyk. 'n Afstand kan nuttig domeinkennis insluit en, indien versigtig gekies, kan dit lei tot die oplossing van baie moeilike probleme wat heterogene data behels. Vra jouself af wat is die relevant begrip van "nabyheid" of ooreenkoms vir jou data kan nuttige maniere bied om hulle voor te stel, soos ons in Hoofstuk 9 sal ondersoek.


'n Mitogenomiese filogenie van chitone (Mollusca: Polyplacophora)

Agtergrond: Polyplacophora, of chitons, het malakoloë lank gefassineer vir hul duidelike en eerder bewaarde morfologie en lewenstyl in vergelyking met ander weekdierklasse. Sleutelaspekte van hul filogenie en evolusie bly egter onduidelik as gevolg van die min morfologiese, molekulêre of gekombineerde filogenetiese ontledings, veral dié wat die verwantskappe tussen die belangrikste chiton-lyne aanspreek.

Resultate: Hier bied ons 'n mitogenomiese filogenie van chitone gebaseer op 13 nuut-volgorde mitochondriale genome saam met agt beskikbare en RNAseq-afgeleide mitochondriale volgordes van vier addisionele spesies. Gerekonstrueerde filogenieë het grootliks ooreengestem met die jongste vooruitgang in chiton-sistematiek en integrerende taksonomie, maar ons het 'n paar konflikte geïdentifiseer wat taksonomiese hersiening vereis. Ten spyte van 'n algehele bewaarde geenorde in chitonmitogenome, het ons drie nuwe herrangskikkings beskryf wat taksonomiese nut kan hê en die mees waarskynlike scenario van geenordeverandering in hierdie groep gerekonstrueer. Ons filogenie is tydgekalibreer met behulp van verskeie fossiele en ontspanne molekulêre horlosies, en die robuustheid van hierdie ontledings is met verskeie sensitiwiteitsontledings beoordeel. Die afgeleide ouderdomme het grootliks ooreengestem met vorige molekulêre klokskattings en die fossielrekord, maar ons het ook opgemerk dat die onduidelikhede inherent aan die chiton-fossielrekord molekulêre klokontledings kan verwar.

Gevolgtrekkings: In die lig van die gerekonstrueerde tyd-gekalibreerde raamwerk, bespreek ons ​​die evolusie van sleutel morfologiese kenmerke en vra ons vir 'n voortgesette poging om die filogenie en evolusie van chitone te verduidelik.

Sleutelwoorde: Bayesiese Evolusie Fossiel Maksimum waarskynlikheid Mitochondriale genoom Molekulêre klok Mollusk Mt Timetree.


Groeivorm

Isoetes spesies is tipies klein plante met lang, smal blare wat vanaf die basis van die plant groei. Hul blare is gewoonlik binne 5-20 cm lank, hoewel 'n paar spesies blare het wat tot meer as 60 cm lank word en die grootste spesie het blare tot 1 m lank. Een plant is geneig om ongeveer 10-30 blare te hê.

'n Steenkopblaar bevat 'n enkele aar en vier lugkamers wat oor die lengte van die blaar loop. Dit is die aanwesigheid van 'n enkele geaarde blaar, bekend as 'n ‘mikrofil’, wat die penkruid en ander lykofiete van alle ander vaatplante onderskei. Ondergedompelde spesies van Isoetes het immergroen blare, terwyl vleilandspesies dikwels bladwisselend is en hul blare oor die nie-groeiseisoene verloor.

Isoetes plante het ook ongewone stamme. Hulle is kort en opgeswel en groei ondergronds. Die unieke stam staan ​​bekend as 'n ‘knol’ dit bevat twee of drie lobbe wat die knol 'n algehele voorkoms van 'n klein ui gee. Die buitenste lae van die knol word afgeskud soos die plant groei.

Die wortels van Isoetes plante groei in trosse, almal direk vanaf die basis van die knol. Wortels het ook 'n enkele aar en word omring deur 'n enkele lugkamer.


Hydrolagus colliei

Gevlekte rotvis. Foto © George Burgess

Hierdie gladde, skaallose chimaera kan tot 24 duim lank word, waarvan 'n groot deel die lang stert is. Dit’s vernoem na sy bruin-grys iriserende kleur, gevlek met wit. Dit het 'n kort, haasagtige gesig, groot driehoekige borsvinne en 'n kort rugvin wat met 'n giftige ruggraat begin. Chimaeras het byna 400 miljoen jaar gelede van hul neefs, die haaie, afgeskei, en is sedertdien meestal diepwatervisse. Die gevlekte rotvis is een van die min wat naby genoeg migreer om in diepseehengel gevang te word, en moet versigtig hanteer word.

Orde: Chimaeriformes Familie: Chimaeridae Genus: Hidrolagus Spesies: colliei

Algemene Name

Engelse taal algemene name is gevlekte rotvis, engelvis, chimaera, olifantvis, rotvis, gevlekte rotvis, en witgevlekte rotvis. Ander algemene name sluit in Amerikanskiy gidrolag (Russies), chimaera elefante (Italiaans), chimera amerykanska (Pools), chimère (Frans), chimère d’Amérique (Frans), chimère tachetée (Frans), ginzame (Japannees), guumaana (Tsimshiana) , havrotte (Deens), k’aa un (Haida), quimera (Spaans), quimera americana (Spaans), quimera manchada (Spaans), quimera-americana (Portugees), ratazana americana (Portugees), ratón (Spaans), rattenfisch (Duits), rattenvis (Nederlands), Seeratte (Duits), skvrnitá morská krysa (Tsjeggies), skwome (Salish), vitfläckig havsmus (Sweeds), en zeerat (Nederlands).

Belangrikheid vir die mens

Gevlekte rotvisse het wit kolle wat lei tot 'n irreterende silwer glans. Foto © Doug Perrine

Alhoewel die gevlekte rotvis nie 'n geteikende spesie is nie, word dit as byvangs deur kommersiële treilvisserye en ontspanningsvissers geneem. Dit word oor die algemeen vermy weens die neiging van die dorsale ruggraat om in visnette verstrengel te raak.

Dit word selde in sy meer suidelike verspreidingsgebied geland as gevolg van sy voorkoms op dieptes groter as (180 m). Weens sy wye verspreiding en dieptereeks word geglo dat die impak van die visserye minimaal is. Die gevlekte rotvis het egter die potensiaal om bedreig te word deur kustreilaktiwiteite. Alhoewel hierdie spesie beskou word as 'n “asblikvis” en nog nooit van kommersiële belang was nie, kan dit in die toekoms geteiken word namate ander meer begeerlike spesies uitgeput raak.

Gevaar vir mense

Alhoewel dit nie as gevaarlik vir mense beskou word nie, moet versigtig wees wanneer hierdie vis hanteer word as gevolg van die dorsale giftige ruggraat wat pynlike wonde kan veroorsaak. Sorg moet ook gedra word wanneer manlike monsters hanteer word as gevolg van die teenwoordigheid van skerp klemorgane.

Bewaring

Die gevlekte rotvis is tans gelys as “Least Concern” deur die World Conservation Union (IUCN). Die IUCN is 'n wêreldwye unie van state, regeringsagentskappe en nie-regeringsorganisasies in 'n vennootskap wat die bewaringstatus van spesies beoordeel.

Tans is daar geen bewaringsmaatreëls wat vir die gevlekte rotvis getref word nie, maar in Oregon (VSA) gebruik treilers toerusting om byvangste te vermy en druk op die rotvisbevolkings te verminder.

Geografiese verspreiding

Wêreldverspreidingskaart vir die gevlekte rotvis

Die gevlekte rotvis kom voor in die oostelike Stille Oseaan vanaf Cape Spencer, Alaska (VSA) suid tot Vizcaíno, Baja California (Mexiko). Dit is die algemeenste tussen Brits-Columbië en suidelike Kalifornië. 'n Geïsoleerde bevolking van gevlekte rotvisse is in die noordelike gedeelte van die Golf van Kalifornië gedokumenteer.

Habitat

Die gevlekte rotvis, wat in gematigde waters woon, leef naby die bodem van die tussengetysone tot dieptes van 2 950 voet (900 m). Dit verkies modder- en klipperige bodemhabitatte en word dikwels in baaie en klanke in die noordelike streke van sy verspreiding aangetref. Soos die verspreidingsgebied suidwaarts beweeg, word die gevlekte rotvis in toenemend dieper waters aangetref, en verkies watertemperature van 45-48 °F (7-9 °C).

Biologie

Gevlekte rotvis. Foto © George Burgess

Kenmerkende kenmerke
Hierdie rotvis, 'n lid van die Chimaeridae-familie, het 'n groot haasagtige kop met 'n breë eendbekvormige snoet en groot groen oë. Die liggaam taps na die agterkant van die vis, die stert maak byna die helfte van die lengte van die totale lengte van die hele vis uit. Daar is prominente laterale lynkanale op die skubbelose vel van hierdie vis.

Aan die voorrand van die eerste rugvin is 'n prominente giftige ruggraat wat effens hoër is as die vin self, terwyl die tweede rugvin 'n golwende profiel het wat dit die voorkoms van twee aparte vinne gee. Die goed ontwikkelde borsvinne is driehoekig van vorm en het vlesige basisse. Manlike gevlekte rotvis het 'n stekelrige, klubvormige proses wat op die kop geleë is. Hulle het ook skerp terugtrekkende klemorgane anterior van die bekkenvinne en skraal sluitings met uitgebreide punte langs elke bekkenvinbasis.

Aansig van naby van die haasagtige kop van die gevlekte rotvis. Foto © George Burgess

Kleuring
Die liggaam van die gevlekte rotvis is bruin of grys met skakerings van goud, groen en blou. Daar is wit kolle op die liggaam gestrooi, wat daartoe lei dat die vis iriserend lyk met 'n silwer glans. Die ventrale oppervlak van hierdie vis is silwer en die vinne is grys.

Tandheelkunde
Die gevlekte rotvis het relatief min tande. Daar is een paar tande in die onderkaak en twee pare tande in die bokaak, wat as gemineraliseerde slypplate voorkom.

Tandheelkunde
Die vel van die gevlekte rotvis is glad en het nie skubbe nie.

Grootte, ouderdom en groei
Die maksimum gerapporteerde grootte van die gevlekte rotvis is 23,6 duim (60 cm) totale lengte en 14,2 duim (36 cm) liggaamslengte. Mannetjies bereik volwassenheid op 7,3-7,9 duim (18,5-20,0 cm) liggaamslengte en wyfies bereik volwassenheid op 9,4-9,8 duim (24-25 cm) liggaamslengte. Die kleintjies meet 5,5 duim (14 cm) totale lengte by geboorte.

Voedselgewoontes
Rotvisse vind prooi hoofsaaklik deur elektroresepsie en reuk. As swak swemmers soek hierdie visse prooi met beperkte vermoëns om te ontsnap. Die gevlekte rotvis swem stadig naby die onderste substraat op soek na mossels, krappe, garnale, polchaete wurms en klein bentiese vissies. Gevlekte rotvisse is ook gedokumenteerde kannibale wat op hul eie eierkaste vreet, sowel as ander vryswemende rotvis.

Reproduksie
Gevlekte rotvisse is eiervormig met piek paai wat in die lente- en herfsmaande plaasvind. Na hofmakery-rituele laat die wyfie elke 10-14 dae oor 'n tydperk van 'n paar maande 'n lepelvormige eierhouer vry. Ekstrusie van die eierkas van die wyfie neem 18-30 uur waarna die eierkas vrylik in die water hang, aan die wyfie opgehang deur 'n lang skraal verlenging van die eierkas wat die elastiese kapsulêre filament genoem word. Elke eierkas word uiteindelik aan die seebodem of bodemsedimente geheg deur die dun ranke van die eierkas. Die inkubasietydperk binne die eiergeval is ongeveer 12 maande. Die kleintjies kom uit die eierkas teen ongeveer 5,5 duim (14 cm) totale lengte en groei tot ongeveer 11,8 duim (30 cm) totale lengte in hul eerste lewensjaar.

Tophaaie is een van die bekende roofdiere van die tophaai. Foto © Doug Perrine

Roofdiere
Roofdiere van die gevlekte rotvis sluit in seskieu-haaie, sewendelhaaie, topehaaie, stekelhaaie, reuse-seebaars, lingcou, klipvis, Stille Oseaan heilbot en seesoogdiere.Parasiete
Trematodes is algemene parasiete van die gevlekte rotvis. Rugogaster hidrolagi n. sp. is versamel uit die rektale kliere van gevlekte rotvis wat naby San Juan Island, Washington, versamel is. Otodistomum hydrolagi n. sp. is versamel van die seloom van gevlekte rotvis ook van dieselfde area en Plectognathotrema hydrolagi n. sp. is versamel uit die maag van 'n monster wat in die buiteland van Newport, Oregon, versamel is.

Die monogenees Chimaericola ogilbyi n. sp. en C. colliei n. sp is albei versamel uit die kieue van gevlekte rotvis wat aan die kus van Vancouver-eiland geneem is.

Taksonomie

Die gevlekte rotvis is oorspronklik beskryf as Chimaera colliei deur Lay & Bennett in 1839. Hierdie naam is later verander na die tans geldige Hydrolagus colliei (Lay & Bennett 1839-). Die genus naam, Hidrolagus, is afgelei van die Griekse “hydr” wat water beteken en “lagos” wat haas beteken. Sinonieme wat in vorige wetenskaplike literatuur verskyn wat na hierdie spesie verwys, sluit in Chimaera neglecta Ogilby 1888, Chimaera media Garman 1911, en Hydrolagus media Garman 1911.


Quillworts

Die pennetjies is 'n klas van ongeveer 150 spesies plante en byna alle spesies behoort aan die genus Isoetes. Die pluimworse maak baie staat op water en baie spesies leef heeltemal onder water terwyl ander in seisoenaal oorstroomde habitatte woon.

Quillworts is klein kruie met lang smal blare wat gewoonlik tussen 5-20 cm lank is. Hulle stingels is opgeswel en groei ondergronds en hul wortels groei in trosse vanaf die basis van die stam.

Oor die hele wêreld versprei en vir meer as 200 miljoen jaar oorleef, is baie spesies penkruid tans bedreig weens habitatverlies.


Studente wat in die herfs van 2006 tot die Simon Fraser Universiteit toegelaat word, moet aan skryf-, kwantitatiewe en breedtevereistes voldoen as deel van enige graadprogram wat hulle mag onderneem. Sien Skryf-, Kwantitatiewe en Breedtevereistes vir universiteitswye inligting.

WQB-gradeplegtigheidsvereistes

'n Graad van C- of beter word vereis om W-, Q- of B-krediet te verdien

Bykomende breedte 6 eenhede buite die student se hoofvak (mag of mag nie B-aangewese kursusse wees nie, en sal waarskynlik help om aan individuele graadprogramvereistes te voldoen)


Biologie en gedrag

Gebruik hierdie vinnige gids om die basiese beginsels van wolfbiologie en -gedrag te leer.

Kommunikasie

Reproduksie

Gewoonlik broei net die dominante paar, maar in gebiede waar daar 'n hoë verhouding van prooi per wolf is, soos in Yellowstone Nasionale Park, kan daar veelvuldige werpsels per pak wees. In die westelike Groot Mere-gebied broei wolwe in Februarie tot Maart en na 'n dragtigheidsperiode van 63 dae word vier tot ses kleintjies laat-April of vroeg-Mei gebore. Hoe hoër die breedtegraad, hoe later is die teling egter. Wolwe in die noorde van Kanada wat op 'n breedtegraad van 71 grade woon, broei byvoorbeeld aan die einde van Maart tot April.

Pup Ontwikkeling

Pup Oorlewing

Pup-oorlewing hou direk verband met die beskikbaarheid van prooi. Die beskikbaarheid van prooi is oor die algemeen hoër in gebiede wat nuut deur wolwe gekoloniseer word, waar wolwe onlangs weer ingebring is, of waar volwasse wolwe geoes word.

Volwasse Oorlewing en Langlewendheid

Die algehele oorlewing van jaaroud en volwasse wolwe in die westelike Groot Mere-gebied is gedokumenteer om tussen 60% en 80% te wissel. Dit is bekend dat grys wolwe tot 13 jaar in die natuur en 16 jaar in gevangenskap leef. Gemiddelde verskil egter op grond van geografiese ligging.

Kom meer te wete oor die wolfskeletstelsel met hierdie 3-dimensionele virtuele wolf, 'n interaktiewe wolfskelet wat geskep is vir die Zoo-argeologie-klasse aan die Universiteit van Wyoming.

Pak en gebied grootte

Die aantal individue per pak kan hoogs veranderlik wees, maar gemiddeld vier tot agt gedurende die winter in die westelike Groot Mere-gebied met rekords van tot 16. Pakgrootte kan so hoog as 30 of meer wees in dele van Kanada en Alaska. ’n Wolfstrop sal rondbeweeg en ’n gebied van tussen 25 en 100 myl in die westelike Groot Mere-gebied verdedig. Gebiede kan honderde vierkante myl bereik waar prooidigthede in lae digtheid is, soos in noordwestelike Kanada.

Verspreiding en vermoë om nuwe gebiede te koloniseer

Verspreiding is die primêre manier waarop wolwe nuwe gebiede koloniseer en genetiese diversiteit handhaaf. Wolves have been known to disperse up to 550 miles, but more commonly disperse 50 – 100 miles from their natal pack. Generally wolves disperse when 1 – 2 years old as they reach sexual maturity although some adults disperse also. At any one time 5 – 20 percent of the wolf population may be dispersing individuals. Usually a wolf disperses to find an individual of the opposite sex, find a territory, and start a new pack. Some dispersers join packs that are already formed.

Habitat Requirements

Wolves can occur wherever there is a sufficient number of large ungulates such as deer, moose, elk, caribou, bison, and musk ox. Wolves were once considered a wilderness animal, however if human-caused mortality is kept below certain levels, wolves can live in most areas. Historically, they once occupied every habitat that had sufficient prey in North America from mid Mexico to the polar ice pack.

Food Requirements

Wolves can survive on 2.5 pounds of food per day, but require about five to seven pounds per day to reproduce successfully. Wolves are estimated to eat 10 pounds of food per day on average. Wolves don’t actually eat every day, however as they live a feast or famine lifestyle. They may go several days without a meal and them gorge on over 20 pounds of meat when a kill is made. Wolves primarily feed on prey animals larger than themselves as this provides food for many individuals. However, wolves will prey upon smaller mammals such as beaver and hare. Because wolves as a species inhabit a much wider area than its prey species, different populations of wolves prey upon different animals. Wolves located in the Western Great Lakes region typically prey upon whitetail deer whereas wolves in central Canada prey primarily on caribou.

Hunting and Feeding Behavior

Impacts on Prey

Wolf kill rates vary in relation to winter severity. Young, old, and sick prey animals are often nutritionally stressed and have difficulty traveling in deep snow. Wolf kill rates are highest during severe winters and the following spring. Sometimes wolf predation can keep prey populations at low levels for extended periods, but habitat alterations like forest cutting or fire, improved weather conditions, and human management practices allow prey populations to quickly recover.

One example of the predator-prey dynamic is that the reductions in ungulate herds caused by wolves increases habitat quality and helps rid the herd of genetically unfit and diseased individuals. This results in long term maintenance of a healthier ungulate herd. For example, deer and wolves have evolved together and wolf predation has played a crucial role in making the deer what it is today.

Population Cycles

Wolf density often changes with the density of their primary prey. For example, in the northern Great Lakes region, the severe winters of 1995-96 and 1996-97 resulted in substantial numbers of deer being stressed and many starved or were killed by wolves. This provided a readily available food supply to wolves and increased their survival.

However, wolf numbers usually decline a year or two following the decline of primary prey. In addition to other factors, the mild winters since 1997 have been favorable to deer populations by increasing the winter survival of deer and in turn increasing the number of fawns being born.

Potential for Population Change

With abundant food and low human-caused mortality, wolves have a high capacity for population growth. In fact, in the right conditions, wolf populations can double in two to three years. From 1997 to 2000 the wolf population in the Northern Rocky states doubled from 200 to 400. Wolf populations can decline, however, if human-caused mortality is consistently greater than 28-50% of the fall wolf population.



Kommentaar:

  1. Bosworth

    Die kwaliteit is aanvaarbaar ...

  2. Kaelen

    Dalk was jy verkeerd?

  3. Gazahn

    Mense, dit was al iewers. Maar waar?



Skryf 'n boodskap